。1990年，张卓元被评为国家级有突出贡献的中青年专家；1991年7月开始享受国家级有突出贡献专家特别津贴。
“十五”计划的重要起草人
1990年，张卓元在《改革》杂志上发表了一篇题为《有计划商品经济与市场取向改革》的文章，提出了中国经济改革要以市场为取向。这篇文章代表了他一贯的经济思路。因此学术界都视他为“市场取向改革派”的代表。
张卓元似乎很乐意接受这样的评价。在他看来，发展商品经济就是发展市场经济。自1979年以来，他一贯主张大力发展商品经济，坚持稳定推进市场取向政策，以改革促稳定，在稳定中求发展。20世纪80年代他在着力研究中国价格改革的规律性的同时，对经济结构调整的研究也十分引人注目。当时他提出，社会经济的发展一般总是先发展农业，在农业发展的基础上，以农产品为原料和农业为主要市场的轻工业得到发展，然后在农业和轻工业发展的基础上，重工业才大规模发展起来，这是生产力发展的一条客观规律；我国经济结构调整也是遵循这一规律。后来他主编了《论经济结构对策》一书，全面系统地论述了这一观点。该书后来获得孙冶方经济科学奖励基金1984年度著作奖。
张卓元有关经济结构调整的思路，得到了中央领导人的肯定。因此中央后来制定“八五”“九五”计划时，都主动听取张卓元的建议。而张卓元在很多文章中都对中国国民经济的发展规则进行了战略性的分析，为中央决策层提供参考。
熟悉张卓元的人都把他比成中国经济界的一棵“长青树”，从邓小平时代开始，他就备受中央高层的关注和信任，几代领导人在宏观经济问题上几乎没有不把他的观点作为决策参考的。
1999年，中央决定制定国民经济和社会发展第十个五年计划，张卓元成了计划起草人之一。
“十五”计划是中国进入21世纪后第一个中长期规划，它不仅是中国实施第三步战略部署（争取到建国100年时，基本实现现代化）的第一个中长期规划，也是中国初步建立社会主义市场经济体制后的第一个中长期规划。根据党的十五大提出的远景目标，“十五”计划期间经济和社会发展的主要目标是：国民经济保持较快发展速度，经济结构战略性调整取得明显成效，经济增长质量和效益显著提高，为2010年国内生产总值比2000年翻一番奠定坚实基 础；国有企业建立现代企业制度取得重大进展，社会保障制度比较健全，完善社会主义市场经济体制迈出实质性步伐，在更大范围内和更深程度上参与国际经济合作与竞争；就业渠道拓宽，城乡居民收入持续增加，物质文化生活有较大改善，生态建设和环境保护得到加强；科技教育加快发展，国民素质进一步提高，精神文明建设和民主法制建设取得明显进展。
“十五”计划从总体规划纲要、重点专项规划以及各行业规划、各地区规划三个层次展开。其中，针对关系全局的重大问题和关键领域制定的重点专项规划是“十五”计划的一大特点，备受关注的西部开发规划就属于重点专项规划。
“十五”的目标是宏伟的，但据透露，“十五”计划的起草过程并不轻松。
1999年12月，“十五”计划起草小组在北京成立，这个小组既包含了一批政府官员，又吸收了一批像张卓元这样的专家学者。而在此前国家计委做了大量准备，仅文字材料就有十几本。
张卓元进入起草组后发现，无论是政府官员，还是专家学者，在对中国面临的国内国际形势的判断上、在制定“十五”计划的大思路上，大家的认识是一致的，都认为：在社会主义市场经济体制初步建立的今天，市场应当在资源配置中发挥基础作用；中国经济增长方式要从以往注重数量和速度转变到注重质量和效益。因而结构调整和体制改革在“十五”计划建议中，被提到前所未有的高度。但是，在具体表述方式上，起草小组成员却有不同意见，起草组成员有时为了一两个字的表述方式，都要反复斟酌、讨论、修改，在征求多方意见后，才最后定稿。张卓元事后说：“也许这样有些繁琐，但这种认真负责的态度是必要的。”
在起草过程中，张卓元提出，尽管现在中国的经济结构中，民营企业、商业、服务业以及高科技都发展迅速，但优先发展农业仍要在“十五”计划中体现出来，因为它是国民经济和社会稳定的基础。与此同时，他建议国家在如何提高粮食生产能力、提高农民的收入、建设稳定商品粮基地、建立粮食安全体系、确保粮食供求平衡等方面做出相应的说明，以促使经济和社会协调发展。
张卓元的提议得到了起草小组的一致支持。《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十个五年计划的建议》中作了这样的表述：“必须充分认识发展农业的重要性、艰巨性，始终把农业放在发展国民经济的首位，保证农业在提高整体素质和效益的基础上持续、稳定发展。”
“十五”计划除了专家观点备受重视，百姓心声也不可忽视。国家计委曾面向社会，公开征求对制定“十五”计划的意见和建议，很多意见得到了补充。另外，与以往不同的是，这次制定的计划首次听取了国际专家学者的意见，国家计委主任曾培炎多次召开专题座谈，听取世界银行、联合国的专家就社会保障、就业、高新技术等主题的建议。张卓元把它称之为“开放时代开放的中国，在制定一个开放型的计划时，体现了更多的开放意识”。
中国高层对“十五”计划更是极为重视，国家主席江泽民12次听取各方建议。为了使计划更为完善，2000年春，“十五”计划建议在形成初步框架后，中国决策层在北戴河对此进行了讨论，并向各民主党派和社会团体发出100多个征求意见书，收到1000多条反馈意见。它们在“十五”计划建议中，得到了不同程度的体现。
“十五”计划于2000年10月11日在党的第十五届中央委员会第五次全体会议获得通过。人们看到，“十五”计划与过去不同的是，过去的五年计划比较多的是把发展速度放在突出的位置，强调速度。这次是强调调整经济结构，主要是产业结构。结构的调整就意味着质量的提高。不能太看重具体的发展速度，而是要使得我们的整个产业结构适应中国经济发展的需要。
有分析家指出，这样的调子正好是张卓元一贯坚持的“稳中求进”的思路。
第三辑张卓元 （3）
机构改革的真髓 ：按细分的具体行业设置机构
2003年3月6日上午，国务院机构改革方案提请十届全国人大一次会议审议，启动了改革开放以来的第五次大规模的机构改革。在这天的会议上，国务委员兼国务院秘书长王忠禹向人代会提交《关于国务院机构改革方案的说明》，这个方案在3月10日第三次全体会议表决获得通过。
张卓元就是这个方案的主起草人。
从1982年到1998年，中国政府机构改革共进行了4次。1981年时，国务院的工作部门有100个，达到建国以来的最高峰。1982年3月8日，五届全国人大常委会第二十二次会议通过了关于国务院机构改革问题的决议，国务院各部门从100个减为61个，人员编制从原来的5。1万人减为3万人。1988年4月9日，七届全国人大一次会议通过了国务院机构改革方案。改革的重点是那些与经济体制改革关系密切的经济管理部门。此次改革使政府的经济管理部门从直接管理为主转变为间接管理为主，强化了宏观管理职能，淡化了微观管理职能。通过改革，国务院部委由原有的45个减为41个，直属机构从22个减为19个，非常设机构从75个减到44个。机构改革后的国务院人员编制比原来减少了9700多人。1993年3月22日，第八届全国人大一次会议审议通过了关于国务院机构改革方案的决定。方案实施后，国务院组成部门、直属机构从原有的86个减少到共59个，人员减少20％。当年4月，国务院决定将国务院的直属机构由19个调整为13个，办事机构由9个调整为5个。国务院不再设置部委归口管理的国家局，但设置了国务院台湾事务办公室与国务院新闻办公室。1998年3月10日，九届全国人大一次会议审议通过了关于国务院机构改革方案的决定。根据改革方案，国务院不再保留的有15个部、委，新组建的有4个部、委，更名的有3个部、委。改革后除国务院办公厅外，国务院组成部门由原有的40个减少到29个。
但是，随着经济和社会的发展、改革的深化，包括加入WTO后中国已有的机构改革与现行的有些体制仍有不适应新形势的地方，需要完善。这次机构改革方案涉及国有资产、宏观调控、金融监管、流通体制、食品安全、人口发展等重要部门的调整。
张卓元在解读此次机构改革方案时说，1998年的国务院机构改革以精简为主，这次机构改革方案则以调整政府职能为主。主要内容不单是撤销、精简，而是把部分行政部门的职能进行调整，把有些交叉、重复的职能加以整合。他举例说，随着经济发展，人们越来越关心食品、药品等消费品安全问题和生产安全，这需要有个部门专门管理，所以机构改革方案中提出了组建国家食品药品监督管理局。现在，银行的监管越来越受到重视，为保证银行业运行的安全、高效，这就需要成立银监会。这些机构的出现，都是随着经济、社会发展所提出的新要求而产生的。另外，国家经贸委主管技术改造，而国家计委主管基础设施建设。国家的投资建设实际上由两个部门管理，造成多头管理，降低了政府效率，也容易形成重复建设。再有，国家计委是很重要的宏观调控部门，负责国家的长远规划，而属于短期宏观调控的经济运行调控又由经贸委主管。这实际上使长期、短期的宏观调控分散到不同的政府部门。在进出口方面，农产品归计委主管，工业品和原材料归经贸委主管，其他一些又由外经贸部管，这样对于整个对外贸易发展是不利的，是一种没有必要的分权。他认为，此次改革没有上一次动作那么大，但对政府转变职能有很大促进作用。
有人会担心，新的机构改革可能会导致权力过分集中。张卓元认为，改革报告中明确指出，政府要加强自身建设，尽量减少审批，减少对微观事务的干预，改进自己的工作方法，让市场机制更好地发挥经济调节作用。政府部门还要规范、透明，不能搞暗箱操作。政府机构改革的目的就是要建立“透明政府、责任政府、法治政府、诚信政府”。
很多专家认为，这次政府机构改革，将使中国的经济功能得到进一步释放，将有利于中国综合国力的提升。著名经济学家张维迎甚至算过一笔账：如果把大部分管制取消，中国国民生产总值总量可跃升30％。
但是，张卓元也看到，随着改革推进，这次改革本身还有很多问题需要探索，比如国资委怎么监管国有企业，怎么做到管市场、管人、管事的结合？银监会的成立对银行业加强监管，但中国人民银行还有别的监管职能，这两家怎么协调好，保证银行业的安全、稳健运行，这些方面恐怕都还需要不断地协调。
对于这些问题，张卓元又开始了新的思考。
设立“国资委”——破解政企不分的重大创举
十届人大一次会议通过的政府机构改革方案，决定设立国务院国有资产监督管理委员会（简称“国资委”），将国家发展计划委员会改组为国家发展和改革委员会，设立中国银行业监督管理委员会，组建商务部，组建国家食品药品监督管理局等等。分析家认为，本次机构改革方案最大的亮点是，加强了政府在市场经济制度中应有角色的建设，即加强了对市场的监督和监管力度，目的性十分明确。
张卓元认为，成立国资委这样一个“特设机构”，其主要原因是为了终结原来的国有资产管理“五龙治水”的局面。
所谓“五龙治水”，就是好几个部门对国有大型企业分割行使职能。中央企业工委负责这些企业负责人的任免，而财政部、国家经贸委等部门则掌控着“资产”和其他权力。如果按照出资人的三大权能——资产收益、重大决策、选择管理者来细分，则有多达9个部门在负责。
张卓元在参与起草政府机构改革方案时，与起草小组�