平叛。校军奉命返回黄埔军校本校，筹办军校潮州分校之议“因之遂寝”撤销。
9月，国民革命军举行第2次东征。10月，东征军再次到达潮州，收复潮汕。11月初，国民革命军东征指挥部开始恢复筹办黄埔军校潮州分校，最初定名为“陆军军官学校潮州分校”。11月12日开始正式招收学生，12月10日任命何应钦为校长兼教育长。12月18日，举行开学典礼，学生和入伍生计800余人，各编3个队，于23日正式开课。
1926年4月1日，教育长改由邓演达担任。由于黄埔军官学校本校易名，5月潮州分校也改称“中央军事政治学校潮州分校”。黄埔军校校长蒋介石兼任潮州分校校长，汪精卫任党代表（属国民党），委派何应钦任教育长（后代理校长职务），东征军总政治部主任周恩来兼任潮州分校政治部主任（后由刘康侯继任），王昆仑为秘书（后由王逸常今日黄埔军校潮州分校旧址正门继任）。分校仿照本校建立组织系统，设立校长、党代表、教育长，政治部（设总务、宣传和党务3个科）、教官部、校长办公厅、军需处、副官部、总队部和卫兵排。
黄埔军校潮州分校校址设在潮州城湘太马路（今中山路）李氏公祠。公祠旁边搭草棚作为学生教室和寝室。初定招生人数为学生1个队，入伍生3个队，后因为第1军各师、教导师、独立第1师先后送来编余人员达400名，人数大增，故设3个学生队。因李氏公祠房屋不敷分配，乃将入伍生分驻于金山中学及李氏公祠后面的郭家祠。在1925年12月下旬，入伍生第3队入校后，潮城再也没有地方容纳，又把驻扎在海阳县儒学宫的第1师第1团迁入李氏公祠对面的黄氏公祠，儒学宫略事修葺作为入伍生宿舍。潮州分校形成一座有完备机构建制的分校，因而《中央陆军军官学校史稿》称：“本校之有分校，当自潮州分校始……”
当年的潮州分校门口周恩来担任潮州分校的早期政治部主任，为分校创立和开展政治工作倾注了一腔心血。他聘请黄埔军校本校的熊雄、恽代英、萧楚女等共产党员为政治教官，聘请共产党员李春蕃（马克思主义原著翻译家）、李春涛（国民党左派、周恩来称之为“党外的布尔什维克”）到校授课，并指示政治部宣传科长、共产党员杨嗣震创办校刊《韩江潮》，作为宣传革命思想的阵地。周恩来主持分校政治部，着重对学生开展阶级教育和形势教育。他那充满感染力的演讲，和恽代英讲授的社会发展史，萧楚女讲授的经济学概论，都非常吸引学生。政治部为学生开设三民主义、中国国民党史、帝国主义侵华史、世界革命史、社会主义等15门课的政治教程。
潮州分校培养了一批具有奋斗精神，为打倒帝国主义及军阀而战斗的革命战士。1926年6月1日，第1期学生毕业，共348人。因与本校第3期毕业时间相近，故此期又称为本校第3期。学生毕业后，均分发到第1军独立第2师及第20师见习。6月6日，第2期入伍生升学，并补考第1军未受军事政治教育的军官50多人。12月底期满毕业280人，是为本分校第2期毕业生，又称为本校第4期毕业生或本校第4期独立大队毕业生。这期毕业生分配后，该分校停办。
遍地开花结果的12所分校（2）
黄埔军校潮州分校自1925年12月正式开办，至1926年年底结束，存在1年时间，共举办2期，毕业生728人。这些毕业生在北伐军各部队中担任军事或政治工作，参加了北伐战争的历次战斗，先后有近200人伤亡。这些烈士的名字载入黄埔军校同学会荣哀录。
长沙分校：开办于1926年6月12日，1928年7月停办。原称中央军事政治学校第3分校，后并入南京本校。1926年3月10日，蒋介石任命石醉六为校长，在两湖地区开办分校，校址选定在湖南省长沙。先期在湖南、湖北招生，录取1000余人，编成步兵、炮兵、工兵各兵科及政治科。正在训练时，学生因不满学校的教学管理，主动离分校到南京本校的有500余人，编为南京本校第6期步兵第3大队，未离开长沙的一半学生500余人，继续学习至1928年5月毕业，两个月后本分校宣布解散。
洛阳分校汉中办公地——石堰寺大门旧址南昌分校：开办于1928年5月，1929年7月停办。设校长、教育主任各1人，第一任校长刘体乾、教育主任邹兆衡。本分校学员由第5路军所属各师、旅、团中考选，计700余人，于1928年5月1日在江西省南昌举行开学典礼，8月初再复行甄别考试，淘汰100余人，其余学员编为步兵3个队，炮兵及工兵各1个区队，每个区队80余人，分为5个教授班施教。10月，由原称中央军事政治学校南昌分校改称中央陆军军官学校南昌分校。1929年6月初，举行联合演习，本月中旬举行毕业考试。前后历时5天，6月25日举行毕业典礼，蒋介石派代表监察考试及训话。600余名毕业生分发至第5路军第7师、第12师及国民党江西省政府所辖各部队中见习。自这批学员毕业后，蒋介石以南昌没有再设分校的必要为由，命令撤销该分校。
第1分校（洛阳分校）：开办于1933年8月18日，1945年春停办。开办此分校的宗旨是施行本校学生（员）的转地教育，及对于军官志愿赴西北服务或屯垦者，施以屯垦教育及军事训练，军官训练第2期学员开始在本分校召集训练。本分校组织，设主任1人，先后由祝绍周、钟彬等负责，下设有学员总队、入伍生团。本分校共调训第2至第5期学员9000余人。1937年7月，奉命招收学生。校址原在河南省洛阳，1938年1月迁往陕西省汉中，3月改称军校第1分校，并扩大编制。
1944年，国民政府采取精兵简政政策，所有军事机关大量缩编，当时黄埔军校所辖的各分校也奉命分别裁撤。1945年春，该分校编并入第9分校。本分校第14期学生分3个总队，毕业学生2170人；第16期学生分2个总队，毕业学生1935人；第17期学生分3个总队，毕业学生2182人；第18期学生分2个总队，毕业学生1098人。计毕业学生7385人。毕业学员（短期训练班队）共计7413人。共计毕业学生、学员14798人。
1927年拍摄的黄埔军校武汉分校大门口景象
第2分校（武汉分校、武冈分校）：该分校是本军校分校中著名的一所分校，其规模与影响最大。1936年出版的《中央陆军军官学校史稿》称：“武汉分校规模之宏大不亚于黄埔本校，有男女学生及入伍生6000余人，实为中国腹部武装革命势力之大本营”。在教学分类上同南宁分校一样，是一所政治学校。武汉分校在办学时间上分为3个阶段。
1926年10月，北伐军光复武汉，国民革命的浪潮从珠江流域席卷到长江流域。为迎接革命大发展，满足政治、军事人才的需要，国民党中央先决定设政治训练班，后改办中央军事政治学校（黄埔军校）政治科。校址定在位于武昌文昌门、平湖门之间的两湖书院旧址。两湖书院为张之洞1890年创办，旧址在原湖北医院住院部，今武汉音乐学院、武昌实验小学一带。
建校之初全名为武汉中央军事政治学校，10月27日宣布成立。确定将黄埔第5期政治科学生移往武昌就读，同时面向全国招收新生。新录取男生986人，女生195人，他们先称入伍生，后成为黄埔第6期的正式学生。未被录取的考生，多数进入设在武昌南湖的总司令部学兵团，少数女生被介绍进入设在汉口的妇女运动训练班。12月，黄埔本校第5期政治科学生抵达武昌；同时又决定将黄埔本校第5期炮兵、工兵科移来武昌就读。当时武汉军校本部驻两湖书院，第5期政治科、第6期男生也住在这里。第5期工兵科、炮兵科分驻大东门外华中师大旧址和平湖门外旧骑兵营，女生队驻在与书院一墙之隔的两湖中学。
遍地开花结果的12所分校（3）
1927年1月，黄埔本校第5期炮兵、工兵科学生陆续到武昌学习。武昌的军校有了政治、炮兵、工兵3科。1月19日，武汉中央军事政治学校改名为中央军事政治学校（黄埔军校）武汉分校，蒋介石兼任校长，张治中任教育长兼训练部部长、学生总队长，共产党人恽代英任政治总教官，校务实际由代校长邓演达代理。2月12日军校正式开学，宋庆龄、孙科、吴玉章、董必武等出席开学典礼。宋庆龄的祝词由中共湖北省委妇委书记袁溥之（后为吴晗夫人）“大声转述”，言简而意赅，师生为之动容。此期间，黄埔军校校长蒋介石曾来武汉检阅分校的学生。3月22日，鉴于国民党中央和国民政府已迁至武汉，决定将分校正名为中央军事政治学校，取消分校名称。国民党中央执行委员会扩大会议决定取消军校校长制，蒋介石遂离职，月底张治中也辞去教育长职务。改由以谭曙卿、邓演达、恽代英3人组成校务委员会，管理校务。“四·一二”政变后，夏斗寅叛变，由军校学生组成独立师讨伐夏部。6月30日，撤销建制，恢复正常学习。汪精卫策动“七·一五”政变后，武汉形势骤变。7月18日，黄埔第5期学生被迫毕业离校，一部入叶挺、贺龙部，一部入张发奎部。接着军校整体改编为张发奎的军官教导团，全部移驻南湖营房。
在武汉分校这个大熔炉里锻炼出来的数千优秀儿女，踏上了新的革命征程。恽代英和几百名分配或转移到叶挺、贺龙部队的师生，包括70多名女兵，参加了南昌起义。曾负责分校党务工作的陈毅率领一批师生没有能赶上起义，却在江西临川赶上了起义队伍。起义军在潮汕失败后，陈毅与朱德率余部转战湘南，接着在井冈山与毛泽东会师。分校教导团后转移到广东，著名的广州起义就是以这个团的1300多名武汉军校师生为主而发动的。起义失败后，又成为叶镛、徐向前（政治大队第1队队长）领导的红4师第10团，转移到海陆丰。在这两次起义的师生中，成为中华人民共和国元帅的陈毅、徐向前，大将罗瑞卿、许光达，上将陈伯钧及程子华、刘型等都担任过国家有关部门的负责人。女兵危拱之、周月华、张瑞华（后为聂荣臻元帅夫人）也在随后的革命和建设中作出过贡献。
胡筠、黄杰（后为徐向前元帅夫人）等返乡的军校学生，都成了各自家乡起义活动的领导者；去苏联学习的李淑宁、王亦侠等，回国后参加了抗日运动。李淑宁就是后来在东北抗日联军任职，在白山黑水高举抗日大旗的巾帼英雄赵一曼。政治教官沈雁冰、第6期学生臧克家后来成为中国现代文学巨匠和著名诗人。学生宋绮云后成为杨虎城的秘书，为促成抗日民族统一战线的建立做出了显著成绩。
到1927年7月底，原武汉分校的师生全部离校。第一阶段的武汉分校至此结束，或者说是国共合作的武汉军校从此便不复存在。
1929年春，原在武昌的桂系军队败走别处，前第4集团军随营军官学校学员1000多人出走鄂西，蒋介石遂下令收留这些学员，于4月初决定续办武汉分校，派钱大钧为教育长前往接办。4月18日，武汉分校再次正式开办。5月初陆续将流落鄂西回校的学员改编为步兵3个大队，炮兵、工兵各1个队，并将第18、第50师军官教导团500余人，并入本分校编为军官补习班，后改编为步兵第4大队。共有学员1700余人。1929年6月16日，举行开学典礼。1930年7月下旬，第7期学员毕业后，又招收第8期入伍生1个团。这年冬，第8期入伍生修业期满时，奉命于1932年3月并入本校学习。中间阶段的武汉分校于此宣告结束。
1936年1月，出于军事形势的需要，蒋介石决定将陆军整理处军官教导团改组为武汉分校，又复组该分校，是为武汉分校的后期阶段。设主任、副主任各1人，李明灏任主任。训练单位有：学员总队、军官教育队、练习营。1937年“七·七事变”后，校址由武昌南湖迁至湖南邵阳，于完成第14期学员入伍教育后迁移至武冈，故习惯上又称为武冈分校。是年冬，改称中央军校第2分校。日军进犯湘西时，为避免损失，分校迁至湖南会同。1939年10月，国民党军实行修订新编制，军校的组织变动也很大。1945年5月，本分校奉命裁撤，在校受训入伍届满的第19期第5、第6总队学员，由成都本校派员考试甄别选取，编为第21期，并入成都本校继续学习，本分校遂宣告结束。
遍地开花结果的12所分校（4）
后期阶段的武汉分校各期毕业学生、学员：第14期学生1个总队，毕业学生1136人；第15期学生1个总队，毕业学生1195人；第16期学生2个总队，毕业学生2575人；第17期学生4个总队，毕业学生5425人；第18期学生3个总队，毕业学生3673人。计有毕业学生14004人。各种班队毕业学员9513人。共毕业学生、学员23517人。