这时，朱理治河郭洪涛赶到文安驿，召开连以上干部会议，传达北方局的五封信和永坪会议决议，号召开展“反对右倾取消主义、右倾调和主义的残酷斗争”，“必须把斗争深入到全体党员中去”，并要改组领导班子。
刘志丹等广大指战员认为大敌当前，当务之急是反“围剿”，而不是搞什么“反右倾斗争”！朱理治等未能得逞，只得回去酝酿更为残酷的斗争。
1935年9月，徐海东、程子华率鄂豫陕苏区的红25军，经过长途转战到达陕北，三军会师，军民欢腾。
第二天，9月17日，朱理治主持召开西北工委和鄂豫陕省委联席会议，研究会师后统一领导和下一步军事行动等问题。他们利用红二十五军远道而来不了解情况之机，操纵会议做出三项决定：1、撤销西北工委，成立陕甘晋省委，朱理治自任书记，原西北工委成员一个都不保留；2、改组西北军委，聂洪钧任军委主席，红二十五军的戴季英为保卫局长兼参谋长；3、将红二十五、二十六、二十七军合编为十五军团，徐海东任军团长，刘志丹为副军团长兼参谋长，程子华为政委，高岗为政治部主任。
1953年10月初，新组建的十五军团南下作战，全歼东北军一一零师。战斗中，高岗亲临战场，赤膊上阵杀敌，给战士们留下了很深的印象。此后，陕北苏区扩大为北起长城，南至淳化、耀县；西接环县，东临黄河，南北长两千余里，东西宽一千多里的广大地区。红军发展到近五千人，游击队四千多人，已形成农村包围城市之势。这时，陕甘晋省委和西北军委机关从永坪镇转移到瓦窑堡。
当时的情况很不正常。面对敌人的大举进攻，一方面是刘志丹、高岗等率领部队在前方浴血奋战，捷报频传；另一方面是朱理治等人在背后捅刀。正当反“围剿”最紧张的时候，针对陕甘苏区党和红军的一场最黑暗、最残酷的党内斗争——“肃反”开始了。
1935年10月4日，聂洪钧传令徐海东：立即逮捕刘志丹、高岗、杨森等人。徐海东怕发生意外，并且他从缴获的敌人电报中得知，中央红军已到达甘肃静宁，有来陕甘的迹象。因此他没敢轻举妄动，表示：为避免弄错，最好等中央来解决。
但朱理治等人却急不可待地要抢在中央红军到达之前解决问题，一计不成，又派程子华到前方，程也没敢下手。后来只得以“调工作”。“开会”为名，分别秘密诱捕刘、高等人；继而又扣押了红二十六军营以上和陕甘边县以上的主要干部，甚至连警卫员也不放过。
保卫局长戴季英心怀鬼胎，怕被捕的同志在转移途中被群众认出，竟把他们打扮成俘虏，用白布袋套头，只挖两个洞露出眼睛（颇像三K党）；脚戴重镣手上铐，或用麻绳捆成一串，引来群众围观，都说是俘虏的国民党军官，对他们吐口水，扔石块，百般嘲弄。
被捕的同志被关进瓦窑堡保卫局的监狱，受尽折磨，每天都有人被拖出去杀掉。在高岗他们牢房的后院，挖了一个大坑，随时准备活埋“犯人”。高岗编了顺口溜：“手绑麻绳脚带镣，身上披个烂麻包，头上戴个‘八卦帽’，光脚丫子满地跑”。为此又招来毒打。
这次错误的“肃反”造成陕北党内最大的冤案，并给西北革命造成不可估量的损失。这期间有二百多名党的干部被杀害；使苏区群众对红二十五军丧失信任，说他们是假红军，见了就逃避；也使各部队之间互相猜疑戒备，甚至发生冲突；部队开小差的增多了，不仅战士逃跑，干部也逃跑，甚至有乘机叛乱的。地方干部怕见省委的人，听说省委来人了，就逃上山……敌人则乘机反扑，夺回他们的地盘；地主豪绅也疯狂反攻。好不容易创建起来的红军和革命根据地，面临着毁灭的危险。
正当陕甘苏区党和红军被“左”倾路线整得七死八活，面临生死存亡的紧要关头，1935年10月下旬，党中央率领中央红军经过长征胜利到达陕北。
还是在1935年9月中旬，中央红军长征出草原打下腊子口后，看到敌人报纸上关于“围剿”陕北红军的消息，立即交给中央。当时红军正不知向何处去，有人提出向宁夏—内蒙—甘肃方向去，打通国际通道。发现陕北有红军和苏区，毛泽东非常高兴。9月20日左右，成为在甘南哈达铺开会，找贾拓夫来介绍陕北的情况，研究是否去陕北的问题。
1933年陕西省委破坏后，贾拓夫去北方局汇报，有北方局介绍去上海找中央报告，辗转来到中央苏区，后来随军长征回到陕北。这时，他详细介绍了1933年以前陕北红军和苏区的情况。常委们决定到陕北去。
1935年9月27日，中央在通会的邦卢镇开会，正式决定吧陕北作为长征的“落脚点”，把中央红军改为陕甘支队。会后，派王首道、贾拓夫、刘向三带电台去寻找十五军团。
当时陕北面临两大问题：一是国民党十万重兵围剿；二是“左”倾路线的执行者大搞“肃反”，刘志丹、高岗等一大批领导骨干被关押，生命危在旦夕。幸亏中央红军及时赶到，挽救了陕北红军和根据地。
中央红军一到吴起镇，就有人向他们反映陕北“肃反”的情况，毛泽东立即命令：刀下留人，停止捕人。 3 陕北有救了！
1935年10月24日，毛泽东、周恩来等到达十五军团驻地下寺湾，立即召开政治局会议，听了郭洪涛和聂洪钧汇报后，毛泽东说，我们刚刚到陕北，仅了解到一些情况，但我看到人民群众的政治觉悟很高，懂得许多革命道理，陕北红军的战斗力很强，苏维埃政权能巩固地坚持下来，我相信创造这块根据地的同志们是党的好干部。在一次干部会上，毛泽东语重心长地说：杀头部能像割韭菜那样，韭菜割了还可以长起来，人头落地就长不拢了。如果我们杀错了人，杀了革命的同志，那就是犯罪的行为，大家要切记这一点，要慎重处理。 4
1935年11月中旬，张闻天等带领中央机关到达瓦窑堡后，立即组成以董必武为首的五人小组调查处理陕北“肃反”问题。经过认真调查，党中央认为，陕北的“肃反”搞错了。随即释放了全部被关押的同志。
1935年11月26日，中共西北局作出《检查肃反工作的决定》，指出，陕甘晋省委个别领导人犯了小资产阶级的“极左主义”和“疯狂病”的严重错误，“以至在某些地方党内与部队内造成了严重的恶果，客观上帮助了反革命派。”
但是，这个决定仍然认为，“当时在地方党内及红色部队中进行严厉的肃反工作，是必要的”，“陕甘边区南区及二十六军部队中有些负责任的同志犯了右倾取消主义及对反革命派采取自由主义态度的错误，以至反革命得以进行有计划的活动”等等，这就使陕北“肃反”的错误没有彻底纠正，以至后来对原陕甘苏区党政军干部的工作安排也受到影响。直到七年后的1942年整风期间，中共中央对陕北“肃反”问题重新进行了审查，并作出新的决定，才明确刘志丹等同志所坚持的政治路线和立场是正确的，指出：“中央及党务委员会1935年11月间的决议，除对戴继英、聂洪钧两同志的处分保留有效外，应当取消。”
1935年11月30日，张闻天主持党的活动分子会议，代表党中央为刘志丹同志平反。博古、董必武、邓发、李维汉出席会议。张闻天说：“中央召开这次会议，是为了解决西北错误肃反问题，过去对刘志丹同志的处理是个冤案，应该纠正”；他宣读了“中共中央西北中央局审查肃反工作的决定”，宣布刘志丹等无罪，立即分配工作。
1935年12月中旬，毛泽东和周恩来在瓦窑堡接见了刘志丹、高岗等同志，询问其健康情况，并说：“你们受委曲了。但对应该革命者来说，坐牢也是一种考验，又是一种休息。”他还说：“陕北这个地方，在历史上是有革命传统的，李自成、张献忠就是从这里搞起革命的。这地方虽穷，但穷则思变，穷究要闹革命嘛。这里群众基础好，地理条件好，搞革命是个好地方呀！” 5
三、在陕甘宁边区
刘志丹和高岗并不是一开始就被毛泽东看中的西北领袖。
平反以后，党中央没有调整陕北苏区的领导人，刘志丹和高岗等都没有担任主要领导职务。高岗现实被安排在中央军委武装动员部负责扩军和筹款。他出色地完成了任务，受到中央军委的表扬。1936年1月，被派到内蒙任陕北骑兵团司令，率部到长城沿线及内蒙伊克昭盟地区开辟工作。说是骑兵团，其实只有13个人和枪，几乎是白手起家。伊克昭盟群众基础差，党的工作薄弱，工作和生活都非常艰苦。
高岗心里充满矛盾，他在反省时回顾这一段经历，满怀感慨地说：“郭洪涛派我带了13个人到蒙古地，那里的工作不好搞，一片黄沙地，天天刮风，跑来跑去，经常打仗。当时认为自己是流放去了，是苏武牧羊，迟早会被郭洪涛害死，不如去出家当和尚。志丹去山西前，我和他谈了自己的想法，他批评了我，我也明白自己的想法不对。后来他牺牲了，我发狠在蒙古地干出样子给他们看。另一方面，他又觉得与其这样被人家整死，还不如去当和尚、挑大粪；在生活上开始放纵自己。后来他曾向张秀山透露过这种心态。
他带着这种心态来到内蒙，与当地的汉蒙游击队一道驰骋在贫瘠的荒漠和茫茫草原上，打击土匪、反动民团和国民党军队。不久，高岗被派往三边，【注12 三边，指三边与内蒙交界的靖边、定边、安边。】特委任蒙古工作委员会主任。在此期间，他学习、贯彻党中央的一系列对蒙古工作的方针政策，并组织部队学习党的民族政策，了解蒙族的风俗习惯，加强纪律教育；把部队分散到村户，广泛深入宣传，争取蒙族上层人士同情抗日，参加抗日民族统一战线。部队所到之处纪律严明，没买公平，带领群众发展生产，很快得到群众拥护。他们结交了许多朋友，并建立了党群组织；同时，以蒙汉游击队为基础建立了保安部队及其指挥部，高岗任司令员，统一指挥三边、伊克昭盟各县、旗的部队、游击队和自卫军。
在党的团结抗日政策感召下，乌审旗王府保安司令部副官奇国贤、保安团副团长奇金山、奇国华、王爷府营长那素、保安队中队长王悦丰等，于1936年春先后投奔红军，成为共产党领导的民族武装。民族工委还在定边设立蒙民招待所，接待和联络蒙族人士，开办训练班，培训蒙族干部。红军开始西征以后，高岗率骑兵团河蒙汉游击队协同西征主力部队作战，保障后勤。三边地区解放后，高岗率骑兵团向鄂托克旗进军，开辟绥蒙后套地区；蒙古工委将三边地区被反动军阀马鸿逵控制的大盛池交给当地的蒙族人管理，受到蒙族人的欢迎。
经过艰苦努力，他们赢得了当地人民的信赖和拥戴，树立了较高的威信。
1936年9月15~17日，高岗列席中央政治局扩大会议，汇报了开辟绥蒙少数民族地区工作及对今后工作的意见，受到党中央的赞扬。这是他第一次出席党中央的高级会议，第二次见到毛泽东，并给毛泽东留下了较好的印象。
1937年3月，随着苏区向宁夏扩展，蒙古工委改为中央少数民族工作委员会，仍有高岗主持工作；同时将蒙民招待所改为蒙回招待所，分别成立了蒙、回民族学校；扩建了蒙汉支队，建立回民支队。
这个时期，高岗远离党中央独立活动，缺少党组织和同志们的监督，放松了对自己的约束，生活上放荡不羁，沾染了不少流氓无产者的思想作风，是他后来在私生活方面犯错误的重要根源之一。
（一）走上领导岗位
出任边区保安司令
1937年5月15日，中共陕甘宁边区召开第一次党代表大会，高岗没有参加这次会议，但他却获得全票，当选为边区党委的17位执行委员之一，并在党中央未提名的情况下，全票当选为边区党委书记。尽管当时党中央还是任命郭洪涛为边区党委书记，可是缺席获全票的事引起了党中央和毛泽东的重视，不久，高岗被任命为中央少数民族工作委员会书记。
“七·七”事变后，根据国共两党协议，8月下旬将；红军主力部队改编为八路军，总共只有三万多人， 6 其余的红军都改编为八路军留守部队（保卫党中央、陕甘宁）和地方部队。9月，讲陕甘宁苏维埃政府改为陕甘宁边区政府（辖三省的23个县），高岗为边区政府主席团委员之一。随后成立了陕甘宁边区保安司令部，高岗任保安司令。11月，任八路军骑兵司令，率骑兵团到三边7 及其北部一带，联合蒙族同胞开展剿匪和抗日游击活动。
高岗在反省时说：“我不知道边区党代会上我得了全票。中央调我回来，我还以为又犯错误了，对人家说，这次回家