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永乐四年三月丁巳，设立哈密卫，以其头目为指挥、千百户、镇抚筹官，给印章，并设王府官。忠顺王府设经历、长史、纪善等官，以汉人庶僚周安。刘行、辜思诚等充任。王府官之设在夷姓诸王中是很特殊的，其制几同于朱姓诸王。另外，给忠顺王以金印，为其筑王城，都与其他羁縻卫所不同 。这既说明朝廷对哈密的重视，又说明其实际控制、管理的程度。哈密卫官员的设置也由朝廷掌握。永乐五年十二月甲午，朱棣敕何福曰：“得奏哈密指挥法都剌欲设把总官一员，以理政务。尔须度其可否，及当委用何人……宜审思熟计，具可否以闻。” 朝廷的法令、诏书都要在哈密颁行 ，几同内地郡属。脱脱死后，永乐九年封免力贴木儿为忠义王。终永乐之世，哈密贡使频繁往来。
嘉靖时兵部尚书胡世宁说：“昔者太宗文皇帝之立哈密也，因胡元遗孳力能自立而遂立之。借之以虚名，而我享实利者也。” 虽非尽借“虚名”，而明实享其利。明人称哈密为“诸番领袖” 。其所处地理位置十分重要，“当西域咽喉”，“天方等三十八国入贡，必取道哈密。”明朝因而利用哈密“译上诸番贡表，侦察向背” ，“译文具闻乃发” 。另外，哈密东距肃州、西距土鲁番各千五百里，“瓦剌达子在其北百里” ，明朝控制哈密，“一以断北狄右臂，二以破西戎交党；外以联络戎夷，察其逆顺而抚驭之，内以藩屏甘肃，而卫我边郡” ，对经营西域，进而对遏制瓦剌都发挥着重要作用。
（二）西番罕东、毕里诸卫 洪武十年六月二十四日，朱元璋曾颁《谕西番罕东毕里等诏》：
奉天承运的皇帝，教说与西番地面里应有的土官每知道者，俺将一切强歹的人都拿了，俺大位子里坐地。有为诸般上头，诸处里人都来我行拜，见了俺，与了赏赐名分，教他依旧本地面里快活去了。似这般呵，已自十年了也。止有西番罕东毕里巴一撒他每这火人，为什么不将差发来，又不与俺马匹牛羊？今便差人将俺的言语去，开与西番每知道，若将合纳的差发认了，送将来时，便不征他。若不差人将差发来呵，俺著人马往那里行也者……有俺如今，掌管着眼前的祸福俚！
作为一个皇帝，朱元璋柔武兼施，只要他们承认了明朝的统辖权，便“赏赐名分”，“依旧本地里快活”，否则便出兵征讨。
洪武年间逐渐在撒里维吾儿之地设立了安定（八年初立，十年叛废，二十九年复立）、阿端（八年置，后废）、曲先（后并入安定卫）、罕东（三十年立）诸卫。亦曾一度据有赤斤蒙古，并与沙洲通好。
永乐中，对该地区的控制大大加强了。恢复了曲先卫（三年）、阿端卫（四年），新立了沙州卫、 赤斤蒙古卫（二年置千户所，八年置卫） 。
（三）别失八里、哈烈、柳城、火州、土鲁番、撒马儿罕诸部，这些部族都与明朝保持了通使通贡的关系。洪武三十五年（建文四年）十二月甲寅，朱棣“遣使■诏谕哈烈、撒马儿罕等处，并赐酋长织金文绮。遣使■诏谕别失八里王黑的儿火者，并赐之■币。黑的儿火者，元氏之苗裔也” 。着眼于争取“元氏苗裔”，以固边陲。
撒马儿罕在诸部之西，即当时帖木儿大帝国主帐所在。以其主帖木儿为元朝驸马，明人称之为驸马帖木儿。当时帖木儿已定中亚，威德正隆，“受群臣尊号曰成吉思可汗”，其志不在小。明朝派给事中傅安以威胁利诱说降天山南北，到撒马儿罕为其所拘 。帖木儿令人导傅安遍历诸国数万里山川以夸耀其国之广大 。帖木儿勾结故元宗室完者秃（本雅失里）欲图东进。朱元璋怕元朝所留于凉州的大量回回与其串通生事，一次就遣归撒马儿罕千二百人 。永乐三年帖木儿与完者秃合谋率二十万大军东征。朱棣闻讯令甘肃总兵官宋晟“练士马，谨斥堠，计粮储，预为之备” 。第二年，帖木儿死于东征途中，一场大战才得以避免。帖木儿帝国陷入分裂之中，力量迅速衰落。其孙哈烈嗣王，与明朝通好。朱棣遣使往祭故王，赐新王及部落银币。其后“或比年或间一岁或三岁辄入贡” 。这实际上又是一次与故元残余势力的斗争。
明朝永乐时期对西域有着有效的管辖权和广泛的影响力。部族头目对朝廷很忠诚。永乐八年五月丁亥，肃州卫寄居回回哈剌马牙叛，杀守御都指挥刘秉谦等，踞城，遣人结赤斤沙州哈密为应援。赤斤蒙古塔力尼说：“尔受大明皇帝厚恩，而忍为不义！我辈得安居，农具种子皆官给，又为之疏水道溉田，我食其利。恩德如此，我不能报，而从尔为逆耶！今伺尔出城，必邀杀尔以报国家。” 永乐三年，哈密忠顺王为鞑靼可汗鬼力赤毒死，别失八里则讨鬼力赤之罪 。对于各部族之间的纠纷，朝廷也往往出面干涉。永乐五年，沙迷查干使节来言：“撒马儿罕本其先世故地，请以兵复之。”朱棣劝他“宜审度而举事，慎勿轻动以取危辱” 。永乐十四年三月，别失八里与哈烈有隙，各蓄争斗之志，朱棣赐玺书谕纳黑失只罕并哈烈，“俾各释怨睦邻，保其民人，以享太平之福” 。因而，“西域惮天子威灵，咸修职贡，不敢擅相攻” 。
洪武时期，故元势力尚残留于西域，诸土酋每有叛掠。朱元璋往往施之以兵威。永乐时期故元在西域的残余势力不多了，朱棣主要使用劝说、安抚的办法平息西域的叛乱，不轻易用兵。永乐十一年，老的罕叛入赤斤蒙古，且为边患。朱棣命杨荣赴陕西与丰城侯李彬议进兵方略。杨荣还言：“出嘉峪关，千里险厄，乏水草，饷道弗能通，又冱寒，士马疲瘠，不可辄用兵罢中国。彼小丑当自来归。”朱棣从其言 。这个决定是明智的。
在与西域的和平往还中，朱棣也有较其父高明之处。朱元璋曾遣使谕别失八里曰：“受天命为天下大君者，上奉天道，一视同仁，使巨细诸国，殊方异类之民，咸跻乎仁寿。而友邦远国，顺天事大，以保国安民……王其益坚事大之诚，通好往来，使命不绝，岂不保封国于悠久乎？”
朱元璋认为“西方回回商人入中国互市，边吏未尝阻绝”，“由是尔诸国商人获厚利，疆场无忧。是我中国有大惠于尔诸国也” 。这种片面的傲慢的态度，远不如朱棣的“以不治治夷狄”，“但有来者，推诚待之”。朱元璋听说西域产一马甚异，就派使者索取。其酋长靳惜，不得已，乃阴伤其足来献 。图小利以失人心，不足效法。朱棣则强调“怀柔远人，厚往薄来”，优给赏赐，隆礼过之，虽然浪费不赀，但颇收笼络人心之效。永乐四年十月丁未，回回结牙思进玉碗。朱棣不受，命礼部赐钞遣回，谓尚书郑赐说，“此物今府库有之，但朕自不用”。“虏贪而谲，朕受之，必应厚赉之。将有奇异于此者，继踵而至矣，何益国事哉” 。朱棣并非轻视玉碗，也不是吝惜赏赐。他能从国家利益着眼，是值得赞许的。
五、对青海、西藏地区的经营与管理
“自庄浪而南三百余里为西宁，古湟中也。自凉州西北二百余里为镇番，古姑臧也。夫以一线之路，孤悬几二千里，西控西域，南隔羌戎，北遮胡虏，经制长策，自古为难” 。为了保持明朝与西域的正常通道，必须把守好镇番、西宁这个门户。
西宁河州、洮州、岷州等地，众“番族”“聚族”聚居，明人均称西番。洪武四年设河州卫，同年置洮州、岷州军民千户所，十一年立岷州卫，十二年立洮州卫。洪武六年立西宁卫。朱元璋说，“洮州西番门户，筑城戍守，扼其咽喉”。“西控番戎、东蔽湟、陇，汉唐以来备边要地”，“弃之不守”，“岂良策哉”。 明代西番还包括西藏地区。明朝在这些地区设立了朵甘都司和乌斯藏都司，以加强控制管理。
在政治招谕和军事征服之外，朱元璋父子还利用贸易和宗教作为手段进行笼络。贸易已详前文，此谈宗教。明朝法律对僧道限制甚严，民间不准私行剃度为僧，僧人需进行通经考试。但对于番僧优礼隆厚，实欲借其力以稳定“番族”。洪武二十六年三月丙寅，立西宁僧纲司，以僧三剌为都纲。河州卫汉僧纲司，以故元国师魏失剌监藏为都纲。河州卫番僧纲司，以僧月监藏为都纲。“盖西番崇尚浮屠，故立之，俾主其教以绥来远人”，“阴助王化” 。
朱棣即位后，曾派司礼少监侯显僧智光赴西藏，番僧哈立麻也来到京师朝贡，朱棣派驸马都尉前往迎接。朱棣对番僧的优礼，无以复加。“诸卫僧戒行精勤者，多授喇嘛、禅师、灌顶国师之号。有加大国师、西天佛子者，悉给以印诰，许之世袭，且令岁一朝贡。由是诸僧及诸卫土官辐京师” 。朱棣甚至称昆泽思巴、哈立麻为“尚师”，即“上师”，后又封他为“大宝法王”，给以极高的荣誉，赐予甚厚，所费不惜。后来番僧相继来朝，昆泽思巴被封为“大乘法王”，黄教宗喀巴的弟子释迦也失被封为“西天佛子”。许多来朝贡的番僧长期住在京师。陆容说：“盖西番之俗，一有叛乱仇杀，一时未能遥制，彼以其法戒谕之，则磨金恬剑，顶经说誓，守信惟谨。盖以驭夷之机在此，故供给虽云过侈，然不烦兵甲刍粮之费，而阴屈群丑，所得多矣。” 其策略是成功的，虽非创见，却开有清一代利用宗教笼络少数民族的先河。
《明史》说：“迨成祖益封法王及大国师、西天佛子等，俾转相化导以公尊中国。以故西陲宴然，终明无番寇之患。”
同时，西番诸族不论大小皆许入贡，“西番之势益分，其力益弱，西陲之患亦益寡” 。
这样，朱元璋父子用军事征讨、宗教笼络、入贡给赏等各种手段控制了西宁地区，从而保护了河西走廊并防止了蒙古势力南下西藏。明朝在整个西域的控制加强和巩固了，不仅阻止了鞑靼、瓦剌向西域渗透的可能，明朝反得以西域之地扼制之。比如，帖木儿汗勾结元裔完者秃（本雅失里）图谋东进时，朝廷便得以及时了解，并有所准备。
经营东北、经营西域的活动贯穿了朱棣的后半生。如果从更宏观的角度，便可以看出朱棣对东北、西北地区的开发控制，不仅仅是以之形成对蒙古势力的包围，而且是为明朝的势力在更大范围内得到巩固，其实，它是朱棣整个宏图大业的一部分。这一点我们将在下文进一步谈到。
六、开设贵州
明代西南地区，云南、贵州、四川、湖广、广东、广西，生活着众多的少数民族，苗、瑶、壮、彝、侗、傣，等等。自元朝以来，中央政府为了管理这些地区，实行了土司制度，任命土人头目，在当地世袭为官，即世官，土官按当地风俗习惯，管理当地的社会生活。土官可能是宣抚司、宣慰司、安抚司、招讨司的官员，称土司，也可能是府、州、县官，称土知府、土知州、土知县。在条件成熟的地方用流官，即朝廷可以任意调遣的官，代替土官，叫做改土归流。改土归流的结果是密切了当地与内地的关系，加强了中央政府对当地的管理。
贵州布政使司的建立是明朝永乐时期加强对西南地区的管理的最大成绩。
洪武时在贵州地区只设贵州、思州、思南州等宣慰司，并设都指挥使镇守其地。贵州宣慰使隶属于四川，思州、思南宣慰使隶属于湖广，普安、镇宁等州隶属于云南。著名的彝族女首领，水西人奢香，就是贵州宣慰使霭翠的妻子。她曾因不满镇守都督马烨的暴政，到南京向朱元璋马皇后告状。后来马烨被朝廷处死，奢香保证“世世戢诸罗（彝族），令不为乱”。“开赤水之道，通龙场之驿”，使西南一方得以安定。
永乐初年，思州、思南两地宣慰司首领相互仇杀，明成祖朱棣命镇远侯顾成前往平乱。祸乱平定后，明成祖朱棣下令改思州宣慰司为思州府，思南宣慰司为思南府，加强了对当地的行政管理。永乐十一年（1413年）二月，明成祖朱棣下令设立贵州等处承宣布政使司，正式提升为省一级行政机构。贵州布政使司所辖六府、四州、一安抚司、十五卫。到永乐十四年（1416年）又在当地设立了贵州提刑按察司。于是贵州地区的行政管规格和理系统就与内地其他地区一样了。贵州布政使司等行政机构的设置，被称为，这一举措大大促进了贵州地区经济社会的发展进步，促进了各民族之间的团结，安定了西南边疆。
明成祖朱棣是一位雄才大略的君主，经过他的努力经营，明朝永乐时期的版图，按《明史》说是：
东起朝鲜，西据吐番，南包安南，北距大碛，东西一万一千七百五十里，南北一万零九百四里。
南海的“千里长沙，万里是溏”尽入版�