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连战得胜的藩镇李茂贞非常骄横，在上表昭宗及写信给宰相杜让能时言语悖慢：“陛下贵为万乘，不能庇元舅之一身（指王环被杀）；尊极九州，不能戮复恭一竖。”唐昭宗览表大怒，就促宰相杜让能将兵出讨李茂贞。杜让能书生，泣谓皇帝说：“臣不敢避命不从。但此时情势与宪宗时代大异，臣恐日后徒受晁错之诛，也不能免七国之祸！”
唐昭宗根本不审时度势，仍命杜让能安排调动军队。李茂贞侦知消息后，密派人纠集乱民一千多人，拦住担任观军容使的太监西门君遂的轿子“诉冤”，大公公见势不妙，推说征讨李茂贞是皇帝和宰相决定的，不关己事。于是，这帮人又围攻崔昭纬和郑延昌两位宰相，投石叫骂，差点打死二人。此景此情，与宪宗时藩镇李师道派人暗杀武元衡、裴度非常相似。唐昭宗闻之而怒，“用兵之意益坚”，诏遣宗室覃王李嗣率禁军三万前往，李茂贞、王行瑜合军六万抵拒。
双方一交手，李、王两个手下皆百战边兵，禁军毕“新募市井少年”，一战即溃。李茂贞大军乘捷直趋长安，在临皋驿扎营，上表要求诏杀宰相杜让能。杜让能马上入宫，说：“臣早知道有今日之事，请陛下牺牲我一人以救社稷。”唐昭宗下泣，不忍心斩杜让能，只是下诏贬其为梧州刺史，收斩西门君遂等三个太监来应付李茂贞。
李茂贞仍勒兵不退，一定要杀杜让才还镇。宰相崔昭纬借机消除老对手，力劝唐昭宗杀杜让能免祸。不得已，唐昭宗下诏赐死杜让能兄弟两人。同时，又任命李茂贞为凤翔节度使兼山南西道节度使，守中书令，“尽有凤翔、兴元、洋、陇、秦等十五州之地”。得势不饶人，李茂贞很快攻占阆州，大公公杨复恭与几个干儿子又逃跑。不久，这几个人被韩建的华州兵俘获，斩首送京师。
其间，李茂贞缴获杨复恭与干儿子们的书信，内容有如下之语：“但积粟训兵，勿贡献。吾于棘榛中立寿王（唐昭宗），才得尊位，废定策国老（杨公公自称），有如此负心天子门生！”可见，李茂贞也是故意把这封极有侮辱性的文字公示天下，悍将、太监，皆不拿大唐天子当盘菜。
李茂贞威逼朝廷时，李克用与朱全忠打得正欢，双方侵攻不断，民众死伤无数。河中节度使王重荣死后，其子王珙、王珂争权，各附藩镇为援。王珂是李克用女婿，李茂贞、王行瑜自然反对，上表请立王珙为节度使。唐廷正犹豫间，王行瑜就与李茂贞、韩建等人各率数千精兵入长安“兵谏”，最后，逼迫唐昭宗下诏杀掉宰相韦昭度、李谿以及枢密使康尚弼以及与自己不是一条线上的几个宦官。
李克用闻讯大怒，引大军来赴。果真沙陀兵前来，王行瑜、李茂贞、韩建等人心惧，各自匆忙还镇。
听闻李克用大军逼向长安，李茂贞的干儿子、右军指挥使李继鹏与太监骆全瓘想劫昭宗往凤翔；中尉刘景宣（太监）也想劫昭宗去邠州自己人王行瑜的地盘。两拔人各怀鬼胎，都想先下手为强，发兵互攻。唐昭宗跑到承天楼上，幸亏有捧日都头李筠率本部护卫，又有盐州六部兵驻京一部赶至护驾，李继鹏等人烧宫门未成，见众军继至，各自逃归凤翔和邠州。
惊惶未定，长安城内又传王行瑜、李茂贞等人要率军劫迎天子，昭宗害怕自己落入二藩镇之手，便苍惶逃离长安，躲入南山莎城镇的城垒。随皇帝出逃的长安士民数十万，路上因缺水渴死三分之一。“夜，复为盗所掠，哭声震山谷。”掠夺的“盗”们，其实就是扈驾官军。
得知李克用已经杀到长安附近，李茂贞大惧，忙杀掉惹事的干儿子李继鹏，上表请罪，又写信与李克用讲和。唐昭宗想“各个击破”，下诏赦免李茂贞，让他与李克用一起合讨王行瑜。同时，为了奖赏李克用的“勤王”之功，唐昭宗又派二子入李克用大营拜这位沙陀人为兄，又以自己绝宠的奇色美人魏国夫人陈氏赐以“功臣”享用。皇帝赐妃予臣下，千古罕有。李克用笑而纳之。
沙陀头子李克用精兵强将，又有皇帝上谕旨，打得邠州节度使王行瑜弃城而走，不久，这位倒霉蛋便为属下所杀，传首京城。其宗族二百多口，也尽为他自己的乱军所杀。唐昭宗高兴，进封李克用为晋王。李克用暗中派人与唐昭宗谋议，想趁机平灭凤翔节度使李茂贞。可是，有亲近太监劝昭宗说如果李茂贞被灭，沙陀军大盛，对朝廷也非好事。耳软之下，唐昭宗下诏，褒赏李克用的“忠诚”，命他还镇。这位沙陀将还算听话，好人做到底，引兵东归。李克用一走，“李茂贞骄横如故”。
李克用大军屯扎渭北时，李茂贞和韩建当时真吓得不轻，“事朝廷礼甚恭”。沙陀军还，这两个贼臣“贡献渐疏，表章骄慢”。
唐昭宗经过此次逃亡，痛下决心要建设“自己的军队”，在神策东、西禁军外，又置安圣、保宁、宣化十数支亲军，征募数万人，以宗室诸王统领。
藩镇李茂贞对诸王将军很不爽，认定这些军队是要讨伐自己的，便扬言要“诣阙诉冤”。消息传出，京师士民争亡匿山谷。果然，他很快兴兵，上表称“勒兵入朝请罪”，并于乾宁三年（公元896年）夏天杀至长安近郊。
惊惶之余，延王李戒丕谏劝唐昭宗从鄜州渡黄河，迂回到太原依附李克用。无奈，昭宗只得再次出逃。
一行人至渭北，华州刺史韩建“坚请”皇帝到自己地盘，而昭宗自己及群臣“亦惮远去”，便听从韩建之劝前往华州，以州府为行宫。其实，韩建与李茂贞是一伙儿，唐昭宗此去，无异于自投狼穴。
沙陀军头李克用闻此讯，叹道：“韩建为贼臣弱帝室，皇上不为李茂贞所擒，也会被朱全忠所虏，当初若听我言平灭李茂贞，岂有今日之祸！”
李茂贞乱兵冲入长安，烧杀劫掠，“自中和（僖宗末期）以来所茸宫室、市肆，燔烧俱尽。”赫赫长安，大部分地方又成为瓦砾堆。
韩建控制唐昭宗后，出放当时的宰相崔胤于湖南。
崔胤密通朱全忠，让他为自己说话，并劝朱全忠筑洛阳宫室迎昭宗迁都。朱全忠上表，韩建害怕，又召回崔胤为相。拧不过朱全忠，韩建便打诸王主意，上表奏称睦王等宗室八王要谋杀自己，准备劫驾奔往太原李克用部。
昭宗大惊，遣诸位王爷到韩建处自诉，被拒绝。不得已，昭宗下诏解散诸王所统兵士，护卫甲兵归韩建总管，至此，“天子之亲军尽矣”，曾经救驾的捧日都头李筠等人也为韩建所杀。
待至延王李戒丕从太原出使回来，韩建便与太监刘季述合谋，矫制发兵围困诸王被软禁的府宅，进行攻杀。这些凤子龙孙如同笼中鸡鹅，“诸王被发，或缘垣，或升屋，”哀声大叫“皇帝救我”。结果，延王等十一个李氏宗室王爷尽数被擒，一起押至华州西边的石隄谷，集体处决。事后，诸王尸体皆为野兽所吞噬，真正是死无葬身之地。
极度郁闷之下，唐昭宗登楼，作《菩萨蛮》一首：“登楼延望秦宫殿，茫茫不见双飞燕，渭水一条流，千山与万丘。野烟生碧树，陌上行人去。何处有英雄，迎归大内中。”诗意悲怆已极。
干了如此坏事，韩建、李茂贞仍然害怕沙陀李克用，“乞修和好，同奖王室。”由于李克用自己被幽州的刘仁恭与朱全忠牵制住，也腾不出手来“打架”，便“许之”。朱全忠先是联合刘仁恭攻李克用，不久，他又联合魏博兵复攻刘仁恭，连破对方八寨，杀掠甚众。
光华元年（公元899年），唐昭宗还都，但是，朝权又由依恃朱全忠为后盾的宰相崔胤所专。崔胤也是小人一个，他专权后，把从前同立一朝的老同事们贬杀多人，“势震中外”，连宦官也畏惧他的权势，“不胜其愤”。
从华州返都的唐昭宗经过数次失败，心灰意冷，忽忽不乐，终日纵酒麻醉自己。
光华三年十二月，唐昭宗在禁苑打猎后，又喝得大醉，“手杀黄门、侍女多人”，长期压抑而致心理变态，酒精作用下的唐昭宗可能把眼前的小宦者、宫人们皆当成了囚他辱他的贼臣，剑光处处，鲜血淋漓。左军中尉刘季述等宦官愤恨南司（崔胤等宰相）权大，便借这一机会禁绝宫中内外往来，骗崔胤入宫，表示要“废昏立明”。崔胤畏死，“不敢违”，只得在连名状上署上自己的名字。
于是，刘季述率甲士千余人大呼冲入禁宫，逢人就杀。唐昭宗刚刚酒醒，闻乱，吓得从床上滚落于地。挣扎起身后，昭宗欲逃。刘季述等人已经冲入寝殿，把昭宗按在原座，并宣布以太子裕王李裕为帝。
唐昭宗自己还想辩解，倒是他的何皇后见势不妙，马上取来传国玉玺付与刘季述，扶唐昭宗入少阳院。刘季述带着兵士随后赶入少阳院，立唐昭宗于前，自坐于榻上大骂皇帝“数十罪”。然后，他命人严加看守唐昭宗，并亲自在大门上锁，又亲自灌铁汁入锁孔，“穴墙以通饮食”，把皇帝“硬禁”起来。“凡兵器针刀皆不得入，上（昭宗）求钱帛俱不得，求纸笔亦不予。时大寒，嫔御公主无衣衾，号哭声闻于外”。
然后，刘季述一面赏赐军人爵位财宝以市恩，一面尽杀昭宗平时亲信的宫人、太监、道士、僧人，“每夜杀人，昼以十余车载尸出”，想通过杀人来“立威”。刘公公很想顺便杀掉宰相崔胤，但他又十分害怕崔胤的后台朱全忠兴兵问罪，只能留他不杀。
朱全忠闻乱大喜，提前南还。刘季述忙派人携密信来谒，“许以唐社稷输之”，朱全忠逮捕来使，同时密派心腹蒋玄晖入长安见宰相崔胤谋划，准备一同诛灭宦官。
崔胤察知禁军左神禁指挥使孙德昭深恨太监专政，便暗相交结，伏兵于安福门，趁上朝时先杀掉手中握有兵权的禁中中尉大公公王仲光，并驰至少阳院在墙外高呼：“逆贼已诛，请陛下出劳将士。”
唐昭宗和何皇后都不敢相信，直到王仲先没有胡须的脑袋被抛扔入院中，夫妇二人才敢破门而出。
崔胤来前，保卫皇帝御长安门楼，宣布反正。很快，刘季述等几个首恶相继被擒，顿时皆被大棒击死，并诏命灭族。
大乱之时，深怕自己儿子李裕被杀，唐昭宗表示被太监拥立的儿子“幼弱，为凶竖所立，非其罪也”，仍令其还东宫。
事后，崔胤进封为司徒；朱全忠由东平郡王进为东平王。朱王爷掉转兵头，乘势又攻败河中节度使王珂，尽有其地。凤翔节度使李茂贞也趁乱买好，勒兵入贺，不费一兵一卒，又得尚书令官职的嘉赏。不久，他率兵还镇。
宰相崔胤为能以外兵制约宦官，恳请留兵三千。
崔胤主政后，想把军权完全从宦官手中夺回，由文臣掌军。昭宗自己不能谋断，召问禁卫军将。这些人不喜为宰相、文臣所制，对答道：“臣等累世在军中，未闻书生为军主。”于是，唐昭宗仍委宦官韩全海和张彦弘统领左右禁军。
崔胤未得禁军军权，不停上言唐昭宗尽诛宦官，韩全海等人“涕泣求哀”于昭宗。妇人之仁，唐昭宗不听崔胤之言。
当时，朱全忠与李茂贞俱有“挟天子以令诸侯”之意，老朱想拥皇上到洛阳，老李想劫皇上去凤翔。崔胤着忙，密送信于朱全忠，称：“今不速来，必成罪人！”于是，朱全忠发兵大梁，时为天复元年冬十一月（公元901年）。
得知朱全忠发兵，大公公韩全海纠结李继筠、李彦弼等禁卫军将，裹挟唐昭宗以及诸王、官人奔往凤翔，纵兵大掠内宫宝物。
唐昭宗本不想外逃，但军士们已在宫内外到处纵火。“是日冬至，上（唐昭宗）独坐思政殿，翘一足，一足蹋阑干，庭无群臣，旁无侍者。顷之，不得已，与皇后、妃嫔、诸王百余人皆上马，恸哭声不绝。出门，回顾禁中，火已赫然”。
生不逢时，这位大唐天子一次又一次地奔逃奔逃再奔逃。
朱全忠大军逼至，李茂贞的“友军”头头韩建知道自己打不过，单骑迎降。朱全忠大喜，署之为忠武节度使，以兵援送他回老家陈州当官。
朱全忠率军在长安城内只呆了一天，见没什么便宜可捞，转头就拔军趋凤翔，在城东扎下大营。李茂贞亲自上城道歉，唐昭宗又手诏劝朱全忠归镇。于是，老朱移兵转攻邠州，并击降驻守的静难军节度使杨崇本。朱全忠还归河中后，又派部将朱犮宁带兵，西出进击李茂贞。
宰相崔胤亲自从华州赶到河中，向朱全忠泣诉，求他前去救驾。“如朱公再不发兵，李茂�