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7 月初，蒋介石在阳明山设总裁办公室，下设党务、经济、军事、宣传、国际问题研究、秘书、情报、警卫、总务9 个小组及一个设计委员会。8 月1 日开始办公。
经过一波三折，蒋介石终于在台北安顿下来。但此时蒋介石的心仍没放在台湾，他只是以台湾作为最后的栖身之地，他还想“以在野之身”指挥大陆的残兵败将作困兽之斗。直到这年12月西南战役败局已定，12月10日蒋介石才由成都凤凰山机场逃向台湾。从此，中国国民党蒋氏集团开始了偏安台湾的时期。
刚到台湾时的蒋介石，心情极为沉郁。
一年一度的圣诞节就要到了，为了调节蒋介石的情绪，蒋经国鼓励父亲带全家外出过节。
12月24日，蒋介石带着全家自台北往游日月潭，住涵碧楼。在游船上，蒋竟钓到一条5 尺长的大鱼，以后日月潭将此大鱼的照片陈列展览。很迷信的蒋介石见钓到大鱼非常高兴，不断地说：“好！好！”冰冷的面孔也露出了很久没有出现过的笑意。这件小事使蒋氏父子认定新的一年必然顺利。
圣诞节晚，蒋介石在涵碧楼写下这样的文字：“从前种种，譬如昨日死，今日种种，譬如今日生。过去一年间，党务、政治、经济、军事、外交、教育已彻底失败而绝望矣。如余仍能持志养气，贯彻到底，则应彻悟新事业，新历史，皆从今日做起。
“近日独思党政军改革方针与着手之点甚切，此时若不能将现在的党彻底改造，决无法担负革命工作之效能也。其次为整军队，以求内部转纯，团结一致。”
但没过几天，共产党的元旦对台广播又使蒋介石的心情悒郁起来。
“伟大的人民解放军，绝不放弃向全国进军的立场。我们绝不能容忍国
民党反动派把台湾作为最后挣扎的根据地。中国人民解放军斗争的任务，就是解放全中国，直到解放台湾、海南岛和属于中国的最后一寸土地为止。我们特别强调，中国人民包括台湾人民，也绝不容许美帝国主义对台湾或任何其它中国领土的非法占领。“
蒋介石不禁自问：“台湾真的无法自守了吗？”
1950年，就在蒋介石忐忑不安中来临了。
要解放台湾，是中共中央军委和毛泽东早就定下来了的。
早在1949年5 月上海战役结束之后，蒋介石把大本营偷偷撤往台湾，中央军委就已开始策划台湾战役了。
当时，中央军委责成第三野战军副司令员粟裕组织三野部队进行攻台准备。
因华东地区许多地方还未解放，又需要分兵进行剿匪，于是粟裕只能抽出三野主力兵团第九兵团的4 个军进行攻台训练，同时第九兵团还要兼任上海地区的警备。
后因三野第七、第十兵团在进行扫清台湾外围屏障的浙东和福建沿海作战中，在金门、登步两次受挫，中央军委和第三野战军领导人意识到渡海攻台的艰巨性，以4 个军进攻台湾的计划被迫进行修改。
随着三野首长对渡海作战艰巨性的认识不断提高，台湾战役计划一再修改。
1949年秋天，三野制定的台湾战役计划投入兵力是8 个军，其中以第九兵团的第二十军、第二十三军、第二十六军和第二十七军共4 个军为第一梯队。
1949年末，第三野战军再次修改计划，决定攻台兵力增加到12个军。
中央军委马上同意了这个意见。
另外，此时攻台还有一个有利条件，即美国公开表现出与国民党当局拉开距离的政策，一般估计攻台时美军不会介入。
粟裕在《华东军区1950年政治工作指示》中，对此这样解释：“直接参战在政策上、军事上都是对美帝不利的，所以美帝只能间接参战，如动员日本的‘志愿兵’去帮助蒋匪。”
基于这种估计，第三野战军在研究台湾战役时，曾设想同日本援蒋军人作战的可能性。
其实，当时日本尚未从战败中恢复过来，经济千疮百孔，愿意替蒋卖命的人很少。
鉴于当时的国际国内形势，中央军委认为应在尽可能短的时间内完成台湾战役的准备，早日完成解放全中国的任务，以实现祖国的统一。
为了更细致地筹划台湾战役的具体事宜，1950年3 月11日，新任海军司令员萧劲光同粟裕会商了攻台的准备工作。中央军委同意第三野战军与海军的意见，设想投入50万部队用于渡海攻台，分两次运送。
当时作出这一设想，是对东南沿海国共双方军事力量对比进行了分析后作出的估算。
当时国民党陆海空军总共还有50万军队，其中在舟山、金门和海南岛的部队又随时有撤回台湾集中力量防御的可能，再加上少量日本“志愿”人员的协战，按照一般的登陆作战规律，第一梯队登陆部队要有能突破防线并向纵深发展的充裕力量，而最忌“添油”式的逐次增兵。所以预定的第一梯队
必须有足够的兵力，再待第二梯队上岸后，总兵力至少应和台湾守军大致相当。当时人民解放军各部队的战斗力明显高于同等数量的国民党军。有50万人登陆就可以确保在短期内不间断地发展胜利，以占领全岛。
根据以上设想，第三野战军准备在舟山战役结束以后，以第七、第九兵团担任攻台的第一梯队，第十兵团和入闽的另外3 个军担任第二梯队。
这样，第三野战军的12个军部队连同后勤支援人员，投入台湾战役的总兵力将达50万人。在大陆内地，第四野战军以第十三兵团（辖第三十八、第三十九、第四十军）担任全军的战略预备队，西北野战军抽出第十九兵团（原华北第二兵团，辖第六十三、第六十四、第六十五军）作为中央军委可以随时调动的机动兵力。
然而，要实现这一登陆作战的设想，第三野战军面临两个最大的困难：一是缺乏渡海船只；二是海空军掩护问题还没有解决。
解决渡海船只问题，在当时的条件下确是一大难题。要运送50万部队渡海，连同装备、粮弹、饮水、燃料、马匹、车辆等，所需的船只甚多。因此，中央军委估计需要筹集几十万吨位的船只。台湾海峡海宽浪大，渔民的小帆船难以航渡，需要用轮船或者较大的机帆船。近代中国海运一直不发达，沿海地区机器动力的船只很少，加上国民党从大陆撤退时，又将大多数轮船带走或加以破坏，所以要靠以沿海现有船只中筹集几十万吨位的机动船是办不到的。
解决海空掩护问题，也是保证渡海攻台成功不可缺少的前提条件。而我人民解放军当时所薄弱的就是这两方面。台湾距大陆最近距离也在80海里以上；平均距离则有100 多海里。而解放军当时拥有的船只航速每小时只有六七海里，向台湾航渡需要一天一夜的时间，庞大的船队一旦没有夜幕遮蔽，在完全暴露的海面上必然会遭到国民党海空军的全力拦截攻击，没有海空军所掩护的船队必会遭到极其惨重的损失，根本不可能达到登陆成功的目的。
因此，有了渡海船只后，还必须建成一支能够较敌方具有优势的海空军，才能保证台湾战役这种规模的渡海作战的胜利。
对于这两个主要困难，中央军委和毛主席早就深谋远虑了。1949年7 月，毛泽东提出，要攻打台湾，除陆军外，主要靠海军及空军。之后，中央军委积极解决这两大问题。在当时中国工业基础极其薄弱，技术设备极其落后，人才极端缺乏的条件下，中共创建海空军可以说是尽了最大的努力。到了1950年5 、6 月间，中共的海空军已初具雏形，并可以从事一些小规模作战活动。
鉴于海空军具有一定作战能力，华东军区根据攻台作战的需要，于1950年6月间确定了新的训练大纲，决定从同年7 月至次年3 月各军兵种分别进行训练，翌年4 月和5 月进行三军两栖作战的合练，然后准备以三军配合的两栖登陆作战最后解决台湾问题。
1950年6 月6 日至9 日，中共中央在北京召开了七届三中全会。毛泽东代表中央提出了“为争取国家财政经济状况基本好转而斗争”的总任务，同时提出当前的任务是：“解放台湾、西藏，跟帝国主义斗争到底。”全会上，解放军代总参谋长聂荣臻作了关于军事工作的报告，华东军区副司令员粟裕汇报了解放台湾各项准备工作情况。粟相认为，解放台湾是件大事，希望中央军委直接组织指挥台湾战役。毛泽东则表态，这一战役仍由粟裕指挥。
中央军委、毛泽东之所以选定粟裕指挥台湾战役，是与粟裕在解放战争
期间表现出卓越的指挥才能分不开的。在解放战争的大多数时间里，粟裕实际担负了华东战场的主要指挥责任。1948年陈毅调任中原军区第一副司令员后，粟裕还担负了华东野战军代司令员，在华东战场上粟裕显示出高超的指挥艺术。台湾战役由粟裕担任指挥员，可以说是当时最合适的人选了。
正当中共忙于调兵遣将，积极准备攻打台湾之际，国际局势发生了变化，美国军队介入了台湾海峡。中共决定暂停台湾战役。
1949年，蒋介石的处境十分不妙。他只觉得自己处身于狂风暴雨中的一只小船上，随时都有倾覆的可能。对此，他的儿子蒋经国曾作过如下描述：“民国38年，可以说是中华民族的危急存亡之秋。父亲所处的地位和环境，乃是空前未有的恶劣和复杂。国运正如黑夜孤舟，在汪洋大海的狂风暴雨和惊涛骇浪中飘摇旌荡；存续沦亡，决于俄顷。我们身历其境，当时也懵懵惚惚，不知不觉，恍如浮光掠影，随波而逝。可是到了今天追忆起来，闭目沉思，始觉得当时国脉民命系于一发，真令人动魄惊心，不寒而栗了。”
进入1950年，蒋介石原指望命运会出现一些转机，可是事态仍令人失望。退台之初的国民党内部人心惶惶，到处弥漫着失败主义的气氛。身为党政要员的张道藩后来描述从广州逃台后的心情时说：“我现在觉得一切事情都没有希望。既不能为党国力挽狂澜，也只有暂求苟全性命。希望能有一两个月的安定静养，使精神身体略为恢复或还能再鼓起勇气，为党国作最后的奋斗。如果老是这么拖下去，我真有自杀的可能。”
一部分国民党要员对“坚守”台岛失去信心，纷纷竞相逃往海外，“自己放逐自己”。蒋介石在大陆的两个最有力的经济支柱都弃他而去：孔祥熙去南美洲经营橡胶园；宋子文去美国经营房地产。在国民党位居第二、曾任国民党代总统的李宗仁到了美国以后，便称病不归了。政学系重要人员熊式辉和后来任驻美大使的沈剑虹未敢随蒋赴台，而是滞留香港，以待时局变化，再做进一步打算。非嫡系的国民党要人张发奎、龙云等害怕去台凶多吉少，故而举家迁港。更有许多要员逃得无影无踪。其中特别“有趣”的是，原徐州“剿总”司令刘峙竟不顾上将之尊，跑到印度尼西亚当了个华侨中学的教员。
此时的国民党，真可谓树倒猢狲散。
国民党内部的分崩离析进一步加剧了台湾的军事危机。国民党残兵败将自大陆撤至台湾、海南、金门、大陆、舟山诸岛约60万人，尽管人数不少，但都是些没有多少战斗力的乌合之众。《陈诚传》的作者认为：“由大陆撤来的军队，不但不能增加防御力量，甚至还有内部的危机。”蒋介石也哀叹道：“所有北洋军阀的毛病，我们的军队都已习染，不论在精神上、行动上，都渐次趋于腐化堕落。”
这些未经整补训练的乌合之众，根本无法抵抗人民解政军对台岛的凌厉攻势。许多军事机构官多兵少，或有官无兵。更有甚者，官兵成分极端复杂，在职业军人中，混杂着从大陆裹胁来台的农民、渔民及流亡学生。正规野战师团海军总司令桂永清指挥的海上军队仅有3。5 万人，舰艇也不过50多艘，且缺乏维修零件。空军方面为蒋介石嫡系周至柔所控制，约有官兵8。5 万人，各型飞机400 架，实际能作战的飞机仅占总数的一半左右，但汽油储存量也只够用2 个月。
上述海、陆、空三军的兵力，分散在南起海南岛、北至舟山群岛的万里海疆之上，战线太长，兵力分散，装备训练欠佳，供给也十分困难。而此时
的人民解放军在占领了大部分大陆之后，集结重兵，随时准备渡海作战。
“外交”方面，蒋介石的处境更加艰难，可以说已到孤立无援的绝境。
世界一般舆论认为，蒋介石集团在台湾苟延残喘的时日已屈指可数。“撤退来台的外国使节，寥若晨星。举世没有一个同情台湾的人。”乃至蒋介石最重要的外交盟友美国，也准备对蒋介石采取抛弃政策。
南京政府垮台之后，白宫数度集会，讨论对华新政策。当时白宫会议分为三派意见：一派