嘉人张永等，以及东阳、新安等共八个郡的百姓，同时拉起队伍，杀掉本地官员而响应孙恩。十天之内，聚集了几十万人。吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲、张琨、中书郎孔道等人都被孙恩的部队杀死。谢邈、谢冲都是谢安的侄儿。这时，三吴一带过太平的日子已经很久，百姓不善于打仗，所以郡县的守兵听见一点风声，便都奔逃溃散。
恩据会稽，自称征东将军，逼人士为官属，号其党曰“长生人”，民有不与之同者，戮及婴孩，死者什七、八。醢诸县令以食其妻子，不肯食者，辄支解之。所过掠财物，烧邑屋，焚仓廪，刊木，堙井，相帅聚于会稽，妇人有婴儿不能去者，投于水中，曰：“贺汝先登仙堂，我当寻后就汝。”恩表会稽王道子及世子元显之罪，请诛之。
孙恩占据了会稽，自称为征东将军，逼迫士人充当他的属官，并把手下的人称作“长生人”，百姓中如果有不跟随他的人，就连婴孩一起杀掉，因此， 民众死在他的刀下的有十分之七八。他甚至把一些县令的尸体剁成肉酱，集合他们自己的妻子儿女吃下去，如果拒绝吃，便被支解分尸。他们路过一个地方便抢掠财物，烧毁房屋和官府的仓库，砍伐树木、填堵水井，民众相随着来到会稽聚集，有的妇女怀中有婴儿，不能跟他们一起去的，便被投到水中，说：“恭喜你先走一步登上天堂仙境，我一定会随后来找你的。”孙恩向安帝上表，历数会稽王司马道子和他的嫡长子司马元显的罪状，请求杀掉他们。
自帝即位以来，内我乖异，石头以南皆为荆、江所据，以西皆豫州所专，京口及江北皆刘牢之及广陵相高雅之所制，朝政所行，惟三吴而已。及孙恩作乱，八郡皆为恩有，畿内诸县，盗贼处处蜂起，恩党亦有潜伏在建康者，人情危惧，常虑窃发，于是内外戒严。加道子黄钺，元显领中军将军，命徐州刺史谢琰兼督吴兴、义兴军事以讨恩；刘牢之亦发兵讨恩，拜表辄行。
自从安帝即位以来，朝内朝外都是变乱丛生，石头城以南的地区都被荆州、江州所占据，以西的地区又全都归豫州所专有，京口地区以及长江以北都是刘牢之以及广陵相高雅之控制的地盘，朝廷政令所能达到、通行的地方，只有三吴这一小片地域。孙恩作乱之后，三吴的八郡又都被孙恩攻占，京畿几个县，也盗贼祸乱四起，孙恩的党羽也有潜伏在建康城中的人，因此人们心情恐惧，经常担心会发生什么意想不到的变乱，朝廷只好宣布全国戒严，安帝加授给司马道子黄钺，任命司马元显为中军将军，徐州刺史谢琰兼督吴兴、义兴等郡军事，来讨伐孙恩。刘牢之也出动军队征讨孙恩，向朝廷呈上奏章之后立即出师。
＇35＇西秦以金城太守辛静为右丞相。
＇35＇西秦任命金城太守辛静为右丞相。
＇36＇十二月，甲午，燕燕郡太守高湖帅户三千降魏。湖，泰之子也。
＇36＇十二月，甲午（十二日），后燕燕郡太守高湖率部属三千多户居民投降北魏。高湖是高泰的儿子。
＇37＇丙午，燕主盛封弟渊为章武公，虔为博陵公，子定为辽西公。
＇37＇丙午（二十四日），后燕国主慕容盛封他的弟弟慕容渊为章武公，慕容虔为博陵公，封他的儿子慕容定为辽西公。
＇38＇丁未，燕太后段氏卒，谥曰惠德皇后。
＇38＇丁未（二十五日），后燕皇太后段氏去世，谥号叫惠德皇后。
＇39＇谢琰击斩许允之，迎魏隐还郡，进击丘，破之，与刘牢之转斗而前，所向辄克。琰留屯乌程，遣司马高素助牢之，进临浙江。诏以牢之都督吴郡诸军事。
＇39＇东晋徐州刺史谢琰击杀了许允之，迎接魏隐回到了郡城，然后进军，袭败丘。谢琰与刘牢之边战边前进，所到之处，每攻必克。谢琰留在乌程屯扎，派遣司马高素前去为刘牢之助战，开进到浙江附近。这时，朝廷下诏，任命刘牢之都督吴郡诸军事。
初，彭城刘裕，生而母死，父翘侨居京口，家贫，将弃之。同郡刘怀敬之母，裕之从母也，生怀敬未期，走往救之，断怀敬乳而乳之。及长，勇健有大志。仅识文字，以卖履为业，好樗蒲，为乡闾所贱。刘牢之击孙恩，引裕参军事，使将数十人视觇贼。遇贼数千人，即迎击之，从者皆死，裕坠岸下。贼临岸欲下，裕奋长刀仰斫杀数人，乃得登岸，仍大呼逐之，贼皆走，裕所杀伤甚众。刘敬宣怪裕久不返，引兵寻之，见裕独驱数千人，咸共叹息。因进击贼，大破之，斩获千余人。
当初，彭城人刘裕生下来后，母亲便死了。他的父亲刘翘客居京口，家境贫苦，想把他扔掉。同郡人刘怀敬的母亲是刘裕的姨母，她生下刘怀敬还不到一年，便来到刘裕的家把刘裕救了下来，断了刘怀敬的奶来喂养刘裕。刘裕长大后，异常勇武健壮，胸怀远大志向。他识字不多，依靠贩卖鞋子维持生计，又爱好樗蒲这种赌博游戏，被同村的人们所轻视。刘牢之征讨孙恩，把刘裕征召来任参军事，派他带几十个人去探听变民军队的动静。遇上一支数千人的变民军队，便立即迎上前去攻击，跟他同来的士兵全部被杀死，刘裕跌进岸下。变民士兵来到河岸边准备下去，刘裕奋勇地挥舞长杆大刀，仰面朝上砍杀了数名敌人，才得以重新登上岸来，仍然大声吼叫着追杀敌人，敌人全部逃走。刘裕杀死
杀伤的人非常之多。刘敬宣奇怪刘裕为什么
这么久没有回来，带着兵出去寻找他，正好看见刘裕一个人驱赶砍杀几千人的敌兵，大家同声感叹，于是趁机冲上前去一起追杀变民军队，将他们打得大败，斩杀的与抓获的加走来有一千多人。
初，恩闻八郡响应，谓其属曰：“天下无复事矣，当与诸君朝服至建康。”既而闻牢之临江，曰：“我割浙江以东，不失作句践！”戊申，牢之引兵济江，恩闻之曰：“孤不羞走。”遂驱男女二十余万口东走，多弃宝物、子女于道，官军竞取之，恩由是得脱，复逃入海岛。高素破恩党于山阴，斩恩所署吴郡太守陆、吴兴太守丘、余姚令吴兴沈穆夫。
当初，孙恩听说八个郡的变民起来响应他，对他的僚属说：“天下再也不会有什么大事了，我将与诸位一起穿着朝廷的官服，到建康去。”不久听说刘牢之带兵来到浙江边上，他说：“我即使割据浙江以东的地区，不失作越王勾践。”戊申（二十六日），刘牢之带领大军渡过浙江，孙恩听说后说：“我并不觉得逃走就是羞辱。”于是驱赶裹胁男女百姓二十多万人向东逃走，一路上扔掉了许多金银财宝和妇女孩童，官军在路上竞相争抢拣取他们扔下的东西，孙恩因此才得以逃脱，再一次跑进了海岛。高素在山阴击败了孙恩的党羽，杀了孙恩委任的吴郡太守陆，吴兴太守丘、余姚令吴兴人沈穆夫。
东士遭乱，企望官军之至，既而牢之等纵军士暴掠，士民失望，郡县城中无复人迹，月余乃稍有还者。朝廷忧恩复至，以谢琰为会稽太守、都督五郡军事，帅徐州文武戍海浦。
东部地区的几个郡遭逢战乱，盼望朝廷官军到来。不久，刘牢之等人放纵军士大肆抢掠，士人、百姓大失所望，各郡各县城中再也看不见人的踪迹，一个多月之后才渐渐有人回来。朝廷担心孙恩再来，任命谢琰为会稽太守、都督五郡军事，统率他的徐州旧部文武官员在东海沿线统驻防戍守。
以元显录尚书事。时人谓道子为东录，元显为西录；西府车骑填凑，东第门可张罗矣。元显无良师友，所亲信者率皆佞谀之人，或以为一时英杰，或以为风流名士。由是元显日益骄侈，讽礼官立议，以己德隆望重，既录百揆，百揆皆应尽敬。于是公卿以下，见元显皆拜。时军旅数起，国用虚竭，自司徒以下，日廪七升，而元显聚敛不已，富逾帝室。
安帝任命司马元显录尚书事。当时的人称司马道子是东录，司马元显是西录 。西录府门前车马拥挤不堪；东录府门前却冷落得可以张开罗网捕雀。司马元显没有一个正派的老师或者朋友，他亲信的人都是阿谀奸佞的小人，有的说他是举世无双的英杰，有的说他是风流潇洒的名士。从此，司马元显是一天比一天骄纵奢侈，竟暗示礼官提议，说因为他自己德性隆高，深孚众望，既然已经统领文武百官，文武百官便应该对他示敬。从此公卿以下的所有官员，见到司马元显都实行跪拜之礼。当时军队几次征伐，国库空虚枯竭，司徒以下的官员，每天只能领七升粮食，但司马元显却仍然不停地搜刮民财、聚敛钱物。其富有竟然超过帝室。
＇40＇殷仲堪恐桓玄跋扈，乃与杨期结昏为援。期屡欲攻玄，仲堪每抑止之。玄恐终为殷、杨所灭，乃告执政，求广其所统；执政亦欲交构，使之乖离，乃加玄都督荆州四郡军事，又以玄兄伟代期兄广为南蛮校尉。期忿惧。杨广欲拒桓伟，仲堪不听，出广为宜都、建平二郡太守。杨孜敬先为江夏相，玄以兵袭而劫之，以为谘议参军。
＇40＇殷仲堪担心桓玄过于专横暴戾，就与杨期结成姻亲，互为助援。杨期几次打算进攻桓玄，每次都是殷仲堪竭力阻止。桓玄也恐怕自己最终被殷仲堪、杨期剿灭，于是向朝中的掌权者要求扩大他所统领的地区。朝中掌权者也打算在他们之间制造矛盾，使他们的联盟解体，于是加任桓玄为都督荆州四郡军事，同时，让桓玄的哥哥桓伟代替杨期的哥哥杨广做了南蛮校尉。杨期既气愤又害怕。杨广本想拒绝桓伟前来接任，但殷仲堪不允许，把杨广调出做宜都、建平两个郡的太守。杨孜敬原来是江夏相，桓玄派兵去袭击，并劫持了他，任命他做了自己的咨议参军。
期勒兵建牙，声云援洛，欲与仲堪共袭玄。促堪虽外结期而内疑其心，苦止之；犹虑弗能禁，遣从弟屯于北境，以遏期。期既不能独举，又不测仲堪本意，乃解兵。
杨期整顿部队，建立军旗，声称要去援救洛阳，打算与殷仲堪一起去进攻桓玄。殷仲堪虽然外表是与杨期结交，内心里却怀疑他的用心，所以对杨期苦苦劝阻，还担心不能阻止杨期的行动，又派遣他的堂弟殷去北部地区驻扎，用来遏止杨期。杨期既无法自己独立起事，又推测不出殷仲堪的真实用意，只好停止行动。
仲堪多疑少决，谘议参军罗企生谓其弟遵生曰：“殷侯仁而无断，必及于难。吾蒙知遇，义不可去，必将死之。”
殷仲堪生性多疑，办事缺少决断。他的谘议参军罗企生对他的弟弟罗遵生说：“殷侯为人仁慈，却优柔寡断，一定会遭逢大难。我承蒙他的知遇之恩，在道义上是不能离开他的，将来一定会因他而死。”
是岁，荆州大水，平地三丈，仲堪竭仓廪以赈饥民。桓玄欲乘其虚而伐之，乃发兵西上，亦声言救洛，与仲堪书曰：“期受国恩而弃山陵，宜共罪之。今当入沔讨除期，已顿兵江口。若见与元贰，可收杨广杀之；如其不尔，便当帅兵入江。”时巴陵有积谷，玄先遣兵袭取之。梁州刺史郭当之官，路经夏口，玄诈称朝廷遣为己前锋，乃授以江夏之众，使督诸军并进，密报兄伟令为内应。伟遑遽不知所为，自赍疏示仲堪。仲堪执伟为质，令与玄书，辞甚苦至。玄曰：“仲堪为人无决，常怀成败之计，为儿子作虑，我兄必无忧也！”
这一年，荆州暴雨成灾，洪水泛滥，平地的水达三丈。殷仲堪把府库中的储备粮食全部拿出来赈济饥民。桓玄打算趁他内部空虚的时候征讨他，于是发动军队向西进发，也声言要去救助洛阳，并给殷仲堪写信说：“杨期接受国家的恩宠，但是放弃帝王的坟墓陵寝不管，我们应该一起向他兴师问罪。现在应当进入沔水讨伐杨期，我已经在沔水入长江口这一带集结了兵力。如果你的看法与我没有差别，可将杨广抓起来杀掉；如果不这样做，我就要率大军进入长江，攻击江陵。”这时，巴陵还有积存的粮食，桓玄首先派兵去袭击夺取。梁州刺史郭铨正赶去上任，途中经过夏口，桓玄骗殷仲堪说，朝廷派遣郭铨担任自己的前锋，于是把江夏的部队全部交给他管理，并让他监督统领各支队一起前进，暗中又告诉他的哥哥桓伟作为内应。桓伟既惊慌又害怕，不知道应该干些什么，后来把桓玄的密信送交给殷仲堪看。殷仲堪扣下作为人质，命令他给桓玄写信，文辞凄苦到极点。桓玄说：“殷仲堪为人没有决断，常常在打仗之前患得患失、计较成败，为自己的儿子考虑，留后路，我哥哥一定安全，不必忧虑。”
仲堪遣殷帅水军七千至西江口，玄使郭铨、苻宏击�