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1950年蒋介石将“政治行动委员会”改组为“总统府机要室资料组”，也交由蒋经国一手包办，它虽说是一个“组”却指挥管辖一切党政特务机构。
此前，台湾最权势灸手的特务头子是彭盂缉。在台湾“2·28”事件之后，彭盂缉长期主掌警备司令部、保安司令部，直接指挥台湾最大的情报单位保安处。1950年蒋介石在重新当上“总统”当天亲笔所书的三道手令，就有一道是下给彭孟缉的，派彭孟缉为“台湾情报工作委员会主任”，负责协调指挥各情报单位的工作。
彭孟缉得此一令人耳热眼红的“任命状”后，可谓忧喜参半。说喜是因为，在此“将星如云”、百人之中有九十五人投闲置散于台岛一筹莫展的时候，彭孟缉这一位中将在蒋“总统”复行视事的第一天就得到上述的手令，可知青云有路，朱紫可拾，自然是大喜了！讲忧是由于，他彭孟缉虽出身黄埔，但班辈不高，战功也没有可陈之处。在芸芸将星中，他一位中将未免显得官卑职小，在军中阶级森严的制度下，如何去“协调指挥各情报单位在台之工作”？他是有所顾忌的。
但是，彭孟缉深知官场上的奥妙，居安思危，知道“势威震主”非万全之道。既然蒋经国已涉足情报系统，他彭盂缉就来一个顺水推舟将保安处变成了蒋经国“总统府机要室资料组”的执行机构。到1954年，彭孟缉更是急流勇退，把自己已掌握的“台湾情报工作委员会”双手奉上向蒋经国输诚，使得蒋经国的政治领导迈进“统一情报的时代”。
蒋经国把“台情会”置于他兼任主任的“总统府资料室”之下管理，以他的身份和地位来指挥，自比彭孟缉更加得心应手。他掌握了各门各派情报权力之后，才是他真正掌权的开始。
蒋经国接管了“台情会”之后，便迫不及待地去消除情报系统中的异己力量，统一情报系统。有道是：顺我者昌，逆我者亡。“输诚”的彭孟缉当然是官运亨通，扶摇直上，最后竟爬至一级上将“参谋总长”的显赫地位；“不买帐”的军统“保密局”局长毛人民则被架空人近赋闲，时值壮年，竞抑郁而死。
蒋经国经过一番整顿清理后，就全面的掌握了台湾党、政。军各个领域内控外防的特务组织的大权，其权力凌驾于一切行政权力之上，成为台湾时期的“戴老板”。同时，蒋经国也完全掌握了台湾的特务情况系统，一个“唯我独尊”的特务王国至此已完全形成。
如果说，蒋经国通过对政治部和情报特务机构的控制，扩大了实力，成为台湾政局中灸手可热人物的话；那么，从1950年7月开始的国民党“改造运动”，则为蒋经国在国民党党内地位迅速崛起提供了良机。
当时若论党内资历，蒋经国只有12年党龄，过去一直以三青团为工作据点，党务系统为C·C所掌握，没有他插手的机会，可是培植蒋经国的势力，自是蒋介石的不言之秘。于是在改造之初，蒋介石便委任蒋经国担任“中央改造委员”。“中央改造委员会”在改造时期有类似于中央常务委员会。蒋经国要进入国民党组织的内层，达到真正掌权的目的，这无疑是重要阶梯。
“改造运动”结束后，论功行赏，蒋经国在1952年召开的国民党“七大”上当选为国民党中央委员，随后又被蒋介石指定为国民党中央常委，蒋经国从此进入了国民党最高权力决策圈。
1954年5月，蒋介石的第一届“总统”任期届满，第二届“总统”选举迫在眉睫。蒋介石不能让“总统”宝座易主，又不想因此丢掉“民主”的招牌，为了使其“中华民国总统”选举“合法”化，蒋介石援引宪法中的“紧急条例”，行使“紧急处理权”，批准第一届国大代表继续行使职权到下一届国民大会召开之日。由于“反攻大陆”梦圆之无期，因此，跟随蒋介石跑到台湾的“国大代表”就成了“终身制”，台湾人讥为“万年国代”。又由于走台代表远不够法定人数，蒋介石又指示大法官们修改选举法，依此“法”国大代表由“内政部”下令递补，并由蒋介石批准为薪给制。
在紧锣密鼓声中，一届二次“国民大会”终于1954年2月19日上午10时在台北拉开帷幕。这天，台北中山堂张灯结彩，当年南京“国大选举总统的闹剧，搬来台北重演”。
这幕闹剧的最精彩的片断当然是正、副“总统”的选举。至于正、副“总统”候选人早已内定：蒋介石与陈诚。但民主这一脚“过场戏”也还是要走一走的。于是，3月门日，莫德惠、徐傅霖宣布竞选“总统”，王云五、石志泉宣布竞选“副总统”。
20日“国大”举行“总统”选举。投票结果，蒋介石得1387票，徐傅霖得172票，莫德惠未参加竞选，因二人均未得满应当选票，21日再次投票，蒋介石得1507票，徐傅霖得48票，蒋介石当选“总统”。24日，陈诚以1417张票“击败”石志泉，当选为“副总统”。
5月20日蒋介石、陈诚宣誓就任正、副“总统”职。至此，选举“总统”的闹剧落下帷幕。
21日，陈诚辞去“行政院长”职务，俞鸿钧接任，此人为太子的“亲密战友”。另一位“太子系”的主将唐纵，担任了中央党部秘书长的职务，这是当年陈立夫的位置。
蒋经国则被调离台湾政府“国防部总政治部”，蒋介石给他安排的新职为“国防会议”副秘书长。“国防会议”这个机构，非同一般，它实质上是一个制度化的“大上特务机构”，其下辖“国家动员局”和“国家安全局”两个机构，这样蒋经国更上一层楼，成为名副其实的秘密警察首脑。
蒋介石就任台湾国民党第二届“总统”后，一项例行公事他是不会忘记的，那便是每逢新年、青年节、双十节，都要发表一次公告，重弹“今年是反攻大陆决定年，明年是反攻胜利年”的滥调，但却不见有任何实际行动。
总的说来，在蒋介石第二届“总统”任内，台湾的情况是平静的。虽然前有吴国桢隔海骂战，后有“孙立人兵变案”的麻烦，但对蒋台政权来说，只不过是微起波澜。然而随蒋家父子在台湾一步步地建立起他们的专制统治，由于蒋介石大权独揽，并想做终身“总统”，所以60年代初又演出了一幕类似袁世凯第二修“宪”改“制”的闹剧。按照“中华民国宪法”第四十七条规定，“总统”任期6年，连选连任只能一次，如再连任即属“违宪”。蒋介石1948年出任“行宪”以来第一任“总统”，到1954年届满。国民党一届二次会议上，蒋介石又用非法手段，获取了“总统”的职位。1960年3月，每6年一次的政治季风，又在台岛吹拂。此时，年逾古稀的蒋介石又面临着一次重大的抉择：是退居幕后？还是再度连任“总统”呢？一向权力欲极强的蒋介石当然是选择后者。理由冠冕堂皇：“我要带你们打回大陆去！”
问题是蒋介石已连任了一届，再连任将有违背“宪法”的嫌疑。蒋则立即声称：‘宪法’不能修改，我要把它完整地带回大陆去。”如不修“宪”，蒋介石又怎能当选连任呢？于是想出了一个妙招：修订《动员勘乱时期临时条款》，规定：“动员勘乱时期总统、副总统得连选连任，不受宪法第四十七条连任一次之限制。”这样一改，既做到不修“宪”，又使蒋连任不“违宪”，而且还可做终身“总统”。
1960年2月20日，一届三次“国民大会”在台北市中山堂举行。3月21日，又轮到“万年国代”们费点小神的时候了到投票厅去履行一下手续。蒋介石在1509票中以1481票的高票数当选第三任“总统”。22日，陈诚在1509票中得1381票当选“副总统”。蒋介石连选连任，终于算是坐稳了终身“总统”的位子。
蒋介石坐稳了“总统”宝座，接下来考虑的就是让蒋经国准备接班的问题了。为了保证儿子能够顺利地继承“大统”，蒋介石逃到台湾后，立即开始排挤元老重臣，为儿子接班辅平道路。如排挤吴国桢一事便是典型例证。
吴国桢是湖北人，生于1903年。他早年考入中国最高学府清华大学。毕业后留学美国，饱受西方资产阶级学说熏陶，后获普林斯大学博士学位。回国后，吴国桢历任国民党中宣部副部长、汉口市长、重庆市长和上海市长等要职，是蒋家王朝中红得发紫的人物。
蒋介石之所以器重吴国侦，固然是由于吴毕业于美国，与美国政界有相当的联系，同时也因为他从不结党营私，对蒋介石绝对忠诚。吴国桢做外交部次长时的部下何凤山回忆说：
“吴国桢到外交部上任（194年）时，仅随身带了一位秘书，用了几个星期之后，打发他走了，并且说：‘我来做次长，已经是半路出家，破坏了外交部的系统与组织，我不能再从外边擅自带人进来，加深我的歉疚’。所以几年下来，他没有用一个私人，极端尊重外交部的良好传统。年轻的进来大多为高考出身，由外交部举行特种考试派员监督，考取人员所取得资格与高考资格相等。”
吴国桢不仅不结党营私，而且非常崇尚资产阶级作风，办事特别讲求效率，令出必行。由于他强调法治，在上海市长任内就有“民主先生”之称。他个人能力极强，能为蒋独挡一面，自然也有高傲的一面。曾任上海市参议会议长的潘公展后来回忆说：
“平心而论，吴国桢并不是一个庸才，他确有一套看家本领。他的漂亮的仪态，流利的演说，讲得一口很好的英语，十足一般洋派神气，以及按时到办公室（上海人叫上写字间），见了什么人都飨以笑容，甚至和当时气焰很盛的闲学潮的学生，也表示着一种即使挨打也满不在乎的气度，的确使当时但观皮相的洋商和上海市民，仿佛都在想大上海何幸而得如此一位现代化的民主市长。”
1949年12月15日，尚未复“总统”职的蒋介石便以台岛最高行政长官的身份任命吴国桢为台湾省主席。对此，吴氏大惑不解。因为陈诚掌管台湾省市的大印不足一年，没有功劳亦有苦劳，且在吴上任省主席位不久前，陈诚曾约谈吴氏，邀吴屈就台湾省主席秘书长一职，遭吴婉谢。吴对蒋说：“陈诚将军不是做得很好吗？最好由俞大维担任”。蒋则毫不隐讳地回答：“你很恰当，我要你今后全力争取美援。”
由于一切以争取美援为中心，故而有“民主先生”之称的吴国侦，当然成为台湾省主席的“最佳”人选。
吴国桢任台湾省主席职的第3个月，蒋介石宣布复“总统”职，同时任命陈诚为“行政院长”。吴国桢认为：陈诚“为了他把省主席的位置让给我，一直耿耿于怀，老是卡着我，所以我向蒋先生报告，请求辞职”。蒋对吴的辞职不予批准，并对吴说：“辞修和你斗，你就和他斗，我支持你”。
听了蒋的发誓后，吴飘飘然了。他又认为，“钧座惨受大陆失败之教训，已锐意改革，故敢冒死犯险，竭智尽忠，以图报效”
吴国桢既然如此受宠，为何又遭蒋介石的排斥呢？据吴国桢自己称：是蒋先生为了经国的缘故。这的确是吴氏被逐原因之一。
吴国帧与蒋经国的矛盾始自上海。当然，吴氏与小蒋之间完全不同的背景、思想与训练，也是使双方裂痕扩大的原因。
早在1948年8月，蒋经国奉父命以督导员身份赴上海“打老虎”。当时经国手持尚方宝剑，雄心勃勃，想在上海一显身手。他当时手法严峻而急切，但效果不佳，演变成“只拍苍蝇”不打“老虎”的局面。时任上海市长的吴国桢除了不同意蒋经国的做法之外，市长权力被架空，也使吴颇为不悦。蒋经国与吴的矛盾就此发端。
蒋氏父子退守台湾后，一切问题的核心，就是再也不能丢失台湾，否则死无葬身之处。故此，蒋经国又奉父命独揽了整个台湾岛的安全、情报与特务系统大权。蒋经国就任“国防部总政治部主任”一职，虽然职位不很高，但这只是蒋在台面上的官衔而已，他可以在“总统府资料组”中发号施令。只要戴上红帽子，想抓谁就抓谁，想杀谁就杀谁。躲在幕后行使“法律”以外的特权，指挥手下狠狠打击异已和政敌。
吴国桢任职台湾省主席期间，最不能容忍的就是蒋经国所豢养的特务打手的横行和猖狂。当时吴对老蒋说：非改革不可，任何机构不通过保安司令部，禁止随意抓人，逮捕后14天，一定要释放，或起诉。由于吴国桢的主张与蒋经国的做法形同水火，故小蒋与吴的矛盾进一步激化。
吴与蒋