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随即朱棣打出了“奉天靖难”的旗号，将自己的军队称为“靖难军”。
收到燕王的上书后，朱允炆的反应还算敏捷，毕竟早有心理准备的事了，再难受也得面对骨肉相残的现实。于是朝廷运筹帷幄、调兵遣将，挑选了长兴侯耿炳文为主帅，去迎战靖难军。耿炳文是洪武时期的老将，也是开国功臣之一，但朱允炆看中他的原因却不是他的作战能力，而是因为他是孝康皇帝的亲家——朱标的长女江都公主嫁给了耿炳文的儿子——是信得过的自己人。
可耿炳文出征之前，朱允炆却给老将军出了一道难题，他对将士们说：“毋使朕有杀叔父名。”两军对阵之时，讲究的是擒贼擒王，这倒好，还没出城呢，就被告知不许杀敌人主将，士气一下子就低落了不少。
朱允炆和齐泰、黄子澄他们前几次削藩轻易成功，以至于这次燕王举兵，在他们看来只是急红眼的兔子蹦哒几下而已。当时朝廷的共识是“北兵不足忧”，朱允炆的心思也不在四叔身上，他这时“锐意文治”，正忙着和方孝孺讨论如何复古改制重新命名朝廷官署的琐事。将军队交给老将耿炳文，他很放心，一放心就又起了亲情惦念。
耿炳文是胡、蓝两案之后，朝廷里硕果仅存的功臣武将之一。能在朱元璋亲手制造的两场大屠杀中存活下来，耿炳文也是个精明的人，可怜这样精明的人却在晚年遇上朱允炆这么个不分时机讲亲情的糊涂皇帝。不许杀燕王的紧箍咒绑在他头上，让他束手束脚，很快败下阵来。
朱棣此时的兵力比起朝廷来说还很薄弱，有好几次朱棣陷入大军包围之中，万分危急之时，朱棣总是从容不迫地让军队先撤离，自己孤身殿后——他在赌，赌他那个柔弱的侄子不愿担杀叔父的恶名——而耿炳文果然不敢让士兵们追杀，只能眼睁睁地看着朱棣逃走。
一个敢拿自己的性命做赌注的王爷和一个两军对阵时还讲究亲情的皇帝，他们两人最终的胜负已经很明显了。
锦衣卫重生（1）
整个靖难之役从建文元年七月朱棣起兵开始，到建文四年（1402年）七月朱棣正式登基为止，正好四年的时间。其间，两方军队打得昏天黑地，两边的首脑人物却依然戴着温情脉脉的面纱，双方信使往来频繁，互相说着冠冕堂皇的话。
先说朱棣这边，他对正经朝廷派来的使节虽然傲慢，但还是好吃好喝地招待着，来得也去得。而朱允炆这边，自恃是朝廷中央，对待朱棣的使节就不那么客气了。
建文三年（1401年）五月的时候，胜利的天平已经开始向靖难军一方倾斜。朱允炆给朱棣写了封信：“四叔啊，你看齐泰、黄子澄已经被我罢官了，你是不是可以退兵了呢？”朱棣回了封信：“皇上啊，您只要让官兵都撤了，我也一定撤军，老老实实地回去做藩王。”
朱允炆没有听从四叔的要求首先退兵，反而派遣大理寺卿薛岩去燕王那里宣诏，说朝廷决定不再追究燕王父子起兵的罪过，要求燕王主动解散人马，立刻归藩，以后不再干预政事。朝廷的目的很明确，是想先稳住敌方，拖延时间，好让官军重新调集人马来个大反攻。可是这种抢先求和的态度反而彰显了官军的劣势，朱棣当然不傻，不会趁机收蓬。他带领薛岩参观自己的军营，兵马交错、旌旗蔽日，威武整肃的军容给薛岩留下了深刻的印象。
回到南京后，薛岩将自己的所见所闻汇报给朱允炆知道，认为朝廷的军队肯定打不过燕王，不如立刻按照燕王的要求主动罢兵求和吧。朱允炆听了薛岩的话有些心动，方孝孺——在齐泰、黄子澄离开朝廷后，他就成了朱允炆最亲近的大臣——在一旁指责薛岩是在为燕王游说，动摇军心，将他大骂一顿。方孝孺这样的大儒，骂起人来引经据典还不带脏字，这一下薛岩受不了了，转过头投奔了燕王。
然而，战场形势瞬间万变，就在薛岩出使的同时，官军出其不意切断了燕军的粮草供应，一举扭转了双方的局势。
朱棣见势不妙，用起了和侄子皇帝相同的方法——拖延时间。他派了一个叫武胜的人去觐见朱允炆，同时带去自己给朝廷的信，信里责备侄子皇帝说话不算话，一边说罢兵一边又调兵，这和派薛岩宣诏时所说的背道而驰啊。末了，他还在信里再次信誓旦旦地表决心：“朝廷的兵，朝散，我夕即敛师归国”。朝廷这边早上退兵，我晚上就带兵回自己的藩国！
朱允炆看了朱棣的信，又开始动摇起来，觉得叔父说的也有道理，的确是朝廷这边首先提出的和平方案，如果只是嘴皮子说说，未免也太没有诚意了，于是把方先生叫来一起商量朝廷的退兵事宜。他对方孝孺说：“太祖高皇帝一向重视皇族亲情，燕王是朕的叔父，若真出了什么事，将来有什么脸面去见宗庙神灵呢？”——咱们退兵吧。
方孝孺对朱允炆总是不合时宜的亲情泛滥觉得又好笑又可气，他对朱允炆说：“陛下真想退兵吗？一旦我们退兵，燕王反而长驱南下，又该怎么抵御？现在朝廷军威大振，相信很快就会有捷报传来，请陛下您不要被燕王哄骗了。”
朱允炆想了想，又觉得四叔的确不会甘心回国，方先生的话还是很有道理的，于是态度重新强硬起来，不但不给朱棣回信，还把武胜抓起来投入锦衣卫狱中。
本来锦衣卫在洪武后期已经被停了不少权力，朱允炆削藩的过程中主要借助他们卓越的侦查能力。而随着燕王起兵，朝廷里鼠首两端的骑墙派很多，锦衣卫的主要任务就放到了侦查朝中是否有人和燕王勾结上。朱元璋女儿很多，朱允炆的姑父也就不少，这其中有的忠于朱允炆，坚决支持讨伐燕王；有的则支持朱棣，暗中将朝廷的情况向燕王通风报信。其中怀庆公主的驸马王宁就因为向燕王泄露朝廷消息而被下锦衣卫狱，直到朱棣登基才被放出来。
这回将燕王使节抓到锦衣卫狱，朱允炆秉承一贯的和平政策，并没有下旨杀人。可不知得着哪方面的指示，武胜下锦衣卫狱没几天就翘了辫子。
锦衣卫重生（2）
武胜之死，标志着对战双方最后温情面纱的撕裂，朱允炆和朱棣这对叔侄之间再无任何沟通的余地了。
到了建文三年年底，南北战势陷入胶着状态。正面战场形势对朝廷方面越来越不利，方孝孺情急之下剑走偏锋，想到了内部瓦解的策略——离间朱棣父子的感情。
朱棣有三个儿子，长子朱高炽，次子朱高煦，三子朱高燧，其中朱高炽的性格很像大伯朱标，待人宽和，而且可能是消化系统有问题，身材很肥胖，走路都需要人搀扶，很不得父亲的欢心——大概是遗传的关系，朱棣也和他老爹朱元璋一样，不喜欢文弱的大儿子，而更喜欢勇武的二儿子和小儿子。
在靖难之役中，朱高炽作为燕王世子留守大后方，朱高煦和朱高燧则一直跟随在朱棣的身边，尤其是朱高煦，作战很勇猛，曾多次深入战阵救过朱棣的性命。
朱高煦和朱高燧一直都瞧不起大哥朱高炽，对他的世子地位觊觎已久，经常在朱棣面前说大哥的坏话，指望朱棣哪天废除朱高炽的世子地位，好让自己取而代之。久而久之，燕王府的三位王子各有派别，这件事情在北京城已经是公开的秘密。
远在南京的方孝孺也知道了这个秘密，他向朱允炆建议利用这一矛盾，离间身在前线的朱棣和留守后方的朱高炽，让朱棣后院起火，迫其罢兵后撤。
朱允炆接受了方先生的建议，让他写信给朱高炽，劝他归顺朝廷。
方孝孺写好信后派锦衣卫千户张安带往北京，送交燕王世子朱高炽。张安的任务不光是送信，他还负有故意散播朝廷招降燕世子消息的使命。
这种活计交给锦衣卫来做真是再合适不过的了，信递到朱高炽手里的时候，朝廷派人传书世子的事情已经传遍了整个北京城。燕王府里朱高燧一派的宦官黄俨自然也知道了这个消息，他立刻派人快马加鞭去前线报告朱棣——世子和朝廷勾结要背叛你了。
朱棣得到消息后大为震惊，他平日里的确不怎么喜欢这个大儿子，也曾动过改立自己最喜欢的二儿子为世子的念头，和大儿子之间的感情疏远已非一日，加上这个消息又是从王府里的宦官那里传来的，让他觉得空穴来风必定有因。他问跟随在身边的朱高煦如何看待这件事，朱高煦趁机落井下石，说大哥和朱允炆的关系一向很好，三弟的消息恐怕是真的。两个小儿子联合起来陷害大儿子，也难怪朱棣半信半疑。正在他惊疑之时，世子的书信也到了。随书信一同送来的，还有五花大绑的锦衣卫千户张安。
朱高炽作为燕王世子，虽然不能跟随父亲左右，但在留守北京的过程中也是尽心竭力。他知道朱棣并不喜欢他，就努力做好世子的分内事，以求得到父亲的赏识；他也知道两个弟弟老给自己找麻烦，但他一直存有兄弟情分，处处忍让，从来没有过背叛父亲兄弟的想法。然而朝廷的密信将他摆到了悬崖的边缘——不管信里写了什么，只要他接了信，就落实了和朝廷私相往来的罪名。和自己这一派的谋臣商量之后，朱高炽决定对朝廷的密信“不启封”，根本就不去理会信里的内容。他还亲自写了一封信给朱棣，向朱棣交代了事情的经过，连同张安还有未拆封的朝廷密信一起送到朱棣那里，以此向父亲表明心迹。
朱棣先读了儿子的信，又拆看了朝廷的信，总算放下心来，叹道：“嗟乎！几杀吾子！”——他真的对自己的儿子动过杀心。总算朱高炽政治应变能力强，及时洗清了自己的嫌疑，一场风波才算和平解决。
靖难之役延绵四年，建文四年六月，燕军直逼南京城下，谷王和曹国公李景隆开门迎降。城破之日，皇宫大火冲天，朱允炆走上了潭王、湘王的老路，自焚而死。
朱棣入京后，一面对着烧毁的宫殿流下几滴鳄鱼的眼泪，一面迅速登基称帝，同时宣布缉拿齐泰、黄子澄和方孝孺等数十名“奸党”。
自然，执行任务的仍然是锦衣卫，只不过一朝天子一朝臣，此时的锦衣卫已经来了个大换血，担任指挥使的是靖难之役中主动投效朱棣的山东临邑人纪纲。
锦衣卫重生（3）
朱棣以藩王而求皇位，在方孝孺这样的正统儒士看来自然是大逆不道的行为，应该遭到全国人民的咒骂和唾弃。但趁着乱世浑水摸鱼，以求压对宝，立下不世之功的人遍布天下。道衍身为和尚却有定国安邦的志向，他力劝朱棣起兵，为的是实现自己的人生理想，而在朱棣南下的过程中，也陆续有不甘寂寞的人或选朝廷或选燕军，在乱世之中豪赌一把，以为自己拼出一份锦绣前程——纪纲正是这样的人。
纪纲自幼习武，骑马射箭样样在行，而且性格阴鸷，做事勇猛果断。洪武年间，朱元璋在全国推广学校制度，纪纲也入学学习四书五经，纲常伦教。但在学校读书的时候，纪纲经常口出狂言，结果因为“妄自邪说”而被学校开除。
这样一个桀骜不驯的人，在和平时期估计也就是为祸乡里的小霸王，若是碰上个清官，最后还可能被政法机关给专政了。但他生逢其时，就在离开学校没过多久，燕王朱棣举起了“清君侧”的大旗，起兵造反。纪纲觉得人生的机会来了。
建文二年，朱棣的靖难军和朝廷的护国军在山东展开拉锯战。五月，朱棣率领大军在临邑地区进行战时演习，纪纲在观察了靖难军严格整肃的军纪后，做出了人生中最重要的决定——他闯进燕王军营，冒死拉住朱棣的坐骑，要求投军，跟随燕王效命。
要知道此时的战局还不明朗，朱棣能否成功还是未知之数，以前也曾有人弃官军而投靖难军，但大多是朝廷官员，他们了解燕王的能力，认为燕王必胜，这才放心投奔。而纪纲却只是个平头百姓，竟然主动来投，这对于渴望民心的朱棣来说是个莫大的安慰。况且纪纲敢于拦截亲王的坐骑，足见他胆略过人，朱棣当即就将纪纲留下当自己的侍卫亲兵。
此后诸多战役，纪纲跟随在朱棣身边，作战勇猛的同时又心细如发，善于揣摩朱棣的心思，很得朱棣的宠信，不到一年就被朱棣封为忠义卫千户，可谓是平步青云。
建文四年（1402年）七月，朱棣得偿所愿登上帝位，他不承认朱允炆的皇帝名份，废除了“建文”年号，将这一年称为“洪武三十五年”，宣布第二年改元永乐。
朱棣赏罚分明，称帝后对追随自己的人加官晋爵，扶植了一批新贵，而对于朱允炆的死忠则要赶尽杀绝。封赏加官的好人当然由朱棣自己来做，搜捕刑讯的