宫内大钟的指针恰好指在第二天（二日）凌晨一时半上。
若以一句话来概括这种前所未有的长时间的讨论，那就是，针对统帅部激烈的“主战论”，东乡外相和贺屋藏相则主张“和平论”。最后决定采取第三方案：“进行作战准备和外交谈判齐头并进”。
会上，最先讨论的是第一方案：“不予开战，卧薪尝胆”。具体情况是：
贺屋：“就这样不进行作战，任其形势发展，三年后一旦美国舰队采取攻势时，海军是否有取胜的把握？”
军令部总长永野：“这就难说了。”
贺屋：“是否认为美国舰队会对我发动进攻？”永野：“那就不知道了，我觉得有一半可能性。”
贺屋：“如果前来发动进攻，那我们在海战中能否取胜？”
永野：“与其现在不进行作战，待三年后再进行，还不如现在就进行。若是考虑到三年后的处境，那么现在进行作战会顺当些。”
贺屋：“如果战争在第三年就有把握取胜，那就不妨进行作战，但是在永野的说明中这点却是含糊不清的，而且据我判断，美国向我开战的可能性不大，因此，我并不认为结论是可以作战。”
东乡：“我也不认为美国舰队会前来进攻，因此，我认为现在没有必要进行作战。”
永野：“俗语说‘有备无患’。对方的企图不清楚，我就放心不下。若等三年，敌人在南方的防御便会加强，敌舰也将随之增多。”
贺屋：“那么，何时进行作战才能取胜？”
永野（以强硬的语调）：“现在！机不可失，时不再来。”这样，第一方案被否定了。于是转入了第二方案——“决心当即开战，通过战争解决问题”——的讨论。
杉山参谋总长首先对十月三十一日参谋本部部长会议所作出的结论进行了说明，该结论是“立即丢掉同美国谈判的念头，十二月初发动战争”。接着说：“我认为现在根据第二方案决心开战，而外交谈判，要把重点放在既要把握开战的表面理由，又要隐匿开战的真实意图上，这是妥当的。”会上讨论情况如下：
东乡、贺屋：“在下这样的决心之前，我们希望设法进行最后一次谈判，因为要在具有二千六百年历史的皇国的重大转折之际，豁出国家的命运。搞欺骗外交也未免太过分了。我们于不了。”
参谋次长塚田：“首先应该决定的是两件事，一是决心立即开战，一是在十二月初发动战争。否则，统帅部就无能为力了。希望外交等问题待上述问题解决后再行研究。”
军令部次长伊藤（这时突然插话）：“海军方面认为外交谈判可以进行到十一月二十日。”
塚田：“陆军方面则认为谈判进行到十一月十三日为宜，到以后就难办了。”
东乡：“在外交谈判方面规定一个期限是必要的，但作为外相来说，如无成功的希望，就不能搞外交谈判。如果在期限和条件方面外交谈判都没有成功的希望，外交谈判就不能进行了。那当然就不得不打仗。”
这就有必要对外交谈判的期限和条件等问题进行讨论。东条首相提议把这个问题同第三方案——“在决心开战的前提下，进行作战准备和外交谈判齐头并迸”——结合起来一起讨论。
塚田对参谋本部的原来方案反复加以说明，并主张：“外交谈判不得妨碍作战；外交谈判可为情况所左右，但期限不变：谈判期限定为十一月十三日”。会上讨论说：
东乡：“十一月十二日未免太苛刻了，海军不是说十一月二十日吗？”
田：“作战准备就是作战行动。飞机和舰艇在准备过程中恐怕会同敌人发生冲突。因此，停止外交谈判的日期，应是在这次作战准备中开始的、几乎可看作为作战行动的积极准备的前一天。这一天就是十一月十三日。”
永野：“小冲突是局部性冲突，不是战争。”
东条、东乡：“由于外交和作战齐头并进，所以一旦外交上取得成功以后，如果保证不了停止发动战争，那就糟了。”
场田：“那是不可能的，谈判以到十一月十三日为宜，超过这个期限就会打乱统帅部的部署。”
杉山、永野：“这是一件使统帅部伤透脑筋的事情。”
岛田海相（对伊藤次长说）：“总可以把外交谈判进行到发动战争前的四十八小时吧？！”
塚田（从旁制止说）：“请你不要说了。那是不行的。外相所需要的时间是哪一天呢？”
于是，大家就停止外交谈判的期限问题展开了激烈的争论。这时决定体会二十分钟。休息时，陆海军统帅部找各自的第一部部长（作战部部长）一起进行了研究，结果决定“外交谈判可以进行到十一月三十日”，即开战前五天，接着便继续开会：
东条：“是否可以定在十二月一日？即使推迟一天也好，因为这样可以使外交谈判的时间长一点，行吗？”
塚田：“绝对不行。十一月三十日以后绝对不行，不行！”岛田：“塚田君，十一月三十日到几点为止呢？到午夜十二点行吧？”
塚田：“可以到午夜十二点为止。”
这样，停止外交谈判的期限就定在十二月一日凌晨零时（东京时间）。
另外，根据过去的讨论决定了三个问题：
一、决心进行作战；
二、十二月初发动战争，
三、外交谈判若在十二月一日凌晨零时前取得成功，就停止发动战争。
接着，会议转入讨论外交谈判的条件，并就外务省提出的《甲案》和《乙案》进行了研究。
《甲案》是以这样的目的而制订的，即：在最短期间就目前三大疑难问题达成协议。其要点如下：一、日本将以贸易平等的原则适用于世界各国为条件，同意这一原则也适用于中国；二、在三国同盟的关系上，希望不过分扩大自卫权的范围，日本政府将独立自主地决定这一条约的适用范围；
三、日本军队在所需时间（预计二十五年）内，仍将把部分兵力驻扎在华北、内蒙的某些地区和海南岛；其他地区的驻军则在日华和平实现后的两年内撇迟完毕。另外，一旦日华事变获得解决，或者公正的远东和平得以确立，日本军队将立即从法属印度支那撤出全部军队。在《甲案》没有希望达成协议的情况下，则建议以《乙案》作为打开最后局面的方案，其要点如下：
一、日美两国都不以武力进入东南亚和南太平洋地区；二、为取得荷属印尼的资源而彼此互相合作，三、把日美贸易恢复到冻结日本在美资产前的状态；美国向日本供应石油。杉山和塚田两人激烈反对《乙案》，其主要理由是：“不涉及关键性的中国问题而从法属印度支那撤兵，这如果从国防观点
来看，将会贻误国家大事，而且从法属印度支那撤兵正好符合美国的意愿，因此即使同美国签订协定，它也未必会向我提供物资；这样下去，半年以后，战机也就早已丧失贻尽”。他们两人主张“按《甲案》进行谈判”。
但东乡外相坚持己见，他斩钉截铁地说：“当前外交的重点在于避免日美战争。因此，避免日美战争，冷静地考虑今后的计划，这才是日本的出路。我认为由于时间短促，《甲案》是没有希望的，因而我希望根据《乙案》进行谈判。这个方案是尽最大努力进行外交谈判的最后途径。如果堵塞此路，那我无法承担外务大臣的责任。”
会议若在这样一种险恶的气氛中再继续讨论下去的话，那就有可能发展到东乡去留的问题。因此，陆军军务局局长武藤章建议体会，会议决定体会十分钟。
休息时，东条、杉山、塚田和武藤在另一个房间里进行了协商。协商结果，得出如下结论：
倘若把中国问题作为条件之一，根据《乙案》进行的外交谈判就未必会成功。如果拒绝从法属印度支那南部撤军，就必须考虑外相的辞职问题，也就是倒阁问题。如是这样，下届内阁的性质很可能是一个非战内阁，而且在其决心开战之前还需要时间，可是此时是不容许倒阁和拖延时间的。
就是说，一、不容许这次审议再拖延几天（从统帅的角度上来看，十二月上旬开战这一期限绝对不能变更）；二、不容许倒阁（其结果会出现一个非战内阁，而且还得花费一定时间进行研究讨论）；三、可否将条件放宽些。结果，第一和第二两种情况都不容许出现，第三种情况由于陆军让步而在条件上放宽了些；于是就在《乙案》中补充两点“备考”，这就是：一、如若本方案达成协议，则准备把驻扎干法属印度支那南部之日本军队移驻法属印度支那北部：二、尚可视需要补充原方案中有关贸易平等之规定与有关解释、履行三国条约之规定。这夭会议上，东乡外相和贺屋藏相都主张不能下决心进行一场没有把握
的战争，并要把表示赞成与否的正式答复保留到十一月二日上午十一时，于是宣布散会。
他们两人作了认真考虑后认为，假如他们辞职的话，那今后一定会任命主战派的人来继任外相和藏相。因此他们两人得出结论：与其这样，不如留在内阁，抓庄一线希望将为和平的努力继续到最后一分钟。直至第二天（十一月二日）中午。他们两人才终于同意“停止外交谈判，发动战争”。
这样，新的《帝国国策施行要点》草案就此决定下来。《要点》草案规定：一、帝国为打开目前之危局，自存自卫，建设大东亚新秩序，现决心对美、英、荷开战，并采取下列措施：（一）发动武装进攻之时间定于十二月初，陆海军应完成作战准备；（二）对美谈判按附件规定之要点进行：（三）力求加强与德、意两国之合作；（四）在发动武装进攻前，与泰国密切建立军事联系。二、对美谈判若在十二月一日凌晨零时以前获得成功，即停止发动武装进攻。附件（略）
破例的军事参议官会议
十月二十二日，“大洋丸”客轮从横滨启航，于十一月一日抵达檀香山。船上搭乘三名日本海军士官，他们是装扮成船上工作人员的大本营（航空）参谋铃木英少佐、装扮成船上医务人员的潜水学校教官前岛寿英中佐、装扮成实习驾驶员的特种潜艇上的松尾敬字中尉。
奇怪的是，这艘客轮不是航行在普通商船来回于横滨和檀香山之间的那条习惯航线上，而是航行在那条航线的北面，即进攻夏威夷机动部队的预定航线上。为什么要特意选择这样一条航线呢？这是为了调查这条航线上的气候和洋面情况，以及能否在洋面上补给燃料、使用水上飞机和会不会遇到其他商船等问题，以备夏威夷作战之用。
由于美国方面戒备森严，前岛等人未能在檀香山上岸，而主要是通过船上的观察和驻夏威夷总领事馆提供的情报搜集宝贵资料。另外，在这艘客轮上乘有四百四十七名撤离夏威夷的日侨，因此，当然也从这些人中搜集了情报。
顺便说一下，“大洋丸”客轮仍旧沿着原来的那条北方航线于十一月十七日返回横滨港。前岛中佐和松尾中尉立即登上等候在那里的一架飞机，急忙飞赴吴军港前去出席当天晚上特别攻击队召开的最后一次碰头会，他们两人在会上说明了夏威夷方面的情况；而铃木少佐则向进攻夏威夷的机动部队汇报了他们的侦察结果。
就在“大洋丸”客轮返回横滨后的第二天（十八日），航行在横滨和西雅图之间那条航线上的“冰川丸”客轮也返回横滨港。这艘船上乘有军令部第三部（情报部）的福岛荣吉少佐。福岛选定商船所航行的那条北方习惯航线，沿途调查了北太平洋的气候和洋面情况，与此同时，他还确认了西雅图方面并没有什么特殊戒备的动静。
十一月二日下午五时，东条偕同杉山和永野两人一起晋谒天皇，向天皇奏禀了昨天联络会议的讨论经过和最后结论。
天皇听了以后，面带愁睿地陷入了沉思，最后他说：
“尽量通过谈判途径打开局面，即使谈判不成功，是否就只得下决心同美英开战呢？如果事态果真象你们所说的那样，那么加紧进行作战准备也是万不得已的吧！总之希望你们力求通过谈判打开局面。”
大皇始终祈求和平的优虑心情，使木户内大臣热泪盈眶。东条在上奏后退下来时也哭了起来。至少，东条己体察到大皇陛下的心情，所以才不胜惶恐之至。
第二天，十一月三日，美国驻日大使格鲁在拍给国务卿的第一七三六号电报中申述了自己的意见。他说：
“我认为，如果日本在日美谈判中遭到失败的话，那么全体日本国民也许会以武士道精神大干一场，决一雌雄。”
四日，在