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1796 年，纳尔逊升任分舰队司令。这时英国地中海舰队处境极为艰难，拿破仑在意大利不断发起凌厉攻势，科西嘉人也起兵反抗英国入侵者，英军陷于腹背受敌之险境，被迫于1796 年冬撤出地中海，退到直布罗陀，纳尔逊组织了这次大撤退。
1797 年7 月，纳尔逊在进攻西属加那利群岛的特内里费城时，右肘受伤，抢救回舰后被截去残肢，周围的人无不为他惋惜，但他却若无其事地说：“我还有两条腿和一只胳膊哩！”
纳尔逊康复后，继续指挥舰队监视法军的动向。1798 年5 月19 日，拿破仑远征军从土伦开出，绕道科西嘉岛开往马耳他。纳尔逊得知消息后，立即前往堵截，但他的战舰受到风暴的袭击，不得不开到萨丁尼亚去修理。6月12 日，拿破仑攻陷马耳他。纳尔逊预计拿破仑将去埃及，于是拔锚启航，日夜兼程，全速赶往埃及的亚历山大港。由于他过于性急，竟赶到拿破仑的前面，等得他到达该港时，却不见拿破的踪影，便掉转船头，北上克里特岛和西西里岛之间的海域搜索，这时传来拿破仑已到埃及的消息。纳尔逊再次拨转船头，赶赴埃及，于8 月1 日抵达距尼罗河口不远的阿布基尔湾，发现那里正停泊着法国的战舰。纳尔逊迅疾调遣他的舰队，对敌舰实行两面夹攻，法国舰队猝不及防，被动挨打，除两艘侥幸逃脱外，其余舰只不是被毁就是被俘。法国舰队司令海军上将布鲁埃斯受伤身亡。这次海战的胜利切断了法国远征军的供应线和退路，夺回了英国在地中海的制海权，并占领了马耳他岛。纳尔逊因战功卓著，被英王乔治三世加封为男爵。
纳尔逊在尼罗河口海战中前额受伤，乘旗舰到那不勒斯治疗和休养。在这里，英国驻西百里王国公使夫人埃玛·汉密尔顿举行盛大宴会，庆祝纳尔逊40 岁寿辰。在此期间，埃玛为纳尔逊送医送药，关怀备至。这女人长得楚楚动人，颇有风韵。两人频繁接触，免不了春心萌动，相互暗送秋波，双双跌入爱河，此事导致纳尔逊与发妻分离，这是后话。
话分两头，却说欧洲国家受到纳尔逊在地中海海战胜利的鼓舞，又于1798 年结成第二次反法联盟，这次参加的有英国、俄国、奥地利、西班牙、那不勒斯和土耳其。最初，同盟国的军事进攻来势相当凶猛，俄军著名统帅苏沃洛夫率军越过阿尔卑斯山，于1799 年5 月扫荡了北意大利地区的法军，并向法国本上攻击。乌沙科夫统率的俄国舰队占领了爱奥尼亚群岛，英国军队在荷兰登陆，大有踏平法国之势。
正当法国处境危急之时，拿破仑从埃及返回法国，于1799 年11 月9 日发动“雾月政变”，推翻督政府，建立执政府，拿破仑任第一执政，开始实行军事独裁统治。1800 年，拿破仑再次出征意大利，在马伦哥大败奥军。1801年奥地利被迫同法国议和，随后俄国也退出战争，第二次反法联盟又告瓦解，英国独木难支，不得不在1802 年3 月同法国缔结《亚眠和约》，双方暂时休战。
《亚眠和约》签订刚过一年，英国又与法国断绝关系，双方重又兵戎相见。1804 年5 月，阿丁顿内阁下台，强硬派皮特重组政府。这时英国统治阶级把打败拿破仑的希望全都寄托在小皮特身上。他一上台，就立即组织第三次反法联盟，再次把俄、奥和那不勒斯联合起来。法国此时也不孤立，站在法国一边的有已被法国征服的西班牙和荷兰。拿破仑准备以荷兰为基地，横渡英吉利海峡进攻英国本土。他在布洛澳建立大本营，调兵遣将，征集运输船舰，只待天时有利，便欲渡海进攻。当时拿破仑夸口说：“只要有大雾助我，伦敦、威斯敏斯特宫和英格兰银行将尽入我手！”大有一举制服“约翰牛”之豪气。
却说英国朝野对拿破仑进攻的危险真也十分惧怕，要说英国的海军，当时可说是天下无双，但陆军却不敢夸口。奥、普、俄三大陆军强国都不是法军的对手，小小的英伦三岛更是难以抵挡。小皮特对此形势有清醒的认识，唯一可行的战略就是拒法军于海岸之外，具体办法包括两项内容：一是调集占有优势的海军封锁法国南部地中海军港，阻止法国海军调集英吉利海峡；二是用物力和财力去支援大陆上的盟国，让他们牵制法军。
这时纳尔逊再显身手。他被调任地中海舰队总司令，奉派封锁土伦港。
当时纳尔逊只剩下一只眼，一条胳膊，满身伤痕，体弱多病，但他意志坚强，抱有打败法国舰队的坚定决心。他对下属说：“法舰不灭，我决不能倒下。”纳尔逊坚守在旗舰“胜利号”上，选定地中海上有利的战略位置，密切注视着敌舰的动态，等待最有利的歼敌战机。
1805 年10 月19 日，战机终于出现了。停泊在加的斯港内的法西联合舰队在法国海军上将维尔诺夫的指挥下启航出港，准备到地中海配合拿破仑的军事行动。纳尔逊抓住机会，决定在加的斯以西特拉法加附近的海面上拦截敌舰，并与之展开决战，一举消灭法国海军，彻底解除对英国本土的威胁。10 月21 日拂晓，敌舰来临，纳尔逊令“胜利号”旗舰打出“英国期待人人恪尽职责”的信号，以鼓舞全体官兵斗志，他自己则回到舱内，写好遗书，穿上挂满勋章的海军大礼服，然后来到甲板上，亲自指挥战斗。他的部属多次劝他回舱，这样能安全一些，但他斩钉截铁地回答说：“我光荣地得到勋章，我也将光荣地与它一起战死！”
一场大规模的海战开始了，法西联合舰队有33 艘军舰，英国仅有27 艘，纳尔逊身先士卒，带领英舰成纵队向敌舰猛冲过去，“胜利号”上的百门大炮一齐轰鸣，顿时海上水柱冲天，火光四起，炮声隆隆，硝烟弥漫。战斗持续好几个小时，最终英国海军取得辉煌胜利，击毁和俘获法西战舰22 艘，毙伤敌方官兵1．4 万余名，西班牙舰队主将被打死，法国舰队司令维尔诺夫被俘。特拉法加海战创造了以少胜多的杰出战例，但纳尔逊却不幸被敌狙击手击中脊柱倒在了“胜利号”的指挥塔上。士兵们要抬他下舱裹伤，但纳尔逊坚持不肯，他躺在甲板上，直到得知战斗结束，敌舰全部被歼，才微笑地闭上眼睛，轻轻地说：“我恪尽了职责。”就这样，一代名将纳尔逊以身殉国。战后，他的遗体被运回英国，埋葬在圣保罗教堂，他的“胜利号”旗舰至今还陈列在英国最大的军港朴茨茅斯。为纪念他的卓越功勋，在伦敦威斯敏斯特宫附近修建了特拉法加广场，广场正中是纳尔逊圆柱，顶端耸立着这位杰出海军将领的铜像，供世人瞻仰。
特拉法加海战使法国的海军实力损失殆尽，从此打消了进攻英国本土的野心。英国的制海权得以巩固，本土国防固若金汤。
俄奥军队则主要从陆上向法军进攻。俄国沙皇亚历山大一世年轻气盛，自认为从拿破仑的魔爪下拯救欧洲的重任非他莫属，他先赶到柏林，说服普鲁士一同抗法。这时奥地利军队已与法军交锋，并在乌尔姆惨遭败绩，奥皇率军队仓皇北撤。亚历山大一世又火速赶到奥斯特里茨，说服奥皇停止撤退，与俄普一起与法军决战。不料这一计划被拿破仑识破，他不等普军赶到便迫使俄奥两军投入决战，由于拿破仑高超的军事指挥才能，虽然俄奥军队人数远多于法军，却被法国打得丢盔卸甲，溃不成军。普军半路闻知消息，悄悄掉头返回了柏林。第三次反法联盟土崩瓦解。
1806 年小皮特去世，威廉·格伦威尔勋爵继任首相，组成联合政府，并说服俄、普和瑞典等国又组成第四次反法联盟。联盟成立不久，拿破仑军队即在耶拿和奥韦斯塔特战役中击败普鲁士军队，普鲁士大片领土沦入敌手，法军攻占柏林，拿破仑在那里发布“大陆封锁令”，宣布禁止法国及其附属国的商人与英国贸易，在法国及法占区没收英人财产，拘捕英国人。拿破仑此举目的在于窒息英国经济生活。大陆封锁的确给英国造成了不小困难，但英国立即以反封锁作报复，英国派出巡逻船，严厉阻止进入大陆的船只，一切出入欧洲港口的船舶都得领取英国颁发的通行证，并接受英国检查才能入港。当时英国正进行工业革命，它的许多工业制成品都是大陆国家所急需的，而大陆一些国家如普鲁士、俄国等都是农产品出口大国，而英国是他们农产品的老主顾。因此各国商人常通过走私渠道，逃避封锁，在英国和欧陆之间倒卖货物，使大陆封锁令难以真正实行。
拿破仑为了在比利牛斯半岛强行推行大陆封锁政策，派他的哥哥约瑟夫去做西班牙国王，派朱诺将军去葡萄牙做国王，还有荷兰、意大利等国，也都由他的亲属统治，把欧洲大陆的一切港口都置于法国严密控制之下。这一高压政策却激反了西班牙人和葡萄牙人，他们首先发动起义，反抗法国人。欧洲其他国家也出现了此起彼伏的人民反抗法国统治的斗争，使法国人焦头烂额，顾此失彼。西葡起义者还向英国请求援助，而英国正需要在大陆寻求盟友，于是立即派出一支舰队和一支3 万人的陆军前往。一位名叫阿瑟·韦尔斯利的英国将领统率着这支英国军队。这韦尔斯利不是别人，正是后来在滑铁卢大败拿破仑的威灵顿公爵。
1808 年8 月，威灵顿将军在葡萄牙登陆作战，在维墨里奥击败了朱诺将军指挥的法军。拿破仑闻讯，立即率16 万大军增援驻守西班牙的法军。但是这支大军首先遇到了西班牙游击战士的左冲右突，声东击西，使拿破仑的大军无法展开作战。威灵顿指挥的英国军队则凭借里斯本西北的“托里斯——韦德拉什防线”，严阵以待，抗击法军的进攻。1809 年，英国又拉拢奥地利结成第五次反法联盟，拿破仑回师东进，一举击溃奥军，5 月攻占维也纳，第五次联盟又瓦解了。
进入1812 年后，欧洲和北美同时发生两场重要战事：一是英国同美国的冲突发展为战争；二是拿破仑率军进攻俄国，结果招至惨败，加速了拿破仑帝国的灭亡。
按下拿破仑对俄国的远征不表，却说英国对法国的反封锁惹恼了美国，导致两国大动干戈。事情是这样的：拿破仑的大陆封锁令对英国外贸多少造成一些不利影响，国内工业品销不出去，英国便大量向美国倾销，而美国的商品正因欧洲的封锁和反封锁而大量滞留国内，库满为患，一下子又有这么多英国货涌入，美国的工商业委实是吃不消。而且英国还派舰艇封锁美国大西洋沿岸，封锁美国新近从法国手中购买的路易安娜南部的新奥尔良港，禁止美国与法国通商。英国军舰甚至在公海上搜查和捕获美国的商船。1807 年6 月，英国军舰“豹子号”居然要搜查美国“切萨皮克”号巡洋舰。美国舰长心想，我美利坚合众国乃堂堂正正的独立国家，又不是你大英帝国的殖民地，岂能任由你登船检查！遂断然拒绝英舰的无理要求。英舰凭借自己的实力，当即向美舰开火，造成3 人死亡，18 人受伤。此事引起美国朝野极大的愤怒。
美国政府决计对英国实施报复，意欲迫使它改变对美贸易政策。美国于1807 年公布《禁运法案》，禁止美国公民同欧洲交战双方所有国家进行贸易。但这一法案也损害了美国工业家和商人的利益，招致不满，美国遂改变政策，宣布只要英法任何一国废除对美贸易限制，美国将同其进行贸易，并停止与其敌国的贸易。法国政府率先做出反应，宣布放弃对美贸易限制。美国果真履行诺言，于1811 年宣布停止同英国及其属地的一切贸易往来，此举使英国出口大减，损失惨重。英国当然十分生气，于是伺机报复。双方摩擦不断，最终美国政府决定诉诸战争。1812 年6 月，美国参众两院通过对英宣战案，第二次英美战争爆发。战争中英国稍占上风，1814 年夏天曾一度占据美国首都华盛顿，纵火烧毁国会图书馆及其他建筑物。英军还对大西洋沿岸和佛罗里达等地构成威胁。美国人民奋起抵抗，杰克逊率领的美军发起反击，使英国的作战目的也无法实现。最后英美双方于1814 年12 月签订和约，结束战争，同意恢复交战前的状态。美国通过这次战争巩固了已赢得的独立，所以此战又被称为美国的“第二次独立战争”。
再说法国远征俄国，因遭遇严寒、饥饿、俄国人民的拼命反抗，最后丢盔卸甲，损兵折将，狼狈而归。远征俄国的失败使法国元气大伤。与之相反，反法国家受此鼓舞重新活跃起来。1813 年，英、俄、普、奥、瑞（典）、西、葡组成第六次反法同盟。1813 年10 月，双方军队在莱比锡展开决战，双方投入的总兵力达60 万人，在决定战争胜负的