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为了建立真正的武家政权，同时制约各地守护的势力，足利义满设置了“三管四职”。所谓“三管”，是指将作为将军家总管的“执事”一职，上升为幕府总管的“管领”一职，由细川、畠山和斯波三个家族的成员轮流出任；“四职”则是指幕府要职侍所头人，由京极、一色、山名、赤松四个家族的成员轮流出任。
但是足利义满终究无法彻底解决各地守护坐大的问题，只能暂时遏止这种趋势的继续发展而已。应永六年（1399年），他又挑起了“应永之乱”，算是继削弱土岐、山名两家后的第三次也是最后一次大规模行动。
“应永之乱”的主角是大内氏。大内氏传说乃是百济圣明王的儿子琳圣太子的后代，当年琳圣太子渡来日本，在周防国的多多良浜登陆，此后就居住在同国的大内村，世代繁衍，自称姓多多良，氏名大内——传说是否真实，已经完全不可考了。大内氏就这样在周防国内逐渐膨胀起来，镰仓时代乃是幕府的御家人。南北朝初期，一门总领大内弘幸从属于南朝，而其叔父大内（鹫头）长弘则跟随京方，发生严重对立。最终弘幸之子弘世获胜，完全统一周防、长门两国。
有大内氏这只老虎雄踞西方，阻断了中国通往九州的道路，这使足利幕府大为头疼。于是，在足利尊氏、义诠父子的不断策反下，正平十三年（北朝延文三年，1358年），大内弘世终于归属京方，并上洛谒见将军义诠。
其后大内弘世之子义弘跟随九州探题今川了俊，屡建奇勋，于“明德之乱”中更协助讨灭山名氏清，最终受封周防、长门、石见、丰前、和泉、纪伊六国守护职。他不仅领土广大，并且还有兵有钱，利用对明朝和朝鲜的贸易大发了几笔横财，这就引起了足利义满的侧目。
于是在幕府的蓄意挑衅下，大内义弘于应永六年（1399年）举兵谋反。义弘勾结仍在九州闹事的南朝残余菊池党，并且联合对足利义满不满的关东将军足利满兼，发兵进驻摄津的堺。早有准备的足利义满亲率大军出兵讨伐，包围了堺，在围攻四十余天后，终于将其攻克，大内义弘自杀。经此“应永之乱”，大内氏势力受到极大压制，守护领又退回到最初的周防、长门两国。
应永十五年（1408年），足利义满去世了，朝廷甚至一度打算给其上尊号为“太上天皇”。自此以后，各地守护势力继续膨胀，历代幕府将军仍想采用义满的分化、瓦解等策略逐渐削弱之，却因没有义满的才能而屡屡失手，甚至搞到最后，守护们的争斗结束了室町幕府本身的历史使命。
●室町幕府的检讨
室町幕府就将军本身的权力来说，要远远超过镰仓幕府，在内，没有一个高高在上的“执权”，在外，逐渐从公武两重政权转化为武家独立的政权。然而就幕权来说，室町幕府却又远远不如北条氏执权掌控下的镰仓幕府了。
室町幕府初期，为了对抗南朝的军队，被迫授予或承认一些大的武士家族以数国的守护职，这些守护家族逐渐和领地上的庄官、地头们结合起来，组成了新的武士集团。镰仓初期，御家人直接由幕府掌控，包括地头在内，和守护只具备上下级关系，而不具备主从关系，但从镰仓后期开始，这种本不该具有的主从关系逐渐半公开地缔结起来，进入室町时代以后更是来势汹涌，无从遏制。
仅以足利义持任将军的时代来统计，除去镰仓府管辖的十国、九州探题管辖的十一国，以及陆奥、出羽外，全日本其余四十五国，由二十一个守护家族所瓜分，横跨数国的大势力绝不罕见，这就使得幕府和守护之间的矛盾日益激化起来。幕府削弱守护力量的基本对策是：一，行使守护补任权；二，介入守护家族内部的纷争；三，怂恿直辖奉公众和地方守护代的勾结。
所谓“奉公众”，是足利义满想到，将军竟然没有自己直辖的武装，所以祖父尊氏才会在“观应之乱”中一度被赶出京城，有鉴于此，他特意通过分化瓦解守护家族等行动，从地方武士中剥离分流出一部分来，转化为将军自己的武装力量。不过奉公众的数量并不算多，“明德之乱”中义满亲率奉公众讨伐山名氏清和山名满幸，所部也不过三千人而已。
其实除去地方守护，还有一个更为庞大的势力也威胁着室町幕府的存在，那就是管辖关东地区的“镰仓府”。和镰仓时代不同，室町初期为了防备近在吉野的南朝，被迫把幕府统治中心设在京都，因此在武家传统的势力中心镰仓另设关东将军一职，首任是二代将军义诠，其后由义诠的兄弟足利基氏及其后裔世袭。关东将军在关东八州（武蔵、相模、上野、下野、常陆、上总、下总、安房）和甲斐、伊豆两国内的权力，仿佛幕府将军。
幕府将军和关东将军，这是继足利尊氏、直义的双头政治后，再度一个双头政治，前一遭已经引发了“观应之乱”，后一遭也不会生出什么好果子来。足利基氏去世后，传位给其子氏满，氏满死于应永五年（1398年），其子满兼继任。足利满兼曾在“应永之乱”中呼应大内义弘的叛军，可见镰仓府的离心倾向是相当严重的。
此时的镰仓府所统辖地区并不仅仅关东地区和甲斐、伊豆两国而已，南北朝统一的同年（1392年），幕府将陆奥、出羽两国探题降为守护，也划归镰仓府治下。足利满兼就任关东将军后，派其弟足利满直进驻陆奥国安积郡，建立了筱川御所，派另一个弟弟足利满贞进驻陆奥国岩赖郡，建立稻村御所，以强化对东北地区的控制。至此，镰仓府三分天下已有其一。
“应永之乱”，因为大内义弘败得迅速，败得彻底，足利满兼还没来得及动手，局势就已经稳定了，他于是悻悻然回归镰仓。满兼于次年（1400年）拜祭了伊豆的三岛神社，在祭文中明确表达了自己渴望脱离幕府，建立关东独立王国的意愿。
关东地区第一次大乱是应永二十三年（1416年）爆发的“上杉禅秀之乱”。提起此乱事，先要介绍一下上杉家族。当年足利基氏进入镰仓府以后，仿效幕府设置执事以总括大小事务的政策，任命藤原氏出身的上杉宪显为关东执事（后称“关东管领”）。宪显是上杉氏山内分家的始祖，其弟宪藤则是犬悬分家的始祖，这两家上杉氏此后轮流出任关东管领这一要职。
上杉禅秀乃是犬悬上杉宪藤的孙子，本名氏宪，出家入道后法名月山禅秀。他本任关东管领，后与关东将军足利持氏（足利满兼之子）产生矛盾，持氏遂改任山内上杉宪基为关东管领。氏宪大怒，于是公然对镰仓府掀起了反旗，并拥立持氏的叔父满隆为新的关东将军。战争一开始，受到千叶、岩松、宇都宫、小田等关东有力大名支持的氏宪占据绝对优势，足利持氏被迫退出镰仓，逃往骏河濑名。
幕府将军足利义持害怕上杉氏宪叛乱成功后，反而会加强镰仓府的离心倾向，因此明确表态支持足利持氏，调动骏河守护今川范政和越后守护上杉房能讨伐上杉氏宪，关东诸州的大名们也纷纷倒戈，响应幕府的号召。应永二十四年（1417年）元月，足利满隆和上杉氏宪被卷土重来的足利持氏在武藏打败，退回镰仓后先后自杀——“上杉禅秀之乱”至此终结，犬悬上杉氏自此名存实亡。
足利持氏回到镰仓府以后，加强自己奉公众的数量，随即以剿除上杉氏宪的残党为藉口，先后灭亡了关东地区的有力大名小栗满重、宇都宫持纲和桃井宣义。义持将军对此不能不闻不问，于是命令今川范政讨伐持氏。持氏冷静地判断了一下形势，感觉自己还没有充分的准备和足够的实力对抗幕府，于是退兵谢罪，这才暂时消弭了这一场风波。
●从应永之变到结城合战
应永三十年（1423年）三月，足利义持将征夷大将军之位让给儿子义量，自己退居幕后。这个时候，义满时代设置的“三管四职”格局已经基本被打破了，因为前管领斯波义重被幕府逼迫隐居，斯波氏就此凋落。
究其缘由，乃是义持将军继承其父义满抑压守护大名势力的政策，先捏掉斯波氏，再怂恿细川、畠山两家争斗，趁机将相当一部分管领职权收归己有。于此同时，义持将军还妄图削弱四职之一的赤松氏，并且引发了“应永之变”。
赤松氏出自源氏，镰仓末期追随足利尊氏掀起反旗，后来固守播磨白旗城的大名鼎鼎的赤松则村（圆心）可谓是其开藩之祖。到了足利义持当将军的时代，赤松氏已经拥有了播磨、备前、美作三国守护职，在山阳道东部的势力一时无两。
如前所述，幕府将军经常利用守护家族内部的纷争挑起事端，从而弱化守护力量，对于赤松氏，义持将军也想耍这一招。应永三十四年（1427年）十月，幕府下令将赤松氏一门总领满祐的播磨领地移交给分家的持贞——民间传说赤松持贞是个美男子，与义持将军颇有苟且，因此才会无功得赏，不过这样判断问题，未免太表面化，也太戏剧化了。
赤松满祐是个火爆脾气，不肯老实就范，愤然之下离开京都，退回自己的领地，在祖先奋战过的白旗城笼城造反——史称“应永之变”。大概义持将军没料到他会有如此激烈的反应，前此根本就没动兵解决问题的打算，因此慌乱之下，形势竟然迅速扭转。赤松满祐是十月二十六日离开京都的，幕府随即就商议派兵讨伐，军势未合，十一月十日，突然有人揭发说赤松持贞与将军家的内眷私通，持贞被迫自杀。持贞一死，赤松满祐大松一口气，立刻通过斯波、细川、畠山等家族向义持将军求情。当月二十五日，满祐即被赦免，回归幕府。
考究赤松持贞自杀的前后因由，实在象是前将军义持在丢车保帅，为了避免引发大的动乱，暂放赤松家一马，以待后图。
可惜没有后图了，足利义量将军早在两年前就病死了，年仅十九岁，而前将军义持也在“应永之变”的次年（1428年）咽了气。足利宗家无嗣断绝，义持的弟弟青莲院义圆被群臣从寺庙中请了出来，改名足利义宣，准备接受偌大一份产业。永享元年（1429年）三月，足利义宣正式继任征夷大将军，同时改名为足利义教。
这一继嗣安排，使得关东将军足利持氏大为恼火。本来足利宗家断嗣，持氏认为只有自己才有资格继承一门总领和幕府将军的宝座，然而一等再等，不见洛中来人宣诏，却听闻群臣请了醍醐寺三宝院的满济祈神求签，最终择定青莲院义圆也及足利义教。于是持氏暗中招兵买马，准备杀上京都，取义教将军而自代之。
关东管领上杉宪实不愿看到同室操戈局面的出现，两方奔走，竭力想弥合幕府和镰仓府之间的矛盾，不但收效甚微，并且反而引起了足利持氏的不满，持氏心说：你倒底是我镰仓府的管领呀，还是幕府派来的眼线和走狗？到了永享十年（1438年），足利持氏和上杉宪实正式决裂，宪实避祸走逃上野，持氏遂发布对宪实的追讨令，统率大军前往征伐。
幕府将军足利义教当然支持上杉宪实，他委派信浓守护小笠原政康、甲斐守护武田信重、骏河守护今川范忠等将率军前往救援宪实，并讨伐足利持氏。当年九月，幕府大军开进关东平原，杀入相模国，十月，留守镰仓的三浦时高突然宣布背反足利持氏，响应幕府军。
前后皆敌的足利持氏败得好惨，他先是被上杉宪实打败，被捕幽禁在镰仓的永安寺中，接着上杉宪实想想不放心，干脆一不做，二不休，派兵攻打永安寺，持氏被迫自杀，其子义久听闻此消息后，也随即在报国寺自杀——这就是“永享之乱”的经过。
足利持氏之死，标志着关东将军家的灭亡，但并不表示镰仓府也随之灭亡了，从此关东管领上杉氏掌控了关东地区的实际权力。当然，持氏之死更不表示关东战乱的终结，其子安王丸、春王丸还奔逃在外，得到结城氏朝等有力大名的庇护。
结城氏朝保护着两位幼主固守居城，以对抗上杉宪实，佐竹、尅У惹坠囟屏υ虼油獠可４耸毕苁狄讶煌艘尚氯喂囟芰臁⑾苁档淖迨濉⒃胶蠓旨业纳仙记宸剑约傲硪晃蛔迨濉⑸裙确旨业纳仙汲殖槌闪私岢翘址ゾ裙壬仙际嫌纱颂贰�
永享十二年（1440年）七月，上杉清方统领大军包围了结城城，经过长近一年的笼城战，到翌年（1441）四月终于将城池攻陷。结城氏朝自杀，安王丸、春王丸则被捕，斩杀于美浓的金莲寺。
消息传到京都，义教将军�