棣振振有辞地说：“吾受皇考封土且不能保，割地何用，且吾来，欲得奸臣耳，在清朝廷、奠安宗社，不在土地，吾分地自有皇考所命者，富贵足矣，不愿赢余。但得奸臣之后，竭孝陵，朝天子，求复典章之旧，免诸王之罪，即还北平，祗奉藩辅，岂有他望。此奸臣欲姑缓我，以俟远方之兵耳。我岂为所欺哉！”面对朱棣滔滔不绝的申辩，郡主无以作答，沉默良久，只得辞还。朱棣送郡主走出营门，又对郡主说：“为我谢皇上，我与皇上互亲相爱，无他意也。幸不终为奸臣所惑耳！为我语诸弟妹，吾几不免矣，赖宗庙之灵垂佑，相见有日也。”朱棣的话中，不难感到一种得意的神采：第一，我不吃你们那一套，第二，我就要进京了！
朝中上下，期盼郡主此行可稍缓燕军，及郡主还京，说朱棣无意停止南下，无不大惊。建文帝再以此事问方孝孺。方孝孺说：“长江可当十万兵，江北船只遣人尽烧之矣，北兵岂能飞渡？况天气蒸热，易以染疾，不十日，彼自退。若遽渡江，祗送死耳。何足以当吾师！”
按方孝孺的判断，北兵不至于立即可以渡江，这样，四方援兵便可赶到。但他没有想到的一个因素是沿江卫所有不少将士早已暗中投降了朱棣。
燕军面对长江天险，确实是遇到了困难，北岸的船只多已被焚毁，用什么渡江，这要靠众将士齐心协力了。于是有人出主意，挑选了一些老家在南方善于泅水的士兵，用猪皮囊充气环系在腰间，泅水偷渡进入南岸，对南方的船只能夺的夺，不能夺的予以焚毁。几天中，燕军夺了不少船，也毁掉了官军的许多船。
燕军中有一个士兵叫作钮阿卜，本是燕山卫的一名士卒。但他的老家在江苏。长期离乡在寒冷的地方当兵，早就厌倦了。燕兵进到江北，又勾动了他的思乡之情，他决定一走了之。于是悄悄离开军营，凭着年轻时练就的好水性浮水过江，逃回老家。没有想到，阿卜在靠近南岸时却遇上了官军的运粮船。官军健卒都抽调到作战部队中去了，运粮的都是老弱士兵，他们对突然出现在眼前的燕军士兵惊骇不已。这真是麻杆打狼两头害怕，阿卜在官军运粮船前也担心被捉。于是他故作声势，壮起胆来向运粮官军大声恫喝说：“燕兵即将大举过江，你等要想不死，就赶快随我投降，否则将会被杀得一个不剩！”阿卜本想将运粮■吓走，自己好逃脱；没想到这些运粮老弱军士竟真的跟着他投奔了燕军。阿卜逃跑回家没成却立了功，后来得了奖赏并被提拔。
六月初一，朱棣命都指挥吴庸集合高邮、通州、泰州的船于瓜州，命内官狗儿、领都指挥华聚为前哨，进至浦子口 。浦子口与京城隔江相对，是离亦城最近的北岸港口，朱棣可能是要作一试探，看能否在这里渡江。官军在这里设防严密，燕兵遭到激烈的抵抗。大将盛庸在浦子口迎战燕军，将其打得大败。一仗下来，燕王感到虽然京师近在咫尺，可是并不容易攻克，况且长江天险在前，渡江也是个大问题。难道就此罢手，议和北还吗？朱棣绝不甘心于功败垂成。方在迟回之间，朱高煦带领蒙古骑兵赶来。朱棣心头的一缕浮云一扫而光，立刻振起了精神。他一手仗剑，一手抚着朱高煦的背说：“勉之！世子多疾。”的确，每到征战的关键时刻，都赖朱高煦的缓急相救，因此他得到朱棣的深深倚重。远在北平担任留守的世子朱高炽，怎能与这个跟随左右驰骋疆场的儿子相比呢？朱高煦也自恃勇武，又多有战功，希望能得到更多的宠幸，朱棣“世子多疾”的暗示不是说他将来有可能代替世子吗？可惜朱棣英鸷洞彻，目前，这场与侄儿之间的拼杀尚未了局，又种下将来诸子兄弟之间拼杀的祸根。朱高煦听了父亲的话，大受鼓舞，带众与官军拼死战斗，很快扭转了战局。盛庸兵退屯高资港。
高资港在长江南岸，与江北瓜洲渡相对。朱棣大兵集中在瓜洲。此前派狗儿等到浦子口不过是去探一下虚实，盛庸判断燕兵可能会在瓜洲渡江，因此在高资港严阵待敌。朝廷感到大战在即，恐盛庸独立难支，便派遣都督佥事陈瑄率领舟师前往援助，但陈瑄却降了燕军。这时官军担任监军的是兵部侍郎陈植。陈植亲临江上，慷慨誓师，决心遏燕军于长江以北。但官军中有个都督名叫金甲，却倡言燕兵不可抗，不如缴械迎降。金甲遭到陈植的严厉斥责，被指为不知逆顺，不懂君臣大义。他恼羞成怒，竟将陈植杀死，投降了燕军 。临阵之际官军将领的纷纷叛变使官军力量大遭破坏，盛庸已成孤军。
而此时朝廷中暗中与朱棣勾结的大臣也不断派人前来向朱棣献渡江及入京城之策，江南的防守已从内部垮了下来。朱棣决定抓住战机，强渡长江，向帝座发起最后的冲击。
六月初二，朱棣带领部属来到江边，面临江南已经设好香案牺牲。旌旗肃穆，幡带当风，将士们列队而立。在渡江之前朱棣要亲祭大江之神。几年的征战，能否成功就在渡江一举了。他希望江神能够保他们顺利渡江。朱棣带头向江神恭敬地礼拜，众将也随之行礼。礼毕之后朱棣从侍者手中接过祝文，高声朗读道：“予为奸臣所迫，不得已起兵御祸，誓欲清君侧之恶，以安宗社，予有厌于神者，使不得渡此江。神鉴孔迩，昭格予言。”读毕再次施礼。
第二天，六月初三，朱棣又集合部众举行誓师。誓词说：
群奸构乱，祸乱邦家，扇毒逞凶，肆兵无已。予用兵御难，以安宗社，尔有众克协一心，奋忠鼓勇，摧坚陷阵，斩将搴旗，身当矢石，万死一生，于今数年，茂功垂集，在戮力渡江，翦除奸恶，惟虑尔众，罔畏厥终，偾厥成功耳。
夫天下者，我皇考之天下，民者，皇考之赤子，顺承天体，惟在安辑，渡江入京，秋毫无犯，违予言者，以军法从事。
呜呼，惟命无常，克敬惟常，尔惟懋敬，乃永无咎。
朱棣对大家说：“行百里者其半九十，若等勉之！吾既至此，奸臣当已魂飞魄死，然困兽犹斗，不可不虑！”
这一天，燕军大举麾师渡江。这又是一场空前的临江决战。当年孙刘联军曾在赤壁大败曹操南下之军，创造了以少胜多、以弱胜强的著名战例。如今的形势则完全不同，燕兵以叛逆之师自北方而来，远离后方又不习水战，朝廷方面不仅是以正击邪，而且兵多势众，表面上，官军从高资港上下、沿江二百里都设有防军，但不幸的是，将心叛离，防线早从内部开始瓦解。而燕军则乘胜鼓勇，孤注一掷，志在必得。
朱棣率师渡江，舳舻相街，旌旗蔽空，戈矛曜日，金鼓之声震天动地。这一天天晴气朗，微风飘扬，长江不波。千万艘战船横穿江面，如履平地。燕军一路南下节节获胜，早在南京传为神兵，虽然忠于朝廷的文武仍主张坚决抗战，但是士兵却对燕兵有一种无名的恐惧。燕军船只黑鸦鸦一片从江面上压过来，官军整军以待，等他们逐渐靠近。眼看燕军已到了眼前，朱棣指挥前锋鼓噪登岸，数百名精锐紧跟着也冲了上来。盛庸带兵起而应战，但无法抵挡燕军的勇猛，迅速崩溃。官军士兵纷纷抛掉武器向山上散去，盛庸乘单骑逃走。来不及逃走的纷纷解甲投降。为了南京的防守，朝廷调来大批海船，列于江面上，此时也都投降了燕军。
拒绝割地讲和
燕军几乎是在没有遇到什么抵抗的情况下顺利地渡过了长江。高资港西距京师一百余里。受到胜利鼓舞的诸将纷纷要求直接向南京进发，但朱棣提出要进攻镇江。镇江在高资港之东，两地紧邻。朱棣说：“镇江为咽喉之地，若城守不下，往来非便。譬之人患疥癣，虽不致伤生，终亦为梗。先取镇江，断其右臂则彼势危矣。”
朱棣命投降官军的海船上都悬挂起黄旗，在江中往来。镇江城上的守军遥望江中船只旗帜都改变了颜色，知道他们都已投降了，在惊愕之余，都感到大势已去。镇江守将指挥童俊早有异志，此时见时机已到，便率众投降了燕军。
在京师周围，镇江处于要害之地。当燕军临江京师紧张备战之时，刑科给事中常熟人黄钺因父丧，丁忧在家。方孝孺前往吊唁时，他们曾屏去闲人讨论国事。黄■说：“苏、常、镇江，京师左辅也。唯镇江最要害，守非其人，是撤垣而纳盗也。指挥童俊，狡不可任，奏事上前，视远而言浮，将有异志。” 他一直关注着镇江的防守，当然会注意到镇江的守将。一个人的内心，常常会通过眼睛表现出来。童俊既已心怀二意，那么当他在皇帝面前奏事时就会“视远言浮”。童俊的投降证实了他的判断。
六月初八，燕军进驻龙潭。在这里已可以遥望钟山了。朱棣一望钟山，不禁怆然泣下。诸将对朱棣流泪不解，问道：“今祸难垂定，何以悲为？”朱棣说：“往日渡江即入京见吾亲。比为奸恶所祸，不渡此江数年。今至此，吾亲安在？瞻望钟山，仰怀孝陵，是以悲耳。”朱棣是越说越伤心，弄得诸将也跟着掉了不少眼泪。
燕军日日逼近京师，宫中的气氛更加紧张。靖江卫王府长史萧用道、衡王王府纪善 上书中论战守大计，对当政大臣颇有批评。建文帝将上书交给群臣讨论，想不到一位当政大臣 竟盛气诟骂二人。右副部御史练子宁对这位当政大臣的专横极为不满，起而说道：“国事至此，尚不能容言者耶？”这位骂人的当政大臣自知国事弄到这步田地，自己有推卸不了的责任，也感到了惭愧，停止了诟骂。但面对燕军的南下，举朝上下仍然计无所出。有的建议建文帝逃往浙江，有的建议逃往湖湘，莫衷一是。前线的恶噩一个接着一个，沿江海船都已投降了燕军，燕师渡江，镇江守将投降，一向不懂得着急的建文帝此时忧心如焚。他徘徊于殿庭之间，看着身边一群噤声不语的文武官员。他们平日里高声阔步，谈古论今，如今竟拿不出个安邦救国之策！建文帝忽然停住脚步，令内官传方孝孺进宫。
方孝孺此时正在家中养病，但宫内宫外的事，他一刻也未从心中放下。听到皇帝召见，他赶忙强起赴朝。照例文官要从东华门进宫入朝，他老远地在东华门外就下了马。他缓步走进东华门，进入文华殿。天气已经很热了，他本来身体就欠佳，此时又将朝服冠带裹得严严的，身上早就是大汗淋漓了。他想在文华殿略作喘息，落落身上的汗，等待皇帝接见，但刚一落座喘息未定，内臣便宣皇帝召见。他缓步走上奉天殿的台阶，一下就感到了宫中紧张的气氛。皇帝并没像以往一样端坐在御座上，而是在殿中走来走去。皇帝开始似乎并未注意他的到来，他看到本来就文弱的建文帝，此时更增加了几分疲惫和憔悴。在国家危机存亡之秋，正是需要为天子分忧的时候。方孝孺此时的心也如同火焚，他恨不得拼一腔热血拒敌于疆场，但他感到屯聚于城外的贼兵就如同这身被汗水湿透了的朝服一样，裹在身上解不掉，甩不开。建文帝觉察到他的到来，突然停下脚步，转过身来，也顾不得君臣礼仪，近头就问：“今事已急，请问先生计将何出？”方孝孺早在路上就想好了要说的话，略加思索，便答道：“今城中尚有劲兵二十万，城高池深，粮食充足，尽撤城外民舍，驱民入城，足以为守，城外积木悉运入城。”方孝孺提出的办法，正是坚壁清野的办法。他希望燕军在城外得不到物资支持，不能久驻，同时固守坚城以待援军。
建文帝听从了方孝孺的建议，于是下令调遣军民商贾及诸色人臣，赶赴城外，日以继夜，拆除屋宇，搬运物资，不给燕军留下任何可用的东西。拆下的砖瓦木料越积越多，家园毁坏后搬出的物资到处都是。当时天气炎热，拆物运物的人们又得不到休息，苦不堪言，时间长了不免嗟怨之声。形势日益紧张，督役的人限令尽快将物资运完，实在运不了的，便放火烧了，大火连日不息。与此同时，另一批军人民夫在日夜加固京师的城墙，夯土喊号之声不绝于耳。人多手杂，指挥不善，修筑又不得法，刚筑好的一段墙又被震塌了，只好再筑。
方孝孺仍希望能借和谈推迟燕兵的进攻。他又向建文帝建议说：“前遣郡主未能办事，今以诸王分守城门，再遣曹国公李景隆、茹尚书（茹瑺）、王都督（王佐）往督龙潭，仍以割地讲和为辞，用觇其虚实，且以待援兵至。那时，选精锐数万，内外夹击，决死一战，可以成功。万一不利，则车驾幸蜀，收集士马，以为后举。”于是建文帝下令谷王朱穗、安王朱楹分守都门，派李景隆等往见朱棣。
李景隆、茹瑺、王佐来到龙潭燕王帐下。按明朝礼制规定，亲王地位下天子一等，公侯