3个，以便能够比较集中地使用对空炮火和空中掩护力量。此外，实施突击时，把担任雷达警戒的驱逐舰配置在目标方位线的两侧，比特混舰队先行60海里，以便尽早报告日机的来袭。担任雷达警戒的驱逐舰，有自己的巡逻机。按规定，完成空袭任务后返航的美机，必须在上述警戒舰只上空盘旋一周，所以，那些混在返航美机中去捕捉美航空母舰的“神风”特攻机就能识别出来而被一一击落。凡是不从警戒舰只的指定方位飞向特混舰队的飞机，均被视为日机，而予以截击。
12月17日，第38特混舰队为了补给燃料而撤离战场，向东驶去。但是，天气越来越坏，过午，哈尔西舰队不得不停止海上加油。18日晨，连探空站都未预测到的一次台风，虽然所及范围较小，但是风速很大，来势甚猛，给特混舰队造成巨大损失。“赫尔”号，“莫纳根”号和“斯潘塞”号3艘驱逐舰的舰长，因为急需补充已经消耗殆尽的燃料，没有及时向空油舱内注入海水稳定舰体。结果，这3艘驱逐舰在风暴最大时倾覆沉没。还有7艘军舰遭到严重损伤。舰载机有的被抛入海中，有的被风刮掉海里，还有的因相互碰撞而起火烧毁，损失多达186架。官兵丧生者约达800人。特混舰队犹如经历一场大规模的海战，受到很大损失。
由于台风的袭击和没有按时补充燃料，第38特混舰队未能按预定计划于12月19至21日对吕宋岛实施空袭。21日，台风正从吕宋岛上空通过，仍然无法进行空袭。因此，第3舰队返回乌利西锚地，舰员们进行必要的休整，第10后勤供应舰编队对在风暴中遭到损伤的舰只进行修理。麦凯恩及其参谋们利用在乌利西休整的短短几天时间，研究并提出了有助于提高第3舰队战斗力的各种措施。有几艘航空母舰增加了战斗轰炸机的数量，甚至还把海军陆战队航空兵所属的两个“海盗”式战斗机中队首次调到航空母舰上使用。他们还决定，以“企业”号和“独立”号2艘航空母舰为主体，以6艘驱逐舰担任警戒，组成一个专门的特混大队，隶属于第38特混舰队，专门实施夜间战斗，即于夜间执行轰炸、搜索、空中巡逻等项特殊任务。12月30日，第3舰队从乌利西锚地出航，前去空袭台湾，以支援即将到来的吕宋岛登陆作战。
这时，在民都洛岛上和在其附近水域的盟军部队正在继续作战，并不时遭到日军的零散攻击。12月21日，“神风”特攻队突击了运送军需补给的护航运输队，又击沉2艘坦克登陆舰。圣诞节前夕，日军的一支巡洋舰驱逐舰编队，即曾经参加过苏里高海峡海战的志摩部队，从法属印度支那的金兰湾出发，经由南中国海向东驶去。由于天气不好，这支编队进至民都洛岛以南200海里一带海域时，才被莱特岛的美岸基侦察机发现。当时，盟军在民都洛岛海域作战的舰艇兵力没有一艘是大于鱼雷艇的。12月26日深夜至27日凌晨，日军水面舰只驶抵民都洛海域，对机场进行了短时间的炮击，受到空袭后即撤退。撤退时有1艘驱逐舰遭到鱼雷艇的鱼雷攻击而沉没。这年年底，美军又向民都洛岛派去一支运送军事补给品的护航运输队，在航渡途中受到日军飞机的空袭，有4艘运输船被击沉。其中1艘军火船，引起剧烈爆炸后，舰体和舰员同葬海底。后来，这支护航运输队再次遭到“神风”特攻机队的袭击，又损伤4艘舰船。在尔后的几天里，还有3艘货舱在民都洛海域受到轰炸，1艘军火船遭1架“神风”特攻机撞击，立即爆炸，又是连船带人一起沉入大海。此后，日军的注意力为盟军对吕宋岛的进攻行动所吸引，突然停止了对民都洛岛一带的空袭。当时，在民都洛岛已有3个可供使用的机场。事实证明，这几个机场在支援吕宋岛的登陆战役中起了巨大的作用。
对吕宋岛的首次登陆预定在马尼拉北面的仁牙因湾进行。这里正是3年前日军登陆的地方。登陆部队预定于1945年1月9日实施突击上陆。其兵力编成与进攻莱特岛时大致相同，除第6集团军和第7舰队外，还有太平洋舰队的第3两栖作战编队予以加强。由摩罗泰岛、莱特岛和民都洛岛上的陆军航空兵负责掩护登陆输送队，并压制吕宋岛南部的日军机场。此外，登陆输送队还有伴随航行的护航航空母舰予以掩护。哈尔西第3舰队（当时只剩下第38特混舰队）则进行压制台湾和吕宋岛北部日军机场的任务。
对仁牙因湾登陆地域实施预先火力准备是由164艘军舰组成的一支强有力的支援部队。其中包括旧式战列舰6艘、护航航空母舰12艘、载运水下爆破队的驱逐舰10艘及扫雷艇63艘。这支部队将在奥尔登多夫中将的指挥下进入仁牙因湾，清扫水雷，测定接近岸滩的航道，在登陆部队到达之前，进行为期3天的舰炮火力堆备，以摧毁岸防工事。结果，这支火力支援编队竟成了“神风”特攻队的诱饵。“神风”特攻机对奥尔登多夫率领的这支先头部队频频进行撞击，在登陆输送队来到之前就已消耗殆尽了。
1月2日傍晚，奥尔登多夫的先头部队刚刚驶出苏里高海峡，就被设在棉兰老岛东北部某一教堂尖塔中的日军观察哨发现。日军接到报告后，次日立即派轰炸机飞往保和海，对该编队中的油船进行撞击，虽有两名船员伤亡，但对油船没有造成多大损伤。这对“神风”特攻队来说，是一个不祥之兆，但从投入战斗的飞机架数来看，“神风”特攻机在这次战斗中所取得的战果却是整个战争中最大的一次。
如上所述，当奥尔登多夫率领的编队到达苏禄海时，日军突然停止了对民都洛海域舰船的空袭，而去捕捉新的、更大的目标。1月4日下午，驶往仁牙因湾的火力支援编队经过班乃岛以西海域时，日军的1架双引擎轰炸机对“奥马内湾”号护航航空母舰的飞行甲板进行了撞击。该舰顿时烈火熊熊，引起舰内爆炸，舰体断裂，沉入大海。第二天，当这支编队到达马尼拉海域时，16架“神风”特攻机成功地突破了美军的空中掩护，撞击了澳大利亚的“澳大利亚”号重巡洋舰、美国的“路易斯维尔”号重巡洋舰，“马尼拉湾”号护航航空母舰以及护航驱逐舰和炮舰各1艘。此外，还炸伤了附近的另外4艘舰船。看来，为了击退盟军的进攻，“神风”特攻队的突击兵力，经过长期摸索，确实找到了一种切实可行的战法。
1月6日，大型舰只在扫雷舰的引导下，刚一进入仁牙因湾，就连连遭到“神风”特攻机的猛烈袭击。日军的空袭从11时45分开始，一直持续到日落，共击伤舰船11艘，击沉1艘。日机撞击了“新墨西哥”号战列舰，“加利福尼亚”号战列舰，“哥伦比亚”号巡洋舰，3艘驱逐舰，1艘担任运输的驱逐舰，1艘水上飞机供应舰及1艘扫雷舰。“路易斯维尔”号和“澳大利亚”号巡洋舰遭到两次撞击。“朗”号扫雷舰也被撞击两次，后部损伤严重，倾覆沉没。奥尔登多夫的编队离开莱特湾后，由于日机撞击而死亡325人，负伤约300人。尽管如此，打雷作业和对岸上目标的炮击仍按预定计划实施。
如果第3舰队1月4日或5日不在浓雾中坚持对台湾机场进行突击的话，日军对仁牙因湾火力支援编队的袭击定会更加猛烈。第3舰队的空袭使日本飞机不能从北面对吕宋岛实施增援。哈尔西的舰载机计划于6日猛烈轰炸吕宋岛地区的机场，但因天气一直不好，未能对日机场进行全面的压制。7日，根据金凯德的要求，取消了预定对台湾实行的夹击，再次空袭了吕宋岛。这次空袭是由第3舰队的航空母舰舰载机、第7舰队的护航航空母舰舰载机和陆军飞机联合实施的，几乎使吕宋岛的各机场都处于瘫痪状态。这一天，只有少量日机飞抵仁牙因湾上空，而且多被击落。然而，又有2艘扫雷舰分别被炸弹和航空鱼雷击沉。这时，日军决定把凡能从菲律宾撤出的航空兵全部撤走。因此，1月7日以后，日军几乎停止了对盟军有组织的抗击活动，仅有个别日机有时自发地对盟军舰船进行袭击。
这时，从南太平洋和西南太平洋等地集结起来的第6集团军的精锐部队正搭乘两栖作战编队的舰船向吕宋岛航进。在莱特湾，麦克阿瑟将军乘坐“博伊西”号轻巡洋舰已与指挥第7两栖作战编队部分兵力（策78特混舰队）的巴比将军会合。这部分两栖作战兵力负责遣送步兵第1军（第6师和第43师）。金凯德将军乘坐两栖作战编队旗舰“瓦沙奇”号，后来又与指挥第7两栖作战编队另一部分兵力的威尔金森将军会合。这部分两栖作战兵力负责遣送步兵第14军（第37师和第40师）。
此后，巴比率领所属部队沿着奥尔登多夫编队的航线驶往仁牙因湾。虽然经由圣贝纳迪诺海峡是条近路，但因日军在吕宋岛南部还有机场，所以不能走这条航线。1月7日凌晨，当巴比将军的编队经过民都洛海峡即将进入南中国海时，遭到日军飞机的袭击，“博伊西”号旗舰险些被击中。当天下午，1架“神风”特攻机突破密集的防灾炮火，撞到1艘坦克登陆舰上。次日晨，巴比编队刚一驶进吕宋岛海域，就遭到1架携带炸弹的战斗机的撞击，使“加达山湾”号护航航空母舰丧失了作战能力。尔后不久，另1架特攻机撞毁了1艘满载陆军部队的运输船。8日傍晚，威尔金森编队又遭受袭击，“基特昆湾”号护航航空母舰被特攻机撞中，受到重创。同一天，“澳大利亚”号重巡洋舰又先后两次在湾内被撞中。虽然奥尔登多夫令该舰不要再继续执行战斗任务，但它一直继续坚持战斗。
尽管遭到日机的拼死抗击，两栖作战编队仍按原定计划到达仁牙因湾。登陆输送队于1月9日日出时驶抵换乘海域几分钟后，飞来3架“神风”特攻机，其中1架撞断了一艘护卫舰的桅杆，另1架撞到已经受到重创的“哥伦比亚”号轻巡洋舰上。当天下午，“神风”特攻机对“密西西比”号战列舰进行了俯冲，死伤多人。而“澳大利亚”号更不走运，遭到了第5次撞击。
在此期间，登陆突击部队除受到登陆场北侧高地上的日军炮兵的抗击外，几乎未遇到其他抵抗就登上了岸滩。因为日军采用了新的抗登陆战术，仅在岸滩阵地配置有限的兵力迟滞登陆兵的行动，所以奥尔登多夫编队就不必使用大口径舰炮进行长时间的炮火准备。山下奉文已率领其大部分部队向北撤退，准备在山地进行抗击。到9日日落前，登陆部队已把登陆场向纵深扩大3英里。
夜间，当仁牙因湾内的舰船施放烟幕，企图避开日机的空袭时，约有70艘胶合板制造的日本摩托艇，携带着炸药冲向美军的水面舰只。这些摩托艇绝大部分被舰炮击退或击毁，仅有几艘把炸药送到美军舰船的舷侧后逃走。日军的这次水上特攻行动，使美军的1艘步兵登陆艇沉没，并使1艘运输船，1艘步兵登陆艇和4艘坦克登陆舰受伤。
1月9日夜至10日凌晨，哈尔西大胆地率领第3舰队通过巴林塘海峡，深入到南中国海。麦凯恩的航空母舰特混舰队负责压制吕宋岛北部的日军机场，但中间有一段空隙时间，“神风”特攻队便趁机飞临仁牙因湾，对出入该湾的登陆输送队的舰船进行了撞击。“神风”特攻机于1月10日击伤盟军船只2艘，12日击伤9艘，13日又击伤3艘。向时，也对第7舰队开始进行猛烈的袭击。1月3日至13日，日军飞机（其中大部分是神风特攻机）先后击伤盟军舰船43船，其中重创18艘，击沉4艘；击毙人员738名，击伤约1400人。
哈尔西率领舰队进入南中国海的目的是袭击日本舰队。据估计，包括“伊势”号和“日向”号战列舰在内的日本舰队，可能驻泊在金兰湾。哈尔西认为，只有歼灭这支舰队，民都洛岛至仁牙因湾的海上补给线才能确保安全。1月l2日，麦凯恩舰队的舰载机出动近1500架次，对印度支那沿岸附近海域进行了搜索，但未发现日本舰队的踪迹。其实，日本舰队早就对此有所察觉，不久前已经转移到林加锚地。大量的日本舰船集结在那一带海域，很容易遭到袭击。第38特混舰队的飞机在这次空袭中共击沉日舰44艘，其中包括12艘油船及“香稚”号轻巡洋舰。同时还击毁100余架日军飞机。15日，美航空母舰编队的舰载机又空袭了台湾西南部的高雄港，虽因能见度不良，战斗活动受到影响，但仍击沉驱逐舰1艘和运输船1艘，重创油船l艘，并击毁日机34架。
次日，这支编队对中国沿海地区，尤其是对香港集中进行了袭击。但由于恶劣天气的影响，战斗行动部分受阻，加上遭到密集防空炮火的抗击，损失飞机22架。这次空袭的战果是击沉货船1艘、油船1艘、重创船只4艘，击毁飞机13架。
1月17日，快速补给舰群在吕宋岛以西海域对�