“一样的米，养两样的人。这句话一点都没说错。” 飞鸿想到义军反攻新竹被走漏消息、日军偷袭头份庄又有人带路，这些败类不除，不知要付出多大代价。因此，他向刘永福提出“除奸”一事。
刘永福非常赞同，但他忙不过来，就委托飞鸿等人去布置实施。除奸任务艰巨，须深入敌占区进行，要求除奸队员枪法准、武艺高。飞鸿选了几个精明强干的台湾义军士兵，让他们去执行这项任务。杀几个汉奸，可以起到“杀一儆百”的作用。
8月13日，日军集中兵力进犯苗栗。抗日义军进行了英勇抵抗，双方互有伤亡。由于武器落后，义军损失较重，被迫放弃苗栗，退守大甲溪。次日苗栗陷落，日军企图南下进攻彰化。
黑旗军统领吴彭年和义军首领徐骧在大甲溪伏击日军。8月22日打退敌人进攻，使日军死伤惨重。第二天日寇集结主力再攻，黑旗军袁锦清营与汤人贵营迎敌，袁带五十多人杀入敌阵，杀死一批日军，这些人全部为国战死。
日军占领台中以后，全力进攻彰化。由于多次遭到抗日军民的沉重打击，日军伤亡不小。为了减少己方伤亡，他们再次派人送信，劝刘永福军队投降。抗日将士表示要誓死保卫国土，决不贪生投降！
8月28日，抗日部队与日军在彰化城东的八卦山展开肉搏战，演绎了一场可歌可泣的惨烈血战。中国武术对日本拳术、长矛拼刺刀，杀得难解难分。汤人贵、沈福山等壮烈牺牲。在山下追击敌军的吴彭年，冒死率黑旗军300余人前来支援，不幸中炮阵亡。这次肉搏战，日军的近卫师团也伤亡一千多人，是日寇侵台以来损失最惨重的一次。飞鸿教的不少军中徒弟，在这场恶战中为国捐躯。
八卦山战役共五天，日军占领该山最后还是靠汉奸、奸细带路悄悄爬上山顶才得逞。抗日义军牺牲五百余人，其中有不少黑旗军头领。日本陆军少将山根信成，也被打死，罪有应得。
一天，派往大陆筹饷的戚继宽和几个士兵护卫回到军营。从他们的口中，飞鸿知道了筹饷的情况，肺都几乎要气炸！原来，腐败卖国的清政府命令两江总督等断绝对台援助，清政府中的主和派更是一再阻挠，“不得丝毫接济台南”。李鸿章在上海扣留转汇台湾作为军费的款项。
刘永福还请了为反割台而奔走的道员易顺鼎去向南洋大臣调拨饷需，但南洋大臣慑于清政府的禁令，分文不给。在当地，刘永福发动有钱人捐助，但却收效甚微。看着两手空空而归的筹款人，刘永福对飞鸿说：“你说这仗怎么打呀？！”
9月11日，日本派出第二师团增援台湾，他们组成“南进军司令部”。10月8日，在海军的配合下，日寇疯狂攻打嘉义城。嘉义城是台南的门户，如果攻下了嘉义，台南危在旦夕。刘永福深知事关重大，牵出了他的爱犬——黑虎。黑旗军将士都知道，此举意味着刘永福准备亲临一线，与日寇决一死战。
关于刘永福的爱犬黑虎的故事，在黑旗军中几乎无人不知。在中法战争中，黑虎发挥了重大作用。据记载，在著名的谅山战役中，黑虎一马当先，总是冲在最前面。因为训练有素，黑虎专咬法国侵略军扛旗士兵的喉咙，致使法军士兵望而生畏，个个不愿扛旗。时至今日，在广东陆丰碣石镇北郊，还有纪念刘永福爱犬黑虎的“义犬冢”。
话说黑旗军将领见刘永福准备亲自到嘉义前线去，个个都挺身而出要替他出征。没有到最后的时候，怎么能让统帅上阵？刘永福拗不过大家，就增派兵力前去增援已在嘉义守城的黑旗军将领萧三发、王德标等人。
在飞鸿的坚决要求下，刘永福同意让他和援兵一起前往嘉义助战。
日军重兵出击，兵临嘉义城下。敌人故伎重演，又一次劝降想动摇抗日将士的军心。
飞鸿对送信的人说：“让你的日本主子死了这份心吧！”王德标警告说：“两国交兵不斩来使，但这是最后一次。回去告诉倭寇，谁下次再敢来劝降，定斩不饶！”那位替日寇送信的人，吓得赶紧溜走了。王德标、萧三发和义军黄荣邦等合力抗击敌人。守军见敌人来势凶猛，己方兵力不足，无法与他们硬拼，就商量出了用地雷消灭敌人的办法。
他们预先在城外抗日义军的营地中埋下许多地雷，用药线将地雷连在一起，并进行了巧妙的伪装。一切准备就绪，抗日义军撤出营地。
其实，大部分义军并没走远，徐骧、林义成等人率义军埋伏在营地两侧，准备打日军的措手不及。飞鸿随王德标率军进入嘉义城，白天坚持与日军对抗。
夜幕渐渐降临，台湾特有的竹林墙中显得一片寂静。如果在夏天，厚厚的竹林中各种各样的虫鸟声，会令人感到大自然如此美妙。趁着夜幕的掩护，林义成带领士兵突然向敌人发起进攻，日军慌忙应战。
打了一阵之后，林义成和他的士兵假装败退，“逃”进城内。日军得意忘形，他们以为义军败退，迅速占领了义军营地。
嘉义城内，王德标和飞鸿召集了一批功夫好，又勇敢的士兵在向他们交待任务。因为飞鸿曾担任刘永福军中的技击总教练多年，熟悉武艺高强人员，这个挑选士兵执行引爆的任务自然就落到了他头上。
飞鸿对挑选出的士兵说：“养兵千日，用兵一时，平日你们跟我学技击，今天就看你们的了。日本鬼子人多，我们却只能去几个人，而且行动时还不能让敌人发现，一旦发现了计划就功亏一篑。所以挑选你们，因为你们功夫不错，我和统领相信你们。”
王德标问：“谁要是怕死不敢去，现在就出来，不要坏了大事。”士兵中没有一个做孬种，都表示早已将生死置之度外。
“那好，你们先休息一下，半夜出击。”
挑选出来的士兵，是要去完成引爆地雷的任务。那时候科技没有现在这样发达，无法像今天这样用遥控技术引爆，只有派人去点火。考虑到这件事关系到大局，飞鸿告诉王德标，他准备亲自带领士兵们去执行这项非同一般的任务。
“你去？那怎么行呢！万一出了什么差错，我怎么向刘将军交差呀？”
王德标不同意飞鸿亲自出马，飞鸿将此举成败的后果摆出来说服王德标。王德标终于被飞鸿英勇无畏以及顾全大局的精神所折服，只得听任飞鸿自去。
半夜时分，万籁俱寂。“出发！”一声令下。飞鸿带领一批勇敢、敏捷的战士出了城。他们悄悄地摸到被日军占领的营地附近，很快找到地雷的导火索。一声模仿动物声音的信号发出，大家同时点燃了地雷的引线。
“轰隆”、“轰隆”，地雷连续爆炸，军营火光冲天。睡梦中的日军不知道他们的岗哨已被飞鸿他们干掉，正沉浸在美梦之中，突然而发的爆炸声，使许多侵略者还没来得及知道发生了什么事，就被地雷送上了西天。没被炸死的，有的炸掉了手，有的炸断了脚，有的被震聋了耳朵，军营中一片鬼哭狼嚎之声。
飞鸿和大家一样，觉得十分解恨。
这一仗，日军死伤七百多人。不仅如此，日军在溃退中，又遭徐骧所部伏击，死伤很多，狼狈逃窜。
吃了败战的日军气急败坏，第二天集中兵力疯狂向嘉义城大举进攻。嘉义城炮声隆隆，硝烟弥漫。徐骧在城楼上持刀督战，义军奋勇杀敌。王德标、飞鸿、柏正才、简成功等人，也奋力率部与敌力战。午后，西门首先被日军攻破，敌人挥刀冲了进来，义军与敌人展开巷战。由于力量对比悬殊，飞鸿等冒着日军的炮火冲出重围。
王德标等人坚持要飞鸿回到台南，保卫刘永福将军，飞鸿只得照办，立即赶回台南。
嘉义城失陷，台南地区暴露在日寇面前。10月10日，在日本贞爱亲王和台湾副总督高岛丙之助的指挥下，以日军混成第四旅为主力的四万余人集结台南曾文溪，从海陆两路包围台南，曾文溪成为双方决战的主战场。
10月13日，日本海军开始进攻台南旗后炮台。两天后日军开始进攻台南城周围的义军。日舰进攻台南城东南的打狗港，刘永福的养子刘成良率军多次打退敌人的进攻。
战斗进行得非常激烈，台南义军的粮饷供给已经十分困难。刘成良派人报告刘永福，炮台上的士兵已经饿得站立不起来了，这仗没法坚持下去了。飞鸿听到这种情况，心里也为将士们着急，可又有什么办法呢？
打狗港炮台上的士兵实在饿得没法再战，刘成良见状，再次请示刘永福怎么办？万般无奈之下，刘永福只好同意他们先撤回台南城内。
日军准备从陆路攻占曾文溪后，立即调集海陆精锐部队，再夹攻台南城。情况十分危急，刘永福于10月18日召集部将会议，商讨攻守对策。此时抗日义军和黑旗军官兵已经两天没吃东西了，很多官兵饿得站不起来。部将们有气无力地提出了几个方案，但都不理想。
就在这个时候，日军送来了“最后通牒”：刘永福将军阁下，贵军若再不投降，将被我强大的帝国军队彻底消灭！
当飞鸿将此“最后通牒”拿给刘永福看时，刘永福气得当场便将它撕得粉碎。他一声令下：“已经警告过他们，还来劝降。把送信的给我斩了！”
10月19日，徐骧指挥残存的义军在曾文溪与日军苦战，他高呼“大丈夫为国捐躯，死而无憾”，冲向敌群，奋勇杀倭，直至殉国。此前曾有人劝义军首领徐骧逃回大陆，徐发誓说：“绝不偷生回大陆！”在曾文溪战役中，义军统领徐骧、生员林昆岗、清军统领王德标和简精华等人先后殉国，抗日义军伤亡很大。
曾文溪被攻占后，日军大举进攻安平炮台。为了鼓舞士气，刘永福登上炮台，黑虎紧随其后。刘永福亲手点燃了大炮，“轰——”的一声巨响，炮弹直飞向敌舰。饿昏了的士兵们见刘永福亲自在一线参战，强打起精神，继续向敌人开炮。
飞鸿心想，这打的什么仗呀！粮饷枪弹都没了，弟兄们靠什么与日寇决一死战？
当天晚上，日军向台南发动了更猛烈的攻击。城内已经弹尽粮绝，刘永福吩咐飞鸿：“组织敢死队，准备刺刀见红！”
命令好下，做起来就难了！在艰苦的恶战中，士兵们已经筋疲力尽，有的饿得连举刀举枪的力气都没有了。
飞鸿扶起一个他熟悉的士兵，问他有没有力气与日军血搏。他告诉飞鸿：“我实在饿得没有一点力气了。教官放心，我已准备好一颗地雷，随时准备与日本仔同归于尽！”
敢死队都敢死，除了同归于尽，已经没有更好的办法了。飞鸿也做好了准备，日本仔冲上来，捅他一个够本，灭他一双就赚了！他要求士兵们站不起来也要准备好刀，要和敌人拼个你死我活！
正当这个时候，飞鸿接到刘永福命令，让大家分散突围出去，能保存一点抗日力量就尽力保存下来。原来在炮台上的刘永福准备回城指挥战斗，但当时城内已经十分混乱，不少日军间谍和汉奸已混入其中。刘永福的部下一致劝阻他：“各路日本兵都压过来了，台南是绝对守不住了，不能白白送死，您快走吧！”
刘永福不肯走，刘成良等人跪下求他。刘永福见大势已去，只得听从大家的建议。他派人送信给飞鸿，叫他通知大家分散突围，然后随他一起走。飞鸿处理完事情赶到刘永福身边，见刘永福还在仰天叹息。
大家催他快走，刘永福恸哭着说：“我拿什么报效朝廷？我怎么对得起台湾民众？！”想到自己的队伍是因为弹尽粮绝才败北，刘永福再次发出长叹：“内地官僚耽误了我，我误了台湾民众啊！”
刘永福决定让飞鸿和他一起回大陆，他让戚继宽也一道走。戚继宽坚决表示不离开台湾，他对刘永福和飞鸿说：“我要留在这里，把师傅教我的武艺传授给台湾人民，同大家一道继续与倭寇斗争，直到将侵略者赶走！”飞鸿见他铁了心，也只得由他。
刘永福劝他不动，于当天深夜带着飞鸿、刘成良等十余人乘小艇离开台南，然后搭上英国商船“迪利斯”号内渡厦门。
10月21日，台南失陷。
台南失陷后，台湾各地人民继续坚持武装抗日。他们在台北的深坑、云林铁国山，嘉义与台南之间的番仔山、凤山附近及屏东等山区先后建立根据地。在与日寇的斗争中，涌现出许多可歌可泣的英雄人物。如台北农民抗日武装的领袖之一简大狮，曾与其他民众武装一起攻入台北市区，后来辗转到厦门。日寇杀其妻以泄愤，并向清政府索去他本人。简大狮就义前慷慨陈词：“自从台湾割让给日寇，大小官员内渡一空，无一人敢出头创义举。而我只是大清的一�