1940年，柏林市2 万名犹太人被关押进强制劳动营。1940年底，德国已有27万名犹太人，被迫逃离德国。以后，各级纳粹官员又绞尽脑汁地试图把犹太人赶到巴勒斯坦和马达加斯加；1940年7 月，纳粹当局根据阿道夫·艾希曼之流的提议，把他们驱逐到波兰东部卢布林地区一块面积大致为100 平方公里的荒凉沼泽地带——尼斯科建立“民族家园”，让严酷的环境把犹太人自然淘。1939—1940年冬天，纳粹当局从奥地利和波希米亚一摩拉维亚向尼斯科遣送去第一批犹太人；从1940年2 月开始，又开始从德国向尼斯科遣送犹太人；同年秋天，法国败亡后，纳粹又开始从阿尔萨斯一洛林、萨尔和巴登地区向法国南部集中犹太人，再把他们遣送尼斯科。
第三阶段：特别行动队——犹太人被大批押送刑场（1938。11 ——1942）
还在1938年11月的“水晶之夜”，戈贝尔等纳粹党魁就曾指示其党员和其他暴徒杀害犹太人，一夜之间即有91个犹太人死于非命，42人重伤。从纳粹德国占领波兰的1939年9 月到同年年底，又有25万波兰犹太人被杀害。不过，这种屠杀不是按照最高当局的统一指令进行的，而是一些党卫军、保安警察地区头目根据自己的意愿自行其事的结果；而且，相当一部分谋杀还是仇视犹太人的波兰人所为。那时，纳粹领导集团对如何处置犹太人，尚未达成共识；因此，杀害犹太人还不是普遍的政府行为。1939年9 月，纳粹德国侵占波兰后，党卫军甚至陆军官兵对犹太人的烧杀抢掠时有发生，但还不是有计划的步伐统一的大屠杀。1941年纳粹上层对全部杀死苏联的犹太人——亦即他们最为仇视的犹太一布尔什维克取得一致意见，而对西欧的犹太人，纳粹的政策还只是逐步限制其行动，把他们赶人犹太隔离区。从1939年9 月1 日到1941年6 月22日纳粹德国入侵苏联之前，在纳粹统治地区被杀害的犹太人只有30万多人。
入侵苏联是纳粹分子开始大规模屠杀犹太人的起点，苏联。东欧各国的犹太人，从此面临灭顶之灾。而作为种族灭绝犯罪组织的特别行动队，也开始登台亮相。1941年5 月，中央保安总局局长海德里希召集保安警察、秘密警察。刑事警察首领开会，决定成立A 、B 、C 、D 四支特别行动队，跟在入侵苏联的陆军部队之后，专事杀害当地的犹太人以及共产党骨于分子。A 支队：先由党卫军少将施塔勒克指挥，他被抵抗运动处决后归党卫军少将海因茨指挥；其任务是穿越波罗地海沿岸三国，向列宁格勒方向行动。其总部设在加特斯奇纳，在卢萨和雷瓦各设一个特遣队，在里加和考纳斯各设一支突击队。B 支队：首任队长是党卫军少将阿图尔·奈比，继任是党卫军少将埃利希·瑙曼。其任务是向莫斯科方向行动。其总部设在斯莫棱斯克，在维亚兹马和莫吉廖夫各有一个突击队驻防，在图拉和里埃沃各有一个特遣队驻防。C 支队：先由党卫军少将奥托·拉施指挥，继而由党卫军少将托马斯指挥。其活动范围是除去南部之外的乌克兰大部分地区。其总部设在基辅，在基辅、哈尔科夫、波尔塔瓦、斯大林诺各设一个突击队。其中，党卫军少校波罗尔率领7 个特别行动分队，驻扎在基辅四周，每个分队有千人左右，还吸收了一批当地的乌克兰惯犯和流氓。1941年9 月底巴比雅尔大屠杀，就是波罗尔及其下属犯下的滔天罪行。D 支队：首任指挥是党卫军上校奥托·奥仑道夫，继任是党卫军准将布莱察普。其任务是在乌克兰南部、克里米亚半岛和高加索一带行动。其总部设在辛菲罗波尔，在塔甘罗格一罗斯托夫、雅尔塔、斯卡多沃斯克、敖德萨。斯大林格勒各设一个突击队。这四个支队全部建于1940年冬末，直属海得里希领导；队部分别设在易北河畔的普雷奇边防警察学校、穆尔德河畔的小城迪本和巴德施密德贝格的边防警官学校。各个特别行动队的兵力相当于一个营。以A 支队为例，其组成人员为：秘密警察占9 ％，保安警察占3 ．5 ％，刑事警察占4 ．1 ％，治安警察占13．4 ％，外国辅助警察占8 ．8 ％，武装党卫军占 34 ％；其余为技术和文职人员。一个特别行动队的总人数，多则 990人，（如 A支队），少则 500人（D 队）。各个特别行动队均为摩托化装备。每个队一般分为两三个分遣队或者规模更小的特遣队，各为70—120人，分别配合指定的军团作战。基层单位是小队，每个小队约20—30人。
1941年5 月，中央保安总局的头子海德里希和他的人事处长布鲁诺·斯特雷肯巴赫先后在普雷奇和迪本召开多次极端秘密的会议，向特别行动队的队长。分队长和特遣队长传达了著名的“元首命令”：“为保证被征服国家的政治安全，在德军占领地区及其后方作战的各特种部队要无情地镇压针对民族社会主义的一切反抗，不管这种反抗是以前、现在，还是将来发生的。”于是，在苏联欧洲部分的每一个地区，犹太人、共产党员以及游击队员，都成了纳粹的首要消除目标；稍后需要消灭的目标是吉普赛人和居住在克里米亚、讲土耳其语的克兰特查泰斯人（纳粹的种族专家并没有证实他们具有犹太血统，仅仅是个别党卫军将领如此认为）。同苏联开战不过一周，立陶宛首都维尔纽斯的犹太居民就成为苏联境内第一批牺牲者。仅仅20多天，足有上万名犹太人被纳粹指使的当地歹徒打得脑浆迸裂，横尸街头。1941年7 月1 日，纳粹德国军队占领了苏联拉托维亚首都里加。8 月1 日，党卫军保安勤务处和保安警察的第一个特遣支队进入里加，随后便开始清除计划，力求使奥斯特兰（即对被占领的波罗地海三国的重新命名）的犹太人绝迹。纳粹当局决定把里加作为将德国和奥地利犹太人驱逐到集中营和灭绝营的中转站。1941年8 月互日至1944年10月14日之间，近20万纯粹的德国犹太人和奥地利犹太人被运到里加，其中8 万人留在当地，全部被杀害Z 余下的12万人继续运往波兰南部的6 个灭绝营（包括奥斯维辛和马伊达奈克）；只有400 多人活着出来，其中的一半又死于施图特霍夫集中营或死在去马格德堡的“死亡行军”途中。
摩尔多瓦首都基希涅夫历史上素有排犹传统，早在1903年就出现过大规模杀害犹太居民的极端暴行c1941 年7 月17日，德军攻占该市。当年的暴徒和杀手由于纳粹的纵容和鼓励，尽管已是五六十岁的中老年人，杀人狂热依然不减当年。他们纷纷带上儿孙，手提铁棍，对犹太居民大打出手，不把人打死不罢休。到7 月底，他们已配合特别行动队杀害了万余犹太人。紧接着，苏联其它被占领地区的犹太人接到通知，务必于指定日期到指定地点集合，迁移到其他地方。行进到旷野荒郊后，又被强制挖大坑或战壕，随后是密集的机枪扫射，葬身坑内。特别行动队最为得意之笔是1941年9 月底发生在乌克兰首都基辅远郊巴比雅尔（乌克兰语的含义为“老太婆峡谷”）的大屠杀。两天之内，33771 名和平居民（绝大部分是犹太人，包括数千名幼儿）被射杀，事后只有1 名从基辅前来探亲的女演员死里逃生。在纳粹占领基辅的2 年多时间，共计20多万犹太人在此峡谷化为冤魂。在立陶宛、里加、明斯克、乌克兰的基辅和罗夫诺，被特别行动队杀害的犹太人均达l —15万；1941年8 月27—28日，特别行动队在卡门涅茨一波多尔斯基杀害犹太人 23000多人；同年 11月7 —8 日，在罗夫诺杀害犹太人21000 多人。在纽伦堡国际军事法庭上，德国一家建筑公司驻乌克兰分公司经理兼工程师赫尔曼·格雷贝作证说，他亲眼目击特别行动队在杜布诺一日内屠杀5000名犹太人的暴行，被害者当中有不少是老人和幼儿。总共有近百万苏联犹太人被无端杀害。
从1942年初开始，特别行动队对苏联、波兰犹太人的大屠杀，披上了同游击队员作战的幌子，以减轻刽子手们极其沉重的心理负担。希姆莱是编造谎言的始作涌者之一。他曾对意大利法西斯魁首墨索里尼说：“在俄罗斯，我们不得不枪毙了一批为数不能说不多的犹太人，而且男女都有，因为那个地方连妇女和半大的孩子都给游击队送情报。”犹太人“到处都是怠工者、间谍。抵抗运动和匪帮团伙的基础。”纳粹刽子手们主要从两个方面寻找借口：一方面称犹太人传染疾病，另一方面则称犹太人普遍是抵抗运动的天然同盟军。在不同的地区，刽子手们使用不同的借口。在波罗地海地区，纳粹称犹太人是由于袭击德国军队而被消灭的；在乌克兰，他们称犹太人被消灭是因为纵火和进行骚扰；在其他地区，他们说犹太人传播敌对思想而受到应有的惩罚。
纳粹分子还阴险地策划通过东欧各国的极端民族主义分子杀害当地犹太人居民的事件。例如，驻扎在波兰东北部的切哈努夫的党卫军司令部就曾于1941年7 月初策划过利用波兰居民来杀害波德拉斯地区所有的犹太居民的险恶计划。在纳粹分子的唆使和纵容下，1941年7 月10日，位于波兰东北部靠近立陶宛的小镇耶德瓦内，一大批波兰歹徒手持棍棒、钉子鞭、砍刀、石头对本镇的犹太人大开杀戒。甚至将大批犹太人关进木板房内点火烧死。一时间，1600名犹太人全部魂归西天，幸存者不到10人。而这样一来，这批助纣为虐的波兰暴徒也就被纳粹主子推入深渊，沦为战犯。
类似的集体屠杀，也同样发生在波兰和南斯拉夫。纳粹对捷克、斯洛伐克、罗马尼亚。阿尔巴尼亚、希腊的犹太居民动手较晚，这里的犹太人大部躲过了特别行动，但以后又被保安警察大批驱赶到集中营，仍未能最终逃脱“最后解决”。大屠杀中的一个小插曲是：1941年8 月31日，党卫军头子希姆莱亲临明斯克的一处屠场视察对100 犹太人的现场处决。排枪齐射之后，仍有两名尚未断气的犹太妇女在血泊之中痛苦地呻吟着，肢体不断地搐动。场面之惨烈，竟使这位杀人魔王晕厥过去。他于是下令，今后杀害犹太妇女和儿童不得采用枪毙的方法，而应使用适当的、更加有效的办法。他的部下瓦尔特·劳夫等人为此制造出同样恐怖的毒气卡车。从此，毒气车队在苏联和波兰、南斯拉夫等东欧国家的城镇中肆虐横行。这种专用车一般由载重汽车改装而成，车身涂上草绿色的油漆，车厢两侧写着“犹太区公共汽车”的字样，全部密封，没有窗户。每辆小车可装15人，每辆大车可装30人，10分钟即可致人死命。深谙毒气车杀人技术的中央保安总局三局局长奥托·奥伦道夫一他于 1941年 7月至 1942 年7 月担任负责在乌克兰南部地区灭绝犹太人的特别行动队D 支队队长，一年中杀害了9 万多犹太人——战后在纽伦堡法庭的特别行动队案件审判中供认：“这是一种封闭式载重汽车，从外表上，看不出这种汽车的独特用途。马达启动后，毒气就被排人车内，10分钟到15分钟就会导致车内的人们死亡……在该汽车驶往埋尸坑的途中，受害者已经死于车中。毒死犹太人和运送尸体的工作可以一次完成。车厢内一般可容纳20至25人。行动队员对犹太妇女儿童谎称把她们转移到另一个地方去，或是强行把她们赶上车。只要车门一关闭，完全封闭的车厢就变成了行驶中的毒气室。绍雷尔载重汽车厂接受了制造这种车辆的任务。1942年春天，我们用这种特别载重汽车装备了特别行动队。”一个特别行动队的司机战后作证说：我们“从车的后门拉出裸体死尸时，粪便和血腥味叫人受不了。尸体奇形怪状，眼睛暴出，身上红一片青一片，嘴巴歪斜着，个个像是在极度痛苦中死去的。”特别行动队使用这种汽车杀人的行为尽管严格保密，日子一长，还是被许多居民摸清了底细。他们称之为杀人汽车。于是，杀人汽车的发明者贝克尔博土，不得不再费一番苦心。不久他就向顶头上司、党卫军一级突击队大队长瓦尔特·劳夫呈上报告：“我在汽车两旁安装了两扇百叶窗，看上去像乡下农民的住房，这样的汽车可以伪装成居住用的大棚车了……我认为汽车可以伪装，但不能长期隐瞒……用毒气杀人并不十分顺利，为了加快完成杀人任务，所有的司机都开足马力。这样一来，那些被处死者不是按照规定那样死于睡眠，而是死于窒息。我的指导如果奏效，一旦正确地校准操纵杆之后，死亡很快就来临了。这时，犹太女人安详地睡着了，以前所看到的那种因中毒而走了样的脸和大小便乱泻的现象此时再也看不到了。”尽管毒气车的寿命�