在是否惩办各级办案官吏的问题上，江浙派与两湖派发生了激烈的争吵。以大学士翁同龢为首的江浙派力主惩办这些草菅人命的贪官污吏；另一派以四川总督丁宝桢为首，附和的多是两湖籍官员，故称两湖派。他们认为不能为了区区两个平头百姓处理这么多官吏。由于这两派的争吵，刑部平反的奏疏，一直拖了两个月，迟迟不上，直到光绪三年（1877）二月十日，奏疏才上去，但是对于巡抚杨昌浚、钦差胡瑞澜并未提出参革，许多受贿、包庇等情弊也未提及，马虎了事，直到二月十六日以光绪帝名义下的平反谕旨才将二人革职。杨昌浚虽然革了职，刘锡彤虽然是充军到黑龙江，但对刘子翰却完全开脱了。其余承办此案的知府、知县，都只是革职了事，只字不提行贿受贿之事。
从杨乃武、小白菜一方来说，冤案昭雪无疑是莫大的幸事，而事实上他们只是民间的一个小案，在那个时代其实是不足为怪的。可是现在被渲染成爱情故事的案件背后陷藏着重大的政治斗争，难怪杨乃武在出狱后曾想去拜见救他一命的浙省大小官员，很多人并没有出面见他，毕竟参与这场斗争不光是为了一个杨乃武。参与对杨乃武审判的多是湖南籍官员，他们大多是左宗棠一手提拔的，在对渎职官吏的惩办上，朝廷也只采取了革职了事，而并没有量刑处罪，这就表明了这不是一个简单的刑事案件。
在这场无辜的冤案中，杨乃武几乎被折磨成了残废，刑部却说刑伤业已平复，并无伤筋折骨的情况。
经历了三年多的牢狱之灾以及各级官吏的残忍折磨，杨乃武虽死里逃生，家人团聚，但受此打击，人虽未亡而家已破，痛定思痛，实在是悲多欢少啊！从北京回家的路费仍然是胡雪岩资助的。
杨家人回到余杭县后，已是家产荡然，生活困难。杨乃武依靠亲友帮助，赎回了几亩桑地，以养蚕种桑为生。这时他虽然只有36岁，正当年富力壮的有为之年，但经过这场灾难，棱角已被磨尽，心灰意冷，轻易不与外界交往，专心致志研究孵育蚕种。余杭盛产丝棉，行销全国。杨家世代养蚕，对育种有一定经验。过了三年，杨乃武所育蚕种名气就传开了，远近都来购买，他家的蚕种牌记是“风采牡丹，杨乃武记”。凡是杨家出卖的蚕种，都盖上了这个牌记。每到育种时，全家大小日夜忙碌，家里生活也日渐好转。杨乃武就是这样安静地度过了自己的后半生，直到1914年去世，终年74岁。
小白菜出狱后，回到余杭，万念俱灰，在南门外石门塘准提庵出家为尼，法名慧定。庵里没有香火，以养猪、养鸡为生。从此就在青灯古佛旁、晨钟暮鼓中了却残生，于1930年去世。她的墓塔建在余杭东门外的文昌阁旁，为了表白自己的清白和坦然，墓址选在河岸路旁。