军军官讲习所学生也并入南京本校，编为步兵第4大队。其他学校的交通技术学生并入南京本校后编为交通大队。第26军军官团并入南京本校后，编为辎重区队，属炮兵大队。南京本校本期学生于1929年5月15日期满毕业，共计3534人。在黄埔军校史上称为第6期第1总队，以此与广州黄埔本校的第6期第2总队相区别。广州黄埔本校第6期学生招生于1926年8月，10月录取入伍生4400余人。升学时分炮、工、步3科。此期间，蒋介石在军校中“清党”，白色恐怖下，黄埔本校的校务陷于停顿，本批学生中途退学、潜离者占大半，留黄埔本校者还有800余人。1929年2月期满时，仅剩718人毕业。在黄埔军校史上称为第6期第2总队。本期学生在南京本校和黄埔本校共计有4252人毕业。武汉分校黄埔第6期，还培养了黄埔军校史上的首批女生。
国民党一党独办军校的南京时期（3）
第7期：本期学生也分别在广州黄埔和南京两地学习。以1928年初浙江国民党省政府在杭州设立的军事训练班为第7期基础，其中收容广州黄埔本校学生1000余人，编为第3大队，除第1、第2大队属于第6期学生外，其余第3大队即第7期预科生。稍后，国民党第2集团军军官学校的学生，送杭州改编，也同属于第7期预科生。1928年冬，该期预科生来南京升学，1929年3月16日开学，分步兵、骑兵、炮兵、工兵4科。1929年10月，南京本校本期学生曾奉命去武汉执行警卫任务，分驻各地，教育因此停顿，至11月才返校补课，12月28日举行毕业典礼，共计852人毕业。在黄埔军校史上称为第7期第1总队，以此与广州黄埔本校的第7期第2总队相区别。广州黄埔本校第7期学生有预科生和入伍生之
原南京黄埔军校校园内的“炮标”地名今仍在（2003年摄影）
区别，当第6期入伍生入学考试结束后，远道来广州报考军校者甚多，便成立了学生军及军士教导队，为第7期预科，之后去南京本校的学生很多，黄埔本校仅剩200余人。1927年冬，国民革命军第8路军总指挥部在燕塘组织军官学校，招收学兵。1928年5月，国民党中央为统一军校教育，电令取消燕塘军官学校，原在校学兵就近由黄埔本校接收。黄埔本校在燕塘特设入伍生部，派李扬敬为部长，招取入伍生800余人。这批入伍生与黄埔本校原本期预科生均在1928年冬升学。本期广州黄埔本校学生因蒋介石下野曾一度中断学习，后复课。1929年9月26日举行毕业典礼，计有666人毕业。在黄埔军校史上称为第7期第2总队。本期学生在南京本校和黄埔本校共计有1518人毕业。
第8期：本期在教育体制等方面，与以往各期有较大的不同：一是该期于1930年5月成立的入伍生团，其组织虽与普通编制相同，但又与普通步兵团不同，在各连设尉官班长，这是以前入伍生团所没有的；二是自本期开始，延长学生在校修业时间为3年，第一年为入伍生教育，使其对军队生活有所了解。第二、第三年为学生教育，学习各兵科将校官必要的知识和指挥能力；三是从1931年起，军校采用德国教育方式，蒋介石曾经专聘德国顾问来校讲学，如总顾问鲍尔，德国驻上海总领事克礼培尔，德国原国防军总司令塞凯特，德国将军魏资尔等都曾为军校出谋划策。1932年3月，武汉分校第8期学生总队并入南京本校，为第8期第2总队。本校生为第1总队。第1总队于1933年5月20日毕业，计有学生505人。第2总队于11月毕业，计有学生1240人。该期毕业生共计1745人。
原南京黄埔军校校园内的“马标”地名今仍在（2003年摄影）
第9期：该期学生主要来自于黄河流域的山东、河南、山西、陕西和东北地区的辽宁、绥远、黑龙江等地。自该期开始，黄埔军校向黄河南北、边疆等地招生。本期学生于1930年3月6日入校，1931年5月升学，1934年5月毕业，共计有毕业生654人。
第10期：本期学生分为两批，经过两次招生。第一批于1933年9月进校，编为入伍生团。入伍生团分为步、骑、炮、工、交通5个科，学生于1936年6月16日毕业，计940人，称为第10期第1总队。第二批是后将备取生成立入伍生预备班，修业时间延长半年。预备班的学生分科与第1总队相同，于1937年1月毕业，计有621人，称为第10期第2总队。该期共计有毕业生1561人。
第11期：该期学生主要来自于北平、洛阳、汉口、南京、上海、广州等城市，先后于1934年9月入伍，编为两个入伍生团。正取生700余人，编为入伍生第1团，称第1总队。备取生纳入预备班，编为入伍生第2团，称第2总队，修业期延长半年。第1总队学生于1935年11月入伍期满，分发各部队实习3个月，于1936年1月升学，1937年8月28日毕业，计有605人。第2总队学生于1937年10月25日毕业，计有664人。本期分步兵、骑兵、炮兵、工兵、交通5个科，共有毕业生1269人，是黄埔军校在南京时期毕业的最后一批学生。
国民党一党独办军校的南京时期（4）
第12期：于1935年9月28日在南京本校入伍者，计有652人。11月11日，要塞炮校的103名学生转入本校。1936年9月9日分步兵、炮兵、工兵、通信兵4个科，步兵4个连，炮兵1个连，工兵1个连，通信兵1个排。1937年1月28日升学，为第12期学生总队。下半年因日军进犯，战火迫近南京，自8月开始陆续西迁。因抗战需要，该期学生提前于1938年1月20日毕业于武昌，共计有740人。
第13期：是黄埔军校南京时期最后一批在南京招收并进行入伍生教育行将期满的学生。1936年8月招生，9月1日入伍，共计有1490人。入伍生教育即将期满升学时，因日军侵犯南京，国民党军大溃退，军校也由南京西行，经江西、湖南、湖北进入四川。1937年11月11日，本期入伍生于庐山举行升学典礼，共1446人，为第13期学生第1总队。1938年9月16日毕业于四川铜梁，共计有毕业生1412人。
此外，在南京招考的还有第14期入伍生，分别于1937年10月之后在南京入伍。1938年11月和1939年9月分别毕业于四川铜梁。累计有毕业生2179人。该期入伍生在南京基本上没有受训学习，故一般不计入南京时期黄埔军校毕业生内，而归入成都时期黄埔军校。
南京时期是黄埔军校史上的一个重要时代。南京本校建立以来，开办计有9期，其中第5期至第11期学生在校毕业，招收了第8期至第13期军校生。共招收7459人，毕业11000余人。
南京时期黄埔军校比较之前后另外两个时期，突出的特点是反共宣传更为彻底。黄埔本校时期，为国共合作建校；成都本校时期，抗日民族统一战线形成，军校在某些方面有其很大的进步性；南京本校时期，则是自始至终的反共，为国民党政权培养了不少积极反共的中坚力量。因此，南京时期的黄埔军校，对研究民国史、国民党史有着重要的不可或缺的作用。
在大陆时间最长的成都时期（1）
20世纪30年代的黄埔军校校长蒋介石1937年底，日军占领南京前夕，黄埔军校西迁四川，一直到1949年底国民党政府败退大陆，校址再没有离川，历时长达12年。除短训班外，有两期学生毕业于四川铜梁，10期学生毕业于成都。一般说来，在四川铜梁招收入伍升学的学生，统一划归黄埔军校成都时期。这一时期，是黄埔军校在大陆培训学生最多、校址未变时间最长的一个时期，也是该校在大陆培训学生的最后一个时期。
蒋介石国民党政府在成都设立军校，最早是在1935年，称谓黄埔军校成都分校，成立于10月1日。由黄埔军校南京本校原教育处长李明灏为分校主任，彭武扬为副主任。1936年4月15日正式开学，1938年1月改称黄埔军校第3分校。
1937年底，国民党政府从南京大撤退，黄埔军校南京校本部也紧急撤离西迁。 11月初，黄埔军校南京本校第13期入伍生于庐山举行升学典礼后，称为第13期学生第1总队。会同录取不久的第14、第15期两期入伍生，经过几个月的行军，途经江西、湖南、湖北，进入四川，到达铜梁安居镇，行程计有2000余公里。军校在铜梁整训将近1年，在校学生编为第13期第1总队、第14期第1、第2总队和第15期第1总队。在铜梁，1938年9月第13期第1总队学生毕业，11月第14期第1总队学生毕业，1939年9月第14期第2总队学生毕业。由于此时处于战争时期，在校教育很难正规化，特别是学生员额萎缩，军校撤销了学生总队。国民党政府迁移重庆后，军校曾有选校址在重庆的动议，但最终因为此时的重庆人满为患，军政机关太多，军校这么多师生，实在难以找到一块安身办学的地皮，只能另外选择地方。
1939年初，军校由铜梁迁至成都市区，原有成都分校，即第3分校并入本校（3月，改设第3分校于江西瑞金）。成都本校在成都分校的基础上，扩编政治部，增设军官教育队，恢复原高等教育班，加设了战术研究班、校尉官研究班、射击训练班、技术训练班、特务长训练班等，军事教育趋于完善。校址的调整：将原成都分校北校场旧址改为校本部，学生总队则分驻西校场、南校场、皇城及市西郊草堂寺、青羊宫等地。校务委员作了调整：除原有人选外，又增加了唐生智、程潜、白崇禧、邓锡侯、龙云、余汉谋、陈诚、张治中等8人。
军校自迁成都后，先后进行了一些比较大的行政机构调整和人事调整。将原撤销的学生总队分别又在第16、第17、第18等期重新建立。1943年，教育长陈继承调走，由陆军大学教育长万耀煌继任。1944年春，军校曾代训两期青年远征军教导团学生。1945年秋，又撤销总队制，军校为方便管理，按照各总队地址分为4个督练区，各设督练官1人，负责转达校部命令及教学事宜。不久，日本战败投降，中国抗日战争结束，国民党军队裁员。各分校相继合并裁减，所有在校学生依肄业时间分别结束或转入各兵科学校，并选送一些优秀者进成都本校，前后达3000余人。
1946年元旦，军校由南京时期“中央陆军军官学校”改名为“陆军军官学校”，确定培养对象是国民党基层干部。2月，以第20期学生为各兵科普及教育实验区，开始试行各兵科的综合教育。4月中旬，原教育长万耀煌调往湖北，由关麟徵继任教育长；关是黄埔一期生，在东征中负伤后仍成都北校场黄埔楼（1994年早春摄影）英勇奋战，共产党人主办的《中国军人》杂志曾为此事赋诗称赞过，关因此伤而很快出名，后青云直上。在1947年冬以前，军校校长一直由蒋介石兼任，此后，由关麟徵继任校长，并恢复总队制。1949年9月7日，关麟徵调任国民党陆军总司令。20日，黄埔一期生张耀明继任校长。
军校在成都时期，培训学生计有第14至第23期，共10期。各期简况如下：第14期：本期学生于1937年秋、冬分别入校，分3个总队。第1总队于1937年秋入校，1938年11月毕业于四川铜梁，计有669人。第2总队于1937年10月在南京入校，1939年9月毕业于四川铜梁，计有1510人。第1、第2总队学生累计有毕业生2179人。他们入校于南京，但基本上没有在南京学习，大多数时间是在战火中的西迁征途和四川铜梁度过的。这批学子就学于历史巨变关头，其经历与本校第4期相似，特殊的历练使他们在此后人生道路上所取得的成就，明显大于前后数期校友。本期学生除毕业于铜梁的两个总队外，第3总队于1937年9月入校，系原成都分校招考的学生。合并后，由本校实训，1939年1月毕业，计有1520人。本期学生共计有3699人毕业。
在大陆时间最长的成都时期（2）
第15期：本期招考于武昌，于1938年1月1日入校，1940年7月21日毕业，计有1559人。此期间，军校代训空军学生272人，归入本期毕业。本期毕业生共计1831人。
第16期：本期学生分3个总队。第1总队于1938年8月入校，驻成都南较场，于1940年12月毕业，计有1597人。另代训空军学生97人，编为第16期步兵第7队。第1总队毕业生计有1694人。第2总队学生在1939年1月入校，受训于铜梁，为期10个月，于1939年10月毕业，计1629人。第3总队驻北较场，于1939年春入校，1940年4月毕业，计有1165人。本期共计有毕业生4488人。
第17期：本期学生分为3个总队。第1总队于1940年4月15日开学，驻成都西较场，计有1527人，毕业于1942年4月底。第2总队于1940年5月6日开学，驻铜梁，计1374人，毕业于1941年11月20日。第3总队于1940年7月13日开学，驻成都北较场，毕业于1942年2月15日，计有毕�