邓尼茨于1921 年晋升上尉，被派到波罗的海海军军区司令部服务，然后调到鱼雷监察部和驻柏林的海军总司令部。1928 年，他晋升为海军少校，并任第四潜艇队队长，获得发展潜艇群战术的机会。他进行了拂晓战与夜战的训练，并不断地证实了它们的效能。
1933 年，邓尼茨晋升海军中校，并调任训练巡洋舰“恩登号”舰长，负责海军学校学生的训练。1935 年10 月，邓尼茨在晋升海军上校后担任“威迪根”潜艇队队长。这是依照德英1935 年7 月签订的舰队条约而成立的第一支德国潜艇部队。一年之后，掌握了所有潜艇的编制情况。
邓尼茨担任潜艇队队长是称职的。自1918 年以来，他的思想就未曾离开过潜艇。他要求把潜艇编为集群，主张建造中等吨位机动灵活的潜艇。他的意见均被采纳。当他完成战术编组和潜艇司令部中央指挥系统的组建工作之后，又继续发展他的理论。他不仅要把各潜艇编为集群，更要实施中心指挥的夜间攻击。这是和第一次世界大战时不同的。那里的潜艇只是单独对敌作战，而无战术上的统一指挥。
1939 年元月，雷德尔海军元帅向希特勒提出了Z 计划，其主要内容是：建造大型水面舰只编成战斗群，从德国的港湾经由北海而直插大西洋，攻击英国的生命线。这一大型水面翩队计划于1948 年建成。
Z 计划与邓尼茨的构想不相符合。按照当时的海军上校邓尼茨的意见，德国的地理位置不适合建立战斗群在大西洋上使用。因为英国面对着德国的各个港湾，并且恰好能挡住德国舰队的出海航路。还能控制其在大西洋上的作战路线。此外，德国海军在大西洋上没有修理场所，一旦舰只被击中，其处境就很困难。还有一个不利条件：英国可以使用陆上飞机来攻击德国的水面舰只，而德国由于距离太远则不可能做到。与雷德尔相反，邓尼茨已经看出空军的重要性，他认为飞机将发展成为一个决战的军种。1948 年才能完成的大型水面舰只建造计划，势必与这种趋势相违背。鉴于德国在海上毫无防卫力量，邓尼茨要求建造三百艘供第一线使用的潜艇，因为只有这种水下舰只才适合实施切断英国生命线的任务。
今天的英美研究战争的人士都认为邓尼茨的见解是正确的。他们说，如果邓尼茨的潜艇建造计划被批准，那未第二次世界大战必然是另一种结局。昔日的敌人认为，德国这一战争指导的错误构想，是其总体战略的一个决定性错误，它也造成了德国潜艇和邓尼茨海军元帅的悲剧。
当9 月1 日战争爆发而英国也同时宣战的时候，德国海军只有五十七艘潜艇，其中只有二十六艘能够担负作战任务。因此每次只能派出八艘，至多九艘潜艇，而这样的兵力要去对大不列颠帝国的所有交通线进行决战实在是太少了。要让潜艇担负对英作战的主要任务，至少必须经常保持九十艘与敌周旋。可见当时邓尼茨所要求的三百艘潜艇是绝不可少的。
尽管德国潜艇数量不多，仍然参加了战斗，而且在战争初期的数月内还获得了极大的成功。1939 年9 月，德国潜艇击沉了四十艘船，其总吨位为十五万三千吨。德国海军还用鱼雷击中了英国的战舰“皇家橡树”号以及航空母舰“勇敢”号，这些辉煌战绩完全归功于邓尼茨的卓越指挥。
早在9 月3 日，他就命令各潜艇艇长依照海上战利品条例进行商业战。不久就发生了同第一次世界大战时相似的事件：第三十号潜艇击沉了载有无数妇孺的客轮“雅典”号，导致海战更激烈的进行。英国海军部命令各商船采取防潜措施，夜航时也必须灭灯光。邓尼茨则更肆无忌惮地实施潜艇战，并命令对所有船只不加警告即行攻击。
1939 年10 月，邓尼茨晋升海军少将。同月，他提出一份意见书，强调缩短航路进入大西洋的意义，并建议在挪威的德伦斯哈姆港设立一个最优良的潜艇基地。
1940 年至1942 年三年中，德国潜艇创造了辉煌的战绩。邓尼茨改进了他的潜艇集群战术，使人们对于这些海洋中的“灰狼”无不闻风丧胆。他让海军的远程搜索机构报告盟军船只的位置，并随之利用无线电指挥各潜艇群去攻击这些目标，同时，各潜艇群还攻击敌人的护航舰只，使之陷入混乱，再行攻击别的船只。
1943 年3 月，邓尼茨的成功达到了最高潮。他的潜艇在二十天内击沉盟军舰船七十五万吨。英国海军史学家罗斯基尔上校曾这样回忆当时的情景：“我们感到，虽然没有人肯承认，我们的失败是注定了。”
1940 年，邓尼茨晋升海军中将。1943 年元月30 日，海军总司令雷德尔元帅与希特勒意见不合而获准辞职，邓尼茨即由雷德尔推荐而继任海军总司令，并晋升海军元帅。
这时，海战出人意料地激烈起来。邓尼茨发觉，虽然他的潜艇部队官兵勇敢，战术成功，但总的趋势业已完全改变，大西洋的海战必将归于失败。
事情是这样发生的：在烟幕中浮出水面并加以伪装的潜艇，突然遇到敌机的攻击并被击沉，令人不胜惊诧，不知敌机如何能够发现这些伪装良好的潜艇。
原来，英国的远程轰炸机装备了一种新式的、准确程度极高的定向器，即所谓“鹿特丹器材”，从那时起，德国潜艇蒙受的损失不断增加，迫使邓尼茨暂停作战，研究对付办法。
英国不仅依靠新式定向器，而且采用了一种新的护航战术对付潜艇群战术：各运输船队由飞机掩护，机上的定向器可以探知潜艇动向，船队侧面则有反潜舰只实施警戒。北大西洋的空中被严密封锁，迫使邓尼茨撤回所有的潜艇。这样，盟军的护航作战反败为胜了。
1943 年6 月1 日，邓尼茨又派出四百三十五艘潜艇去攻击敌人的护航船队。此时，一种新型潜艇研制成功。这种潜艇的水下航速由七节增至十六到十八节，并且依靠一种吸气装置能在水下停留更长的时间。由于盟军对德国造船厂的轰炸，使邓尼茨终未获得海战形势的转机。
1945 年4 月，邓尼茨在国家存亡的危急关头被希特勒指定为总统。希特勒自杀后，他还在对德国国民的广播中发表了悼词。
邓尼茨做了三个星期挣扎在死亡线上的德国总统。他决定继续同东方作战，以免使德国军民陷入苏联人手中。为此他还请求英美帮助。他的要求被艾森豪威尔严辞拒绝。邓尼茨本人最后被投入俘虏营。
在国际军事法庭受审判的时候，邓尼茨被指控的罪行是：指挥罪恶的海战和参与侵略战争的准备工作。审判过程中被告方的辩护证明，邓尼茨并未采用犯罪手段指挥海战，因之在这一方面被宣判无罪。但因第二条罪行成立而被判处有斯徒刑十年。
直判之后，邓尼茨被押往施潘道监狱服刑。1956 年10 月刑满释放后定居于奥米莱。
泽特在其所著《德意志近百年史》一书中对邓尼茨任德国总统的几天评论道：“自斯大林格勒和阿拉曼之战以后，战争已失去了军事意义。但这在八天内，邓尼茨指挥继续作战，使几百万德国军民脱离开苏联而转入西方。。”。
1945 年纽伦堡法庭上，邓尼茨系按起诉理由第一条、第二条和第三条被提出起诉。1935 年他开始担任在1918 年以后建立的第一支潜艇分舰队司令官。1936 年任潜艇舰队司令官。1940 年任海军中将。1942 年任海军上将。1943 年1 月30 日他担任德国海军总司令。1945 年5 月1 日他成为希特勒的继承人担任国家元首。
虽然邓尼茨建立并培训了德国的潜艇部队，但是证据并未证实他对策划侵略战争的密谋是知情的，或是参与准备和发动了这类侵略战争。他是一名单纯履行军事职责的职业军官。他未曾参加过宣布侵略战争计划的最重要的会谈。没有证据可以证实他得知上述会议所作出的决定。但是邓尼茨参加了条例所述及的侵略战争。战争爆发伊始立即展开的潜艇战密切配合了国防军其他兵种的活动。显然，他当时所辖的为数不多的潜艇是充分作好了战争准备的。
在1943 年1 月以前，他并未担任“总司令”，这一点是属实的。但是，按此论断就会低估他所担任职务的重要作用。当时他不是一个单纯的军或师的司令官。潜艇部队是德国海军舰队的主体，而邓尼茨就是这支潜艇部队的长官。在战争的头几年，舰队在公海上发动了几次规模较大，但却轰动一时的攻势。盟国和中立国被击沉的几百万吨船只表明，几乎只有德国海军潜艇使敌方遇到了沉重打击。受命指挥这种战争的就是邓尼茨。海军总司令部仅保留了决定各个海域配备潜艇数目的权力。例如，在关于入侵挪威的问题上，他曾于1939 年10 月提出建立潜艇基地的建议，而现在他却申辩说，这些建议充其量不过是供参谋部研究的草案而已。1940 年3 月，他给潜艇后各部队下达作战令，有关这一点业已在本判决书的另一处提及。
雷德尔曾推荐邓尼茨为他的继承人，希特勒在1 月30 日任命他为海军总司令，这些事实对评价他在德国作战指挥中的重要作用提供了具有说服力的证据。希特勒同样很清楚，潜艇战是德国海战的最重要的组成部分。
希特勒从1943 年1 月起，几乎不断地向邓尼茨征询意见。经过调查的证据表明，他们两人在战争进程中关于海军问题的谈话大约有一百二十次。
另外，正如他亲自供认的，在1945 年4 月份战争已经渺无希望的这一时刻，身为总司令的邓尼茨却仍然要求海军继续作战。1945 年5 月1 日，他成为国家元首，他即以元首身分下令国防军继续在东部地区作战，直到1945年5 月9 日投降为止。邓尼茨解释说，发出上述命令的原因在于保证德国平民的撤离，并使德国军队有条不紊地从东部地区撤退。
法庭认为，经过调查的证据表明，邓尼茨参加了侵略战争的领导。
邓尼茨被控违反1936 年海军协定而进行全面的潜艇战，德国曾参加上述协定，它承认，1939 年9 月3 日起，德国谱艇就全然无视伦敦协定而对商船进行全面的潜艇战，而且根本不顾是敌国的还是中立国的船只。此外，起诉方面还报告说，在整个战争期间，邓尼茨始终费尽心机掩饰上述做法，其手段是伪善地大谈国际法，还诡称盟军方面违犯了国际法。
邓尼茨坚持说，德国海军始终执行了国际法和伦敦协定。邓尼茨作证说，在战争爆发时，潜艇战是严格遵循德国虏获条例进行的，而这一条例几乎是逐字逐句地照抄伦敦协定的。他曾按照德国人的观点指示潜艇对下列船只发起进攻：所有有护航舰护航的船只、拒绝停驶的船只或是在潜艇视界内使用无线电设备的船只。后来，他接到报告得知：英国商船被利用以无线电传递消息，商船配备了武装，而且袭击在其视界内的潜艇，他便在1939 年10 月17 日命令他的潜艇不必提出警告袭击所有敌船，并说明这是考虑到敌方会进行还击。在此以前，他就已在1939 年9 月21 日发布了袭击所有在海峡中无灯夜航的船只，包括中立国的此类船只在内。
1939 年11 月24 日，德国政府对中文国的航运发出警告，内容为：鉴于潜艇与盟国的商船经常在不列颠群岛周围水域及法国沿海发生冲突，这些商船均已武装并奉命使用武器、冲撞潜艇的指示，因此，中立国行驶于该水域中的船只的安全无法再得到保障。1940 年1 月1 日，德国潜艇舰队司令部根据希特勒的指示，命令潜艇在不列颠群岛周围水域内袭击一切希腊船只（美国已禁止它的船只在该水域内航行），并袭击在布里斯托尔海峡封锁区内的任何国籍的商船。五天以后，又对潜艇下达命令，在北海的一个特别划定的海域内，“立即对所有船只不加限制地使用武器”。1940 的1 月18 日，最后授权潜艇，可以不经警告“击沉靠近敌国海岸线水域并有可能在该处敷设水雷”的一切船只，但美国、意大利、日本和苏联的船只除外。
战争爆发后不久，英国海军部按照1933 年发布给商船队的指示手册武装了商船，让其在多种情况下采用武装护航，指示他们在遇见潜艇时，用无线电报告所在位置。这样就把商船纳入了海军情报的警报系统。1939 年10 月1日，英国海军部宣布业已命令英国商船在可能的情况下撞击潜艇。
根据上述事实真相，法庭不能宣判邓尼茨对英国武装商船队进行潜艇战是有罪的，然而宣布上述地区为作战区和击沉驶入该区的中立国商船则另当别论。在1914 年至1918 年的战争中，德国就曾使用�