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朱棣十分关心女直的情况，曾亲自讯问女直地方的风土山川 。永乐元年，朱棣派行人邢枢偕知县张斌往谕奴儿干，“至吉列迷诸部落招抚之” 。永乐二年又派辽东千户王可仁前往辽东安抚女直之地，拟设建州卫，“给与印信，自相统属，打围放牧，各安生业，经商买卖，从便往来” 。于是，“东北至奴儿干，涉海有吉列迷诸种部落，东邻建州、海西、野人女直……永乐初相率来归。明朝“因其地分设卫所” ，“选其酋长授以指挥千百户等官俾仍旧俗，各统其属，以时朝贡” 。
奴儿干都司的设立是朱棣巩固开发东北边疆、控制鞑靼的重大措施。“奴儿干都司先名远三万户府，前代无考，元为东征元帅府” 。洪武时期拟招抚远方女直，以路远未达奴儿干。永乐二年二月癸酉，“忽剌温等处女直野人头目把剌答嗒来朝，置奴儿干卫。以把剌答嗒、阿剌孙等四人为指挥同知，古驴等为千户所镇抚，赐诰印冠带袭衣及钞币有差” 。永乐七年闰四月，奴儿干卫头目忽剌冬奴等来朝，“复奏其地冲要，宜立元帅府，故置都司。以东宁卫指挥康旺为都指挥同知，千户王肇舟等为都指挥佥事，统属其众。岁贡海青等物，仍设狗站递运 。永乐九年内官亦失哈率兵千余人，巨舰二十五艘至其地，正式开设奴儿干都司 。近人研究奴儿干问题成果甚多，本文不再赘言，惟欲提出两点：（一）从理论上说奴儿干所统卫所东起库页岛上的囊哈儿卫，西至鄂嫩河的斡难河卫，南到浑河一带的建州卫，北达兴安岭的古里河卫 。但这些卫所，奴儿干都司并不能实际统属之。《大明一统志》：“我文皇帝神谋睿算，销患于未萌，悉分而散之，使之力足以自立，势足以相抗，各授以官职而不相统属，各自通贡而不相纠合。是以百年以来无东北之患。” 考之《明实录》，各卫所入朝入贡，均直接地、独立地与朝廷发生关系，朝廷有所宣谕也直达各该卫所，各卫所不相统属，亦并不受都司统属。
（二）女直各卫所多属羁縻性质，以原有头目世袭指挥镇抚，朝廷给诰印，定期朝贡京师，而奴儿干都司却以流官长之。担任奴儿干都司都指挥同知的康旺，原为东宁卫指挥，东宁卫属辽东都司，距黑龙江数千里之遥，必非奴儿干土著 。另外，奴儿干都司是拥有军队的，至少是少量的军队，而且是朝廷控制的官军。永乐十二年闰九月壬子，朱棣命辽东都司以兵三百往奴儿干都司护印。“先尝与兵二百，至是，都指挥同知康旺请益，故有是命，且敕旺逾二年遣还” 。依文意言之，逾二年所当遣还者，似应为后益之三百兵。至于除护印之外是否还有其他军队，不得而知。这一事实说明明朝对奴儿干都司控制的程度，超过了其他羁縻卫所。另外，朝廷命使不断到奴儿干都司，从永乐到宣德中，仅中官亦失哈就曾到奴儿干之地达七次之多，这些都说明奴儿干曾长期处于明朝的有力控制之下 。
东北各卫女直人，常常到内地朝贡或朝觐，为了表示优抚，朝廷要对其给予赏赐，封予官爵。朱棣称此曰：“捐小费以弭重患，亦不得不然。”
由于经济上的原因，女直需要与内地进行贸易，或以入贡形式进行，或于边境开市，永乐三年三月癸卯，朱棣命“就广宁开原择水草便处立市” 。四年三月甲午，“设辽东开原广宁马市二所。初，外夷以马鬻于边，命有司善价易之。至是来者众，故设二市。命千户答纳失里等主之” 。这是开设马市之始。永乐时辽东马市共有三处，“其一在开原城南关，以待海西女直，其一在城东五里，其一在广宁城，皆以待朵颜三卫夷人” 。市马有官价 ，贡物“悉厚直酬之” 。不论鞑靼或女直，“来朝及互市者，悉听其便，但禁戢士卒，勿扰之” 。谈到辽东马市，宣德皇帝曾说：“朝廷非无马牛，而与之为市，盖其服用之物皆赖中国，若绝之，彼必有怨心。皇祖许其互市，亦是怀远之仁。” 女直固然需要内地的服用之物，而他们也给中原送来了土产：马匹、貂皮、人参、材木、鱼鲜等等。中原输出的则有铧、铲、耕牛、种子以及米盐绢布缎匹衣服等。开市的意义远远超乎经济之外。“开市有期，防市有禁，定市有价，抽市则立法，至详且善矣” ，朝廷委专员进行管理。“抽分”是政府的一项收入，但它也标志着政府有效的管理权和边民对政府所尽之义务，显示了朝廷的影响力。
永乐时，大批的女直人纷纷归附明朝。要求靠近内地居住或到水草丰盛处放牧者，都需得到朝廷的批准。朝廷或为他们择地筑城，或以水草丰盛处许之。有愿居京师者，也受到鼓励，“赐袭衣彩币及牛羊薪米居宅” 。永乐六年四月，朱棣对兵部臣说：
朕即位以来，东北诸胡来朝者多愿留居京师。以南方炎热，特命于开原置快活、自在二城居之。俾部落自相统属，各安生聚。近闻有思乡土，及欲省亲戚者，尔即以朕意榜示之，有欲去者，令明言于镇守官员，勿阻之。
既与方便，又不强使居之，来去自由，政策很开明。后来，由于移居者日多，为了便于安抚，置自在、安乐州于二城，州置知州、吏目、同知、判官各一员以管理之 。其他如东宁卫、三万卫、开原、建州、喜温河卫等，也多有女直人等申请去居住，不仅得到批准，而且“赐钞，币袭衣鞍马，其居室什器薪米牛羊，所在官司给之” 。为了便于当地居民的生活和经济开发，朱棣还主动派人筑城管理。永乐十二年九月，他听说弗提斤六城之地肥饶，便命指挥塔失往治弗提卫城池。“令居民咸居城中，畋猎孳牧从其便，各处商贾欲来居者亦听，仍命行在兵部榜谕之” 。辽东地区民族杂居，亦有不少鞑靼人居住，永乐十年四月庚午，“命筑辽东开原西门土城，以处鞑靼之归附者” 。
对于边地居民的贫寒者，朝廷则往往给予赈济。朱棣说：“薄海内外，皆吾赤子。远人归化，尤宜存恤。其即遣人发粟赈之，毋令失所。” 当地居民及部落首领的生活用粮，朝廷还常常给予接济：“稍给盐米布，赡诸酋豪，使保塞不为边寇盗。” 永乐十二年秋七月巫凯奏：“开原三万辽海三卫岁收屯粮，仅给本卫官军及给安乐、自在二州之人。近奉命运给各卫调兵行粮，并接济毛怜、建州诸卫鞑靼，道路既远，供给不敷，宜将所给建州毛怜者，就沈阳各卫与之” 。
通过以上各项措施，不仅巩固了东北边疆，而且在政治和军事上使北元势力陷入空前孤立的地位，这对明朝是非常有利的。明人说：辽东“历代以来地皆郡县，我朝尽改置卫，而独于辽阳开原设安乐、自在二州，以处内附夷人。其外附者，东北则建州、毛怜、女直等卫，西北则朵颜、福余、泰宁三卫。分地世官，互市通贡。事虽羁縻，势成藩蔽。是以疆场无迤北之患” 。不仅如此，许多女直、高丽、鞑靼头目与朝廷的关系甚好。比如，永乐十六年正月己未，毛怜卫指挥猛哥不花奏：“本卫千百户哈答等二十余人，每有调发，能效勤劳，今来朝，请量升之，以劝将来。遂各升职有差，仍赐敕状谕赍之遣还。” 同年二月庚戌，建州卫都指挥李显忠奏：“其卫指挥千户镇抚头目哈剌忽等，擒捕叛亡，累著劳绩，请升职以示劝。遂升……俱赐敕褒谕且优赍之。” 甚至朱棣出塞亲征，也征用当地兵士随行。永乐十九年六月，“敕辽东总兵官都督朱荣及辽东都指挥巫凯、刘青：于所属卫分并鞑靼、女直、高丽寄住安乐自在州官军内选精锐五千，以七月率至北京” 。永乐二十年北征，毛怜卫指挥猛哥不花等亦率子弟部属从征 。
另外，“辽东肥沃之地，一年耕有收，足数年之用。数年有收，海运可省” 。朱棣很注意辽东的屯田，“减戍卒而增屯夫，数至十有其八。力穑者众，岁有羡余。数千里内阡陌相连，屯堡相望” 。东北地区出现了繁荣发展的局面。
同时，永乐一朝，明朝与朝鲜关系甚好，北元无以乘其间，鞑靼向东的扩展更失去了可能。在明朝制驭鞑靼、瓦剌的一盘棋上，对东北的经营，是一招胜算。
四、对西域的经营
“元太祖荡平西域，尽以诸王，驸马为之君长，易前代国名以蒙古语” 。元朝灭亡后，故元势力仍然对西域有广泛的影响力。为了最后消除故元在西域的势力。限制后来的鞑靼、瓦剌在这一地区的发展，朱元璋父子在努力经营东北的同时，对西域的经营也采取了非常积极的态度。明人称此为“西控西域，南隔羌戎，北遮胡虏”。并将其比作汉武帝的“断匈奴之右臂” 。
马文升（1426年）说：“我太祖高皇帝应天眷命，扫逐胡元，统一寰宇，凡四夷来贡者不拒，未来者不强。其于西域也亦然。真得古帝王驭夷狄之道矣。迨我太宗文皇帝。继承大统，开拓疆宇，始招来四夷，而西域入贡者尤盛。”
首先，明朝不断派出使节往西域诸部，兵科给事中傅安、郭骥，北平按察使陈德文，太监王安，鸿胪寺丞刘帖木儿，吏部员外郎陈诚，中官把泰、李达、郭敬，都曾先后出使西域。陈诚于永乐十一年出使，于永乐十三年回还，所历哈烈、撒马儿罕、别失八里、俺都淮、八答黑商、迭里迷、沙鹿海牙、赛蓝、渴石、养夷、火州、柳城、土鲁番、盐泽、哈密、达失干、卜花儿凡十七地，著有《使西域记》，备言其山川风俗物产，使明朝对西域有了新的认识 。
朱棣对西域各部族采取了种种怀柔抚绥的政策，争取他们对明朝的归附，至少是保持和平的通使通贡、来去自由的关系。永乐元年朱棣就对礼部臣说过：“自今诸番国人愿入中国者听。” 永乐二年十一月庚戌，朱棣于奉天门“视朝，西北诸胡来贡。” 礼部尚书李至刚说：“西北诸胡，陛下抚绥，皆以向化，边境已宁”。朱棣说：“人恒言，以不治治夷狄。夫好善恶恶，人情所同，岂间于华夷？抚之有道，未必不来。虎至暴，抚之能使驯帖，况虏亦饥食渴饮具人心者，何不可驯哉！但有来者，惟推诚待之耳。” 对于来经商者，朱棣主张“宁厚无薄” ，“远人慕义而来，当加厚抚纳，庶见朝廷怀柔之意” 。
西域的土官、头目，故元官属则纷纷归附明朝，不断来内地通使通贡。朝廷则给以王爵或令其为都指挥、指挥千百户、镇抚，给诰印冠带以为臣属。西域商人也纷纷来内地经商。西域所贡所市之物有玉璞、硼砂、碙砂、文豹、狮子、骆驼、名马，马匹是大量的。朝廷给来贡者以宴赏，赐以布匹、绵帛、衣服、瓷器、金银、钞币，所贡之马按等给直。
为了西域的经济发展，如同内地一样，朝廷还为其提供种子、农具，帮助其兴修水利，使其安居乐业。
（一）哈密 哈密是明朝经营西域的重点。明初，故元肃王忽纳失里尚居哈密。洪武十三年，都督濮英练兵西凉，“出师略地通商旅”，忽纳失里惧，“遣使纳款”。洪武十四年哈密回回阿老丁来朝贡，朱元璋遣其往畏吾儿之地招谕诸番。洪武二十四年宋晟充总兵官与都督佥事刘真讨哈密，斩豳王别儿怯贴木儿、国公省阿桑儿只等一千四百人，擒其王子别列怯部属千七百三十人。“番戎慑服，兵威极于西域” 。
永乐初，朱棣遣使臣亦卜拉金等赍敕往哈密抚谕，且许以马入中国市场 。哈密安克贴木儿遣人贡马，朱棣命“分别等第”，“计直给赏”，以“厚往薄来”怀柔远人。“凡进贡回回有马欲卖者，听于陕西从便市易”，并“约束军民勿侵扰之” 。
永乐二年六月，封安克贴木儿为忠顺王，安克贴木儿乃元肃王忽纳失里之弟，忽纳失里卒，嗣为肃王。安克贴木儿遣使来朝请锡爵。朱棣说：“前代王爵不足再论，但今取其能归心朝廷而改封之。使守其地，绥抚其民可也。” 遂遣指挥使霍阿鲁秃等赍敕封为忠顺王。这样，哈密改变了故元藩王的名号，正式进入明朝版图。这是直接与北元争夺哈密的斗争。安克贴木儿被封不足一年，就被“迤北可汗鬼力赤毒死之” 。可见鞑靼势力仍在向西域渗透。朱棣命脱脱嗣位。脱脱为安克贴木儿兄子，于洪武二十四年宋晟讨哈密时俘入中国 。朱棣即位“求得之”，“抚养甚至”，永乐元年送还故地。脱脱嗣立，使哈密与朝廷的关系更密切了。脱脱曾为其祖母所逐，朱棣以脱脱为“朝廷所立”，降敕切责其“不顾礼法”，“不知有朝廷” 。哈密显然受到朝廷的管辖。
永乐四年三月丁巳，设立哈密卫，以其头目为指挥、千百户、镇抚筹官，给印章，并设王�