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紧接着，在8月下旬的时候，众议院将湖南议员提出的一个议案转给了国务院，其中对现任福建省长的胡瑞霖提出查办要求，理由是其在任湖南财政厅长时有贪污等劣迹。胡瑞霖是皖系的人，徐树铮接到议案后擅自以国务院的名义为胡瑞霖辩护，并将议案驳回。
孙洪伊得知后十分恼怒，他怒气冲冲的找到老段说：“对民政长官的处分问题属于内务部的职权，我自己分管的事情，我竟然一点都不知道，这算哪门子王法？如果秘书长可以包办一切，那我这个内务总长还做它作甚？”黎总统得知此事后，也召见并慰留孙洪伊说：“就是啊，现在哪里是责任内阁制，简直就是责任秘书长制嘛！”
被这么一闹，老段也觉得这事做得荒唐，随即命小徐将咨文追回，徐树铮表面上答应，实际上却不了了之。由此，孙洪伊又和老段卯上了。
中国的事情，就是千万不要轻视了小人物的作用，千里之堤溃于蚁穴，从古至今，有多少大人物是被小人物给拖下水并一蹶不振的！徐树铮和孙洪伊两人在前台斗法，两位后台老板免不了在私下里抱怨，段祺瑞说：“这孙总长也太不象话了！”黎元洪则说：“徐秘书长未免欺人太甚！”
一个月后，孙洪伊为整顿内务部，裁减了部里的三十多名职员。由于这些被裁者大都和北洋系的头头脑脑有着这样或那样的关系，他们岂能善罢甘休，而徐树铮也想利用他们来把孙洪伊给搞下去，于是便怂恿他们向平政院上诉。结果，平政院裁定撤销内务部原令，被解职的那些人仍旧回去上班。
平政院是袁世凯时期设立的一个政治仲裁结构，孙洪伊不但不接受这样的裁定，反认为平政院是一个非法机构，随后他拟将此案提交国会审议。徐树铮害怕国会接受孙洪伊的意见，于是决定先下手为强，他在经过老段的同意后拟定了一道执行平政院裁决的命令，准备交总统府批准。
徐树铮的这道命令，不但内务总长孙洪伊拒绝副署，黎总统也拒绝盖印，府、院之间反复争执，酿成**。老段自上次就对孙洪伊十分不满，于是暗地里给孙传话，让他辞职算了。但是，孙洪伊非但认为自己没有错，而且口气十分强硬，拒不辞职。
老段这回真动怒了，他在十月中旬下了一道将孙洪伊免职的命令，让小徐拿给黎总统盖印。黎总统见后十分震惊，坚决不肯用印。徐树铮为这事来回跑了四趟，黎总统连拒四次，丝毫不肯让步。最后一次，徐树铮威胁黎元洪说：“总统不肯盖印也无妨，以后我们不准孙洪伊参加国务会议！”黎总统大怒：“你说的这是什么话？！”徐树铮冷笑道：“什么话？这是段总理的原话！”
过了几天，很少到总统府的段总理突然气呼呼的出现在黎总统的面前，他拿着将孙洪伊免职的命令交给黎元洪，说：“总统要是不肯免孙洪伊的职，那就把我免职了吧！”
老段下了最后通牒，黎总统也只好退让，不过他还想给双方留点余地，也给自己争回点面子，于是他建议：“免职令还是不下的好，让他自动辞职吧！我来给他做做工作！”
偏偏孙洪伊这位也是个死硬派，他死活不肯主动辞职，还大声嚷嚷道：“什么官我都可以不做，只要维持我的人格！我不辞职，不出洋，不外调！”
黎总统也说服不了他，这下事情闹僵了。一方面，要是不把孙洪伊赶出内阁的话，段总理的面子没地方放，以后也就没了威信；另一方面，孙总长坚持自己没有错，主动辞职就是失却人格。双方都不肯妥协，把黎总统夹在中间，左右为难，束手无策。
最后，黎元洪只好把北洋系的大佬徐世昌给请出来，希望他来调解这个纠纷。徐世昌是个老官僚，见多识广，他一眼就看出了其中的问题所在。于是，徐世昌提出一个方案，那就是将孙洪伊和徐树铮同时免职，原总统府的秘书长张国淦出任国务院的秘书长。张国淦与府院之间的关系都不错，由他出任国务院秘书长的话，双方的沟通就相对好很多了。
老段用人，从来就是“用人不疑、疑人不用”，他对部下的袒护是出了名的。对于徐世昌的提议，老段开始不同意，因为他并不希望徐树铮被免职。直到后来国会要弹劾徐树铮，老段才不情愿的同意了这个方案，但又加了一条，那就是将总统府秘书长、号称黎元洪“四大金刚”之一的丁世铎也一并免职。
11月下旬，孙洪伊、徐树铮、丁世铎三人先后被免职。老段这次以一换二，而且徐树铮仍旧是陆军次长，勉强占了上风。至于被免职的孙洪伊，他转身又回到了国会，仍旧对老段不停的发难。
三、段氏去职
1917年4月6rì，美国借口“无限制潜艇战”和“齐默尔曼电报”对德宣战，欧战的天平迅速向协约国一方倾斜。
这个时候，段祺瑞内阁便在美国、rì本的唆使下决定对德绝交，并打算对德国宣战。
之前rì本人一直在阻挠中国参战，原因是它想得到青岛，在得到英、法两国承诺战后承认它在山东的地位后，这才转而支持中国对德宣战。
但当段祺瑞带着阁员们前往总统府请黎元洪在对德绝交案上盖印时，却遭到黎元洪的拒绝。黎元洪认为，宣战与媾和之权乃是大总统之权力，如今断交便是交战之先声，事关重大，万不可草率行事。
由此，内阁阁员们便与黎元洪吵了起来，教育总长范源濂甚至拍了桌子，指责黎总统的擅权行为是想当过去的皇帝。老段被黎总统浇了一瓢凉水，这下也按捺不住心中的怒火，他愤愤地说：“总统不肯盖印，国会又要问我的责任，这个责任内阁还搞不搞？我这个总理还怎么干下去？”
老段一发火，局势顿时变得更加白热化了，阁员们你一言、我一语，把黎总统说得哑口无言，打回了菩萨原形。可惜的是，菩萨既然不会说话，那盖印一事也一概免谈。国务院秘书长张国淦见双方的火气都很大，他一再劝解大家消消气，凡事以国家为重，不要意气相争，但他的话并没有起到什么作用。
等到大家该说的都说完了，黎总统又变成了泥菩萨，一言不发，这大总统印自然也别想盖了。在一段尴尬的沉默后，段总理气鼓鼓地站了起来，招呼也没打一声便离开了总统府。其他阁员面面相觑，随后跟着老段一起退出新华宫。
当天下午，段总理一声不吭，便直奔火车站前往天津。
老段出走的消息传到总统府后，黎总统还是有些手足无措的，他随后便召集总统府的一干人马商议该如何是好。黎元洪手下的一些幕僚如饶汉祥、哈汉章等人，平rì里就看不惯国务院这些人的嚣张，这次见老段真的跑了，他们倒心中窃喜，有人便建议黎总统乘机将老段的总理职位免去，另行派人组阁算了。
按《临时约法》的规定，黎总统实际上是个“虚君”，但按沿袭千年的中国传统，中国的国家元首怎么可以是虚君呢？再者，黎元洪好歹也是名高位重的开国元勋，又怎能甘心作汉献帝和刘阿斗呢？无论怎么说，总统毕竟是总理的上级嘛，难道不是吗？再说了，那些南方的军阀实力派和国会议员们，也纷纷要打着他的旗号来与北洋系争权，那他就更不能做一个虚君了。
但是，《临时约法》和现实是有差距的，黎元洪的愿望和现实也是有差距的。黎元洪固然想扳倒段祺瑞，但考虑到老段在北洋系的地位和势力，他暂时还是不敢轻举妄动的。即便是要免去段祺瑞的总理之职，那黎元洪至少也要找好下家，不然的话，国事瘫痪，总统也是难辞其咎。
黎元洪想找林铄求援，没成想这位民国副总统却远远跑去了xīnjiāng，在西北督修什么公路，一时半会儿回来不了。
没有办法，黎元洪急忙把徐世昌、王士珍请到总统府，希望他们能从中劝解转圜一下，最好把段祺瑞给劝回běijīng。毕竟，这两位北洋系的重量级人物和老段是多年的老同事、老战友、老朋友，老袁在的时候，大家共事了这么多年，多少要卖点面子嘛！
但这时，正在běijīng开会的冯国璋给黎元洪带了个坏消息，那就是老段要在天津发辞职通电，并请各省的军政长官评个是非曲直。冯国璋的话里带话，黎元洪岂有不知，一旦老段辞职的事闹得全国皆知，恐怕就更不好收场了。于是黎元洪便请冯国璋不辞辛劳，一定要亲自去天津一趟，把老段接回为好。
冯国璋倒是乐意去跑一趟，但他也不能肯定自己就一定能说服老段。要说起来，段祺瑞的年纪比冯国璋、徐世昌几个人都小，但脾气却最大，一向是军人作风，说一不二，少有转圜的余地。冯国璋也知道这次是因为对德断交宣战的事情引起，于是他得向黎总统要个准信，不然事情还真不好办。
为了说服黎元洪赞同对德绝交案，冯国璋也不免费了点口舌，说如今德国虽强，但毕竟是寡不敌众，这次又触犯众怒，战争肯定不能持久，要是我国对他绝交，想必也不会有什么坏处；再说了，协约各国已经答应在战后修约，加入岂不是件一本万利的好事？
至于黎元洪，他在听说老段要将各省督军引为后援后早已是乱了方寸，这时哪里还顾得上对德外交的事情。无可奈何之下，黎元洪也只能满口答应，只要段总理肯回来，外交上的事情全由他做主；只要国会通过，他绝不干涉。
段祺瑞回京后，再次拿着对德绝交的咨文请黎元洪盖印，并在国会那边顺利通过。但是，绝交案虽然通过了，但对德宣战案却一波三折。段祺瑞的人马为了让国会尽快通过，不惜使用了一些军人甚至地痞流氓组成“请愿团”对议员们进行胁迫，结果引起了舆论的一片哗然，受到胁迫的国会拒绝讨论欧战议案，段祺瑞内阁中的一些成员也在压力之下提出了辞呈。
这时，běijīng的《京报》又突然披露了一个爆炸xìng的消息，那就是段内阁正在与rì本秘密谈判，主要内容是rì本借给中国一亿rì元帮助中国参战，条件是聘用rì本武官训练中**队、聘用rì本管理人员来主持中国的军事工业等等。
这消息披露后，立刻在全国引起了强烈的反响，各种质疑和骂名纷至沓来，令段祺瑞极为被动，只得多次出来辩明并无此事，其暗中与rì本的谈判也就不了了之。
在段祺瑞陷入被动的时候，总统府的人却兴奋了起来，他们一致建议黎元洪乘机将老段赶下台，而黎元洪也觉得这次舆论上的胜利扬眉吐气，大快人心，从此腰杆子也可以硬起来，也不必再看老段的脸sè了。
此刻的老段，也感觉到了总统府和国会的压力，他不得不后退一步，不再纠缠参战案的事情，而是重新拟定了一份内阁改组的名单，准备替换那些辞职的阁员。为了向黎元洪和国会示好，段祺瑞还特意挑选了一些亲近总统府的人入阁，以便顺利通过。
但是，黎元洪此时已经下定决心要倒段祺瑞的阁，他对这份内阁的新名单挑三拣四，一会说这个不行，那个不信任，老段忍耐不住，便和黎元洪争论了起来：“内阁应由总理全权组织，通过与否是国会的事情，不是总统的职权！”
黎元洪“哼”了一声，说：“国会对你已经毫无信任，之前‘公民团’的事情又闹得不像话，现在督军团还干涉制宪，说什么要解散国会，这难道不是你总理的责任吗？”
段祺瑞听了这话，气得鼻子都歪到了一边。他站起来一拍桌子，吼道：“我不干了！”说罢，段祺瑞一跺脚，掉头便走。
有了段祺瑞的这句话，黎总统一不做、二不休，当天下午便签署命令，将内阁总理段祺瑞免职，理由是段内阁阁员长期虚悬，对国事不利，应重新选择总理并另行组阁。
黎菩萨终于发飙了，这可是他到běijīng以后所干过的第一件大事。
此令一出，老段的鼻子再次歪到了两指开外。他怎么也没有想到，黎元洪竟敢真的将他免职！要知道，上次他不过出走天津，黎元洪便被吓得屁滚尿流，连连求饶；想不到这还没几天，翅膀就硬起来了！好，好，“此处不留爷，自有留爷处”，你不让我干，老子走！
当天晚上，段祺瑞便收拾行李，带着手下乘火车前往天津。由此，黎元洪与段祺瑞的“府院之争”，也就以段祺瑞的去职出走而告一段落。
在临走之前，段祺瑞向各省督军发了一个通电，称