东史郎和其它日本兵到9，10公里之外搜寻这些战俘。夜幕降临时，日本兵终于听到了像青蛙发出的隆隆声，他们还看到无数烟头在黑暗里一闪一闪。“那是一个宏大的场面”，东史郎写道：“7，000名战俘都集中在一个地方，聚集在两面白旗之下，那旗子挂在一个枯树枝上在夜空中飘动。”战俘们衣衫褴褛，乱七八糟，有的穿着蓝色棉军服，蓝色棉外衣，带着帽子。有的用毯子盖着脑袋，有的拎着粗布袋，有的还背着棉褥子。日军让战俘排成4队，队前竖着白旗。这几千名中国士兵耐心地等待着日本人把他们带走，并告诉他们投降过程中的下一步该做什么。
这些中国部队不愿进行抵抗使东史郎震惊。对这个成长于军国主义文化中的人来说，飞行员只能用刺刀，而不能使用降落伞，最后宁可自杀也不能被俘，因此当看到中国人不愿与敌人战斗而死时，他感到不能理解＿当他发现被俘的人数超过抓俘虏的人数时，他对中国人就越发鄙视了。
“当我想象他们是如何聚在一起到处找白布，然后把它绑在枯枝上并前来投降时，真是又可笑义可怜”，东史郎写道。
我在想，他们怎么能变成俘虏呢？他们有那么多人——超过两个营——竟然一点也没有尝试抵抗。这些部队一定有许多军官，但一个也没有留下，我想是全都逃之夭夭了。尽管我们只有两个连，而且那7000名俘虏已被解除了武装，但是如果他们决定站起来反抗，那我们的部队就彻底完了。
一种纷乱的情绪侵扰着东史郎，他为中国士兵感到难过，这些饥渴而又惊恐的人不断要水喝，并再三要求得到他们不会被杀死的保证。但同时他又对他们的懦弱嗤之以鼻。东史郎突然感至羞愧，因为在以前的战斗中他曾暗暗害怕中国士兵，一股不由自主的冲动使他把这些战俘看成是没有人性的昆虫和动物。
他们成群地走着，就像地上爬的蚂蚁。
他们看上去就像一群无家可归的人，脸上带着愚昧无知的表情。
像一群无知的羊，无规无矩，在黑暗中行进，并相互耳语着。
他们根本不像就在昨天还向找们开枪并给我们制造麻烦的敌人。根本不可能相信他们曾是敌方的士兵。
认为我们会战死在这些无知的奴隶军队手中的想法实在是太傻了。即使他们当中有些是20…30岁的男青年。
日军把战俘带到附近的村庄。东史郎回忆说，当一些中国人被赶进一个大房子时，他们犹豫不肯进去，认为这地方就像是“一个屠宰场”。但后来他们还是屈服了井排队进了大门。只有当日本人企图要把中国俘虏的毯子和草垫拿走时，他们才拼命争夺。第二天早上，东史郎和他的同事接到了去另一个地区巡逻的命令；他们后来才知道，当他们巡逻时，这些中国战俘被两三百人一组分配给几个连，然后被杀害了。
在南京暴行中，最大规模的一次集体屠杀战俘的事件或许要算发生在幕府山附近的那次。该山就在南京正北面，位于南京城和长江南岸之间；估计有57，000市民和前士兵在这里遇害。
杀人是秘密分阶段进行的。12月6日，《朝日新闻》的记者横田报道说，日本人在靠近青龙山和幕府山的炮兵要塞俘虏了14，777名士兵，而仅仅是这么多的战俘就成了问题，“日军遇到了最大的困难，因为这是他们第一次抓获这么多战俘”，横田写道，“连处理这些战俘的人手都不够。”
根据前日本陆军下士栗原保存的有关这个事件的日记和笔记所说，日本人解除了数以千计的俘虏的武装，除了衣服和毯子，抢走了他们身上的每件东西，并把他们押送到一排临时搭起的茅棚中。当12月17日日军接到杀死这些战俘的命令时，他们极为谨镇地行动。那天早上日军宣布他们要把这些中国战俘转移到长江中的一个叫八卦洲的小岛上。他们对这些战俘解释说他们需要特别谨慎地行动，并反绑起战俘的双手——仅这个任务就花了一上午和大半个下午。
下午4点到6点之间，日本人把这些战俘分成4队向西走去，绕过几座小山后停在江边。“这些战俘在等待了3、4个小时后，不知道发生了什么事，也看不出任何准备过江的准备”，这个下士写道，“此时天渐渐黑了下来，他们还不知道日本士兵已经沿江水形成新月状包围了他们，许多机枪己向他们瞄准。”
当发出射击的命令时，这些中国人再想逃走已为时太晚。“突然各种机枪同时开火”，栗原写道，“机枪声和绝望的叫喊声交织在一起。”中国人痛苦地挣扎了1小时，终于听不见从人群发出的声音了。然后日军用刺刀一个一个地刺戳中国人的身体，从晚上一直干到天亮。
处理尸体是日军的另一个大问题。在幕府山的大屠杀中，被杀死的人数只是日军在南京城内外杀死的总人数的一小部分，但清理尸体的工作也花了数日。掩埋尸体是一种处理方法，但中岛将军在日记中抱怨很难找到地力挖掘足够掩埋七八千人尸体堆的大坑。焚尸是另一种方法，但日军经常缺少足够的燃料去完成这个任务。例如，在幕府山的大屠杀之后，日本人在尸体上浇了几桶汽油焚尸，但还没等尸体烧成灰烬，汽油就用光了。“结果是一大堆烧焦的尸体”，日本下士写道。
许多尸体就被扔进了长江。
屠杀平民
在士兵们大规模投降后，实际上已经没有人来保卫南京平民。日军对这一点是了解的，于是在1937年12月13日大量涌进南京，占领了政府所在地、银行和仓库，并在大街上随便开枪杀人，有许多人是在逃跑时从背后被击中的。日军用机关枪、左轮手枪和步枪向成群的伤员、老妇和儿童开枪，他们集中在中山北路和中路的大道及附近的胡同里。日军还在城市的每个地区杀害中国市民：无论是在大街小巷，在防空洞，还是在政府建筑物，在城市广场，他们到处杀人。随着一个接一个的牺牲者痛苦呻吟或叫喊着倒下，这座沦陷的首都的大街小巷、沟沟渠渠血流成河，许多人奄奄一息，但无力逃脱。
日本人在南京挨家埃户地搜查寻找中国士兵，也就一家接一家地杀害这座城市的居民。但他们也在市郊和乡村屠杀中国人。在城墙外，在河边（河水早已被染成红色），在池塘和湖边，在小山旁和大山脚下，到处尸体成堆。在南京附近的村庄里，日本人向任何一个过路的男子开枪，因为他们怀疑他过去可能是个中国士兵。但是他们也向明明不可能是中国士兵的人开枪，例如老人和妇女，如果他们对用日语发出的命令表示犹豫或不理解而走错了路，就要遭到枪杀。
12月的最后10天，日本人的摩托车队开始在南京巡逻，同时日军扛着步枪把守所有街道、大路和小巷的人口处。日军换家挨户也要求市民打开大门迎接胜利的部队，但是店主只要一开门，日军就向他们开火。日军用这种方式屠杀了数以千计的市民，然后把这些商店洗劫一空，对他们没用的东西则付之一炬。
日本的记者
这些暴行使随军到南京的日本记者感到震惊。一位恐惧的《每日新闻》记者亲眼看到，日军让中国战俘排队站在中山门附近的城墙上，然后用步枪上的刺刀向他们猛刺过去。“俘虏们一个接一个地摔落在墙外”，这位记者写道，“鲜血四溅，阴森恐怖的气氛真使人毛骨悚然，四肢颤抖。我站在那里丢了魂，茫然不知所措。”
不止是他一个人有这种反应。其他许多记者，甚至是身经百战的战地记者们，对这种疯狂的暴行也感到畏缩，于是他们把感受倾注于文字。下面是一位日军记者今井正冈的记述：
在下关码头，死尸体堆成了黑糊糊的山。大约50到100个人在那里干苦活，把尸体拖下来扔进长江。尸体还淌着血，有些人还活着并虚弱地呻吟着，他们的四肢还在抽动。苦为们一声不吭地干着活，像是在演哑剧。在黑暗中人们很难看到长江的对岸。在微弱的月光照射下，码头上是一大片闪着微光的污物。哇！那全是血！
过了一会儿，这些苦力干完了拖尸体的活，日本士兵就让他们沿江边站成一排，砰！砰！砰！我听到了机关枪的开枪声。苦力们朝后栽进长江，被汹涌的江水吞没。哑剧到此结束。
现场的一个日本军官估计有2万人被杀害。
下面是一位日本战地记者小俁行男亲眼目睹中国俘虏被带到下关并沿江排队的情景：
第一排人被杀了头，第二排人被迫将这些尸休投入江中，然后他们自己也人头落地。这种屠杀从早到晚不停地进行着，但他们用这种方法只杀了2千人。第二天他们对这种杀人办法已经厌倦，便架起了机枪。砰！砰！砰！砰！板机被扳动了。俘虏们跳入江中想逃走，但没有一个人能游到江对岸。
以下是来自日本摄影记者河野公辉的记述：
在“入城庆典”之前，我看到50…100具尸体沿江漂流。他们是死在战场上，还是被俘后被杀死的？还是被屠杀的市民？
我记得南京城外有一个小池塘。它看上去像一片血海——有着耀眼的色彩。要是我带着彩色胶卷的话，……那将是一张多么令人震撼的照片！
另一位在南京的日本随军记者佐佐木元政评论道：“在东京大地震中我曾见过成堆的尸体，但与这里相比，那简直算不了什么。”。
南京的强奸暴行
下一步，日本人把目光转向了妇女。
“妇女深受其害”，一个日本驻南京114师的士兵田锁增三回忆说，“无论老幼，她们都逃不脱被强奸的命运。我们从下关派出拉煤车到城市的街里和乡村抓回许多妇女。然后把每个妇女分配给15…20个士兵，任他们奸淫凌辱。”
活着的日本老兵认为军队强奸敌方的妇女是不合法的。但强奸在日本的军国主义文化和迷信中是如此地根深蒂固，以致没人认真实行这一规定。许多日本兵还深信强奸处女能使他们在战斗中更加有力。士兵们甚至戴着用受害者的阴毛制成的护身符，相信这样他们就有了魔力而不会受到伤害。
军方的禁止强奸的政策只是鼓励士兵们在完成后杀死受害者。在一次为记录片《以天皇的名义》进行的采访中，一位日本老兵东史郎坦白地说出了在南京奸淫与谋杀的过程：
我们先说一些不正经的话，如Pikankan。Pi意思是“臀部”Kankan意思是“看看”。Pikankan意思是“让我们看女人张开腿”。中国妇女不穿衬裤，只穿外裤，用一根绳子系住。没有皮带。当我们扯掉绳子，臀部就露出来了。我们就“Pikankan”。我们就看。一会儿就说一些诸如“今天是我洗澡的日子”之类的话，然后我们就轮奸她们。如果只是强奸她们，就没什么事儿。我不应该说这没什么。但我们通常还要用刺刀捅死她们。因为死人是不会开口说话的。
在谈到这个问题时，田锁增三与东史郎一样坦率。“强奸后，我们还要杀死她们”，他回忆说，“一旦那些妇女拔腿而逃，我们就让她们跑，然后我们从背后‘砰’的一枪打死他们”。据活着的老兵说，许多士兵并不认为这是犯罪。“或许当我们强奸她时，我们把她看成女人”，东史郎写道，“但当我们杀她时，我们只是把她看成猪一样的动物。”
这一暴行不仅限于士兵。各级军官也放荡不羁。（甚至连谷寿夫，这个高级将领和日本第六师团的指挥官，后来也发现他在南京对大约20名妇女犯有强奸罪。这些军官不仅怂恿士兵在城里成群结伙奸淫妇女，而且提醒他们在完事后一定要把这些妇女处理掉，以消除罪证。一个军官对他的下属这样说：“在你完事后要么给她们点钱，要么在偏僻之处杀死她们。”
松井石根的到来
12月17日早上，因病而身体仍然虚弱的松井石根进入南京城参加庆祝阅兵仪式，屠杀和强奸才有所收敛。他从这次肺结核发病恢复后，乘海军的汽艇溯江而上，然而换乘小汽车去南京城东的中山门三孔拱门。在那里他骑上一匹栗色马，把马头转向东京天皇的皇宫方向，并在日本国家广播公司的录音下为天皇三呼万岁：“天堂之阶最伟大的大元帅万岁——万岁！”然后他骑马沿着一条大道向前走，道上已经仔细清除了所有尸体，两旁还站着成千上万欢呼的士兵，松井一直抵达南京城北部的大都会饭店，当晚在那里为他设宴。
据记载，在宴会期间，松并已经察觉到南京发生了什么可怕的事情。当天晚上他召开参谋会议，并命令所有不必要的部队都调到城外。第二天西方新闻媒体报道说，日军约定对松井保密，不让他知道南京暴行的全部