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首先，秀忠改变了家康时代独断专行的做法，改之以将军与幕府重臣的合议制政治。家康时代就曾设置“老中”一职作为将军的最高辅佐官，“德川四天王”之本多忠胜、榊原康政，以及军师本多正信、主要奉行大久保长安等人全都担任过这一要职。到了秀忠时代，开始提升部分老中的权柄，至家光时代首次出现“大老”的称呼。大老就是首席老中，并不常设，权力仅次于幕府将军，无人可以并肩。首席大老是土井大炊头利胜，乃是秀忠的宠臣。
但这并不意味着幕府将军放松了权柄，也并不意味着权臣政治的出现。秀忠设立合议政治的目的是为了加快行政效率，使得当幕府将军年幼或暂时无力视事的时候，整个幕府体制仍能照常运作。秀忠本人虽然看似软弱，其实并不能容忍权臣的出现，本多正纯的“失脚”就是一个很好的例证。
本多正纯乃是德川家康的军师本多正信之子，家康就任幕府将军以后，麾下势力最大的家臣就是本多正信和首任老中大久保忠邻（忠邻担任此职是在1593年，幕府开设的十年之前）。本多父子被称为“骏府派”，大久保忠邻被称为“江户派”，两派的矛盾逐渐激化，到了庆长十八年（1613年），骏府派揭发江户派的大久保长安有贪污之嫌，忠邻受到牵连，次年（1614年）遭到放逐，从此本多父子独掌幕府权柄。
秀忠亲政后，重用亲信土井利胜、酒井忠世等人，刻意打压本多正纯的势力（正信已先过世）。元和七年（1622年），秀忠前往东照宫参拜家康的灵位，回来时原计划留宿正纯的封地宇都宫，但是其姐龟姬揭发说正纯在所安排的将军卧室天井上布置了刺客（其实或许是保护将军安全的忍者），于是秀忠临时改变计划，并立刻派人诘问正纯，不久后更将其流放。一般认为龟姬是愤恨本多正纯夺取了自己的领地（宇都宫原为龟姬的丈夫奥平家昌的封地，家昌死后遭到改易，正纯入居），所以造谣诬告。但此诬告漏洞百出，如果将军秀忠秉公而断的话，正纯是根本不可能获罪的。
秀忠的第二大功绩，乃是继承老爹的政策，继续打压外样大名。那个在关原合战中起过重要作用的福岛正则，因为私自修城被秀忠抓到把柄，于元和五年（1619年）遭到改易，此外，最上义俊、蒲生忠乡、田中吉政等人也都先后失去了领土。秀忠把三个最年幼的兄弟——德川义直、赖宣和赖房——分别分封到常陆水户、尾张和纪伊和歌山，称为御三家，作为幕府的屏障。他定下规矩，只有幕府本家和御三家才准许使用德川的苗字，其余近亲全部恢复松平旧氏，而一旦幕府将军绝嗣，则由御三家的后裔入继为一门总领。
秀忠的又一功绩，乃是进一步控制朝廷。元和五年（1619年），他以家康遗愿为名上洛，请后水尾天皇娶其女和子为妃，虽然此举遭到公卿们的一致反对，但秀忠用威吓、流放等手段把所有反对声音都压了下去。和子入宫后，生下一个女儿兴子，宽永元年（1624年）更在幕府的支持下进位中宫。宽永六年（1629年），因不满幕府的高压政策，后水尾天皇宣布退位，秀忠拥立外孙女兴子内亲王坐上天皇宝座，就是明正女帝——称德女帝后经过了八百五十九年，终于又一位女帝诞生了。
在打压和控制天皇朝廷的同时，秀忠还加大对寺社势力的管理。宽永六年（1629年），后水尾天皇任命数十名僧侣为僧正，颁发“紫衣敕许”（高位僧侣可着紫衣），秀忠藉口其中某些僧侣资格不够，立身不正，宣布朝廷旨意无效，并在严格审查后将部分僧侣流放边远地区。从此以后，朝廷连对寺社的名义上的控制权也丧失了——此事也是导致后水尾天皇退位的一个重要原因。
虽然秀忠做出了如此伟大的功绩，但他终究是守成之主，被迫要一直活在老爹家康的阴影之下。家康还在世的时候，秀忠就曾经口出怨言：“大御所的谎话，就算人人知其为假，都会被迫相信；而我的谎话，就算再如何努力地说，都不会有人相信！”
忍者时代的终结
战国时代产生了很多忍者集团，受雇于封建大名，帮他们完成侦查、刺杀、搜集情报等秘密工作。不过当时这种集团的名称还并没有统一，比如武田信玄的御用忍者就被称为“乱波”。可是这种集团到了和平时期，就会变成社会动乱的根源，所以织田信长父子才会在忍者的大本营伊贺展开大屠杀，想要将此毒瘤彻底铲除掉。那么，和平的德川幕府时期，是否还有忍者存在呢？
首先咱们要说说伊贺三上忍之一的服部氏。服部氏历代当主都沿用“半藏”的通称（再如风魔众的首领历代都称“小太郎”），从某一代半藏起，离开伊贺的崇山峻岭，前往三河，出仕于德川家，其子就是著名的服部半藏正成。正成可谓是从阴影里走到阳光下的人物，成为家康麾下赫赫有名的武将，人称“鬼半藏”。
传说本能寺之变发生以后，德川家康穿越伊贺的群山回归三河，全靠了服部正成联络伊贺残党，一路护送，才没出什么危险。事后家康不但重赏这些忍者，还把他们收为家臣，安排在正成麾下，建立起名为“伊贺同心众”的组织，为德川氏搜集各方面情报、擒杀异己分子，作出了巨大的贡献。但“伊贺同心众”已经和真正意义上的忍者集团不同了，尤其在德川氏统治整个日本以后，他们的主要工作逐渐变为搜集自己领内的情报、追捕反叛分子和犯罪者，换句话说，主管治安，部分职权和后世的警察，尤其是秘密警察非常相似。
正成五十四岁去世，把半藏的名号和“伊贺同心组”首脑的职位传给了长子正就——也就是新一代的服部半藏。可惜正就这家伙不成器，更把“伊贺同心组”当成自己的私产，在江户城受灾，城门倒塌的时候，只管领着部下修理自己家大门，部下提出反对意见，反遭他的囚禁。最终，部下们忍无可忍了，据守长善寺发动武装政变，要求幕府剥夺正就的首领职位。面对近千名忍者及其家属的强烈呼声，德川幕府只得把正就贬为平民。
元和元年（1615年），正就参加了大阪夏之阵，希望能够将功赎罪，可惜武运不佳，战死沙场。他还有个弟弟名叫服部正重，因为牵涉到老婆娘家（大久保长安）的犯罪事件而遭到流放，最后客死异乡。
服部家虽然等同于灭亡了，但“伊贺同心众”依旧存在，服部半藏之名也一直流传到今天。江户城中留下了“半藏门”的古迹，据说乃是服部正成亲自设计并督造的，以便发生变乱时，德川将军可以经此逃离，沿甲州街道逃往甲府城。“半藏门”外还挖有“半藏壕”，明治维新以后，天皇移居东京（即江户），新的宫殿就设在半藏门和半藏濠附近。
此外，富有传奇色彩的还有柳生一族，他们本是大和奈良柳生庄的小豪族，战国后期出了一位武艺超群的总领柳生石舟斋宗严，被称为“剑圣”。宗严的儿子为但马守宗矩，乃是德川幕府二代将军秀忠的亲信，历任秀忠、家光两朝，最后领有大目付之职。大目付就是最高监察官，负责监督政府各部门的工作和监视各地诸侯的动向。因为权势熏天，同时任此情报要职，柳生氏背后的阴影就逐渐被发掘或者说被编造了出来。
然而拨开重重迷雾，柳生一族究竟是否忍者集团呢？上世纪初在东京练马区广德寺柳生冢中出土的一副黄杨木假牙，着实让历史学者们大吃了一惊。因为传说柳生忠矩的继承人宗冬曾于幼年时拔去满口牙齿，装了一副精致的黄杨木假牙——那是忍者为了方便化妆，想扮老人就扮老人，想扮少年就扮少年，想装男就装男，想装女就装女，连牙齿都露不出破绽来，而必须忍受的手术。这副假牙即便不是宗冬本人的，那也一定是柳生家族重要人物遗留下来的，柳生氏之与忍者有关，似乎是无可疑了。
●家光将军和幕府机构
江户幕府第二代将军德川秀忠本是德川家康的第三个儿子，因为长兄信康被织田信长逼迫自杀，次兄秀康很早就被过继出去，所以最终轮到他继承为德川氏的一门总领。秀忠的正室夫人名叫阿江，乃是浅井长政和织田市姬的第三个女儿，也是大坂城内实权人物淀姬的亲妹妹。且说阿江夫人生有两个儿子，长子为家光，次子为忠长，如同反复上演的历史故事一般，母亲偏爱少子，一直撺掇将军秀忠废黜家光的继承人地位，而以忠长取代之。
阿江夫人所以不喜欢大儿子家光，是因为家光降生后，爷爷家康认为如果孩子和母亲过于亲近，将会养成软弱的依赖性格——淀姬母子就是最好的例证——所以坚持把婴儿从阿江夫人怀中抱走，交给亲自挑选的乳母阿福抚养长大。因此阿江夫人和家光的母子之情非常淡漠，对自己一手养大的次子忠长则宝爱有加。
家康去世后，阿江夫人就开始撺掇秀忠将军废长立幼。但一则不敢违背亡父家康的意愿，二则家光的乳母阿福也做了大量的工作，秀忠最终仍然没有听从妻子的意见，不仅如此，他还提前宣布退位，把将军宝座让给了年仅二十岁的家光。
宽永三年（1625年），已经退位的德川秀忠领着家光将军入洛参觐，秀忠受封左大臣，不久后进位太政大臣，家光则受封右大臣，不久后进位左大臣。宽永九年（1632年）元月，德川秀忠去世，当年十月，大权在握的家光将军以兄弟骏河藩主德川忠长患有疯病为名，剥夺了忠长的领地，将其软禁在上野高崎城中。忠长随即忧愤自刃，享年二十八岁。
兄弟相残的悲剧，即便在太平盛世也是无法完全避免的。
且说家光将军在位的时候，最为宠信的有老臣酒井忠世、土井利胜、松平信纲等人，以及一代女杰春日局。春日局就是家光将军的乳母阿福，本为明智光秀的重臣斋藤利三之女，她因为和将军亲如母子，又在将军继嗣问题上帮了家光很大的忙，所以等到阿江夫人去世、德川秀忠退位以后，她成为了“大奥”实际上的领导者——所谓“大奥”，就是指将军的后宫。
其实阿福并不仅仅照管内事，对于政务也有很大的发言权。宽永六年（1629年），阿福前往伊势神宫参拜，家光将军指示她作为自己的代表，转道入京参谒后水尾天皇。一介乳娘竟然想面见天皇，此事使朝廷上下无不感到惊愕和愤恨，但最终在幕府的压力下，阿福还是假装顶着贵族三条西实条的妹妹的头衔完成了使命，并受天皇赐号为“春日局”——据说此事也是后水尾天皇愤而退位的一个重要原因。
家光将军在位的时候，进一步巩固幕府权威，削弱各地藩主的势力，“参觐交代”制度就是他所创立的。所谓“参觐交代”，是指各地大名都必须在江户城下町购置宅邸，把妻子儿女安置其中，作为交给幕府的人质，大名本人则一年在领地视事，一年住在江户，轮番交替（关东大名则每半年轮替一次）。大名们千里迢迢前往江户侍奉将军，于路的仪仗开销，住在江户的生活费用，全都必须自己解决，幕府毫不补贴，财政负担由此变得非常沉重。家光将军正是利用这一制度来削弱各藩的经济实力，使他们再也无力与幕府相抗衡。
除此以外，幕府还直接插手各藩的继承人问题，一方面，确定继承人必须申报幕府同意，新藩主继任也必须亲自前往谒见将军，获得新的“所领安堵状”，另方面，对于没有继嗣的大名家族，幕府从来都毫不容情地予以改易。
家光将军时代确立的幕府统治机构是这样的：最顶峰当然是幕府将军，其下为大老和老中，然后是“若年寄”，职责为辅佐老中管理幕府的直属家臣，再下还有寺社、町、勘定三位奉行，分管宗教、江户城内的行政和治安，以及幕府财政等事务。上述为幕府的中央机构，地方机构则包括京都所司代、大坂町奉行、长崎等地的远国奉行，以及其它幕府直辖地区的代官——幕府的直辖地区称为“天领”，初期约两百万石，中后期增加到四百万石。
幕府统辖各地大名。江户时期的所谓大名，是指臣服于幕府将军，受赐一万石以上领地的武士——大名的家臣也有受赐领地的，但其名义上的主家是大名而非更高一级的幕府，所以不能称为大名。大名分亲藩、谱代和外样三个等级，幕府初期约二百家，中后期增长到近三百家，统称“江户三百藩”。
此外，将军直属的家臣，如果封地不足一万石，则被称为“旗本”或“御家人”，前者准予直接谒见将军，后者没有这种资格。旗本多有领地