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秦贤助说“屠杀事件从15日下午就开始了，到晚上达到了顶点”不完全准确，日军南京大屠杀在接近南京城便开始了。
洞富雄先生就屠杀2万名俘虏的请示问题提出疑问，认为可能是一种误传。他说：
在秦贤助的回忆录中，有一点值得引起注意。那就是关于对2万俘虏的处理问题。据说军司令部曾再三请示参谋本部和陆军省，而中央态度暖昧，每次都命令“处理”。然而，我认为军司令部就处置俘虏问题请示中央的说法可能是一种误传。可以认为，军部就处置俘虏问题早已下达了命令，说是要全部“处置掉”（杀掉）。下级无视上级的现象，越来越严重。无论干什么事情，军司令部似乎本来就无意尊重中央的指令。更何况第13师团所属上海派遣军有像长勇那样的参谋，他曾放肆地说过，屠杀30万俘虏是他下的命令。（《大屠杀》第38页）
洞先生提到第13师团属上海派遣军，分析是很对的。1992年12月19日，《港台信息报》以《南京大屠杀罪魁有新说》为题报道说：
南京大屠杀的罪魁祸首是谁？人们一般认为是松井石根，因为他是攻陷南京的日军最高统帅，他被判绞刑也是罪有应得，但问题在于当时真正指挥和约束日军行动的不是他，而是天皇的一位亲戚——朝香鸠彦亲王。
南京被围期间，1937年12月7日，朝香鸠彦被任命为上海派遣军司令。12月8日，朝香鸠彦抵达战地听取报告后，立即下达了“杀掉全部俘虏”的密令，于是破城后大屠杀惨剧发生。
12月17日，日军举行入城仪式。松井石根在第二天“忠灵祭”后感到自身罪责重大，以严厉言词对朝香宫和柳川军司令官以及全体参加祭礼者进行了训斥。他边哭边训斥，强调部属今后要更加努力整饬军纪军风。事实证明毫无效果，其原因可能就在朝香宫、柳川和中岛今朝吾等人身上。
上述提到环城和江边的部分屠杀，城内的屠杀仅提及一点点苗头。城里是不是未发生重大惨剧呢？不是的，一幕幕惨剧令人发指。
佐佐木元胜当时是野战邮政局长。他在12月16日下午到达南京，在马路上仍可看到当时悲剧的情景：
在这条马路上，从军政部到海军部数町（一町约合109米。引者注）之间，有迹象表明，当时有人发出过可怕的求救的惨叫声。尸体很少，大概已被收拾，但步枪、钢盔、衣服等乱七八糟地丢在地上，可以想见，当时有一两万中国兵在这是被枪杀的。其中好象也有脱去军服而换上便衣的中国兵。（《野战邮政旗》上册，第216页）
佐佐木元胜所看到的是在中山北路至挹江门里大屠杀中国军民的惨状，是南京城里“两条血路”中的一条。另一条是中央路：
12月13日，……攻入城内的一部分日本军，立即占领国民党机关和银行，其他部队冲进了中山路（即南北向横贯于南京城中心的从中山路到中山北路的一段马路，约五公里长）和中央路（通往中央门三公里的一段马路）。当时，在城内马路上，挤满了难民以及国民党退下来的士兵和伤员。那是因为，家家都把门关得紧紧的，拥进来的难民没有安身之处，只得呆在马路上。日本军不分青红皂白地向这些人群开枪，这两条马路上，数万人被杀……尤其是12月14日早晨，坦克部队、炮兵部队侵入城内，冲过了这两条马路。13日和14日两天屠杀的结果，马路变成了血的马路，血的洞窟。
1984年8月4日，在日本宫崎县臼杵群北乡村一农民家里发现一本直接参与“南京大屠杀”的侵华日军士兵留下的日记。日记本是日本博文馆印刷的。这个士兵是侵华日军都城第23联队的上等兵，属第10军第18师团。《朝日新闻》8月4日报道了日记的部分内容。
第二部分第29节 三方面证人的经历和所见（3）
日记中12月15日（1937年）一页中写道：
今天，碰到大约二千名无路可逃的中国佬，打着白旗排着长串投降，老幼掺杂，服装不一，没有携带任何武器。沿途绵延而跪，简直成天下之奇观。我们好象没有采取任何处理措施就用各种不同的方式把他们杀了。近来，闲得无聊时，就拿杀中国人取乐。把无辜的中国人抓来，或活埋、或推入火中、或用木棒打死、或采用其他残酷手段加以杀害。
在12月21日一页中他写道：
今天，又把无辜的中国人推倒，猛打，打到半死状态时，又把他们推到壕沟，从头上点火，把他们折磨死。为了消遣解闷，大家都这样取乐，这要是在日本内地，将会造成大事件，但在这里简直如同杀狗宰猫。
在这个农家保存的相册里，还发现三张名片大小的黑白照片，其中一张：在看上去似乎是住房的建筑物前，有12个刚刚砍下的头滚落一地，中间一个好象是个女人的头；另 两张照片是妇女和老人的尸体。《朝日新闻》说，照片没有标明是在南京城，但这个士兵曾悄悄地对他的家属讲过：“这是南京大屠杀的照片。”
有资料表明，第23联队不属于第18师团而属于第6师团之误。该联队凶恶蛮横，曾在牛岛少将指挥下参与会攻雨花台阵地和中华门西南角的城墙，并于12月13日侵入南京城里，负责水西门以南城墙内外西侧的“扫荡”。有关这一地区23联队屠杀中国军民的情景将在有关章节论述。
日本军攻占南京是遵照华中方面军的命令而行动的。因此，屠杀中国军民没有长官的命令无论如何也不可能造成大屠杀的严重后果。我们先来看看攻陷南京时日军指挥官对处理俘虏和一般市民的指导思想。
1984年12月《历史与人物》增刊号发表了会攻南京的日军侵略军第10军第16师团师团长中岛今朝吾的日记。该日记在1937年12月13日那天这样写道：
“大体上我们没有留俘虏的打算，当逐一予以收拾。”“仅佐佐木部队即解决了俘虏一万五千名，守备太平门的第一中队长解决了一千三百名，还有七八千名集结在仙鹤门附近，陆续前来投降。”“要处理这七八千人，必须有相当大的壕沟，实在难寻觅。另一个办法是打算把这些人分成一百二百，引至适当地方下手。”
中岛于12月21日奉命担任南京地区警备司令官，其他各师团随即撤离南京。但是该师团继前九天的大屠杀后继续进行搜杀散兵和可疑的市民。1938年元旦，日本陆军省获知南京大屠杀的报告，曾派人事局长阿南前往南京了解情况。身任南京警备司令官的中岛竟对阿南放肆地说：
“中国人不论多少，统统杀掉。”
可见，南京大屠杀来自侵华日军指挥官的指导思想。这个问题我将在《为什么要选择南京下毒手》中详述。
南京失陷前，第三国留在南京的外侨记者、教授、传教士等人出于人道主义，仿效上海收容难民的做法，在南京城里设立了难民区。由德国的雷伯（或译拉贝）为首和美国的史密斯。梅奇等27人组成国际委员会，负责收容难民和救济工作。该委员会自动划定难民区的界线为：南起汉中路，东起中山路，北迄山西路，西迄西康路。界内有3。86平方公里，分设金陵大学、金陵文理学院、南京神学院、南京法学院、德国俱乐部、国民党最高法院、无锡同乡会等25个收容所，估计可容纳25万多难民。该委员会在日军侵占南京后，当即向重返南京的日本驻华大使馆呈文，要求对难民区进行保护。但华中方面军渺视国际法，未予以承认，并派武装进入难民区抓人、强奸、抢掠，无所不为，使得安全区反而成为日军搜杀俘虏和市民的重点攻击区。
留在南京的外侨一般都有很高的文化素质和较高的道德修养。他们尊重他人的人格，厌恶战争，主张人道。就当时的情况而言，说他们持有反战思想而无反日情绪比较恰当。看到日军侵入南京后的暴行，他们曾出面为保护难民进行了不懈的努力，在主张公道的愿望一次次被日军否定后，他们对日本军不满的情绪被激发起来。不过，直到此时他们也未见得反日。但可肯定，他们对日军暴行评价是实事求是的。
金陵大学贝茨（亦译贝德士）博士曾就南京城内大屠杀的情况，出席远东国际军事法庭作证。他有一段证词说：
日本军入城后，在我家附近的路边，到处都是被枪杀的老百姓的尸体。这种残暴行为所涉及的范围很广，没有人能讲得出它的全部情况。我们尽可能地在安全地带及其附近地方作调查。斯迈思教授和我作了各种调查观察，结果得出了结论是：在我们确切知道的范围内，城内有一万二千个男女包括儿童在内的非战斗人员遭到杀害。
除此之外，在市区内还有许多人被杀，但我们无法统计这些被杀者的数字。在市区外，也有相当多的人被杀。全然不包括遭屠杀的几万名中国士兵或曾经是中国士兵的男子。（辩证一二三四。《远东国际军事审判速记记录》＇以下简称《记录》第三十六号＇）
贝茨和斯迈思只能就他们所知道的范围如实地向法庭作证，当然不是对日军南京大屠杀暴行全部评估。洞富雄先生说：“贝茨和斯迈思两教授得出结论说：仅就他们所知道的范围内，城内有12，000个包括男女、儿童在内的非战斗人员遭到杀害。不言而喻，他们是无辜遭杀害的，其中还有一些市民由于有便衣兵的嫌疑而遭杀害。然而，南京市民或在搜便衣兵中受到牵连而遭集体杀害，或被一个个日本兵用来血祭，其数目无论如何也不会是12，000个这个小数目。（《大屠杀》第33页）
洞先生分析的很中肯，其原因他们受到日军恐怖威胁，行动上受到限制，只能就其所知在法庭上作证。同时，就日本军野蛮行动人们也会想象得出更大的屠杀可能在贝茨和斯迈思两教授的视线之外发生。
《纽约时报》记者德丁鉴于南京告急，听说向南京扑来的日本军沿途烧杀、奸淫和抢掠，便留在南京想亲眼看看真假，一直坚持到15日才离开南京。他就亲眼所见到的惨状这样写道：
在南京的马路上，尸体累累。有时还得先移开尸体，汽车才能通行……许多未能从市区南部和西南部逃出来的中国普通市民都遭杀害。其总数恐怕与中国战斗人员的死亡数大致相同。日本军占领南京后，记者曾前往南京市的南部采访，那里在日本军的炮击下，各处几乎破坏殆尽，到处横着中国普遍市民的尸体（《大屠杀》第293页）
12月13日，日本军一侵入南京城内就不分青红皂白地开枪杀人。对此，日本驻南京大使馆参事官日高信六郎作了证实。他与作家城山三郎所著《南京事件与广田弘毅》（载《潮》1972年12月号）中说，日高信六郎谈话时说：可厉害了，那一带死了许多人。走在马路上，只听到一阵阵砰砰的枪声，是开枪打人的声音。我想这样下去可要不得……”。鉴于13日如此严重的恐怖情况，许多人都不敢出门。当然德丁记者也会担心在未被日本军辩明他的身份前便有可能死在日本军的“砰砰”枪声中，因而未必敢于冒生命危险去碰运气。这样他的采访应在14日或15日上午。如此仓促的采访从中推测出市区南部和西南部被杀害的市民“其总数恐怕与中国战斗人员死亡总数大致相同”不够准确。其原因是12月15日之前该记者不可能知道守卫南京的中国部队到底死亡多少。但德丁的报道证实了第18师团第23联队在南京城内南部和西南部杀害了数目惊人的普遍市民。由于该联队残忍成性，屠杀了大量市民，而水西门内外属于23联队“扫荡”区域内，城墙两侧屠杀俘虏和市民也该是23联队所为。这样，1984年8月4日，《朝中新闻》报道的第23联队那个上等兵日记的内容与此相吻合。
国际红十字会南京分会会长许传音，在日军屠杀南京中国军民时，他一度负责处理遗弃尸体的掩埋工作。在出席远东国际军事法庭作证时，就南京陷落的第三天驱车视察南京市区的情景，其证词如下：
第三天，我得到日本陆军军官的同意，在带领日本兵的条件下，曾穿过市内。此行的目的是为了大致统计在马路上或在家中已经死去或即将死去的人数。我看到到处都躺着尸体，其中有的已经血肉模糊。我所看到的这些躺着的被害者的尸体仍保持着当时被害的模样。有的身子蜷曲，有的却伸直两腿。这些都是听任日本兵摆布的，我目击了当时日本兵的所作所为。我曾在一条主要马路上点过尸体的数目，当在马路两边点到500具左右尸体时，感到实在无法再点下去了，就作罢了……我在南京市的南部看到了全然相同的情况……当时，在南京市内没有中国