李建泰却令他失望了。李建泰闻听“曲沃已破，家资尽没”后，竟然又惊又怕得了病，退到了保定。刚走到井陉固关的傅山不得已又退回了平定，并奉陪老母辗转于平定嘉山。他这时估计心情是很郁闷的。曾经在诗中以战国时著名的义士“晋鄙”自况，被天下称为“山右义士”的傅山还未曾施展身手，挽大厦于即倾的幻想就被现实击碎了。
事态的发展远比傅山想象的更为严重，腐朽的明政府在李自成农民起义军摧枯拉朽的攻势下根本毫无还手之力。这年二月初八，太原被攻陷。很快，起义大军又经宁武、大同、宣化，一路直入北京。三月十九攻克北京，崇祯皇帝吊死在万岁山，三月二十二，李自成建国大顺，年号永昌。明朝亡了。
作为一个明朝的知识分子，傅山肯定会有天翻地覆的感觉，因为他所要维护的那一整套社会秩序已经崩溃，被称为“流贼”的李自成竟然登基做了皇上，这个世界成了个什么世界？仍然滞留在平定的傅山感到十分苦闷，觉得天下之大，似乎没有了自己的立足之地。他在诗中写到“偃卧常蒙袂，何门可曳裾。”
家国之痛固然深切，但明的灭亡可能在许多人的意料之中，况且，历史上改朝换代的事情还少吗？在经过一段时间的苦闷后，只要社会能稳定下来，傅山也会逐渐走出亡国的阴影。可是，更大的打击还接着就会来到。
四月，吴三桂“冲冠一怒为红颜”，带着清兵直入山海关，五月又攻入北京，做了没几天皇帝的李自成仓皇南下，满清摄政王多尔衮宣布定鼎燕京。“华夏”亡于“夷狄”了。
这年五月，傅山潜回还被起义军占领的太原，把他的母亲和儿子接到了寿阳县一个好友的家中。经过一段时间在归隐和抗清间的选择，他当然还是选择了抗清。傅山闻讯，写下“哭国书难著，依亲命苟逃”的悲痛诗句。
以现代人的眼光来看，满洲人仍然是中华民族大家庭不可离散的兄弟同胞，况且，历史也已经证明了，清朝的皇帝虽然使中华民族蒙受了从来没有的屈辱和磨难，但毕竟也让中国的老百姓过了近两百年太平的日子，比明朝荒唐、昏庸的君主还是要好不少，但那时的人尤其是掌握着话语权的读书人可不这么想。他们终身在“夷狄之有君，不若华夏之亡也”、“非我族类，其心必异”的环境下生活，亡国尚可接受，但被异族还是野蛮的异族统治却无异于“亡天下”。还有一点，就是“气节”，即使在现在看来，满洲人当皇帝是大势所趋，但像洪承畴、吴三桂那样出卖自己民族的人，毕竟是可耻的。傅山也不能例外，此时的心情可以用他写的诗概括：“日夕直盼死，涕零吊屈时。”另一方面，傅山也写了不少奋发准备抗清的诗，比如“仰天看怒云，惊如义旗移”。
这年中秋，对于傅山来说，势必是个非比寻常的日子，他出家为道了。傅山本来便与道士们颇多交往——这种活动的思想根源是与古代读书人一贯的自命清高、遁世无为的“隐士梦”是一脉相承的，不过，在那样的一个时代下，这样不切合实际的幻想必然不可能实现。
他拜的老师是寿阳县五峰山的还阳子郭静中，郭静中是当时有名的道士，颇多神异的色彩。傅山出家后，道号“真山”，因身着红色道袍，遂自号“朱衣道人”，别号“石道人”。朱衣者，朱姓之衣，暗含对亡明的怀念；石道者，如石之坚，意示决不向清朝屈服。可见，傅山出家并非出自本心，而只不过是表明一个忠君爱国、不与清王朝合作、保持民族操守的态度，而且也不用剃发留辫子，不用去做新政府的官，更重要的是，利用这个身份的掩护，傅山可以方便地四处从事抗清复明活动——道士云游是不犯罪的。
现在更可靠、确实的傅山反清活动的资料已经不好找了，如果从他写的诗来看，他的行踪大致是在盂县、平定、寿阳、祁县和晋源这一带，反清活动的效果怎么样，事实上，很有可能没有什么效果，一直到那年的重阳节，傅山还在盼望着反清的义师的到来或者是起义的爆发。依靠读书人要反抗一个政权，希望实在是渺茫的很。傅山有一个叫白孕彩的朋友，曾经秘密地收养了一个明朝宗室的后裔，但发现他竟越来越傻，于是感叹朱明王朝的气数果然完了，从此就消沉下去。傅山虽然不会这样消极，也一直在做实际的工作，但一次次的希望、行动最后都只有一个结果——失望。在那个甲申年将要过去，乙酉年将要来到的时候，傅山写了一组诗，其中有这么几句，“纵说今宵旧岁除，未应除得旧臣荼。摩云即有回阳雁，寄得南枝芳信无。”交织着对故国的留恋，对复国的希望，当然还有无可名状的忧愁和无可排解的失落。
傅山三十九岁那年就这样过去了，马上步入不惑之年的他应该是充满困惑的。
1644年确实是相当混乱的一年，不仅对于傅山是这样，对于整个中国都是这样。每个人都被迫选择自己的路，选择的结果在360年后的人看来，并没有什么差别，但是，就在这选择中，历史的沧桑一晃而过，留下了各种各样的身影，让后人评说。
清军入关建都北京之初，南明弘光政权在南京成立，全国抗清之潮此伏彼起，气势颇高。傅山心中一直渴望南明王朝日益强大，但他还未能积极有效地响应时，弘光政权和唐鲁政权相继覆灭，最后只剩了西南的桂王。傅山就在不断的希望中反复失望，这其中的痛苦可想而知。也就是在这个时候，傅山养成了喝苦酒的习惯。《清史》中说傅山“喜苦酒，自称老糵禅”（《清史·卷501·傅山传》）；其实，傅山哪里是喜欢那种干涩的苦酒，他只是要借苦酒来提醒自己，时刻不忘天下为满清所苦。
终于，在顺治十一年，傅山为早日北上驱逐清王朝，匡复明室，积极同桂王派来山西的总兵官宋谦联系，密谋策划，积蓄力量，初定于顺治十一年（1654年）三月十五日从河南武安五汲镇起义，向北发展势力。然而，机事不密，宋谦潜往武安不久，即被清军捕获，并供出了傅山。于是傅山被捕，关押太原府监狱。羁拘期间，傅山矢口否认与宋谦政治上的关系，即便是严刑逼供，也只说宋谦曾求他医病，遭到拒绝，遂怀恨在心。一年之后，清廷仍然得不到傅山口供，傅山的门人弟子们又多方奔走，“门人中有以奇计救之”（《清史·卷501·傅山传》），于是清廷以“傅山的确诬报，相应释宥”的判语，将他释放。
傅山出狱后，反清之心不改。大约在顺治十四至十六年间，傅山闻听郑成功、张煌言屡屡战败清兵的捷报，曾南下江淮察看了解反清形势。当确感清室日趋巩固，复明无望时，遂返回太原，隐居于城郊僻壤松庄，开始了“松庄烟树十余年”的“侨居”生活。
松庄在太原东南。《双塔寺雅集记》曰：“出太原郡城东南行七八里，有寺曰永祚，双塔巍然，其下为松庄傅隐君青主所居也。”松庄是一个只有几十户人家的小山村，村北是丘陵，村南是一条漫长的沙河滩，每当雨季便有山洪从东向西流去。
傅山自谓侨公，那些“松乔”、“侨黄”的别号就取之于此后，其含意是明亡之后，自己已无国无家，虽居故乡，如居异域。他的“太原人作太原侨”的诗句，正是这种痛苦心情的写照。
康熙二年（1663年），昆山顾炎武寻访英雄豪杰，来太原找到傅山。顾炎武早就仰慕身在晋地、比他年长的傅山，两人抗清志趣相投，结为莫逆之交，自此过从甚密。以后傅山又先后与申涵光、孙奇逢、李因笃、屈大均以及王显祚、阎若璩等坚持反清立场的名人和学者，多有交往。尤其是曾在山东领导起义的阎尔梅也来太原与傅山会晤，并与傅山结为“岁寒之盟”。王显祚见傅山常住土窑，特为他买了一所房院，即今太原傅家巷四号院。
傅山与顾炎武除了谈政论文、诗歌唱和外，还一起创办了一些实业，组织票号，以作为反清的经济机构。
据方闻《傅青主先生大传年谱》考《明史》称：李自成陷京师得勋戚文武诸臣巨金。吴三桂降清攻李，自成奔还京师，火容金为饼，每饼千金，约数万饼。即以骡车纟困载运归西安。敌追甚急，骡马疲惫，沿途埋藏，至西安时只剩十之二三，沿途埋藏之金饼“遂多为晋人先后掘得之”。故山西富人厚赀财。世传傅山与顾亭林（顾炎武号亭林）先生友善，两先生密计经营票号，操纵金融，以图举大事，惟忌招祸败事，故其法只凭口授而不传一字。
梁启超《清代学术史》也说：“山西票号相传为傅青主、顾亭林所创办。”章太炎《顾亭林先生轶事》亦云：“近闻山西人言晋人得李自成金，由顾、傅设票号，立新规，天下俗从……有清一代票号制度皆顾、傅所创也。”
如此可见，顾炎武与傅山是盛极全国二百余年晋商票号的首创者。
票号之前有镖局。据有关史料载这也与顾、傅二先生有涉。近代学者姚映川在《中国的帮会》一文中说：帮会的组织除西北堂、东南堂……而外尚有顾炎武、傅山、戴廷木式等山西的组织，为避免清廷的注意名为标局，后因此而产生山西的票号。顾炎武在江南谋革命不成，在山东又不能立足，乃至山西依傅山。
戴廷木式乃傅山老友，祁县人，其父戴运昌与李自成有故。李自成由北京败退，赠白银若干给戴运昌，戴运昌即交其子廷木式用于反清事业。戴家又以拳术鸣世，故戴廷木式便与傅、顾密议设立镖局，为商人运送现款。当时山西人多在东北、蒙古、新疆经商，携运现款要雇用拳术精通之武人保镖，成立镖局既可赚得可观的佣金，又可掩当局耳目，还可以聚拢文武双全的人才。这对反清复明的大业是一举三得的上策。傅山与顾炎武参与其事的目的即在于此。
顾炎武和傅山三次在太原相聚，还有一个小小的插曲：顾炎武自甲申（1644年）以来，一直飘泊在外，二十多年来一直过着形单影只的羁旅生活，直到如今年近花甲膝下尚无子嗣。傅山十分关心友人的命运，作为医学国手他为友人诊脉，诊得“断可得子”，于是便多方为其物色配偶。顾炎武十分感激老友对他的关心，但他已过惯了这种萍踪浪迹的生活，而且已把这一生交给了献身的事业，就诙谐地写了一封《谢友人规纳宠书》，婉谢了老友的好意。
在顾炎武生命的最后一刻，他依然惦记着傅山，他在临终前写的一篇文章中说：“萧然物外，自得天机，吾不如傅青主。”他崇敬傅山，把他比作秦末的高人隐者“商山四皓”，愿意永远和他“相随拾芝草”。
清初，为了笼络人心，泯除亡明遗老们的反清意识，雄才大略的康熙帝在清政府日益巩固的康熙十七年（1678）颁诏天下，令三品以上官员推荐“学行兼优、文词卓越之人”，“朕将亲试录用”。给事中李宗孔、刘沛先推荐傅山应博学宏词试。傅山称病推辞，阳曲知县戴梦熊奉命促驾，强行将傅山送往北京。
至北京后，傅山继续称病，卧床不起。清廷宰相冯溥并一干满汉大员隆重礼遇，多次拜望诱劝，傅山只靠坐床头，淡然处之。他既以病而拒绝参加考试，却又被康熙皇帝恩准免试，授封“内阁中书”之职时，仍不叩头谢恩。康熙皇帝面对傅山如此之举并不恼怒，反而表示要“优礼处士”，诏令“傅山文学素著，念其年迈，特授内阁中书，着地方官存问”。
傅山由北京返回家乡后，地方诸官闻讯都去拜望，并以“内阁中书”称呼。对此，傅山低头闭目不语不应，泰然处之。阳曲知县戴氏奉命在他家门首悬挂“凤阁蒲轮”的额匾，傅山凛然拒绝，毫不客气。他仍自称为民，避居乡间，同官府若水火，表现了自己“尚志高风，介然如石”的品格和气节。
在诗、文、书、画诸方面，傅山皆善学妙用，造诣颇深。其知识领域之广、成就之大，在清初诸儒中，无出其右者。傅山的书法被时人尊为“清初第一写家”。他书出颜真卿，并总结出“宁拙毋巧，宁丑毋媚，宁支离毋轻滑，宁直率毋安排”的经验。他的画也达到了很高的艺术境界，所画山水、梅、兰、竹等，均精妙，被列入逸品之列。《画征录》就说：“傅青主画山水，皴擦不多，丘壑磊珂，以骨胜，墨竹也有气。”他的字画均渗透自己品格孤高和崇高的气节，流溢着爱国主义的气息，在中国古典书画艺术中，博得后人的高度赞赏。
傅山在医学上，也有着巨大的成就。他内科、妇科、儿科、外科，科科均有很高的技术，而尤以妇科为最。其医著《傅氏女科》、《青囊秘诀》，至今流传于世，造福于�