）病人所有的倾向，包括一些充满敌意的想法，都被激发出来了，把这些倾向揭示出来，使其进入有意识的思想里边，接着被转换成对分析目的的解释……移情，它好像是心理分析医师最大的障碍，如果每一次都能够注意到它的出现，并向病人作出解释，它就会成为最有用的盟友。
从治疗的角度来看问题，对移情的分析是一种纠正的经验，它会把创伤暴露出来并加以修复。弗洛伊德如果及时采取了行动，多娜可能早就看出来，他（其他许多的人也应该如此）与K先生不一样，他是值得信赖的，而且，她也不必害怕他们对她的感觉，也不必担心她对他们的感觉。而从心理学的角度来看问题，移情的分析是一种调查的办法和可以起证实作用的假设，可以推想不可解释的行为后面一些无意识的动机。
分析技巧的第二个要素后来成了弗洛伊德从事心理学研究的主要方法，这就是释梦。尽管他没有能够看出多娜的梦是她向他移情的迹象，可是，5年来他一直在利用病人的梦来获取无意识的材料，而且很有成果，后来，他把释梦叫做“通往了解精神生活中无意识状态的成功之路”。
对梦有兴趣的心理学家，弗洛伊德远远不是第一个，在《释梦》一书中，他列举了115处对此话题的讨论。可是，大多数心理学家都把梦看作低级荒唐和无意义的一些思想，认为它们的来源不是精神过程，而是一些干挠睡眠的肉体过程。弗洛伊德却认为，无意识不仅是清醒状态之外的一些想法和回忆，而且是被强制遗忘的一些痛苦感情和事件的积淀，他认为梦是在保护性的清醒自我不在岗的时候出现的一些隐蔽的重要材料。
他提出假设，认为梦会满足一些愿望，否则我们就会醒过来，梦的基本作用是要使我们能够继续睡眠。有些梦满足简单的肉体需要。弗洛伊德在（释梦）中说，任何时候，只要他吃过很咸的食物，他在晚上就一定会感到口渴，而且梦到大口喝水。他还引证了一位学医的年轻同事的梦。他喜欢晚睡，有一天早晨，房东在门外喊他：“起床啦，佩皮斯先生！该去医院啦！”那天早晨，佩皮斯特别想留在床上，于是就做了一个梦，梦见自己是位病人，正躺在医院的病床上。这时，他对自己说：“我已经就在医院了，没有必要再到那里去了。”说着，扭头又睡。
可是，许多梦所满足的愿望却复杂得多，也更深奥。经常的情况是，深藏在无意识里的一些愿望威胁着要挣脱封闭状况，在睡眠的轻松状态下进入有意识状态，如果成功的话，它们会产生压抑，足以唤醒睡眠的人。为了保护睡眠，弗洛伊德假设，无意识的思维会把造成干扰的一些因素隐藏起来，再转换成相对不那么刺激的一些因素。梦的确是非常神秘的，因为它好像要讲述什么事情，而实际上却又不是那么回事。可是，通过自由联想，把我们能够记得起来的梦的内容想出来，我们或许就可以认出躲在后面的真正的内容，并制探我们自己无意识的思想。
弗洛伊德是在对自己的一个梦进行分析过后得出这个观点的。1895年7月，他做了一个梦，是关于他所治疗的一位名叫“艾玛”的少妇的。这个梦很复杂，弗洛伊德对它的分析很长（达11页之多）。简单来说，他是在一个大厅里遇见她的，客人们都到来了，并从她那儿得知，她的喉咙、胃和腹部都很疼，他担心他自己没有仔细地看病，可能疏乎地轻视了她的一些机体毛病。还有很多其它的细节，之后发现，他的朋友奥托，一位年轻的医生，曾用一支不清洁的注射器给艾玛打过针，而这就是她的毛病根源所在。
通过自由联想来追寻这个梦的许多构成部分的真实意义，弗洛伊德想起来，头一天，他曾见到过他的朋友奥斯卡·莱，他是位足医，认识艾玛，并曾对他说过：“她好些了，可还不是好到那样的程度。”弗洛伊德曾感到有点生气，他把这话当作掩盖起来的批评，认为他在艾码的治疗上只取得了一部分的成功。在梦中，他把奥斯卡转变成奥托，以掩盖这个事实，再把文玛剩下的精神症状变成生理毛病，让奥托来负这个责任——奥托跟自己不一样，他自己总是对针头这类的东西十分仔细的。下面是弗洛伊德的结论：
奥托事实上惹我生气过，他说艾玛的病并没有完全治好，因此，梦就让我去报复他，把责任都推回到他的头上。梦把我应该对艾玛负的责任推卸掉了，说这是因为其它一些因素造成的……梦代表了事物的一种特别的状态，是按我希望的样子表现出来的。因此，它的内容就是一种愿望的满足，它的动机就是一个愿望。
通过对自己的一些不那么高尚的动机进行残酷的自我检查，弗洛伊德发现了一个其价值不可比拟的技巧。在接下来的5年时间里，他分析了一千多个病人的梦，并在《释梦》一书中报告说，这个方法是心理分析治疗和有关无意识思维的研究当中最为有用的工具之一。
使用心理分析方法来实现研究目的一直受到很多人的批评，认为它在方法论上不可靠。自由联想引导病人和分析师去解释一个梦，可是，人们怎么能证明这个解释是正确的呢？在少数几种情况之下，可能会有历史证据，即一个从梦的符号当中重构的创伤事实上出现过，可是，在大多数情况下，如在弗洛伊德的艾玛之梦中，没有办法能够客观地证明，对梦的解析就是梦的真正内容。
然而，任何在治疗中解释过他自己的梦的人都会知道，总会在这个解释的过程当中出现一个震动，他会产生顿悟，产生灵现，产生一种突然摸索到了情感真实的感觉。到最后，梦的解析就会因为受解析者自己的反应而显得很真实——“啊！这一定就是真正的意义，因为它感觉起来就像是真的一样！”——而且因为这个反应使他或者她能捕捉引起梦的那个问题。在弗洛伊德的情况下，自由联想和梦的解析只不过引导他去了解到了突然的理解这类经验，并把他从一个严重的科学错误中解救出来。在他进行心理治疗的最早期间，他猜测到，性欲上面的麻烦问题往往处在大部分精神疾病的根基上面。他可能是从《时尚》杂志上得知这一点的。尽管维也纳社会当时在性欲问题上持假正经和虚伪的态度，可在医学及科学圈中，它却已经是一个很多人感兴趣的事情。里查德·冯克拉夫特·伊宾已经发表了很长的一篇有关性偏差的文章，人类学家也在报告世界各地一些民族的性习俗。
可是，这些著作都是关于成人性欲的，儿童被认为是天真、纯洁的，没有受到性欲望或者性经验的污染。可是，弗络伊德却不断地听病人在经过很大努力之后回忆起儿童时代的性感觉，而且，令人吃惊的是，他们都曾受到成人的性玩弄，他们的经历，从被抚弄到被强奸不等。歇斯底里是一个解脱的出口，很严重的精神病，恐惧和偏执是另外一些出口。这些有罪的成人是保姆、管家妇、家仆、教师、兄长——而且，最令人惊讶的是，在女性病人的情况下，还有父亲。
弗洛伊德深感迷惑，他认为他已经有了一个很大的发现。到1896年，在进行过五六年的催眠治疗和分析后，他在所发表的一篇文章和由伟大的克拉夫特·伊宾主持的当地精神病和神经学协会上，宣布了他所谓的引诱理论。这次讲座的反应平淡如水，克拉夫特·伊宾告诉他说：“听起来像是一篇科幻故事。”这次讲座之后的几个星期和几个月内，弗洛伊德感到自己被医学界所排挤，感到完全被孤立起来，推荐来的病人数量剧减。可是，尽管他有一阵子还坚守自己的发现，可最终自己也开始不由自主地怀疑起自己的理论到底有没有效。
一方面，他自己在治疗一些曾挖掘出少年时代受到性戏弄回忆的病人时，只不过取得了部分的成功；事实上，有些他认为已经开始好转的人，病还没有治好就放弃治疗了。另外一方面，他越来越难相信父亲对女儿的倒错性行为普遍到了那种程度。由于在无意识当中没有无可争辩的真实指示出来，这些有关受引诱的回忆也许是编造出来的。这个想法真令人灰心丧气，他以为是一项重大发现和“几千年来一个老问题的治病良方”的东西竟然可能是个谬误。尽管到目前，他已经把家庭成员不断增多的家搬到了伯格斯19号一个宽敞的公寓里，而且进展非常顺利，可以享受一份安宁的生活，每年去一次意大利，可是，他还是有很多其它的原因使自己感到很压抑和焦躁不安。1896年，他父亲去世，这件事对他的影响比预期的大得多（他感到自己“被连根拨起”）；布罗伊尔对他的一生帮助甚多，可不能够接受他越来越激进的精神病理论与治疗方法，他们之间的友谊分崩离析；尽管他在大学里一直担任着神经病理学讲师的职位，虽然十多年来不拿工资，可这是份值得人尊敬的工作，但是，他一直就没有被评为更受人尊敬的教授，否则会对他的事业大有帮助。因为所有这些原因，弗洛伊德的精神症状开始加剧，特别是他对钱的事情担心，对心脏病的担忧，挥之不去的死亡念头，还有对旅行的害怕，这使他不可能去参观罗马，尽管他极想去，但一想到这一点他又产生了无法解释的恐惧感。
1897年夏天，41岁的弗洛伊德开始对自己进行心理分析，企图理解并解决掉自己的精神毛病。从某种程度上来讲，他在分析自己的一些梦的时候已经开始这样做了，可是现在，他每天耽于对自己的详细分析，非常卖力，非常有系统。笛卡儿、康德和詹姆斯——甚或还有苏格拉底——都曾检查过他们各自的意识思想，可只有弗洛伊德想到要去揭开自己的无意识思想的秘密。
自我分析在词汇上可能是个矛盾。一个人怎么可能指导又被指导呢？同时既是分析师又是被分析者？一个人怎么可能既是病人也是治疗者，他这个病人是怎样把感觉传过去给自己的医师来分析的？可是，没有任何人受过这样的培训，或者有资格去当弗洛伊德的分析师，他只好自己来做了。可是，在某种程度上，他请威尔汉姆·弗里士来做他的代理分析师，因为他对威尔汉姆有很强的依赖感。弗里士虽然是位耳鼻喉科专家，可他也有很多方面的兴趣，包括心理学，还就此发展过自己的一些理论，有些理论非常不错，还有一些是神密和荒诞的。弗洛伊德经常和定期给弗里士写信，把他的研究和自我分析当中发生的一些事情告诉他，还不时地与他见面，就是弗洛伊德所谓的“开会”——两人聚在一起两三天，激烈地讨论他或者弗里士的工作和理论。弗里士给弗洛伊德的回信不复存在，他们在聚会中的谈话也没有记录留下来。可是，一般相信，他在自我分析中是帮了忙的，或者至少，弗洛伊德在把自我分析的结果告诉一位可信赖的人的时候，是理清了自己的思路的。
一连数年，弗洛伊德每天花时间用自由联想和对每天晚上做的梦的检查，来寻找隐藏的回忆、早期的经历和隐藏在每天的愿望、情感、说话走题和很小的记忆消失后面的一些动机。他要了解自己，并且通过他自己来理解全人类共通的心理现象。“这种分析比任何别的分析都要困难些，”他在这个过程的早期对弗里士说，“可我相信，应该做这件事，而且也是我的工作当中一个必须经历的过程。”一次又一次，他以为已经做完了，哪知发现并非如此。一次又一次，他走入了死胡同，努力找寻一个出口——终于找到了，如他后来在一封信中所言：
在我的内心，我现在体会到了我自己作为第三方看到在我的病人身上所经历的所有事情——一天接一天，我陷入情绪的谷底，因为这天的梦、幻想或者情绪我一点也没有理解，可在别的日子里，当一束亮光把一种连贯带到图景之中时，以前消失的一切又一次作为目前的铺垫而显示出来。
毫不奇怪，这工作很难做。他是在揭示他自己的“粪堆”，如他所言，是一些因为令人难堪或者会产生内疚感而深藏起来的记忆，比如他在儿童期对一位兄弟的妒嫉（他在摇篮期就死掉了，从而在弗洛伊德的心中留下了永恒的内疚感），他对父亲又恨又爱的矛盾感情，而且特别是有一个时期，约在两岁半的时候，他看见自己的母亲光着身子，而且自己有了性冲动。
欧内斯特·琼斯在他为弗洛伊德写的一篇划时代的传记中说，这次自我分析并没有产生什么神奇的效果，弗洛伊德的精神毛病和对弗里士的依赖，实际上在一些令人烦心的材料曝光出来的头一年左右就已经非常明显�