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马士英回到南京后，大肆封赏前线将士，希望凭着高赏格，拉拢住这些将领。为了使得长江南岸的防线能够坚持更长的时间，马士英派出了自己的代言人阮大铖督军，马士英的一系列动作根本对摇摇欲坠的伪明政权没有什么太大的意义，阮大铖知道前去督军十有八九就回不来了，因此迟迟不愿出城，马士英也知道大难临头各自飞，拿阮大铖也没有什么办法，只是抓紧了将自己的财产往外运。马士英运送财产虽然极为隐秘，但世上没有不透风的墙，不久南京官僚士绅们就知晓了这个消息，听说马士英将财产大部分都运往了杭州，这些官僚士绅终于明白马士英高调宣布防御长江防线纯属一种姿态，他将财产都运了出去，很明显对守住长江不做任何希望，既然连马士英对前景看得都这么黯淡，很明显弘光政权已经很难保全南京，因此大部分官僚士绅也开始行动起来，将金银财宝运往杭州，或是乡下老家。官僚士绅们的行动也影响到了南京的驻军，将领开始朝着外面运送金银财宝，兵士们虽然没有什么金银财宝可以运，但是将领和官僚士绅的行动给他们心里带来了很大的压力，南京中谣言四起，人心惶惶。
马士英之所以这么做，也是有原因的，自从他从大营回来后，他派出一些心腹严密的监视着江南大营，发现江南大营的将领们频频和田羽那边的使者接触，虽然现在江南大营还没有和江北四镇一般发表公开檄文奉永泰朝为正朔，但是马士英知道只要田羽给的条件够诱惑，这些人最后也一定会学江北四镇投降田羽，从田羽许诺给江北四镇的条件，马士英知道田羽是个大方的人，因此江南大营投降是迟早的事情。
马士英探查到的消息不错，。田羽早就派人接触江南大营的将领，同时田羽又派江北四镇的将领作为说客，拉拢江南大营的将领们，希望江南大营能够明白民族大义，奉永泰为正朔。江南大营的将领刚开始还有些担心自己随着马士英公开和永泰朝唱对头戏，田羽不会放过自己。但田羽的使者举了江北四镇将领的例子，江北四镇投降后，田羽没有立刻卸磨杀驴，而是和江北四镇处的极为融洽。善待江北四镇无疑成了田羽攻破江南大营将领心理防线的最好武器，江南大营的将领犹豫了一阵，终于准备朝田羽低头，由于江南大营的将领实力根本就无法和江北四镇相比，因此田羽给出的条件不过升江南大营的主将为总兵，加将军衔，其下的将领各官升两级，兵士每人赏银十两，虽然条件较之江北四镇差了很多，但在三十万大军的强大压力下，江南大营的主将最后还是选择了投降。
十月十一日，江南大营宣布改弦。易帜，奉永泰朝为正朔，退出长江防线。五万大军仅仅有三四千马士英的死忠不愿意投降，但是他们的人马有限，在侦知几乎所有的将领都准备投降后，这支人马由参将郝学天率领下退回南京。
江南大营投降，田羽三十万大。军在水师船只的运送下，踏上长江南岸，马士英在南京听到江南大营投降的消息后，丢下弘光，只带着太后，逃往了杭州。
弘光一直沉湎于酒色之中，马士英拥太后逃往杭。州三个时辰之后，他才得到消息，嫔妃们得到这个消息后，作鸟兽散，而太监们更是如丧家之犬，一个个只顾逃命，弘光真的成为了一个孤家寡人。他拿出大量的金银赏给宦官，希望宦官能够出死力帮助自己逃出南京，可是随着马士英的逃命，南京城已经快成了一座空城，外面田羽率领的大军马上就要完成对整个南京城的围困，这个时候谁还能为弘光卖命。
弘光拿着大量的金银哀求着一个个太监，大部分。太监连理也不理弘光，一个年轻太监看到弘光的惨象，似乎有些不忍，他瞧了一眼弘光手中的财宝，叹了一口气说：“财宝虽好，但是保护你逃出南京，简直比登天还难，不知道能不能有命花这个钱。”
弘光看到这个太监停下来和自己说话，似乎溺。水者抓到了最后一根稻草，连忙又拿出更多的金银，激动的说：“只要你能够救我出去，我提拔你当掌印太监。”
青年太监叹息。了一口气：“掌印太监我从来没有想过。田羽的大军马上就要进城了，你这个皇帝命恐怕也长不了多久了，用这些银子做什么，不如都给了我吧。”
弘光看到青年太监眼睛都是贪婪，吓得屁滚尿流，但是已经被酒色掏空了身子的弘光，根本就逃不断，那个年轻太监虽然少了命根子，但是身子素质远远超过弘光，弘光刚跑出去十几步，就被年轻太监追上，年轻太监这时候也顾不得弘光是什么九五之尊，将弘光压在屁股底下，将弘光携带的金银全部搜刮出来才满意而去，弘光挣扎了半天，也没有挣扎过年轻太监，反倒被年轻太监将身上的龙袍撕裂了不少口子，当年轻太监离去的时候，弘光灰迷土眼的站了起来，恨恨的朝着那个年轻太监骂了一句。那个年轻太监还没有走远，听到弘光的骂声，不由扭过头来，弘光看到那个太监扭头，吓得再也不敢停留，朝着相反的方向狼狈而逃。
弘光在南京皇宫中瞎窜了一气，发觉自己根本就是在做无用功，徒然的躺倒在地，再也不愿意动一下，过了不过三炷香的功夫，遥遥的听见远处有喧哗声，紧接着就是紧如密鼓一般的马蹄声，弘光知道南京根本就没有这么多骑兵，看来是田羽率领他的大军进城了。
马士英逃走不久，南京城的大军就溃散了，南京士民兴高采烈的纷纷走上街头，准备迎接田羽的大军。“暗”字营的细作早就遍布南京城，当田羽的大军刚刚赶到南京城城外，细作们便打开了南京城的大门。田羽率领大军入城。
田羽一入城就下令各营控制南京各衙门，而自己则率领忠贞营直奔南京皇宫，搜捕弘光，最后弘光被忠贞营的兵士从一口枯井中搜了出来。由于弘光体型太胖，卡在了井口，兵士们不管三七二十一，生拉硬拽就将弘光从枯井中拽了出来，疼的弘光狼嚎一般叫唤。
田羽得知从皇宫中搜出弘光，立刻赶到了现场。弘光的龙袍早就被兵士们剥去，只穿着着中衣，十月的南京虽然不是很冷，但气温也不是很高，弘光冻得直打哆嗦，嘴唇一片青紫。
弘光看到一身甲胄的田羽，从田羽周围簇拥的将士就知道田羽是一名高级将领，连忙大声叫嚷起来：“你们怎么这么对待朕，就是永泰还得叫我一声叔父呢，叫田羽过来。”
田羽冷冷的看了一眼弘光：“这时候你还敢称孤道寡。来人，给我掌嘴。”
周围的兵士早就看不惯这个肥猪一般的伪皇帝，听到田羽的命令，早就有好几个兵士上前拉住弘光就是一顿耳光。掌嘴的兵士可不管弘光是谁，轮圆了胳膊就是一阵暴打。弘光是含着金汤匙长大的，哪里受过这样的苦头，掌嘴的兵士每打一下，换来的就是杀猪般的哭叫，一顿耳光下来，弘光的脸肿的如同一个猪头。
田羽示意了一下，那个掌嘴的兵士退了下去，田羽朝着弘光说：“这回看你还敢不敢称孤道寡。”
弘光哪里有什么骨气，知道硬顶的下场，因此连声说：“不敢，不敢。”
田羽厉声说：“朱由菘，马士英逃到哪里去了。”
朱由菘缩了一下脖子，胆怯的说：“马士英早就逃了。”
“暗”字营早早就监视着马士英，不料马士英弄了个替身，早就金蝉脱壳，没有了踪影。田羽知道抓不到马士英，事情就会再起波澜，因此抓到了假马士英之后，田羽就下令各营仔细搜索马士英的下落，刚才控制住各个衙门的将领纷纷回报没有发现马士英的踪迹，田羽本来以为马士英藏在了皇宫，不料在皇宫中找到了朱由菘，但是却没有找到马士英，田羽已经猜测马士英逃离了南京，因此听到朱由菘的话之后，忙逼问了一句：“马士英，逃到哪里去了？”
朱由菘讷讷的说：“朕……本王也不知道他逃到哪里去了。”朱由菘刚说了一个朕字，就想起刚才的暴打，因此连忙换了称呼。
田羽这时候可没有心思理这个，听到朱由菘说不知道马士英的下落，田羽的眼睛一瞪，厉声说：“到底去哪里了？”
在田羽严厉的眼神下，朱由菘不由吓得一缩，战战兢兢的说：“本王听说他逃往了杭州，刚才的时候实在是太乱了。我真的不知道他去了哪里，但是本王猜他逃往杭州的几率比较大。”
田羽看朱由菘说话不似作伪，令兵士们将朱由菘押下去看好，然后命令纪达派出数支骑兵朝杭州方向搜索马士英的下落。
田羽花了大约一天时间控制了整个南京，南京的伪弘光政权官僚逃的逃，降的降，分崩离析，而随着田羽攻破南京，弘光政权也宣告落幕。田羽在第二天宣布马士英十大罪状，同时下令凡是擒拿马士英的人赏银子万两，赠世袭指挥使。而朱由菘则被田羽派大军押送回京，由永泰来定他的罪。
纪达派出的骑兵没有追击上马士英，让马士英顺利逃到了杭州，杭州的官僚是马士英的心腹，手中又有一千多骑兵，因此杭州还牢牢地掌握在马士英手中，马士英到了杭州之后也不敢停留，他知道一旦田羽知道自己的下落，一定会派出大军剿杀自己，因此在杭州歇息了一夜，第二天就秘密踏上了逃亡的征程。
马士英不愿意丢弃这些年来，尤其是这半年来搜刮的财宝，因此从杭州城出来没有多久，就暴露了行踪，纪达派出的骑兵队伍得到有一支车队朝着从杭州出来朝东方而去的消息后，就猜测到马士英很有可能隐藏在这个车队中，因此骑兵队伍集结了一下，就朝着这个车队追了上去。
最后在杭州以东一百里的地方，纪达手下的骑兵队伍追上了马士英，杭州知府派了五百骑兵暗中卫护马士英，但是这五百骑兵都是惊弓之鸟，哪里是纪达手下忠贞营骑兵的对手，刚刚接战就溃散了，马士英看到田羽手下的骑兵追了上来，知道无法带着财宝逃命，趁着忠贞营骑兵刚刚击败卫护骑兵的时机，在连个仆人的搀扶下，逃进了草丛。
这支骑兵队伍忙于甄别被俘的马氏族人，给了马士英逃跑的机会，马士英狼狈的逃到接应他的船只上，顺流而下，准备出海。骑兵们在马氏族人里面没有找到马士英，对马氏族人进行了严刑逼供，有几个人受刑不过，将马士英逃亡路线供了出来。由于马士英走的是水路，这些骑兵无法追击，只好连忙派人将消息传给南京城的田羽。
田羽接到马士英从水路逃走的消息，连忙命水师封锁整个出海口，而骑兵则顺藤摸瓜，继续寻找马士英，以防马士英看到无法从水路逃亡，再次折返回陆路上来。
马士英根本就不知道出海口已经被田羽手下的水师封锁，他在三江所换乘了海船，当海船离开海岸后，马士英松了一口气，以为自己终于逃脱了田羽的魔掌，但是他不知道厄运正在前面等着他呢。水师接到田羽的命令后，一直监视着所有出海的海船，由于大明的禁海政策束缚了明朝海船的发展，因此马士英很艰难的才弄到了一艘海船，马士英派人击杀了所有海船上的人，又令这条海船停泊在三江所等候自己。这支海船的异动早就引起了水师的注意，因此海船刚刚离岸不久，田羽水师就截住了马士英所乘的海船。
由于马士英施展过金蝉脱壳，田羽不得不更加小心，恐怕马士英�