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宣德十年（公元1435）年，奴尔干都司撤销，下属的卫所则继续存在。不过由于上一级建置取消了，明朝对这些卫所的控制也减弱了，尤其是在明朝国力衰弱以后。为了防止羁縻地区的部族和西部的鞑靼进入它的直接统治区——辽东都司，从永乐、宣德开始陆续建起了边墙。边墙东起今辽宁丹东市东北鸭绿江边，向北经宽甸东、本溪西，折东至本溪北，又北经抚顺东、铁岭东、开原东、昌图东，东折至昌图北，南折至昌图西、开原西，以后大致沿辽河而西南至三岔口（今辽宁海城市西北），又自三盆口向西北，经台安、黑山，折东经阜新南，折西南经义县西、锦州西、锦西西、绥中西，折南至山海关止。这道边墙并不是明朝的边界，甚至也不是直接统治区的界线，因为边墙的东北是奴尔干都司辖境，即使在都司撤销后，也还是明朝疆域的一部分。而且由于军事防卫的需要，边墙也没有完全筑在辽东都司的边缘，它的一部分辖境就在边墙之外。由于辽东边墙通过山海关连接着明朝的另一道边墙（长城），所以它的起点——丹东市东北鸭绿江边，也就是万里长城的起点。
2 北方和西北诸卫所的内迁
在北方，为了打击和消灭元朝的残余势力，明军不止一次发动进攻，如永乐十二年（公元1414年）明成祖朱棣亲自率步骑50万击瓦剌马哈木，追至土剌河（今蒙古国土拉河）；永乐二十二年成祖又亲征，至和林（今蒙古国哈尔和林）东北的达兰纳穆尔河而还。但由于明军长途进军，离后方很远，对手又是游牧民族，流动性很大，所以既难以久驻，也不可能毕其功于一役。虽然明朝无法占领每次军事行动到达的地方，但因实力强大，洪武时的北界还是推进了很多，先后设置了大宁卫（驻今内蒙古宁城县西）、开平卫（驻今内蒙古正蓝旗东闪电河北岸）、东胜卫（驻今内蒙古托克托县）和兴和所（驻今河北张北县）等军事驻屯机构。洪武二十年（公元1387年）设大宁都司，次年改称北平行都司，治所在大宁卫，辖境北至今西辽河、西拉木伦河、内蒙古克什克腾旗、查干诺尔一线。其西的明朝北界则在阴山山脉和贺兰山一线。
在西拉木伦河以北是兀良哈部族，明朝在那里设了三个羁縻卫，称为兀良哈三卫。建文元年（公元1399年），燕王朱棣举兵推翻建文帝夺取皇位时，曾联络兀良哈三卫支援，到朱棣登位后，就将北平行都司改名大宁都司，移治保定府（今河北保定市），原来的辖地都作为报酬让给了兀良哈。东胜左右卫也分别迁到了今河北的卢龙和遵化。这样一来，开平卫和兴和所成了孤悬的据点，永乐二十年（公元1422年），兴和所被蒙古阿鲁台袭陷，迁治宣府（今河北宣化县）。宣德五年（公元1430年），开平卫也移治独石堡（今河北赤城县北独石口）。至此，在今北京、河北、山西境内的明朝北界已经退到了以后的长城一线。河套地区本来是明朝的辖地，但在东胜卫后撤后失去了支援，而蒙古却不断入侵，到天顺（公元1457—1464年）后就完全成了蒙古的势力范围。嘉靖时曾一度准备收复河套，但没有成功。所以在今陕西、宁夏和甘肃境内的明朝疆域也是以长城一线为北界了。当然，以长城为界并不是绝对的，与辽东边墙一样，山海关以西的长城（明代也称为边墙）也不一定完全按照当时的疆域范围建筑。而且由于鞑靼、瓦剌以游牧为主，实力也有盛有衰，有时逼近长城，有时又退却很远，明朝的实际控制区常常越出长城，在长城以北还存在一些双方势力交错或者都不加控制的地区。
洪武初年，明朝曾取得了元朝在西北的全部疆域，即亦集乃路（治所在今内蒙古额济纳旗东南）、沙州路（治所在今甘肃敦煌市）、肃州路（治所在今甘肃酒泉市）和甘州路（治所在今甘肃张掖市），占有今甘肃和内蒙古的西部。但不久就放弃了西部，撤到了嘉峪关。当时在关外还设有七个羁縻卫所，自成化（公元1465—1487年）以后，其西的土鲁番势力日益强大，吞并了这些羁縻卫所，明朝的疆域就限于嘉峪关以东长城以内了。
3 南方和西南的退却
明朝初年，安南（今越南）发生内乱，黎苍篡夺了陈氏的王位，又欺骗明朝为陈氏绝后，获得了明朝的册封。不久，老挝将故安南国王之弟陈天平送到，明朝于永乐四年（公元1406年）护送陈天平回国，被黎氏所杀。于是明朝派兵攻入安南，俘获黎苍。在没有找到陈氏子孙的情况下，于永乐五年在安南设置了交趾布政使司，下辖17府、47州、157县；同时设都指挥使司，下辖11卫、3所。但是明朝的统治受到当地人民的反抗，加上一些官员处置失当，更使冲突激化。尽管明朝不断采用军事镇压，还是无法支持下去，终于在宣德二年（公元1427年）撤销交趾布政使司和都指挥使司，人员全部撤回，重新承认了安南的属国地位。
明朝初年，在云南布政使司下除了正式府州，还设有南甸、干崖两个宣抚司和麓川平缅、木邦、孟养、缅甸、八百、车里、老挝、大古喇、底马撒和底兀剌十个宣慰司。但以后，大古喇、底马撒和底兀剌三个宣慰司因路途遥远，明朝控制不了，脱离了与明朝的关系。麓川平缅宣慰司的故地在正统十一年（公元1446年）改置为陇川宣抚司，这样就形成了“三宣（宣抚司）六慰（宣慰司）”及其下辖的司（长官司等）。“三宣六慰”都是土司，即其长官都由当地部族或政权的首领世袭，内部自治，但经济上要承担朝廷的“征役差发”和“贡赋”，土兵（地方军队）要接受朝廷或上级的调遣。因地理位置的不同，这些土司又分为沿边和外地两种，明朝对它们的统治方式和控制程度虽不相同，但它们都是明朝疆域的一部分。“三宣六慰”的范围除了今国内部分外，大致还包括今缅甸那加山脉、亲敦江和伊洛瓦底江以东地，泰国和老挝的北部。
1531年（明嘉靖十年）缅甸东吁王朝建立，逐步统一缅甸，并不断进攻明朝所属的土司。至嘉靖末（公元1566年），缅甸吞并了八百、老挝和车里三个宣慰司。万历（公元1573—1620年）初，又攻占了木邦、蛮莫、陇川、孟养等司，“三宣六慰”全部落入缅甸手中。明朝出兵反击，收复了部分失地，并加强了边区的防守。但“六慰”中除车里外都已为缅甸所有，明朝仅保住了“三宣”。至此，明朝在今国界外的疆域主要还有：伊洛瓦底江上游的迈立开江以东、今云南盈江县以北地，萨尔温江以东、缅泰边界以北地以及老挝、越南北部的一些地方，其中包括当时的里麻司所在的江心坡（迈立开江和伊洛瓦底江另一条支流恩梅开江之间地）和茶山司所在片马（恩梅开江至高黎贡山间地）。
4 对西藏主权的延续
明朝初建，西藏的政教领袖乌思藏摄帝师喃加巴藏卜在洪武五年（公元1372年）遣使纳贡，第二年就亲自入朝，受封为炽盛佛宝国师。明朝曾多次派使者去西藏地区，并在今西藏大部设置了乌思藏都指挥使司，在今西藏的昌都地区东部、四川甘孜藏族自治州和青海西南部设置了朵甘都指挥使司，在今克什米尔地区东北部和西藏西部设置了俄力思军民元帅府；以下分别设有主管或兼管宗教、军事、民政的机构，授予当地僧俗首领以国师、法王、都指挥、宣慰使、招讨使、元帅、万户等官员，根据当地的风俗习惯实行治理。乌思藏、朵甘二司由阐化、赞善、护教、阐教、辅教五王和大宝、大乘、大慈三法王分治，在今四川西部的甘孜、阿坝州还设有董卜韩胡、长河西鱼通宁远二宣慰司。宣德后护教王因无继承人而断绝，而黄教首领锁南坚措的威望越来越高，被奉为活佛，并获得鞑靼俺答汗所赠达赖喇嘛的尊号，成为三世达赖喇嘛，大宝等三法王和阐化等四王都俯首称弟子。从此，三法王、四王等都徒有虚名，不再能发号施令，达赖喇嘛成为藏族地区政教合一的最高首领。尽管在明朝中期后因国力衰退，朝廷与西藏的联系不如前期密切，但始终掌握着西藏的主权，西藏一直是明朝疆域的一部分。
5 其他政权的疆域
今新疆、内蒙古、青海和甘肃的一部分在明朝的大部分时间内都处于它的疆域之外。在这些地区建立的政权主要有：
别失八里
14世纪40年代，察合台汗国陷于分裂，至60年代西察合台汗国演变为帖木儿汗国。1370年（明洪武三年）东察合台汗居别失八里，1418年（永乐十六年）西迁亦力把里（一作亦力巴力，今新疆伊宁市），明朝史籍即以城名称其国名。辖境包括今新疆除哈密地区和额尔齐斯河、乌伦古河以东北地区以外，境外巴尔喀什湖、塔什干以东和帕米尔高原。16世纪后期，天山以北地区的东部已为瓦剌所占，其余也分裂为几部：吉利吉斯，在今巴尔喀什湖以东南一带：哈萨克，在今伊犁河流域；叶尔羌，在今塔里木河流域和帕米尔高原；土鲁番，在今天山以南东部地区和甘肃西部。
鞑靼、瓦剌
鞑靼始见于唐代中叶，是突厥统治下的部族，以后兴起的蒙古是其中一支。元亡后，明朝又将蒙古高原东部蒙古成吉思汗后裔各部都称为鞑靼。
瓦剌，清以后称卫拉特、额鲁特、厄鲁特，本在叶尼塞河上游，被成吉思汗征服后成为蒙古一部。明朝泛指蒙古高原西部和阿尔泰山一带的部族。
1368年（明洪武元年）元帝退出大都，北迁上都。次年明军攻上都，元帝再次北逃。第二年明军又攻克应昌（今内蒙古克什克腾旗西达来诺尔附近），元帝逃至和林，仍用元朝称号，史称北元。传至1402年（明建文四年）取消帝号称可汗，去国号称鞑靼，恢复了部族，但内部并不统一。明永乐初，瓦剌分为马哈木、太平、把秃孛思三部，明朝封为顺宁、贤义、安乐三王。鞑靼和瓦剌的范围大致有今内蒙古中部和西部、蒙古高原、阿尔泰山南麓和西伯利亚南部。
1436年（明正统元年），瓦剌顺宁王脱懽〔huān欢〕并吞贤义、安乐二王部落，统一瓦剌，两年后又控制了鞑靼。其子继立后，东取兀良哈三卫及建州女真各部，西掠沙州、赤斤蒙古、哈密等卫，1449年（明正统十四年）南下攻明，俘获明英宗。1453年（明景泰四年），也先自立为大元田盛大可汗，但两年后在内乱中被杀，蒙古又分裂。1480年（明成化十六年）鞑靼的达延汗（明朝称为小王子）继承汗位，出兵迫瓦剌西迁，又统一了蒙古各部。16世纪前期达延汗死后，又出现了割据局面。至16世纪后期，达延汗之孙土默特首领控制蒙古右翼，称阿勒坦（俺答）汗。阿勒坦汗在今内蒙古呼和浩特筑大板升城（明朝赐名归化），成为漠南地区的政治、经济、文化中心。
八 统一中国疆域的最终形成：清朝时期
1 东北地区的统一
建立清朝的爱新觉罗家族是东北女真人部落的一支，属于明朝建州卫的一部。永乐元年（公元1403年），明朝在今黑龙江依兰县一带设置建州卫，永乐十年又设建州左卫，以猛哥帖木儿（努尔哈赤六世祖）为指挥使，后升为都督佥事和右都督。建州卫和建州左卫几经迁徙，最后移置于今辽宁浑河支流苏子河流域。正统七年（公元1442年），明朝又增设建州右卫，与建州卫、建州左卫合称建州三卫。
万历三年（公元1575年）和十一年，明朝两次讨伐建州右卫指挥使王杲〔gǎo搞〕及其子阿台，努尔哈赤的祖父、建州左卫都指挥使叫场（觉昌安）和父亲、建州左卫指挥塔失（塔克世）均充当明总兵李成梁军的向导，在后一次战役中在古埒城（今沈阳市鼓楼村东北）遭明军误杀。为表示抚慰，努尔哈赤被任为建州左卫都指挥使。同年，努尔哈赤起兵攻打曾协助明军的苏克素护部首领尼堪外兰，报父祖之仇。在此后的11年间，努尔哈赤先后攻取或招抚了浑河流域和佟家江流域的栋鄂部、浑河上游的哲陈部、哈达河上游的完颜部、鸭绿江部、长白山北麓的珠舍里部和讷殷部。到1593年（明万历二十一年），努尔哈赤统一了建州女真各部。接着，努尔哈赤开始进攻海�