湖南、广东，令吴三桂偕李国翰进攻孙可望、李定国。吴三桂连下成都、叙州（今宜宾）与重庆。十年令洪承畴经略湖广、两广和云贵。
张献忠于清顺治元年取四川，建立大西政权。三年七月入川北西充山抗清。十二月，靖远大将军豪格入四川，张献忠在西充凤凰山与清军作战，中箭牺牲。张献忠四名将孙可望、李定国、艾能奇、刘文秀在张献忠死后进驻滇黔，于四年从四川退至云南、贵州联合桂王抗清，四人先后封王。清廷派遣孔有德、耿仲明、尚可喜南下进攻残明政权。顺治九年，农民军联明抗清出现大好形势：孙可望、李定国从南宁把颠簸流离的桂王迎入驻贵州安隆。刘文秀围成都，杀清都统两人，大败吴三桂于四川，收复了四川大部分、宝庆。接着李定国打了个桂林、衡宝之役，连取沅州、靖州、武岗、桂林、柳州、梧州等地，清定南王孔有德自焚，敬谨亲王尼堪被杀。但这个大好形势被孙可望迅速破坏。十四年九月他挑起内战，以十万大军进攻李定国，被李定国打败后，投降洪承畴，清廷封为义王。乘起义军内讧机会，洪承畴、吴三桂向顺治帝建议发起总攻。十五年正月，顺治帝令清兵三路入滇：平西大将军吴三桂与李国翰一路从四川南下，征南将军卓布泰一路由广西西进，宁南靖寇大将军洛托与洪承畴一路由湖南西进。桂王政府出云南永昌，奔腾越。李定国在贵州磨盘山设伏以待清军。由于叛官卢桂生泄密，李定国大败，以残兵赴云南孟良，与桂王脱离，联络各土司反清，转战滇缅边境。因感伤恢复无望，康熙元年六月在悲伤中病死。
残明政权的反清斗争及清朝的镇压
清廷入关后，连续出现了几个与清王朝对立的残明政权：福王政权、鲁王政权、唐王政权、绍武政权和桂王政权。由于本身的问题，前四个政权，清政府没花多少时间就给解决了，后一个政权只是由于农民起义军的加入，才坚持了10多年的时间。
顺治元年五月十五日，万历进士马士英勾结江北四总兵（刘泽清、刘良佐、黄得功、高杰）拥立明神宗孙、福王朱常洵长子朱由崧，称帝南京，建元弘光，是为福王政权或弘光政权。马士英担任东阁大学士，不久升太保。他推荐崇祯时谄附大宦官魏忠贤的万历进士阮大铖为兵部尚书，该政权腐败不堪，矛盾重重。福王即位不久就下令选美。马士英、阮大铖排斥东阁的学士兼礼部尚书史可法，让他督师扬州，处处受马士英的牵制。而四总兵不出兵抗清，却相互攻击，抢夺地盘。弘光二年（1645），驻武昌总兵左良玉之兵以“清君侧”的名义南下讨伐马士英，马士英、阮大铖令刘良佐、黄得功撤离汛地，与左良玉交战，江淮门户空虚。
福王政权中除了史可法、黄得功少数将领以外，其余没有几个是真正抗清的。更有甚者，这个政权以农民起义军为敌，而认敌为友。他们派人到北京议和，幻想通过割地、纳款为手段与清朝结盟，封吴三桂为蓟国公，赐银5万两，米10万石。
二年四月，清朝豫王多铎南下江淮，围扬州，刘泽清降清。四月二十五日，史可法被执，多铎要他投降。他说：“城存与存，城亡与亡；我头可断，而志不可屈。”从容就义，不屈而死。五月初十，清军渡江，刘良佐投降，招黄得功投降，遭黄得功呵斥，黄得功被降将张天禄射中喉咙，黄得功觉得自己没有希望了，拔箭刺喉自杀。福王被俘，顺治三年死于北京。三年五月，弘光政权的礼部尚书钱谦益与大学士王铎等迎降多铎。福王东阁大学士、兵部尚书马士英在太湖被俘杀掉，阮大铖（chénɡ）在浙江降清。
弘光政权灭亡后，崇祯举人张煌言、崇祯进士钱肃乐、弘光政权的兵部尚书朱大典等拥立明太祖10世孙朱以海嗣鲁王位，监国（代行国政为监国）于绍兴。这个政权一建立，就与隆武政权搞摩擦，水火不容。鲁王划钱塘江为守。顺治二年十月，鲁王出兵攻打杭州，后败退。顺治三年二月，清贝勒博格以征南大将军，征福建、浙江。
与鲁王监国同时，明礼部尚书黄道周、都督总兵官郑芝龙与其弟郑鸿逵拥立明太祖9世孙袭唐王爵的朱聿键，监国福州，建元隆武，封郑芝龙、郑鸿逵为侯，郑芝豹、郑彩为伯。
唐王在上游地区建宁、天兴、延平、兴化和下游地区漳州、泉州、邵武、汀州各设巡抚，仙霞岭外170处驻兵把守，计划10万兵防守，10万兵攻伐。军事由郑芝龙负责。朱聿键多次催郑芝龙出兵，广有田产的郑芝龙无意抗清，总是以薪饷缺乏为由，不了了之。首辅黄道周，于隆武元年（1645）自募9千兵出征抗清，到婺源兵败被俘，翌年三月不屈被杀。顺治三年正月以定国公郑鸿逵为左先锋出兵浙江，郑芝龙从子建国公郑彩为右先锋出江西。但郑鸿逵到达闽浙交界的仙霞岭就称饷绝而不前。二月唐王御驾亲征，驻建宁。六月清兵进入渡钱塘江，占有浙江。鲁王逃脱，亡海上，四年驻舟山。六年清军攻破舟山，鲁王逃亡金门，八年放弃监国号，康熙元年病逝。
顺治三年六月，占领浙江后，清军向福建进发。郑芝龙还师，退至安平。八月，唐王去江西，二十一日起行，二十四日到顺昌，为清兵捉住，与曾妃同斩于汀州。顺治二年闰六月，清廷令洪承畴招抚江南。
隆武二年，郑芝龙暗通洪承畴，撤兵不守，清军顺顺当当地进入福建。郑芝龙降清后封同安侯。顺治十一年因招降其子郑成功不成，遣戍宁古塔。
上面说的三王，抗清并没有多少战绩，命也不长，只有桂王政权在农民军和反正将领的帮助下坚持了十五六年，有些作为。
顺治三年十一月，崇祯时户部员外郎苏观生、崇祯时礼部尚书何吾立朱聿键之弟朱聿为帝，年号绍武。刚成立就与桂王政权相攻。第二年清军破广州，为李成栋所俘，自杀。
顺治三年十月，万历进士、兵部右侍郎，唐王封为平粤伯的丁魁楚和福王政权时封右都御史的瞿式耜拥立明思宗堂弟桂王朱由榔，监国肇庆，后称帝，建元永历，这就是桂王政权。该政权是五个残明政权中力量最强，抗清时间最长的，持续了十五六年。这一方面与李自成和张献忠余部加入有极大关系，另有方面是一批降清明将领反正，例如明将李成栋于顺治二年降清，曾参与江阴、嘉定大屠杀，但于顺治五年与另一位降清将领金声桓反正。两人各有10万人。他们的反正后，永历帝便有云贵、湘桂、川赣、广东七省之地。
顺治六年正月济尔哈朗与孔有德破湘潭，弘光政权的兵部右侍郎何腾蛟被俘，不屈而死。十一月尚可喜攻克广州，孔有德破桂林。
由于清兵追击和操纵该政权的将领挟持的原因，永历帝颠沛流离，一直处于流亡状态：肇庆→梧州→平乐→桂林→全州→武岗→靖川→柳州→永州→南宁→桂林→浔州→→梧州→肇庆→梧州→安隆→昆明→永昌→藤越→缅甸。顺治六至九年，由于张献忠四大将的加入支撑，桂王政权曾一度声势浩荡。十四年由于孙可望的投降变节，政权出现危机。在清军的打击下，桂王十三年出奔缅甸。十八年吴三桂进入缅甸，逼迫缅甸将桂王交出。缅甸无法拒绝，桂王乃于康熙元年四月被绞杀于昆明。
官僚地主和知识分子的抗清斗争及清王朝的镇压
由于清王朝实行民族压迫政策，在击败农民起义军后又一个个摧毁残明政权，一部分明朝的官僚地主逐步认清清王朝的实质，从而走上了抗清道路。顺治二年下半年抗清义军纷起。这部分人除前面讲到的史可法、湖南弘光朝的兵部尚书何腾蛟外，还有嘉定左通使侯峒（tónɡ）曾、进士黄淳耀、江阴典史陈明遇、阎应元、松江进士陈子龙、闽浙永历帝的延平郡王郑成功，还有知识分子黄宗羲、顾炎武、夏完淳等。清王朝对他们残酷地予以镇压。下面三起是有名的：
顺治二年闰六月嘉定左通使侯峒曾、进士黄淳耀和江阴典史陈明遇、阎应元为抵制清朝剃发令，与嘉定和江阴全城民众抗击李成栋的清兵入城。前者死守12日，毙敌75000多人。因援绝矢尽，大雨坏城，终为所破，侯峒曾与二子指挥作战，敌不过，便相抱投水。后来朱瑛再起抗清，清军攻破，屠城三天（史称“嘉定三屠”），死者相藉，血流漂杵。后者坚守了81天，最后因粮尽弹绝，城被攻破，陈明遇被杀，阎应元不屈而死。清军对城中人“满城杀尽，然后封刀”。城内外共死17万多人。
郑成功的反清斗争是官僚地主抗清斗争中最有声势，坚持时间最久的斗争。郑成功，本名森，又名福松，字大木。唐王封他为总统使、招讨大将军。他反对其父郑芝龙降清，率部入海。顺治三年十二月初一，郑成功据南澳（广东饶平县东南海岛），大会群臣，发誓复明，奉永历帝正朔，顺治六年六月被封为延平王。郑成功分所部为72镇，并设吏、户、礼、兵、刑、工六官。而清王朝企图招降，于顺治十年六月五日封他海澄公，被拒。
顺治七年八月郑成功取厦门。十一年十二月克漳州。顺治帝剿抚并用的策略在郑成功部将中也发挥了作用。总兵黄梧和施琅先后降清。叛将黄梧献海禁之策，企图断绝沿海人民接济郑成功，让郑成功饿死、困死。从顺治十三年开始，清朝三下禁海令，严禁商民船只出海。顺治十八年“迁沿海居民，以垣为界，三十里以外，悉墟其地。”康熙三年“又遣吏部尚书伊里布，兵部尚书硕图，偕藩院将军提督复堪，令再徙内地五十里。”海禁给郑成功造成很大困难。十四年八月，郑成功克台州，后因闽安陷落，又撤回厦门。十五年，郑成功与张煌言合兵，大举北上，破瓜州，下镇江，围江宁，东南震动。清江南总督郎廷佐施缓兵之计，以投降相许，要郑成功宽限30日进攻。郎廷佐秘密向附近清军求救，清总兵梁化凤自崇明岛驰援。郑成功失去警惕，营垒疏防。清军集中兵力突击，郑军大败，十六年十月回师厦门。张煌言只身逃回浙江天台，为清兵搜捕，就义于杭州。
顺治十八年郑成功取台湾，作为抗清复明根据地。康熙二年清军克厦门、金门。二十二年施琅攻取台湾。
定三藩
“藩”本指篱笆，这里指藩王。藩王为王朝所封，驻守边疆，起保护王朝的屏障作用。清朝三藩指平西王吴三桂、靖南王耿精忠、平南王尚可喜。康熙十二年（1673），吴三桂联络耿精忠、尚可喜之子尚之信等掀起了一场长达8年的叛乱。康熙帝以其雄才大略，平定了这场叛乱，真正在关内实现统一。这场具有伟大政治意义的军事斗争世称平三藩。
吴三桂在镇压农民军和西南抗清力量后被封平西王镇守云南，尚可喜镇压抗清力量有功，封平南王，镇守广东，耿精忠袭祖父耿仲明爵，驻福建。三藩中以吴三桂力量最大。他在云南积极培植私人势力，以图世守云南。他有兵10余万，占有明代世镇云南的沐氏庄田700顷作为藩庄。此外他征关税，开矿铸钱，经商敛财。尚、耿2人也各有兵2万，也强征关税，聚敛钱财。三藩每年耗掉军饷2000余万两。他们的存在对清朝构成极大威胁。康熙帝决定撤销。
康熙十二年，尚可喜请归老辽东，留其子尚可信镇广东。康熙帝要求他们父子尽回辽东，并要撤藩。得知这一消息后，吴三桂、耿精忠也“要求”撤藩，以试探朝廷对他们的态度。康熙帝与议政王商议撤藩问题。很多人包括大学士图海、索额图等清政府重臣都说不宜撤，但户部尚书米思翰、兵部尚书明珠、刑部尚书莫洛同意撤。康熙帝认为吴三桂撤亦反，不撤亦反，决定三藩并撤。吴三桂原希望朝廷慰留他，让他效法沐氏世镇云南。没想到康熙帝下撤藩诏，大失所望，便谋反叛。当时朝廷派侍郎哲尔肯、翰林院学士傅达礼去云南催吴三桂办理撤藩，吴三桂便加快了反叛步伐。
这年十一月，吴三桂以谒永历帝朱由榔墓，与之告别为借口，挑起部众反清情绪，杀了催他离开云南回辽东的云南巡抚朱国治，发布反清檄文，自称天下都招讨兵马大元帅，以翌年为周元年。蓄发，易衣冠，旗帜尽白。他致书二藩、郑经与贵州、四川、湖广、陕西诸将吏，要他们响应。十二月吴三桂出兵贵阳，贵州提督李本深投降。吴三桂派马宝率军由贵州入湖广，派王屏藩进攻四川，窥视陕西。十三年正月，吴三桂称周王，改元利用，遣部将杨宝应破常德，夏国相破澧州，胡国柱破衡州，吴应麒破岳州。在吴三桂�