步步都遇到强烈的抵抗，“村妇助磨刀，耕农自裹粮”注1的全民抗敌情形到处可见。日本侵略军面对如此局面，曾为之哀叹：“举凡新竹、台北间一带土地，若说它山河草木全是土匪，也未为不可。”注2
新竹本无防营驻守。先是台北失陷之前，栋军防军营傅德升、栋右营谢天德为前锋，自彰化北上，以援台北。傅、谢二营抵新竹后，知县王国瑞令守备新竹。此时，苗栗铜锣湾生员吴汤兴、苗栗头份塾师徐骧、原丘逢甲义军诚字正前营邱国霖、苗栗生员吴镇洸等，皆率义勇至新竹城，冀复台北。前台湾镇总兵吴光亮一营及提督首茂林、傅宏禧二营，亦来会合。是时，各路队伍大集，无不同仇敌忾，士气颇振。
吴汤兴（一八六O——一八九五年），字绍文，原籍为广东嘉应州镇平县高思乡。父汤悦来，原配丘氏，为丘逢甲之远亲。后汤悦来只身到台湾谋生，入赘于苗栗街附近的樟树庄吴家为婿。不久，迁于铜锣湾定居。吴汤兴即其长子，平时“读书力田，负坚毅之气，冒危难，不稍顾”，“以义侠闻里中”。注3中秀才后，以家境窘困，设教
乡里，以维持生计。甲午战争爆发后，清军节节败绩，敌寇深入国土，并派军舰南窥台澎。他在悲愤之余，命笔题诗曰：“闻道神龙片甲残，海天北望泪潸潸。书生杀敌浑无事，愿与倭儿战一番！”注4其忠义奋发的爱国之情，跃然纸上。吴汤兴与丘逢甲，既沾亲带故，更义气相投。清廷割让台湾后，吴汤兴誓抗朝命，经丘逢甲举荐，
由唐景崧颁给台湾府义军统领关防。他回乡后，即号召乡人抗日保台，乡人“咸不愿属倭，听其言无不悦，则各搜器械，具饍粮备应用”。注5当地生员邱国霖、吴镇洸皆出面臂助。台北失陷的消息传到苗栗后，吴汤兴即率队北上，以期规复台北。六月十日，吴汤兴抵新竹城外，各路义军及清军诸营“不期而会者万人，遍山漫野”。注6于是，众推吴汤兴为抗日义军首将。
六月十一日，即日本近卫师团集结于台北的当天。吴汤兴集众列营，祭旗誓师。是日，“设大鼓—面，筑三丈高架挂之，旗帜整齐，立约法数章，有事则击鼓，各庄闻鼓音即齐集公所，并约众接济粮食费用。”注7吴汤兴望北而誓，表必死之决心曰：“是吾等效命之秋也！”众皆感奋，愿誓死抗敌。十二日，吴汤兴发布告示，揭露敌人罪行，表示抗敌决心，并申明纪律，号召人民投入抗日斗争。其布告曰：
“照得本统（领）愚昧无知，谬蒙前抚宪唐委统全台义民，事繁责重，蚊负堪虞。惟当此台北已陷于倭夷，土地人民皆遭荼毒。闻倭奴占据后，则田园要税，房屋要税，人身要税，甚而鸡犬牛猪无不要税。且被发左衽，凿齿雕题，异服异言，何能甘居宇下？本统领恻然不忍，志切救民，故不惮夙夜勤劳，倡率义民义士，以图匡复，以济时艰。尔等践土食毛，尽属天朝赤子，须知义之所在，誓不向夷。尚祈各庄各户，立率精壮子弟，须修枪炮戈矛，速来听点，约期剿办倭奴。本统领开诚布公，甘苦共与，断不敢妄自尊大，但军令宜严，方能杀敌致果。并望众志戮力同心，一团和气，不可互相戕杀，不可挟衅寻仇，并不可观望不前。各安各业；如有倚强欺弱，妄杀无辜，或肆行掳掠，纠党劫财，定按军法严办，决不姑宽。合行晓谕，为此示仰各庄义民等，一体遵照毋违。特示！”注8
当天，吴汤兴便率部由新竹沿铁路线北上，以截击南来之日军。因吴汤兴义军皆来自新竹、苗栗二县，故有新苗军之称。由于人民群众广泛地组织起来，台湾的抗日斗争便开始了新的局面。
北白川能久于六月十一日到达台北后，即命令近卫步兵第二联队第四中队侦察新竹方面的情形。十二日黎明，这支日军沿铁路线南下，经桃仔园至中坜。日军在中坜强征台民为夫役，为之运送辎重。十三日，继续向南侦察。十四日，进至头亭溪，发现在中坜所征夫役已全部逃走，想再征募，却无人应差，于是强捉三名村民为之服役。当天下午，行抵大湖口东北十八里的崩坡。该村“家家闭门锁户，只影不见”。注9日军不敢停留，一面派飞骑进驻中坜，以为侦察队之后援，一面向南继进，至大湖口火车站前扎营。此时，日军始发现与后方的联系已被吴汤兴切断。义军向日军步步逼近，从四面八方猛烈发射。不巧此时忽降大雨，义军始停止射击。雨停后，义军又开始进攻，日军被迫死守营地。此夜，日军传令骑兵拟突围北上向师团报告情况，但遭到义军截击，只好返回宿营地。十五日，日军又派出几起传令骑兵，皆被堵回。在此日的战斗中，日军“惟发排枪，弹如雨下，鲜命中。吴军多山民，善狙击，弹无虚发，日军仆者相续。”注10十六日凌晨一时，日军趁义军进攻暂停之机向北突围，奔至中坜，始得与第三中队会合。
北白川能久闻第四中队逃回，又命近卫步兵第二联队长阪井重季大佐为支队长，率步兵第二联队、骑兵一小队、野战炮兵第一中队和机关炮第四队（各四门炮），再次南侵。六月十九日凌晨三时，阪井支队在台北府城北门外集结，于当天过海山口到桃仔园。二十日，抵中坜。是夜，阪井接侦察骑兵报告：“大湖口西南高地有身着当地居民服装之守兵”。随即下达进攻命令：
“一，支队于二十一日沿铁道向大湖口前进。
二、前卫于午前五时自集合地出发，向大湖口西南高地进发，对凤山、新车及古车方向实行搜索。
三、支队主力于午前五时十五分自集合地出发，在杨梅坜的一个中队为搜索骑兵行动，其他中队待主力到达后进入序列。”注11
六月二十一日晨六时，日军前队进至杨梅坜，与部分义军遭遇。义军“占据有利地形，鸣锣击鼓，吹笛奏笙，顽强地进行抵抗。”日军依仗武器精良，用山炮向义军猛轰，迫使义军后退。下午三时，阪井支队进至大湖口车站，义军的抵抗更加猛烈，据日方记载：“位于停车场右方海岸上的村落里有兵营，第一中队第三小队向兵营逼近射击，虽然数次发起冲锋，但敌军据垒壁顽强抵抗，我军不易攻占。第二中队第一小队向前助攻，炮兵亦前往支援，直至次日晨仍未攻陷。”先是，阪井重季抵大湖口后，估计对大湖口附近之义军不难一举驱散，因有如下之命令：
“一、敌军出没于我前哨线前方约一千七八百公尺处，支队于二十二日向新竹县前进，沿铁路东南山上的道路前进。
二、搜索骑兵于午前四时三十分自宿营地出发，对新竹县方面实行搜索。
三、前卫于午前四时四十分自宿营地出发，向新竹县前进，对新车和古车方向实行搜索。
四、支队主力于午前四时四十分自宿营地出发。”注12
今见义军据点久攻不克，只好下令停止进攻，仍按昨日的命令进攻新竹。
六月二十二日上午十一时，阪井支队进至新竹城下，以机关炮队发炮掩护，步兵发起冲锋。吴汤兴义军“非素练，又苦饷械不继，新竹巨室复观望不供应”注13，仍奋力抵抗，毙伤敌人十四名。然义军终于抵不住日军的猛烈轰击，牺牲五十余人，为避免过多的伤亡，暂时撤出城外。十一时四十五分，日兵攀城墙而入，打开城门，大队拥进城内。在此以前，新竹知县王国瑞及提督首茂林二营已弃城内渡。新竹遂陷。
注释：
注1 洪弃父：《台湾沦陷纪哀》，见《民族英雄吴汤兴文献》，《台湾风物》第9卷，第5、6期。
注2 大槻正秋：《台湾征讨史》，第80页。
注3 连横：《台湾通史》下册，第722页。
注4 《民族英雄吴汤兴文献》，《台湾风物》第9卷，第5、6期。
注5 洪弃父：《台湾战纪》，见《中日战争》（6），第336页。
注6 吴德功：《让台记》，见《割台三记》，第42页。
注7 吴德功：《让台记》，见《割台三记》，第43页。
注8 《日清战争实记》第34编，第9页。
注9 《日清战争实记》第34编，第1页。
注10 洪弃父：《台湾战纪》，见《中日战争》（6），第377页。
注11 《日清战争实记》第34编，第4页。
注12 《日清战争实记》第34编，第5、6页。
注13 洪弃父：《台湾战纪》，见《中日战争》（6），第337页。
二 日军新竹受阻与暂缓南进
日军虽占领了新竹城，然城外各庄仍在义军的掌握之中。事实上，新竹日军已处在义军的包围之中。但是，桦山资纪和北白川能久都对形势缺乏正确的估计，认为义军不过是乌合之众，不难一举荡平。特别是新竹的占领使他们滋长了骄傲的情绪，“以为台湾不过手掌大小之地，以一旅之众即可一举歼灭”。注1因此，六月二十四日，由北白川向近卫混成第二旅团长山根信成发出了南进的训令。但是，桦山和北白川都没有料到，日军不仅难以进兵新竹以南，而且连新竹以北的局面也很难控制。
六月二十三日，即日军占领新竹的第二天，日军设在中坜的兵站部即遭到义军的袭击。是日下午二时许，义军三百多人从东、西、南三面包围了日军中坜兵站部，至一百五十公尺距离处进行射击。日军第三中队的机关炮兵立即应战，虽猛烈射击，义军都没有后退的迹象。兵站部派骑兵突围赴桃仔园请求增援，因被义军堵击，未能达到目的。双方相持至下午七时，义军始停止进攻。目睹这次战斗的《东京日日》报特派记者石冢氏写道：“去年日清战争期间，兵站线长达五百余里，所没兵站亦不少，却从未遭遇敌军如此猛烈之袭击。”注2为之哀叹不已。
六月二十五日，即北白川能久发布“南征”令的第二天，日军又遭到义军两次袭击：
一次发生在头亭溪。是日，日本近卫骑兵大队长涩谷在明中佐，亲率近卫骑兵小队及步兵第一联队第六中队，自台北护送粮食纵队往新竹。上午九时，涩谷率骑兵沿铁路线先行，第六中队继后。当进至头亭溪村时，忽有义军约五十人从竹林中猛烈射击。涩谷下令包围竹林，义军便进入道旁的民房，利用墙壁上的枪眼射击敌人。日军向民房发起冲锋，“但以砖石砌成的墙壁十分坚固，枪弹不能贯通”。于是，日军纵火焚烧民房后又向南行，前进大约两千公尺时，又被七八十名义军拦截射击。义军仍利用民房墙壁的枪眼打击敌人。日兵“拔出刀剑逼近墙壁，冲锋数次，不断呐喊，而土墙坚固，骑兵和步兵对之毫无办法”。此时，日军已有十人伤亡，便纵火将民房焚毁。日军自称：“土著强兵，视死如归，对他们不得不出此果断措施。”注3这支日军护粮队步步被阻，只能缓慢地向新竹移动。
另一次发生在新竹城。先是在六月二十四日，阪井支队即接到义军“集结内山，即将来袭新竹”的情报。于是，阪井重季下令在城东南占领高地，以防义军由此路来袭。果然，二十五日上午十时五十分，义军五、六百人向日军前哨逼近，“扛旗敲鼓，猛烈射击。（日军）哨兵知众寡难敌，以信号求援。”注4阪井急命第一大队长前田喜唯少佐率第四中队应战。前田命令机关炮队占领阵地，向义军发射排炮。但义军占据有利地形，日军的排炮毫不奏效。前田急调山炮前来，进行轰击。战斗持续到下午四时十分，义军始停止攻击。这是义军第一次反攻新竹。
义军的这两次袭击，虽未取得很大的战果，却使日本侵台军感到步履维艰，开始明白要想一下子占领全台并不是那么容易的。
于是，桦山资纪决定政变“南征”计划，暂缓南进。北白川能久致电鲛岛重雄称：“本来计划于七月四日自基隆港起锚，然目前风浪极为险恶，即使在打狗、安平两港亦不易登陆，何况实行敌前登陆不能不慎重考虑。今接桦山总督命令：暂缓从基隆起锚，各将校皆集合于台北待命。”注5
桦山资纪之决定改变“南征”计划，并不是不急于占领全台，而是要待完全控制台北新竹间的局势后，再全力南侵。为此，桦山一面加紧对台北新竹间抗日义军的扫荡，一面对台北人民施行残暴的统治。他以所谓“钦命台湾总督”的名义公布了《台湾人民军事犯处分令》，其第一条即规定：
“台湾人民干犯下列条目者，罪当死刑：
一、抵抗大日本帝国之陆海各军及反叛行为者；
二、毁坏铁道、水陆电线、道路桥梁、军械子药、森林、垒栅、水道、火车、船舶、船厂、以及署衙军用之土地，房物或物件者；
三、为寇贼引路或隐藏奸细，并有帮助抵抗�