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当时正是后鸟羽天皇在位，九条兼实和源通亲都把女儿嫁给天皇，但兼实的女儿任子虽然位居中宫，却只生下一名皇女，而通亲的养女虽为偏室，却生下了皇子为仁。于是，在幕府的支持下，建久七年〔1196年〕十一月，任子被赶出中宫，随即九条兼实被迫辞去关白之位——这被称为“建久七年的政变”。
两年后〔1198年〕，后鸟羽天皇传位给年仅三岁的为仁亲王，是为土御门天皇，源通亲以天皇外祖父的身份执掌朝政。建仁二年〔1202年〕十月，源通亲去世，后鸟羽上皇趁机夺回了权力，重开院政。又过了八年〔1210年〕，后鸟羽院以两度出现彗星为由，勒令还没成年的土御门天皇退位，扶自己另外一个儿子、十二岁的守成亲王登基，称为顺德天皇。当时有两位上皇，就有两位院，后鸟羽院称“本院”，土御门院称“新院”，天皇和新院，都得看本院的脸色行事。
●幕府的权力斗争
京都朝廷风云动荡，镰仓幕府的境况只有更为混乱。就在土御门天皇登基的当年年底，源赖朝在从相模川桥回来的路上失足落马，就此一病不起，挨到次年〔1199年〕元月，终于咽了气，传位给长子源赖家。
源赖朝在世的时候，集权稳固，诸事尚可独断专行，赖朝一死，幕府和御家人，以及御家人之间的重重矛盾就暴露了出来。为了缓解这诸般矛盾，赖朝的遗孀北条政子就以儿子年纪尚幼为藉口，取消了赖家将军的独裁权力，代之以重臣合议制。最初参与合议的武士共十三人，包括：政子的父亲北条时政和兄弟北条义时，公文、问注、侍三所的长官大江广元、三善康信和和田义盛，此外还有中原亲能、比企能员、藤原行政、三浦义澄、八田知家、足立远元和棧笆钡取�
镰仓幕府早期的政治斗争，就在上述这些人内部展开，化繁复为简单，基本的脉络是：北条一族击败将军赖家，拥立其弟千幡，随即北条政子和义时兄弟又打败了老子北条时政，完全把镰仓幕府变成北条氏一家独大的局面。
先说第一步，据说二代将军赖家很不成器，却又执着地想要摆脱母亲北条政子的控制，重掌幕权，他最倚重的臣子是为棧笆薄｜原氏世居相模国镰仓郡棧纾茸嬖猿乒质希瑮｜原景时作为棧蛔宓募叶剑谠蠢党跗鸨氖焙蚧故钦驹谄绞弦环降模娲笸ゾ扒自谑派酱蟀芾党＞菟稻笆彼淙换袷ぃ创笪党挠挛涠卸谑枪室夥爬党幼撸炎繁煜虼砦蟮牡缆贰Ｆ浜罄党硗林乩矗瑮｜原景时前往投靠，赖朝记得活命之恩，给予重用，对他非常信赖，言听计从。幕府建立后，棧笆币欢冉犹婧吞镆迨⒆魑趟鸬保晌绞侨ㄊ妻固臁�
民间传说中的棧笆笔且桓奔槌甲炝常獯蟾乓蛭岳党址プ约毫礁鲂值芊独岛鸵寰桑热辉诶习傩盏墓鄹兄校独凳抢鲜低罚寰谴笥⑿郏敲此邓嵌嘶祷暗臈｜原景时自然就是白脸奸佞了。不过平心而论，景时的所作所为，不管动机何出，对于幕府政权的巩固是大有益处的。
十三位合议重臣中，棧笆笔紫壬ッ饣蛐砗退背Ｏ准婆懦旒骸膊还苁亲约旱囊旒夯故悄桓囊旒骸常坏萌诵挠泄亍９赜谒拿鹜觯妨仙嫌辛街滞耆煌募窃兀阂凰凳蔷笆毕蚪导医裕莺χ爻冀岢浅猓耸挛馑螅秃土迦肆献啵肭蠼淞鞣牛涣硪凰凳蔷笆辈炀醯接胰酥杏型品导遥盗⒃蠢党巫忧пΦ亩颍蚶导医裕虿槲奘稻荻丛饬鞣拧�
不管怎样，棧笆笔潜涣鞣帕耍⒉桓视诰痛嗣宦洌仁峭嘶刈约旱牧斓刂枪淌兀缓笥致势渥迦松暇┤ィ蛩阆蚝竽裼鹕匣噬晁摺Ｄ桓诓咳Χ氛钡匠⑷ィ獠皇亲约赫宜缆穑坑谑巧暇┩局校瑮｜原一族遭到幕府武士的追杀，尽数覆灭。
棧笆敝溃导仪孟炝司樱路鸫泳笆钡氖搴竺婵吹搅四盖妆碧跽拥纳碛埃谑蔷龆ǚ龀直绕笫弦灾圃急碧跏稀１绕笫系募叶奖绕竽茉北臼窃蠢党槟副绕竽岬耐馍诶党涣鞣乓炼挂院螅绕竽岫啻闻扇烁约旱娜槎鸵滤褪常党缤约呵咨盖滓话闱酌埽绕竽茉币簿鸵蛭獠愎叵档玫街赜谩：罄茨茉钡钠拮佑肿隽嗽蠢导业娜槟福渑粝辆忠布薷死导遥⑶疑露右会Α�
因此缘故，源赖家想要对抗母系的势力，就不得不依靠妻系，镰仓幕府两代外戚就此展开了殊死搏斗。一开始是比企氏略占上风，但到了建仁三年〔1203年〕八月，身体一向不好的源赖家突然得了重病，他自知将不久于人世，害怕死后北条一党拥立弟弟千幡，杀害自己儿子一幡，就下令封千幡为关西三十八国的总地头，而封一幡为关东二十八国的总地头。
在赖家想来，我给千幡偌大赏赐，母亲大人您总该满意了吧，而我同时也给儿子二十八国地头职，他有地盘在手，你们也就无法动他。然而这种分明是分裂幕府的举动，别说北条氏不答应，连比企氏也无法接受。比企能员来向赖家进谏，赖家对他讲出了自己心中的忧虑，比企能员就说：“如果担心北条氏胡为，不如趁此机会流放他们，怎能因此自乱阵脚，使天下二分呢？”
这个还没有具体执行步骤的计划，却被北条政子探知了，政子大惊失色，决定先下手为强，于是以举行药师如来供养仪式为赖家祛病为借口，招来比企能员，当场将其处斩。能员死后，其子比企宗员率一族郎党固守将军嫡子一幡所住的小御所，没想到北条氏根本不管一幡死活，派兵猛攻，最终小御所在大火中化为灰烬，比企一族和年仅六岁的一幡全被烧死。
斗垮政敌以后，北条氏立刻逼迫已经万念俱灰的源赖家出家隐居，把将军之位传给其弟千幡，也就是源氏的第三代将军源实朝。次年〔1204年〕七月，被幽禁在伊豆修禅寺的源赖家即遭杀害。
●北条执权的诞生
比企一族灭亡，幕府政权被彻底掌握在北条氏手中，然而其后不久，北条氏内部也开始了争权夺利的斗争。且说北条氏原本出自平氏，正因为如此，当年平清盛把源赖朝流放伊豆，才放心大胆地派北条氏家督时政去监管他。
然而北条时政不仅没有好好地监管赖朝，反而把女儿政子嫁给赖朝为妻，并且诸事都听从这个源氏出身的女婿的安排。到了治承四年〔1180年〕四月，源行家给赖朝送来了以仁王的令旨，要他起兵讨伐平氏。赖朝一开始还想先观望一段时间，不着急做出头鸟，但随即听说源赖政造反失败，赖政父子和以仁王全都被杀，平清盛下达了讨灭诸国源氏的命令。事到如此紧急关头，不由得赖朝不动手了，而北条时政也很清楚，一旦女婿被杀，自己也难免受到牵连，于是随同起兵。
因为起兵过于仓促，所以源赖朝才会在石桥山被平氏的大庭景亲杀得只身逃亡。当时北条时政带着儿子宗时和义时奋战断后，宗时英勇战死，直到确定赖朝已经逃得无影无踪以后，时政和义时才转身逃亡。
等到丈人、女婿、小舅子重新会合在一起，时政向赖朝建议说，不如渡海前往安房国，号召当地的三浦、和田、千叶等豪族一起举兵，那时卷土重來，胜利可期。赖朝听取了时政的建议，这才有了以后的富士川大胜，以及更以后的镰仓幕府。
等到比企氏灭亡，北条氏完全掌控了幕权以后，因为政见的不同，北条氏内部逐渐分裂成两个派系，一为“先妻派”，即北条时政元配所生的北条政子、北条义时，以及二人的妹夫畠山重忠，二为“后妻派”，即时政和其新妻牧之方，以及牧之方的女婿〔也是源赖朝的犹子〕平贺朝雅。其实后妻派的核心人物，应该说是平贺朝雅，源实朝还没有子嗣，如果他死去或退位的话，最具备继承人资格的就是朝雅，朝雅很想排除重臣合议，重振将军的权威。而相对的，先妻派代表了广大御家人的利益，希望共同支撑幕府这座大厦，而不让那些没经过战阵的二代目、三代目去胡作妄为。
两派争夺权势的导火索，就是畠山重忠的被杀。且说元久二年〔1205年〕，在牧之方的安排下，将军源实朝决定娶后鸟羽院的宠臣坊门信清之女为妻。北条时政派一族的北条政范进京迎亲，畠山重忠的嫡子重保作为护卫随行。当时平贺朝雅担任京都守护，他设宴款待政范一行，但在宴会上，朝雅和畠山重保却起了口角，几乎大打出手。
深究这次口角的根源，当时平贺朝雅的领地在武藏国的东南部，而畠山重忠任武藏守，领地在武藏国的西北部，本来两家中间隔着比企氏的领地，比企氏灭亡后就连在了一起。因领地纠纷而喧哗吵嚷，本在情理之中，然而此事被告到镰仓，牧之方想藉此削弱先妻派的势力，就以谋反的罪名处死了畠山重保。受此牵连，当年六月，畠山重忠也被北条时政下了追讨令，他在赶赴镰仓申辩的途中，在武藏二俣川遭到北条士兵的围攻，奋战不敌，自杀而死。
畠山重忠之死，使得政子、义政姐弟意识到，若不先下手将老爹击败，将会后患无穷。于是在两个月后〔当年闰七月〕，他们揭发出牧之方企图谋杀源实朝，拥立平贺朝雅为新将军的阴谋〔天晓得〕，逼老爹和老爹那个权力欲旺盛的新老婆回伊豆老家去隐居，然后将平贺朝雅于京都斩首。
其实作为女性来说，北条政子的权力欲丝毫也不逊色于牧之方，她从赖朝死后就出家为尼，但一直操控着幕政，担任将军的“后见”〔监护人〕，人称“尼将军”。在他的支持下，兄弟义时替代老爹成为政所别当，和大江广元同掌政务，不久后又消灭了从赖朝建基镰仓开始就一直担任侍所别当的和田义盛，兼管侍所。镰仓幕府中央的三大机构，北条义时把握住了两个，于是设立“执权”的名号，成为幕府实际上的统治者。
●上皇反乱
三代将军源实朝娶了前权大纳言坊门信清的女儿为妻以后，宫方和武方的关系看似非常亲密，因为坊门信清本是后鸟羽院生母七条院的弟弟，是本院最亲近之人，宫方很想依靠这段婚姻，把京都和镰仓联为一体。
一心想恢复皇族权力的后鸟羽院以为时机来到，于是向源实朝提出种种要求，诸如幕府停止向各地派驻地头等等，想要逐步将权力收归中央。实朝本人倒并不想违逆本院的意思，然而实际掌握幕府权力的并不是他，北条政子和时政毫不犹豫地驳回了本院的请求。
后鸟羽院一怒之下，心说你既然不肯归权，我就自己来干，他先逼迫亲幕府派的关白藤原兼实下台，然后又插手本该由幕府掌握的守护的补任权。这种种行为遭到了镰仓方针锋相对的反弹，只可怜了夹在中间的实朝将军，他甚至一度想亲率六十名随员出访宋朝——反正幕府大事也不需要我说了算——因为新建大船不能在镰仓附近下水方才作罢。
到了承久元年〔1219年〕元月，将军源实朝前往镰仓鹤冈八幡宫参拜，却就此一去不返，遭了刺客的毒手——刺杀他的乃是他的亲侄子，也就是二代将军源赖家的遗子公晓。源赖家被害后，公晓在祖母北条政子的抚养下长大，因为深信父亲之死乃是叔父源实朝的阴谋，所以找机会刺杀了实朝。当时还有谣言说，其实是北条义时煽动公晓谋害幕府将军的，因为将军最近的所作所为，颇有靠拢宫方，出卖御家人集体利益的倾向。
源实朝被刺杀了，凶手公晓及其兄弟禅晓也随即被捕处死，源氏幕府的血脉就此断绝——源赖朝杀光平氏，杀光自己的兄弟，他可料不到自己也会有绝后的一天吧？按照日本传统的家族制度，血源并不是最重要的，如果家族血缘断绝，那就从别家过继一个来担任家主，只要维持家名不堕，家业不毁就行了。于是执权北条义时希望挑选一位皇子来继任将军，这样可以使幕府的威信不降反升。
据说北条政子和后鸟羽院之间曾有过约定，如果将军家断嗣，就由后鸟羽院派一位亲王来入镇镰仓。可是后鸟羽院趁此要挟幕府，再提停派地头的事情，在再次遭到拒绝后就推翻前议，坚决不肯让皇族入继镰仓了。在后鸟羽院想来，幕府不肯让步，则自己派亲王去镰仓也无法控制武士们，使他们屈服，反倒是送给了他们一个合适的人质，这又是何苦来哉？
北条义时无奈之下，只好退而求其次，去向摄关家求告，最终商定由九条道家〔兼实之孙〕的第三子、年仅二岁的三寅就任新的幕府将军。这个叫三寅的孩子的外祖母是一条能保和源赖朝的妹妹所