晚上，刘少奇、王光美被拉去批斗，此后被分别看管。8月5日，天安门广场召开百万人大会庆祝《炮打司令部——我的一张大字报》发表一周年。与此同时，中南海内组织了对刘少奇夫妇、邓小平夫妇、陶铸等的批斗。
疯狂的人群拥挤着，人们挥舞着“红宝书”，“打倒”声此起彼伏。刘少奇已是68岁的高龄，暴徒们扭着刘少奇的双臂，坐“喷气式”，揪着刘少奇斑白的头发，逼他喊打倒其他老干部的口号。刘少奇紧闭双唇，就是不喊。造反派立即施以拳打脚踢，厉声质问：“你为什么不喊口号？”
刘少奇顽强地昂起被按住的头，坚定地回答：“我负主要 责任，要打倒，就打倒我一个人。”
刘少奇的鞋子被踩掉了，只穿着袜子，豆大的汗珠不断地滚落，饱经风霜的脸庞因内心的愤怒而抽搐着、扭动着。被强行拉来陪斗的孩子们看到自己的父母遭受折磨，鼻青脸肿，坐在家门口的小小看到父母亲挨打，非常害怕，“哇”地号啕大哭。源源见状忙挣脱人群去照顾小小，被造反派拦住，“你要干什么？”源源怒目圆睁，强抑悲愤，“你没看到一个小孩子被吓哭了吗？”
刘少奇和王光美被殴打着，被拥挤着，渐渐近了。突然王光美挣脱了扭住自己的造反派，扑上去抓住刘少奇的双手。刘少奇也紧紧握住王光美的双手，不顾造反派的拳打脚踢，相互凝视着，因为他们知道，在一起的日子不多了，能够互相看到对方，传递心声的日子越来越少了。造反派凶神恶煞般掰开了他们紧紧握在一起的双手，王光美又奋力挣脱，拉住刘少奇的衣角，死死不放，哪怕是多一会儿也好啊！这是生离死别啊！
1967年3月21日，中共中央政治局常委会议决定把有关刘少奇“历史问题”材料转交“王光美专案组”调查，并指定康生分管。这样，“刘少奇、王光美专案组”正式成立，开始制造中共历史上最大的一桩冤案。此时，刘少奇已经被剥夺了所有的权利，甚至给毛泽东的申诉信也给扣押，多次提出辞职无人理会。刘少奇问题的处理大权完全被林彪、江青、康生掌握。1968年2月26日，谢富治在专案组报告上批示说：“大叛徒刘少奇一案，主要工作都是由江青同志亲自抓的。今后一切重要情况的报告和请示都要直接先报江青同志。”
9月13日，王光美被正式逮捕，11月转押秦城监狱。刘少奇的子女也被赶出家门，或到校接受批判，或流浪街头。刘少奇独自一人被关押在福禄居前院，并不知道他的家人已经不在福禄居了。
随着专案组进一步的所谓“调查”、“取证”，有关刘少奇的假材料拼凑了三大本。江青指定张春桥、姚文元起草一个要在八届十二中全会上通过的审查报告。
1968年10月17日，江青一伙蓄意炮制的所谓《审查报告》定稿，集谣言诬蔑、恶毒攻击、虚假蒙蔽之大成，准备提交八届十二中全会。
10月13日，中共八届扩大的十二中全会在北京举行，这次会议是党的历史上的一次最不正常的会议：原八届中央委员、候补中央委员，被诬为“叛徒”、“特务”、“里通外国”、“反党分子”的就占总数的52％。第八届中央委员97人中，除去十一届全会以来去世的10人，仅有40人参加这次会议，还不过半数。开会时从候补中央委员中有选择地补了10人为中央委员，才勉强过半数。允许出席会议的候补中央委员只有9人。而被扩大参加这次会议的“中央文革小组”成员、军委办事组成员、各省市、自治区、大军区、中直机关的人员等即达74人，占会议总人数的57％多。
全会批准了《关于叛徒、内奸、工贼刘少奇罪行的审查报告》，“撤销刘少奇党内外一切职务，永远开除党籍，并继续清算刘少奇及其同伙叛党叛国的罪行。”从而酿成了中国共产党的历史上最大的一桩冤案。但就在这种氛围中，中央委员陈少敏拒不同意所谓的《审查报告》，在表决时拒不举手。
但是，早就被单独关押的刘少奇根本不知道强加给他的这一系列莫须有的所谓“罪名”，更不知道他已经被“永远开除出党”。为党奋斗了终生、为中国人民的彻底解放和社会主义革命与建设奋斗了终生的刘少奇，自始至终都没有动摇过对党、对人民的一片忠诚，对共产主义事业的坚定信念。
刘少奇以沉默反抗对他的种种诬蔑和恶毒攻击。在心力交瘁之下，刘少奇，这位已经70岁高龄的党和国家领导人身体状况每况愈下。自1968年初开始，刘少奇陆续发生肺炎、糖尿病、高血压、植物神经紊乱等多种疾病。4月上旬，刘少奇出现神志不清、表情呆滞、动作反常、站立不稳、小步态等症状。7月上旬，刘少奇开始在慢性支气管炎基础上发生支气管肺炎。7月11日至14日病情转重，经抢救脱险，但以后又多次发作，到10月共发生较大反复5次。10月9日后，刘少奇已经完全不能进食，只能靠鼻饲维持生命。10月14日，刘少奇的《病情报告》记录说：心脏有冠状动脉疾病，脑血管有硬化及脑软化，加上糖尿病，病情极有可能突然恶化，今后如再发生反复，即可能无法救治。
1969年4月1日至24日，中共九大召开，林彪所作的政治报告把“无产阶级专政下继续革命的理论”作为社会主义革命的指导思想和“文化大革命”的理论依据确定下来，使“文化大革命”的错误理论和错误实践合法化。而且，九大选举的中央领导机构使林彪、江青一伙攫取了更大的权力，林彪被选为中央副主席。
刘少奇继续被单独看管，对这些一无所知。7月5日，刘少奇支气管炎发作，发烧，咳嗽，呼吸加快，两肺湿■音明显增多，心率加快。此时的《病情报告》说：“因他年龄较大，久病长期卧床，消瘦，抵抗力极差，容易发生休克、心力衰竭、糖尿病酸中毒等并发症，故预后不良，可能随时发生死亡。”
10月17日晚，身患重病不能活动的刘少奇，被用担架抬上飞机，送到河南省开封市，秘密监禁在开封市革命委员会院内“同和裕银号”旧址的小屋内。由于长途转运，加之长期以来医疗条件跟不上，到开封后医疗条件更差，林彪、江青一伙又拒绝调拨必需药物，刘少奇病情进一步加重并迅速恶化。10月24日、31日、11月10日，三次病危。
1969年11月12日凌晨6时45分，在到达开封后的第27天，刘少奇在河南省开封市含冤逝世。没有家人在身边：王光美被监禁，子女不知所往；家人也不知道刘少奇身在何处，情况如何。就这样，一代伟人默默地冤逝。
刘少奇逝世后，遗体当夜即被火化，骨灰被秘密存放在开封。在火葬申请单上，从北京赶来的专案组人员冒用了“刘源”的名字，死者姓名则是外界很少有人知道的刘少奇少年时用过的名字“刘卫黄”。
刘少奇在痛苦中彷徨，在痛苦中挣扎，在痛苦中走向了“凤凰涅■”。