全国大小庄园的控制力开始减弱。
饶是如此，仍有大批武士破产，而相对的，“百姓名主”中倒有相当数量因为发战争财而上升为武士阶层。这些新武士和旧的御家人不同，和镰仓幕府并无严格意义上的主从关系，他们为了保护自己的土地以及土地上的产品，经常阻碍幕府对年贡的征收，甚至武装袭击和夺取运送年贡的车队。当时称这些新武士集团为“恶党”，恶党首先出现在近畿地区，逐渐蔓延到日本各地，甚至很多不满幕府统治的地头和守护也逐渐与恶党们暗中勾结起来——后来声威赫赫的楠木正成，其实就本是河内的恶党头子。
以上所述，都是“文永？弘安，蒙古来侵”给日本社会造成的不安定因素，这些不安定因素旧已有之，因为战争的刺激开始泛滥并且日益严重。此外，日本家族制度的变更，也给幕府统治带来了相当大的影响。
日本古代家族，表面上看是属于家名继承制，实际上则属于诸子析产制，也就是说，一门总领世代相传给嫡子〔没有嫡子的情况则另论〕，并且只传一人，然而老子隐居或去世，名下财产却是平均分配给各个儿子的。本家的一门总领挂个家督的空名头，他的实力未必比得上那些分家，分家只是在家族完整的前提下听命于总领而已。
因为这样，所以御家人的领地经过很多代以后越分越细，就算分家没有离心倾向〔打败元军以后，基于财政上的考虑，这种离心倾向其实是越来越严重〕，一百头羊集合在一起，也比不上过去的一头狮子。于是很多家族就逐渐从诸子析产制向总领继承制方向转化，也即老爹隐居或死后并不分家，财产都是一门总领继承人的，别的儿子都得靠这个新总领来养活。
为了保持御家人的活力，镰仓幕府鼓励这种新的转变，而在执权北条氏内部也加强得宗专制，事实上，从北条时赖直到镰仓幕府灭亡，一共有十二名执权粉墨登场，但是握有实权的却只有出身得宗的时赖、时宗、贞时与高时四人而已。
然而北条氏可以这样搞，别的家族若也这样搞，势力就会越滚越大，甚至逐渐强大到足以和北条氏相抗衡。这种继承制从诸子析产向总领继承方向的转化，事实上经过了漫长的近三百年才得以彻底完成，新旧轮替所产生的动乱先后搞垮掉两个幕府——第一个，就是镰仓幕府。
●霜月骚乱
对抗元军入侵的战争耗尽了幕府的资金储备，幕府不但无力奖赏在战争中有功的御家人，甚至连战争时御家人所花费的军饷都无法报销，许多御家人因此而破产——这虽然相当无奈，却也是情理中事。然而，事实上幕府资金储备的相当数量却并非消耗于战争，而是为了祈祷胜利，寄存在了各地的神社、寺院中，这才是真正使御家人愤慨不已的。
为了拉回日益远去的御家人的心，摆脱困境，幕府不得不于永仁五年〔1297年〕颁布《德政令》，允许御家人在向商人借款后赖帐，于是这不但引起了商人们的愤怒，更使得此后御家人告贷无门。再加上对农民负担的加重，全国各地恶党林立，交通断绝……种种弊端丛生，镰仓幕府和北条执权体系，从此日薄西山，难以复振了。
且说北条时宗死于弘安七年〔1284年〕四月四日，享年仅三十四岁。时宗是幸运的，他所以被誉为明君，全因担任执权的大部分时间都在想方设法抵御元军入侵，等到战事平息，他就留下一个烂摊子咽了气，就此人生再无污点。他把烂摊子留给了儿子、年仅十四岁的北条贞时，贞时也算是一位中规中矩的统治者，然而集合人心外战则易，集合人心内治却难，他在位的第二年就爆发了“霜月骚动”。
这次骚动来源于因得宗专制而使得“御内人”与御家人的严重对立。所谓御内人，即北条得宗的家来〔家臣〕，相对而言，作为幕府的家来的“御家人”则也被称为“外样”。弘安八年〔1285年〕十一月，北条贞时的外祖父、代表外样权益的肥后守安达泰盛与代表御内人利益的内管领平赖纲发生冲突，十七日，赖纲突袭安达泰盛在镰仓的府邸，经过激战，将安达一族尽数剿灭。日本古称十一月为霜月，这就是“霜月骚动”一词的来源。
与其说是骚动，不如说是战争，整个镰仓都被卷入战火，连幕府将军惟康亲王的府邸也在战斗中被焚为灰烬。因为安达一族的覆灭，外样势力受到沉重打击，上野、武藏等幕府统治中心地区的大批御家人受此牵连，纷纷被杀或者自杀，据说总数超过了五百人。从北条氏执权的角度来考虑问题，得宗专制因此事件更为强化，独裁更为稳固，但把目光放远大一些，从整个幕藩体制来考虑问题，镰仓幕府的力量却因此遭到了重大的削弱。
传说有一位名叫足利家时的武士也在此后不久自杀。家时乃是源氏的八幡太郎义家的七世孙，义家想将源氏势力伸入陆奥，结果失败了，据说他曾留下一篇文书，称“我七代以内的子孙要替我取得天下”。到了足利家时的时代，他羞愧于无法完成先人的意愿，于是切腹自尽，并在临终前向八幡大菩萨祈祷，说：“自我以下，三代以内子孙必将取得天下。”
后来家时的孙子足利尊氏果然推翻了镰仓幕府，建立室町幕府，此乃后话。我们要说的是，家时的祈祷颇为可信，源义家的“七代取天下”的文件却仅仅是传说而已，考究家时的自尽，大概也是由于“霜月骚动”的余波，他为了一肩扛起来自于北条得宗的迫害，所以含恨饮刃。
“霜月骚动”使平赖纲的势力更为膨胀。赖纲此人，本是平氏一门平资盛的后人，其祖父盛纲是前执权北条泰时的家臣笔头〔笔头指首席〕，被任命为执事，也就是家族事务长官。泰时本是北条得宗，所以执事就是负责管理北条得宗的土地，负责统领御内人的重要职务，同时在相关幕府政治的很多方面，执事也是北条得宗的代理人。
平盛纲以下，三代承袭执事的职务，到了平赖纲担任此职的时代，这个职位已被改称为内管领，随着得宗专制的加强，内管领的权力也日益膨胀。文永九年〔1272年〕二月，也就是元军来侵前不久，北条一门的名越时章、教时兄弟被诬阴谋推翻得宗统治，遭到讨伐，讨伐军主帅正是内管领，同时担任侍所所司的平赖纲。然而时隔不久，这个案子就被彻底翻了过来，讨伐方有功之臣五人被斩，若没有安达泰盛的相助，恐怕连平赖纲本人也要吃不了兜着走了。
当时幕府的重臣合议制已形同虚设，代之以得宗内部的重臣合议，北条时宗经常在其私邸山内殿举行秘密会议，称为“寄合”，参与人除时宗本人外，还有平赖纲、安达泰盛和问注所执事太田康有、得宗的被官〔也是代理人〕佐藤业连。站在不同阶层立场上的赖纲和泰盛无疑会在各种大政方针上针锋相对，矛盾频繁，所以赖纲最后才终于不顾救命之恩，对安达泰盛下了黑手吧。
“霜月骚动”以后，平赖纲成为了幕府实际上的统治者，他大肆迫害与安达一族有关联的御家人，比如吉良、三浦、小笠原、二阶堂等有力御家人家族。到了永仁元年〔1293年〕，执权北条贞时已经十九岁了，对赖纲的专权表示出强烈不满。当年四月，平赖纲长男宗纲密报幕府，说赖纲阴谋策划立其次子饭沼宗助为幕府将军，于是贞时趁着镰仓大地震的机会，派兵剿灭了赖纲一族，杀死九十余人〔宗纲被流放〕，史称“平禅门之乱”。
●二统迭立
镰仓幕府内部为了争权夺势而纷争频仍，也算可以理解的，可是与此同时，权力已经大为萎缩，如同一镇诸侯般的朝廷内部也争斗了起来，想想却是极度可笑的事情。不过这番无聊的争斗却产生蝴蝶效应，最终颠覆了幕府统治，这倒是当时代人所始料不及的。
争斗的起源，是后嵯峨天皇。前面提到过，北条泰时平定上皇反乱后，拥立了后堀河天皇，到了贞永元年〔1232年〕十月，后堀河天皇病重，在幕府的授意下让位给秀仁皇太子，也即四条天皇。这位四条天皇初登基的时候年仅二岁，还是个什么都不懂的小屁孩子，据说他顽皮透顶，十二岁那年在宫中走廊上撒了很多石粉，想看宫女和近臣滑倒的样子取乐，结果自己也被滑倒，撞伤了头部，不治而亡。
朝臣们主张拥立顺德上皇的儿子忠成王继位，但遭到幕府执权北条泰时的坚决抵制。泰时一想，好，当年后鸟羽、顺德两院造反被我剿平，现在要立叛贼的儿子继位，故意想给我难堪吗？于是授意另立没有牵扯进反乱活动的土御门天皇的儿子邦仁亲王接班，这就是后嵯峨天皇。
后嵯峨天皇在位四年，让给自己的儿子久仁亲王，是为后深草天皇，自己仍然把持着朝中的权力。后深草天皇在位十三年，遵从父命，把皇位传给弟弟恒仁亲王，是为龟山天皇。此后很长一段时间内，皇统就在后深草和龟山两位天皇的后代中轮替，因为后深草天皇的皇宫称为持明院，而龟山天皇的儿子后宇多天皇后来出家大觉寺，故此这两个体系就被称为持明院统和大觉寺统。
两统迭立，是笔糊涂帐，光靠叙述谁都看不明白，不如让咱们来简单列个表格吧——
序数 天皇 系统 来源 在位年
第89代 后深草 持明院 后嵯峨天皇子 13年
第90代 龟山 —— 后嵯峨天皇子 15年
第91代 后宇多 大觉寺 龟山天皇子 13年
第92代 伏见 持明院统 后深草天皇子 12年
第93代 后伏见 持明院统 伏见天皇子 3年
第94代 后二条 大觉寺统 后宇多天皇子 7年
第95代 花园 持明院统 伏见天皇子 10年
第96代 后醍醐 大觉寺统 后宇多天皇子 21年
上皇反乱，幕兵入京以后，原本的皇室领地被切割、没收了七七八八，靠那点点收入根本就无法养活庞大的、没本事却会生养的皇室一门〔龟山天皇就有后妃十七人，子女二十八人〕，全靠了幕府的捐助和卖官鬻爵，皇室成员才能勉强温饱。且说卖官鬻爵，那可是笔不错的生意，虽然乡下武士们粗鲁无文，不懂风雅，可他们莫不喜欢获得朝廷赏赐个一官半职来光宗耀祖，根本不用给殿上人，给个六、七位的官职就能令他们兴奋莫名，主动献上大量钱财和吃穿用具了。
然而这些卖官鬻爵所得的资财，也包括幕府的捐助，一般情况下只有在位天皇及其直系亲属才有权享用，旁支皇族只能干流口水，很难分到一杯羹。想后嵯峨天皇在位的时候，盗贼于光天化日之下冲入皇宫，抢掠内藏寮或阴阳寮，抢走天皇的衣服，甚至偷掘历代天皇的陵墓，把鸟羽天皇、天武天皇的坟墓都翻了个底朝天。然而后嵯峨天皇本人在退位以后，却有资金在京西的龟山上修建宏伟壮丽的宫殿，两相对比，真是绝大的讽刺。
所以要想吃饱喝足，要想骄奢淫逸，就非得牢牢把住天皇的虚位不可，这大概就是两统迭立，兄弟子侄间矛盾重重的一个重要原因吧。当然，也不能排除幕府为了削弱和控制天皇朝廷而在其中做的努力，皇统一分为二，公卿们不知所从，武士们倒是开心得不得了——御内人和御家人的矛盾，预示着北条幕府的倒台；大觉寺统和持明院统的分立，则预示着国家的分裂。
就在这种背景下，文保二年〔1318年〕二月，大觉寺统的后醍醐天皇继位了。这位后醍醐天皇，一方面想把皇权牢牢地掌握在自己这一系统中，再不让人，另方面也反感幕府的操控和播弄，想要起而反抗。他的所作所为，一如源平合战时的后白河法皇，也是拉一个，打一个，激化矛盾，混水摸鱼，但因此所产生的乱局，也比一百多年前更为严重。
●后醍醐天皇的奋斗
且说元亨元年〔1321年〕，老爹后宇多法皇终于结束了院政，并于三年后咽气归西，从此后醍醐天皇得以亲政。年轻的天皇雄心万丈，选拔贤能，革新政治，设置记录所作为亲政的主要机构，据说许多京都的著名学者经常围绕在他身边，而一些尊皇派和倒幕派的公卿、守护，更是将宝压到了他的身上。
相比之下，幕府政治此时却已经腐朽到了极点。以执权北条高时为例，此公不学无术，每日追逐声色，专以斗犬为乐，后来甚至命令各地以名犬代替年贡，旬日间就得斗犬千余。他不但让这些斗犬过上了锦衣玉食的生活，还享以御家人禄，出门乘轿，骑马武士见到了甚至都要下马行礼——这真是个天生的亡国之君！
天皇朝廷的威信在持续上升，幕府威信却在下降，原本绝不平衡的两种权力差别逐渐缩小，那么矛盾和冲突也就不可避免。首先发难的是宫方，正中元年〔1324年〕，后醍醐天皇秘密派遣亲信�