四十年四月二十五日，两路军对索诺木所在的官寨勒乌图形成夹攻态势。勒乌图靠山临水，地势险要，墙垣坚固。八月十五日，清军以重兵四面攻打，第二天攻克勒乌图，索诺木逃往噶拉依。阿桂开始企图诱擒索诺木，索诺木顽固、狡猾，不肯就范。四十一年正月初四，阿桂令四面炮轰噶拉依，索诺木走投无路，才不得不率领2千余人出城投降。
金川战后，便依乾隆帝谕旨设镇安营，大金川设阿尔古厅，小金川设美诺厅，后来两厅并为懋功厅。大小金川地名不复存在。
两金川战争从乾隆三十六年七月到四十一年四月一共进行了4年半。朝廷为战争拨出军费6000万两，另有各地捐助饷银1000万两，川运开捐约千余两，捐躯的文武官员699人，死去的护军、披甲、马步兵9713人，而大小金川兵力不过15000人。“平定大小金川之役，在所谓‘十全武功’中历时最久，糜费军费最巨，损兵最为惨重。其对手，乃僻处大小金川一隅，兵力不过一万五千名而已。”
平准与平回
乾隆五十七年（1792），乾隆帝写了本《十全记》，夸耀他的“十全武功”：两攻准部，一攻回部，两攻金川，镇压台湾林爽文起义一次，出征安南、缅甸各一次，征服廓尔喀两次。下面说他的平准与平回。
准部即准噶尔部。该部在康熙、雍正年间叛乱，康熙与雍正两帝出兵镇压，取得重大胜利。策妄阿拉布坦长子噶尔丹策凌于雍正五年（1729）继承汗位。罗卜藏丹津投奔他后，噶尔丹策凌不听朝廷诏命，交出罗卜藏丹津。雍正五年冬，大学士张廷玉力赞对准噶尔用兵。于是以开国功臣费英东曾孙傅尔丹为靖边大将军屯阿尔泰山，出北路；以岳钟琪为宁远大将军，屯八里坤，出西路。当时罗卜藏丹津与其族罗卜藏舍楞谋杀噶尔丹策凌，事被发觉，噶尔丹策凌打算把丹津献给清朝，听到清朝出兵消息后，打消了主意。九年四月，勇而寡谋的傅尔丹轻信准部伪降将的谎言，在和通泊（在今内蒙）遭到大、小策凌敦多布率领的2万余准兵伏击，副将军、参赞大臣、前锋统领阵亡，只残兵2千余名败回大营。
十年七月，噶尔丹策凌令小策凌敦多布率兵3万袭击喀尔喀，掠去额驸策楞2子与畜群。策楞怒发冲冠，大胜噶尔丹策凌于鄂尔浑河光显寺。乾隆四年，受到打击的准噶尔保证不越过阿尔泰山梁，清朝保证喀尔喀不越过扎不堪。
乾隆十年，噶尔丹策凌去世，嫡子策妄多尔济那木扎勒继承汗位。不久准部陷入内乱：十五年庶子喇嘛达尔札篡夺汗位，准噶尔部台吉策妄阿拉布坦外孙阿睦尔撒纳于十七年与大策凌敦多布之孙达瓦齐联合杀了喇嘛达尔札，达瓦齐自立为大台吉。不久阿睦尔撒纳又与达瓦齐相攻，失败后率部降清。二十年二月，乾隆帝利用准部内讧的机会作统一该部的部署，以完成康熙、雍正2帝未竟大业。乾隆派班第为定北将军，出北路，阿睦尔撒纳为辅佐；永常为定西将军，出西路，萨赖尔为辅佐。两路各25000人，马7万。西路出巴里坤，北路出乌里雅苏台，各带两个月粮食，约会于博罗塔拉河（在伊犁东北300里处）。两副将军各领兵3千先行。由于两副将军原来都是准部魁首，所到之处，望风归降。五月初一，两军会于博罗塔拉河，距伊犁3百余里。纵酒无备的达瓦齐逃到离伊犁180里的格登山，以烂泥为营。清军派遣已降清军的阿玉锡率20余骑探路。阿玉锡竟连夜捣毁达瓦齐营寨。达瓦齐率2千人逃跑。他们翻过冰岭，南走回疆。他以为乌什城阿奇伯木克霍吉斯对自己好，便去投奔他。哪知道霍吉斯早已接受清军命令，把达瓦齐等人抓了起来。罗卜藏丹津也被抓住。达瓦齐、罗卜藏丹津作为俘虏献于京师，乾隆帝赦免其死。班第封一等诚勇公，萨赖尔封一等超勇公，阿睦尔撒纳晋封双亲王，食亲王双俸。达瓦齐也封亲王。于是天山南北两路都不血刃而定。
阿睦尔撒纳想当厄鲁特蒙古4部的总台吉。乾隆令他于九月到热河受封，班第催他上路并与喀尔喀亲王一块走。阿睦尔撒纳上了道，哈萨克贡使随行。八月十九日走到乌隆古河，阿睦尔撒纳说他要暂时回去治装，把副将军印交给额林沁，叫他先走。阿睦尔撒纳由额尔齐斯河走小路往北逃，派人到札布堪河接他的妻儿子女。阿睦尔撒纳到处煽动叛乱，伊犁各喇嘛（僧侣）、宰桑（准部汗之下管理政务的官员）劫掠军台。当时清军已撤，只有5百人留在伊犁。班第、鄂容安（西路参赞）被围死之。西路军数千屯乌鲁木齐附近，永常退却到巴里坤。乾隆帝以策楞代永常，玉保、富达、达尔党阿为参赞，两路讨伐。
二十一年正月，叛军逃到哈萨克，却让人到特克勒河，对玉保等说诺尔布已将阿睦尔撒纳抓起来，一会就到。清军受骗不进，使阿睦尔撒纳逃走。五月，乾隆令达尔党阿与哈达哈替换策楞、玉保，兼令兆惠从巴里坤赴援。达尔党阿出西路，击败哈萨克2千兵马，阿睦尔撒纳易服潜逃。达尔党阿又听信叛军谎言中叛军缓兵之计，让阿睦尔撒纳逃跑。因为清军频受欺骗，二十年秋天受封的厄鲁特4部轻视清军，重又构乱，阿睦尔撒纳乘机到博罗塔拉河会合叛逆，想自立为汗，准部又大乱起来。兆惠闻变，自济尔噶朗河向南转战，经过百多次苦战，杀敌甚众。补给困难而处困境之中时，得到侍卫图伦楚所率2千兵的支援，解围后返回巴里坤。
二十二年三月，乾隆以定边左副将军成衮札布出北路，右副将军兆惠出西路，大剿叛军。碰上准部自相仇杀，瘟疫在准部流行，兆惠长趋直入，叛军鸟兽散，头领先后投降或被杀，惟有阿睦尔撒纳没有抓到。阿睦尔撒纳逃到哈萨克，六月兆惠、富德追到哈萨克。哈萨克汗阿布赉与阿睦尔撒纳积怨，要擒拿阿睦尔撒纳献给清朝，惊弓之鸟状的阿睦尔撒纳见阿布赉收了他们的马后，感到不妙，乃逃至俄罗斯。乾隆帝以檄文向俄罗斯索取，卡死阿睦尔撒纳退路。当年冬天，阿睦尔撒纳患痘而死，俄方把他的尸体运到中俄边界，让中方验看。
以上是乾隆两定准部，下面说平回。
“回”指“回部”，指天山南路信奉伊斯兰教的维吾尔地区。回部原来有一个叶尔羌汗国，康熙十七年，叶尔羌汗国为噶尔丹所灭。从此，回部属于准部，征赋税，应徭役。噶尔丹死后，维吾尔族人派罕巴尔蚂罕默特欲谋独立，被策妄阿拉布坦拘禁。派罕巴尔蚂罕默特生2子，长曰布拉尼敦，次为霍集占。乾隆二十年，清军平准，布拉尼敦与霍集占被释放，清兵护送布拉尼敦回到南疆，招抚旧部，而留霍集占居伊犁执掌回部事务。二十一年夏，受到阿睦尔撒纳反叛的影响，霍集占自伊犁率众潜归，发动叛乱。二十二年集中伯克（回部凡官曰伯克）、阿浑（通经典的主教），杀清副都统阿敏道，自立为巴图尔汗，各部响应叛变的竟有数十万。但也有大批维吾尔族人脱离他们，归顺清朝。二十三年，乾隆以雅尔哈善为靖逆将军，将满、汉兵万余，率鄂对（维吾尔族）由吐鲁番进攻库车。雅尔哈善不听鄂对劝告，疏于防范，让集中在库车城已成瓮中之鳖的布拉尼敦与霍集占逃跑。兆惠自告奋勇请求完成平回大事。霍集占奔叶尔羌，布拉尼敦奔喀什噶尔。十月初六，兆惠率军进攻叶尔羌，霍集占闭门不出。兆惠令副都统率兵8百扼守喀什噶尔援路而自己渡葱岭南河（亦称黑水河）夺取城南英奇盘山下的回部牧群。桥断，军分两半。回部5千军来截，隔河不能救，加上淤泥多，马跑不动，清军损失很大。兆惠派人告急，依林为营，回部在上游决水灌营，兆惠开沟排泄。北路的富德听到兆惠在黑水河被围的消息，率领乾隆派来增援的2千索伦、察哈尔兵以及北路兵千余冒雪且斗且前赴援，巴里坤大臣阿里衮与爱隆阿也率兵前来参加解围。解围后，两军回到阿克苏。六月，集中了2万兵、3万马、驼1万，然后兵分两路，兆惠由乌什取喀什噶尔，富德由和阗取叶尔羌。布拉尼敦、霍集占逾越葱岭，欲投达拔克山。七月，达拔克山酋长擒获布拉尼敦、霍集占，回部平。八月奏捷。兆惠封武毅谋勇一等公，加赏宗室公品级鞍辔；富德封成勇伯，晋一等侯。
新疆历史上叫做西域，西汉时属于西域都护府。明王朝初曾拥有新疆东部，后来又退出。乾隆平回后，新疆才又重新归属中原王朝，至此，清朝疆土到达最大范围。此后葱岭以西的布鲁特、爱乌罕、博罗尔、敖罕、安集延、巴达克山诸国才遣使朝见清朝皇帝。
平回后，清廷加强了新疆地方统治。首先是在二十七年设伊犁将军，总统新疆南北两路事务。然后设乌鲁木齐都统和副都统以及塔尔巴哈台参赞大臣和喀什噶尔参赞大臣，分别管辖北、南两路诸城。第二是修筑城堡，第三是改置府州（如改乌鲁木齐为迪化州，巴里坤为镇西府等）。
白莲教起义与清朝的镇压
嘉庆元年（1796）爆发了数十万人参加的规模浩大、长达9年的白莲教起义，波及川、陕、鄂、豫、甘5省，清朝调遣京营满兵、蒙古兵、陕甘回兵、苗疆兵、广东兵，组织了数十万民团（仅嘉庆元年、二年四川应募乡勇达30多万）用了9年时间和2亿两白银才把起义镇压下去。
这次大起义的大背景：一是乾隆后期吏治败坏，土地兼并，许多农民背井离乡，在鄂、陕、川交界的南山老林地区就聚集了很多贫困破产者。二是秘密宗教白莲教在四川、湖北、陕西、河南大量发展，仅四川、湖北参加者就有200万之多。其经卷宣传光明战胜黑暗的道理，认为“大劫在遇，天地皆黑，日月无光”，“世界必一大变”，号召同教之人互相帮助，男女平等。三是乾隆末年自然灾害频仍，乾隆五十三年荆江地区洪水，五十九年襄阳地区洪水。尖锐的阶级矛盾、自然灾害和白莲教的发展是这次大起义的主要原因。
起义导火线是清政府对秘密宗教白莲教的残酷镇压。白莲教首领刘松、刘之协、宋之清相继被捕。刘之协乘隙逃脱，朝廷下令搜捕。各省官吏乘机勒索，惟贿是求，引起了白莲教的大起义。
奉命镇压苗民起义的德楞泰嘉庆元年正月初七，张正谟、聂杰人在湖北宜都、枝江交界的温泉窑起义，揭开了这次大起义的序幕。接着二月，林之华在当阳起义。三月王聪儿、姚之富在襄阳、樊城起义，十月徐天德、王登廷在四川达州起义，冷天禄、王三槐在四川东乡起义。十二月，在四川巴州、通江等地又爆发了罗其清、苟文明、冉文俦、冉天元等人领导的起义。起义军的政治口号是“兴汉灭满”。
清朝立即分兵镇压各支起义军。湖北巡抚惠龄出兵对付张正谟、聂杰人，二月，聂杰人被擒。西安将军恒瑞与乌鲁木齐都统永保镇压林之华，第二年，林之华在巫山大茅田阵亡。襄阳这支起义军人数最多（5万），力量最强，清朝派出护军统领明亮、三等侍卫鄂辉、直隶提督庆成率大队人马前去镇压，刚释放的蒙古窃马谪犯也都被驱使从军协助额勒登保。
流动作战是白莲教起义军的特点。襄阳起义军攻襄阳、樊城未果，分路转战河南、湖北交界，一支队伍曾攻占孝感，打死清参将傅成明。清廷急忙令明亮驰救，并调湖南苗疆兵2万前来援助。八月襄阳义军到钟祥（靠近今湖北荆门市），突破清军四面包围，二年初到达河南，然而分成北路（王廷诏、高均德率领）、西路（由李全、樊人杰率领）、中路（由王聪儿、姚之富率领），以不同路线向陕西进发，会师镇安。清军分路尾随，为三路襄阳起义军忽南忽北的行军拖得疲惫不堪。五月十二日，中路襄阳起义军在白马石渡过汉江。惠龄、庆成（直隶总督）、舒亮（侍卫）、恒端（西安将军）这些清将因襄阳部渡过汉江被降了职。二年六月二十三日，襄阳起义军与徐天德、王登廷、冷天禄、王三槐领导的义军在东乡会师，根据地区为各支队伍编号：王聪儿、姚之富部称襄阳黄号，徐天德、王登廷部称襄阳白号，另有张汉潮部称襄阳蓝号，龙绍周部称太平黄号，冷天禄、王三槐部称东乡白号，罗其清部称巴州白号，冉文俦（ｃｈóｕ）、冉天元部称为通江蓝号，等等。他们还设立了掌柜、元帅、先锋、总兵、千总等官职。会师后的第二天各路起义军分开，各自为战。襄阳部留下李全一部，全部撤离四川，回湖北。
在回湖北途中，襄阳部在白帝城与清军激战。之后向夔州进军，再分为前后�