签订《日美亲善条约》，美国得到了在下田、箱馆两地派驻领事的权力，以及单方面的最惠国待遇。
一看美国人得了手，西方列强纷纷趁虚而入，英、俄、荷等国也陆续和幕府签订所谓的亲善条约。这些亲善条约虽然并没有很具体的内容，但总算是敲开了日本的国门，使得幕府延续两百年的锁国体制濒临崩溃。或许是受此事刺激吧，安政二年（1855年），阿部正弘辞去老中职务，首席老中变成了堀田正睦。两年后，阿部正弘病殁，享年仅三十九岁。
对于日本的近代化进程来说，这位阿部老中可谓功不可没，他不仅放松限制，让诸侯和朝廷全都回归到政治舞台上来，还为了重建幕府威信而大举起用人才，不仅包括幕府“直参”，还包括了很多“陪臣”（大名的家臣），比如川路圣谟、大久保忠宽（一翁）、江川太郎左卫门（英龙）、高岛四郎大夫（秋帆）、胜麟太郎（海舟），等等，其中很多都是著名的兰学者。
在这些新进幕臣的推动下，幕府设立了很多引进和研究、传播西洋科学的机构，比如江户的番书调所、讲武所，长崎的海军传习所，等等。尤其是利用荷兰国王赠送的军舰和派来的海军人员创设的海军传习所，甚至允许各藩藩士前往学习。
受到幕府这种行为的鼓励，水户、萨摩、长州等藩也开始加快自己领内的改革步伐，建立起崭新的钢铁厂、武器制造厂，甚至采用西方的军队建制。可以说，开办学校以研究西方学问、重用中下级武士、进而进行体制改革，这股时代的旋风是从雄藩开始刮起的，随即影响到了幕府，又反过来刮回雄藩。并且，这种风潮最终还刮到了民间，就在幕府设立番书调所和讲武所的同一年，也就是安政三年（1856年），吉田松阴开办了著名的松下村塾。
吉田松阴本名虎之助或者寅次郎，松阴是他的号，他是长州藩士杉百合之助的第二个儿子，过继给了叔父吉田大助贤良，成为贤良的继承人。据说松阴从小就聪明过人，二十一岁的时候遍历九州，和许多知名人士交上了朋友。嘉永四年（1851年），松阴跟随藩主毛利敬亲前往江户参觐，随即没有请假就自作主张前往东北地区游历，因此被削夺了士籍（武士资格），没收了世代的俸禄，被勒令归家反省。
毛利敬亲乃是当时著名的“贤侯”，他非常看重吉田松阴的才能，所以隔了不到两年就赦免了松阴之罪。松阴这次不敢再胡来了，提出请求去江户留学，在得到批准后，就孤身前往江户，投在大儒佐久间象山的门下。
这位佐久间象山乃是信浓国松代藩士，是阳明学派的著名学者，并且也接受了部分兰学思想，开国色彩非常浓厚。吉田松阴受到象山的影响，逐渐成为当时著名的尊攘派思想家，甚至可以说是尊攘派的始祖。
所谓尊攘，就是“尊王攘夷”，尊王是指奉戴天皇，遵从大义名分，而攘夷思想其实逐渐地不再和锁国体制可以划上等号了。吉田松阴希望能够学习西方的先进技术和制度，改革日本的内政，从而得以阻挡列强对日本的威胁。这种攘夷的“攘”，不是一概驱逐，而是抵抗侵略，与洋人平等建交。
为了看清世界，学习西方科技，吉田松阴曾经打算利用俄国船偷渡出国，可惜误了船期，其后他又趁着安政元年（1854年）培理二度来航的机会，想要混上黑船。这次的努力再度无可奈何地失败了，松阴也被遣返回藩，收押入萩城（长州主城）监狱。
下狱仅仅一年，松阴就因为身体原因而获得赦免，随即开办了松下村塾，收徒讲课，希望把自己的思想灌输给更多有志报国的年轻人。他的努力获得了回报，后来很多叱咤一时的长州藩志士，比如久坂玄瑞、高杉晋作、伊藤博文，等等，全都出自松下村塾。
开办松下村塾的时候，吉田松阴年仅二十六岁。
●安政大狱
美国人并不以轻轻敲开日本大门为满足，安政三年（1856年），下田总领事哈里斯来到日本，要求幕府与之缔结新的条约。经过长时间谈判，最终议定的条款是对日本相当不利的，内容包括开放神奈川、长崎、新泻、兵库四港和江户、大坂二城，承认领事裁判权，日本关税需与各国协商决定，等等。
老中堀田正睦不敢在这样丧权辱国的条约上签字，于是把烫手山芋扔去了京都，请求朝廷“敕许”。这帮幕臣虽然僵化腐朽，倒也知道真打起仗来，自己不是洋人的对手，而朝廷公卿却全都没有见过大世面，只知道国体不能更改，国威不能降低，坚持传统的“攘夷”思想，毫无转寰余地地坚决不肯同意。
一直拖到安政五年（1858年），第二次鸦片战争以清朝再次惨败而告终，哈里斯趁机恐吓说：“如果不答应我们的条件，等到英国人以武力攻来要求开港，日本就危险了。”于是幕府吓得不再管什么“敕许”了，匆匆忙忙地就在协议上签了字。此举立刻引发了轩然大波，本来幕府执掌国柄，你爱怎么干就怎么干，不必要朝廷点头，可是既然已经请求朝廷“敕许”了，却又违背朝廷的命令，在没有得到“敕许”的情况下就签订了条约，这根本是悖逆之举。一时间，群情汹涌，所有矛头都指向了江户幕府。
吉田松阴为此愤怒地斥责幕府，说：“不思国患，不顾国辱，不奉天敕，将军之罪天地不容，神人皆愤！”他的尊攘思想因此而产生了决定性的改变，即从尊奉天皇而并不反对幕府，转化为想要依靠天皇的权威来打倒幕府。作为尊攘派的祖师爷，松阴的思想立刻成为尊攘派的主流思想，幕府就此变成众矢之的。从此日本国内的思潮，从单纯的“开国”和“攘夷”之争，添加了更为复杂的“佐幕”和“倒幕”的对立因素。
不过指示在条约上签字的并不是幕府老中堀田正睦，而是刚刚被任命为大老的井伊直弼。大老比首席老中还有权力，向来就由德川家的世代重臣来担任，比如首任大老土井利胜、宽永年间权倾一时的酒井忠胜，等等。
且说这位井伊直弼大老，出自德川氏谱代的彦根藩，前藩主、兄长井伊直亮去世后继承了藩主之位——井伊直亮也曾经担任过幕府大老。黑船来航的时候，井伊直弼是少数开国派之一，等他当上大老之位，立刻就和尊攘派发生了严重冲突。
攘夷派的首脑乃是御三家之一的水户藩主德川齐昭，正好家定将军体弱多病，看着随时都可能咽气，又没有子嗣，德川齐昭就联合越前藩主松平庆永、萨摩藩主岛津齐彬、土佐藩主山内丰信、宇和岛藩主伊达宗城等人，企图靠着把一桥家的德川庆喜推上将军宝座而掌握幕政——这些人就被称为“一桥派”。对于德川齐昭的这种图谋，井伊直弼当然不会坐视不理，他针锋相对地推举血统更近的纪州藩主德川庆福为将军继承人。就这样，幕府一分为二，表面上是因为将军继嗣问题产生了分歧，实际上是开国与尊攘两种思潮展开了激烈的斗争。
或许井伊直弼是为了提升幕府威信，也为了贯彻自己的理念，他不等朝廷“敕许”就匆忙地和美国人签订了《日美友好通商条约》，不仅如此，同一年还和荷兰、俄国、英国、法国缔结了内容相近的条约，史称“安政五国条约”。他的这一举动更加触怒了尊攘派，两派的冲突已如箭在弦上，“安政大狱”就此爆发。
且说德川家定将军于安政五年（1858年）七月去世，井伊直弼立刻派遣使者前往京都，请求朝廷“宣下”，任命德川庆福为新的将军。然而孝明天皇因为不满幕府签订开国的条约，迟迟不肯颁发正式诏命，“一桥派”趁虚而入，萨摩、水户等藩驻在京都的藩士，如梅田云滨、赖三树三郎、西乡吉之助（隆盛）等人大搞串联，并且游说朝廷公卿，想要让朝廷下诏罢免井伊直弼，任命德川庆喜为幕府将军，德川齐昭为副将军。
为了说明自己签订条约的理由和苦衷，也为了催促朝廷尽快“宣下”，井伊直弼委派老中间部诠盛前往游说，又派亲信长野主膳去京都监视尊攘派的动向。到了八月十日，尊攘派请到了朝廷谴责井伊大老的“敕掟”，并将此公文交给主子德川齐昭。齐昭皇命在手，变得更加不可一世，想要集合各地雄藩一起对幕府施压。虽说从黑船首次来航的时候起朝廷就开始插手政治，但越过幕府直接向诸侯下令，这还是第一次，朝廷的这种举动使得尊攘派士气高昂，而尊王倒幕的思想也开始甚嚣尘上。
井伊直弼得知此事后，要求德川齐昭交出天皇“敕掟”，并且惩处为了获得此公文而在京都大搞游说串联的各藩志士。此举激怒了尊攘派，水户藩士一千多人，尾张藩士近两千人浩浩荡荡前往江户城请命，另有二百多人增援京都，倒幕内战似乎一触即发。
面对如此险恶的局势，井伊直弼决定痛下狠手，严惩这批尊攘派。当年九月，在长野主膳、酒井忠义等幕臣的策划下，幕府全面反攻，兴起大狱。朝廷方面，支持尊攘派的尊融亲王被勒令永年蛰居（终身闭门反省），包括前关白鹰司政通在内的十六名公卿也先后遭到惩处。大名方面，德川齐昭永年蛰居，德川庆喜被勒令隐居，山内丰信、德川庆笃（现水户藩主，齐昭的继承人）等人都受到不同程度的处分。幕臣方面遭到处置的则有“一桥派”的岩濑忠震、永井尚志、川路圣谟等人。
受到最严重惩罚的还是各藩尊攘志士，安岛带刀、鹈饲吉左卫门、赖三树三郎、桥本左内等人均被判以死罪，梅田云滨死于狱中，其余受牵连者不计其数。至于那位精神领袖吉田松阴，据说他曾策划过刺杀老中间部诠盛的阴谋，所以也遭逮捕，于安政六年（1859年）十月二十七日在小塚原被处斩。松阴临终前作诗道：“吾今为国死，死不负君亲。悠悠天地事，鉴照在明神！”
当然，也有很多志士东躲西藏，暂时逃过了大难，其中就包括萨摩藩的西乡吉之助。据说吉之助慨叹国家多难，壮志难酬，和京都清水寺成就院的住持月照相约跳海自杀，幸运的是，月照就此葬身洪涛，吉之助却奇迹般地被救了上来。
这一年，被杀的吉田松阴和获救的西乡吉之助都是三十岁，死者已矣，生者却还有很漫长而坎坷的道路要走。
●樱田门外之变
在幕府大老井伊直弼的冷血屠杀下，反对派被镇压了下去，尊攘志士们暂时蛰伏，而德川庆福得以继任为幕府将军，并且改名为德川家茂。然而井伊大老并高兴不了多久，很快他就变成了尊攘派的刀下之鬼。
且说在安政大狱兴起以前，水户藩很多激进的尊攘志士就齐集江户，大狱兴起后，井伊直弼向水户藩施压，要求召回这些过激分子。其中部分志士被迫归藩，部分人则干脆脱藩，在江户城中潜伏了下来，打算寻找时机为主家复仇。
次年为安政六年（1860年，后改为万延元年），三月三日上午九时，井伊直弼离开自己在外樱田地区的官邸，前往江户城中办公。据说行前就有人警告说，近来城中发现很多前水户藩士，行动诡秘，恐怕将不利于大老，请求增加警卫力量。然而井伊直弼却回答道：“人的命运由上天注定，如果真有刺客想要杀死我，他们可以寻找各种机会，加强警卫是没有用的。况且对于出行的队列，幕府有着严格规定，身为大老，我怎能率先破坏制度呢？”
大老的随从和警护人员一共六十人，簇拥着乘轿的井伊直弼通过江户市街，此事天降大雪，寒风卷着雪花扑向行进队列——因为寒冷，街面上行人很少。在经过外樱田门前的杵筑藩藩邸之时，刺客们突然出现了。
刺客的首脑乃是水户藩的激进尊攘派金子孙二郎，他聚集了包括水户脱藩志士高桥多一郎、关铁之助，以及萨摩脱藩志士有村次左卫门等共十八人，早就埋伏在外樱田门外。当井伊大老的轿子到来之时，刺客们披风冒雪，一拥而上。轿中的井伊直弼匆忙掏出短枪，射倒了志士森五六郎，但随即就被五、六柄长刀刺中，一句话都没来得及说就咽了气。
这就是著名的“樱田门外之变”。
井伊大老的被刺，对于日本社会的转型起到了非常深刻的作用。一方面，气焰大降的幕府在安抚彦根藩士的同时，也处罚了被视为井伊派的纪州藩家老水野忠央，并且解除了对德川庆恕、德川庆笃、德川庆喜、松平庆永、山内丰信等人的处分，实际上是在血的教训下被迫向雄藩们低下了“尊贵”的头颅。
然而在幕府作出让步的同时，各地雄藩也因为“安政大狱”而收敛了原本的狂妄姿态，转而向幕府靠拢。在井伊直弼之后掌握幕权的老中安藤信正改变了井伊大老的铁血手段，一方面停止对“一桥派”藩