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可是，这还是没有完全解决这个最令人困惑的难题。什么东西解释这个我性的感觉、自我状态和归属感，即我就是刚才那个我这种纯粹的确信？詹姆斯辨别了像属于“纯粹的自我”这样一个完全是主观现象的思想，并提出，它对连续个人身份的感知来自于意识流的连续性：“感觉（特别是肉体的感觉）的连续统一体的各部分的相似……构成我们所能感觉得到的那个真实、可证明的‘个人的身份’。”
詹姆斯说，既是这样，心理学就不需要假设有一个观察者或者灵魂在观察这个了解一切的意识并保持身份的感觉：“表达实际的、如它们所出现的样子那样的、意识的主观现象时，（灵魂）无论如何是不需要的。”他在吉米一书中把这个有力的结论说得更斩钉截铁：
意识的状态就是心理学完成其工作所需要的全部东西。形而上学或者神学也许能证明灵魂存在；可是，对于心理学来说，这个单一体实在的原理的假设完全是多余的。
意志：有些同时代人说詹姆斯对心理学最有价值的贡献是他的意志理论，即有意识的、能引导自愿活动的过程。
詹姆斯在《心理学原理》中对意志的大部分讨论都是神经生理学方面的，处理的是意志如何生成神经脉冲，脉冲如何产生所需要的肌肉运动。可是，他所捡起来的有趣得多的问题是，我们如何一开始就想到自愿采取一个行动的。关键的因素，按他的观点来看，就是要提供有关我们获取所欲求的目标的能力这方面的信息和经验：
我们想要感觉、拥有、完成各种各样的事情，而这些事情当时并没有被感觉到、被拥有和被完成。如果伴随着这个欲望的还有一种感觉，即获取是不可能的，则我们就只是希望，可是，如果我们相信这个目标是在我们的能力范围之内的，我们就会产生意愿，即所欲求的感觉、拥有或者完成就应该是真实的；而目前它就变得真实了，要么是在意愿产生的时候立即发生，要么就是在某些先决条件已经形成之后。
我们如何感觉到所欲求的目标就在我们的能力范围之内的？通过经验；通过我们对自己的不同行动会达到什么效果的了解：“提供各种可能的、不同的运动的想法，这是意志生活的第一个先决条件，而这些想法是由经验根据它们不是自愿的行为留在记忆里面的。”婴儿想要抓住一个玩具，因而手足作出无数随意的运动，这迟早会与想要的玩具连接在一起的。它们最终会能够产生合适运动的意愿的。做个类比的话，成人积累了不同行动及其可能后果的大量的想法，我们行走，谈话，进食，并执行无数其它的行动，都是通过产生合适行动并获取所欲求的目标的意愿来进行的。
在大部分时间里，我们毫不犹豫地产生日常行动的意愿，因为我们感觉到这与我们想做的事情并不矛盾和冲突。可是，在其它一些时候，互相冲突的一些想法存在于我们的脑海里：我们想做甲，但我们也想做乙，这是互相矛盾的。在这样一些情况下，什么东西决定我们产生采取哪一个行动呢？詹姆斯的答案：我们将两者的可能性相比较，决定除一个以外，其它的一律放弃，因而让这一个成为现实。当我们做好决定后，意愿就接过来了；或者，人们也可以说，选择放弃哪一个想法，注意哪一个想法这个动作即是意愿行动本身。
詹姆斯举了一个独特的个人例子。在一个寒冷的早晨，他躺在床上，他说，知道如果不起床就会迟到多少时间，就会让好多事情放在那里没人干，可是，他不喜欢因为起床而带来的那种感觉，而宁愿选择继续留在床上将会带来的感觉。最后，他有意禁止所有的想法，只考虑那天必须做什么事情。哎呀呀，这个思想成了他的注意力的中心，因而产生了合适的行动，他马上就坐起来，下了床。“意愿的基本成就，简单地说，当它是最为‘自动的’时候，就是注意另一个不同的对象，并让它在意识面前保持足够长的时间……注意力的努力因而成为意志最基本的现象。”
有时候，做决策是立即和简单的，有时候很长时间而且是因为决意、推理和决策结果。不管过程如何，在每种情况下，意识是行为的原因，是因果关系中的干扰者，而不是对外界影响被动的自动反应。自动的行动暗示着脱开意志。
詹姆斯本人，如我们所知，后来在他的情感危机中也相信自由意志，这个信仰曾帮他度过了难关。可是，他仍然得用科学心理学的基本信条与这个信仰调和起来：所有的行为都是，或者最终都将是可以解释的，每一种行为都有其原因所在。如果每个行动都是可确定的原因的结果，怎么可能有任何自由让我们从好几种可能的未来当中选择一个并非完全确定的未来呢？然而，我们做一个决定，去做或者不做什么事情的时候，不管这事情是琐屑无聊的还是事关重大的，我们每次都能体验验到某种象是意志的自由。
詹姆斯是很坦率的：“我自己的信仰是，自由意志这个问题，从严格的心理学立场上来说是不可解决的。”这位心理学家希望建立一门科学，而科学是一种固定关系形成的系统，可自由意志不是固定的、可计算的关系；它超越了科学，因而最好留给玄学家们们去鼓捣。心理学就是心理学，不管自由意志是不是真实的。
可他又坚持说，相信自由意志在实用主义方面看来是有意义的，也有必要。他从心理学转移注意力以后就发展了实用主义的哲学，可它的种子还留在《心理学原理》中。詹姆斯的实用主义哲学并没有像一些粗暴的简单化评论所断言的那样，说什么“真理就是能起作用的东西”。不过，它的确说过，如果我们将解决一个问题的各种方案的含义进行比较的话，我们会选择相信哪一个，采取哪一个行动。如果完全相信决定论，这会使我们消极和无能；完全相信自由意志，就会让我们考虑各种其它办法，来计划，来实施方案。因此，这是实用和现实的：
大脑是各种可能性，而不是确定性的工具。然而，意识，因为有展现在它面前的自己的目的，而且也知道会导致什么样的可能性，经过什么方式，如果它有一种因果的功效，将会强化有利的可能性，压抑不利或者不相关的那些可能性……如果（意识）是有用的，它是通过其因果功效来实现这一点的，就像自动机器人理论必须屈从于常识理论一样。
这些观察意见虽然很有道理，也经久不衰，可是，詹姆斯讨论意志的某些部分，在今天听上去却很是奇怪，而且老掉牙了。在他讨论“意志的不健康”、嗜酒者或者吸毒者“被夸大的癖好”或者不能动弹的人“被阻碍住的意志”时，人们会听到他对罹于病痛中的人深刻的关心——也听到道德说教性的反对意见：
没有哪个阶级（的人）比无望的失败者更能理解人生的金光大道或独木桥之间的差别，那些感伤的人，那些醉酒的人，那些谋士、那些“欠债的”，他们的生活是知识与行动之间长期的矛盾，他们完全懂得字面的道理，可总是没有想到要让自己软弱的性格坚强起来。
詹姆斯的意志心理学在许多年里都是美国心理学中的重要特征，可是，在行为主义长期的统治下——从约1920年到1960年——这个话题从美国心理学中完全消失了；在这样一个决定论的系统当中，任何由有机体本身启动的行为都找不到自己的位置。从那以后，意志论也没有能够卷土重来，至少在这个名字下是没有的；这个词在现代许多的心理学教科书中甚至找不到索引的条目。
然而，詹姆斯心理学有关意志的论述在事实上是现代心理学主流的一部分，其名字是：“有目的的行为”、“意向性”、“决策过程”、“自我控制”、“选择”、“自我功效”等等。现代心理学家，特别是临床心理学家都相信行为是，或者最终必将是完全能够解释的，可是，人类在某种程度上是可以指导他们自己的行为的。如果心理学家没有能够回答这两个概念为什么能够同时都是正确的，那么，他们经常就来找詹姆斯自己的解决办法：即这样一个信仰，我们不能够影响我们自己的行为，因此会带来灾难性的后果；即如果能够，则会产生有益的成果。
无意识：詹姆斯心理学关心的几乎全部都是有意识的心理生活；在《心理学原理》的某些部分，人们会得出这样一个印象，即根本就没有无意识的精神状态，大脑里面发生的无论什么事情，根据定义都是有意识的。可是，在许多地方，詹姆斯都曾对这个问题持不同的看法。在谈论到自愿行动时，他小心地区分我们有意识地命令的肌肉运动和其它的运动——即自愿行动的大部分——这些运动长期以来被执行和进行着，会立即和自动地跟随心理的选择，就好像是自己作出的选择一样。我们谈话，爬楼，脱掉或者穿上衣服，根本就不考虑所需要的身体运动：“心理学中的一个普遍原则就是，意识会放弃所有不再有利用价值的过程。”在许多种熟悉的活动中，我们都实际上在根本不考虑需要的运动时效果更好：
我们投出东西，抓住东西，射击某物或者砍下某物时，接触得越少，肌肉用力越少，我们反而做得更好，我们的意识也反而看得也更加清楚（更远的东西）。盯住你瞄准的地方，你的手就会抓住它；想着你的手，反而就会错过它。
因此，詹姆斯预测了现代学习研究，而这些研究证明，通过实践，更复杂一些的自愿动作，比如像弹钢琴，开车或者打网球都是“学得过熟了”，而且很大部分是在有意识的思维发出一个总的命令之后很快无意识地完成它的。
他还看到，当我们不注意体验时，我们也许会对这些东西不太注意，尽管它们对我们的感官会产生正常的影响：“我们醒着时，对习惯性的噪音等无动于衷，这证明，我们可以忽略否则会感觉到的东西。”
詹姆斯还很清楚无意识在非正常人心理学中的特殊现象的作用，比如，引用了法国心理学家艾尔弗雷德·比奈报告的一些歇斯底里盲目的例子：“比奈先生发现，他病人的手无意识地写下他们的眼睛正在无效地努力着要‘看见’的东西。”可是，詹姆斯的注意力集中在有意识的心理生活上，他不能想象完全无意识的知识；他感觉到，不管什么形式，不管在什么地方，所有的知识都是有意识的。他跟随另一位法国当代人，即彼埃尔·让内的思想，认为这样的些似是而非的无意识知识都是一种分裂人格的结果；主要的人格没有意识到的东西，却是为分裂的第二人格所“意识到”的东西。
詹姆斯以同样的方式解释催眠状态下的某些方面，特别是催眠后的暗示，在这样一些情形之下，病人在恍惚的状态中接受了一些指令，在醒过来之后就执行这些指令，可还是对按照指令所进行的事情一无所知。分裂的人格假设是很差的，非常有限，而且经不起实证的检验，可是，詹姆斯在无意识作为一种现实被普遍接受很早之前表达这个观点的时候至少承认，某些精神状态是发生在主要的意识之外的。
在《心理学原理》出版之后的许多年里，詹姆斯扩大了他的无意识观点，并依靠这个扩充来解释梦幻、自动写作、“魔鬼附体”和《宗教经验种种》中报告的许多神秘体验。弗洛伊德已经开始发表自己有关无意识的一些观点了，可詹姆斯不一样，他不认为无意识是动机的来源，或者是思维想从意识中驱除不能为社会所容忍的性愿望的方法。可是，早在1896年，詹姆斯就讲到了弗洛伊德发现的歇斯底里症状减轻办法的可能用途，而且，在听说1909年弗洛伊德在克拉克大学讲演后，他说：“我希望弗洛伊德及其弟子们能够把他们的思想运用到极致……他们一定会对人类本性的理解投下一线曙光。”
情绪：詹姆斯提出过一个很不起眼的理论，这个理论远远没有前面所述的大部头理论著名，但却引向了更多的研究。这就是他的情绪理论，它很简单，但也同样具有革命性。我们感觉到的情绪，并不是引起像快速跳动的心脏或者汗流不止的手掌这类肉体症状的那些东西，反过来，是对外部刺激产生反应的神经系统产生这些生理症状的，而我们对这些生理症状的感知就是我们叫做情绪的东西。这个说法如此有趣，如此具有说服力，它值�