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有人抱怨说肯尼迪在作出这些重大的改革时绕过了他的军事顾问。事实恰恰相反，他即使不是经常地，却是定期地与参谋长联席会议会晤的。但是总统把军事决策集中在他的文职部长的办公室里。麦克纳马拉不仅依靠各参谋长，而且依靠一大批卓越的文职助手。这班年轻人摆脱了各军种之间的偏见，完全根据所需经费、可供选择的方案和便于管理等来考虑问题，这使军界的一些派系及其在报界和国会中专门为军方辩护的人感到失望。这些“神童”——人们给他们起了这么一个绰号——用经济、政治和其他分析来充实陆军将领和海军将领的军事经验。
在他留用的三军参谋长中，他最中意的人物是海军陆战队司令戴维·肖普。肖普虽然不常讲话，偶然发表的评论却总是干脆利落、深思熟虑和胸襟开阔的。总统在猪湾事件以后确信除了肖普外，邦迪的文官班子或留用的其他参谋长都谈不出他需要听的军事意见。
他在白宫的三位军事助理也起不到这种作用。他们主要是按照白宫的规矩和程序办事，小心翼翼地相互监视着，以确保其他部门没有特别得宠。切斯特，克利夫顿和泰兹米尔·谢泼德分别来自陆军和海军，他们是特别干练、有益而忠诚的助理。不过正如空军助理戈弗雷·麦克休在1962年下半年所表明的，门户之见自然而然地渗人了白宫军事助理人员的心坎中。总统在拿骚尽力使英国人对停止发展闪电导弹感到满意以后，正在棕榈滩度假。当时华盛顿一个空军发言人却随即公开宣布，闪电导弹试验据说取得了成功，这使两国政府全感到窘迫和恼怒。
为了填补明显的空白，总统在1961年年中劝说最能干的军人政治家马克斯韦尔·泰勒将军参加了白宫班子，充当“军事、情报顾问和代表”。泰勒的坦率而锋利的讲话，渊博的知识及其在各种军事能力方面的突出才干，完全符合肯尼迪与麦克纳马拉的想法。总统在1961年之前从未会见过泰勒，但是事实上他早就考虑过邀他到政府中来担任好几个职务了。
军界集团的某些成员及其在国会和新闻界的朋友对于把一个新人物安插到参谋长和总司令之间并不感到高兴。但任期结束，参谋长更迭了，泰勒本人终于担任了参谋长联席会议主席。参谋长联席会议中只有一个人是肯尼迪留用的上届政府内的军人，即戴维·肖普。
肯尼迪认为，正如任何文官部门的首脑一样，参谋长联席会议同总统的思想取得一致是至关重要的。他强烈反对一项法案，它把所有参谋长的任期固定为四年，这就减少了总统的任免自由权。“任何总统，”他说，“都应有权审慎地挑选他的军事顾问。”他私下对我说，如果这项法案获得通过，他将予以否决。为了显示他的信念和权力，他打破先例，没有再次任命海军上将乔治·安德森连任海军作战部长，并让空军参谋长李梅的任期仅仅延长一年。安德森在不止一个问题上同肯尼迪和麦克纳马拉意见不一，他离职的意义引起了他的高级军事同僚的注意，但是当肯尼迪为了使用他的相当大的才能，任命他当驻葡萄牙大使时，国会中许多支持安德森的人未能弄明白这对安德森实际上是一种牺牲。
肯尼迪和麦克纳马拉还决定，一旦发生紧急情况，必须坚持由文官予以控制。为了减少发生未经批准的或意外的战争的可能性，为了能够作出那种考虑周密和有选择的反应，以便结束或限制甚至是一场核战争，为了保持一种能够在混乱时期向我国的公民、军人和敌人下达公认的文告的明确权力，他们逐步改善了指挥和控制系统的可靠性和生存力。在他们考虑采取的其他步骤中，还包括：制订一个比较保险的导弹计划，改进了的警报系统，更为明显地把权力集中在总统手里的制度，在战时更好地保护总统及其可能的继任人的办法，为总统和其他人设置的新的空中和海上指挥部，可供挑选使用的通讯联络渠道，对核武器的电子遥控装置，以及从白宫到B－52驾驶员机器发生故障和人体发生疾病的一系列改进了的检验装置等。
总统在他的办公桌边，或者在他对全国各地军事设施的多次视察中，有时会检查一下通讯联络网的速度与可靠性。五角大楼作战办公室或某一遥远的战略空军司令部的官员们常会拿起难得使用的电话机，大吃一惊地听见总统说：“我是肯尼迪总统。我只是在检查一下通讯联络系统。你那边情况如何？”不过，他对所有这些专用电话的价值和用途依然有点怀疑。
核威慑力量
肯尼迪在三年中建立了人类有史以来最强大的军事力量，也是美国在和平时期规模最大、发展最快的军事力量，它一共花费了约一百七十亿美元的追加拨款。正如他所指出的，这就为他提供了一个可以发挥“从最大规模的威慑力量到最微妙的影响”的多方面的武器库。最大规模的威慑力量是我们的战略核力量。从1961年3月发表第一篇国防咨文开始，总统就急剧地加强了由潜艇发射的北极星导弹和地下发射的民兵式导弹的生产和发展。他在强调这些武器的幸存能力时，既强调了发现并摧毁这些武器的任何企图都是徒劳无功的，又强调了这些武器的第二次打击的、非挑衅性的、有充裕时间使用的特点（例如，它们与前几年部署在苏联附近的丘辟特导弹是截然不同的，丘辟特导弹易受攻击，是需要总统即时作出发射决定的易被摧毁的目标）。在竞选运动中，他曾发出警告说，要防止“引诱”苏联领导人，使他们认为“有可能在一次巨大的'珍珠港式袭击'中把我们的飞机和缺乏防护的导弹在地面上摧毁掉”，所以这时他把更多的核武装的轰炸机——在远程导弹计划完成之前，这是我们的主要威慑力量——置于十五分钟内即可出发的戒备基础上。
比这些武器的增加更令人安心的是，对“威慑力量”的精确含意和需要作出了更为明确的解释，即：这是一支相当大的核力量，足以保证：（1）总的说来，通过使敌人看不到任何获胜乃至生存的前景，给予敌人营垒中任何一个通情达理的决策者以尽可能强烈的刺激，使他不致于发动进攻；（2）具体说来，按照最悲观的设想，使能够顶得住可能发生的最严重进攻的我们那部分武装力量，（a）倘有必要的话，能够摧毁侵略国的城市和人口；（b）能够摧毁其余下的绝大部分军事力量，同时仍然能保持我们自己的一定的后备力量，使敌人确信，他们既不能完全摧毁我们，也不能赢得战争。
怀疑论者问道，这种威慑力量怎样用具体数字来确定呢？所有各种因素都是变幻不定的。但在合理范围内，麦克纳马拉第一次作出系统性的努力，即根据我们对苏联进攻力量的规模和性质以及对我们自己的报复力量的作战能力作出最精确的估计，在此基础上计算出威慑力量的水平。这些计算中所运用的估计是根据公开的报道、苏联变节者的汇报，以及现代化的和传统的情报方法作出的。
在我们的预算审查会议上，麦克纳马拉实际上承认，他同意使核力量超过纯威慑作用的水平，这样万一威慑失灵，限额以外的核力量便可以用来限制苏联作进一步破坏的能力。不过，他和肯尼迪一致认为，如果走得更远乃至进一步去谋求“第一次打击”的能力——从理论上说旨在使敌人不能严重损害我们，这是空军某些部门所鼓吹的——不仅是不必要的浪费和挑衅性的，而且实际上也不是切实可行的。敌人总可以保护或隐蔽起足够的导弹力量，使美国至少有三四千万人死亡，特别是使用更多的潜艇发射的导弹的话。同时，当敌人看到我们增加军事力量时，他们也可能增加其本国的军事力量，从而轻易地便抵消了我们要超过他们的企图。
在认识到失发制人的第一次打击或最大的“反击力量”的能力是不可取的同时，肯尼迪和麦克纳马拉比别人更清楚地看到了一场无休止、无限制的军备竞赛所带来的那种不安全感以及应各军种首长的要求不分青红皂白增加价值数百亿美元的核武器的浪费情况。“为了使威慑力量奏效……我们的需要应有了个限度，”总统说。“当我们谈到能够在核战争中使用百万吨级当量的核爆炸力时，我们实际上就是在谈到毁灭。用核武器去打击目标，难道必须用上许多次才有效吗？”他指望削减防御费用，以便把更多的拨款用于国内需要。
但是对威慑力量的这些估计也使肯尼迪和麦克纳马拉清楚地认识到，单方面裁军是愚蠢的，而那些人抱怨说我们已拥有足够的核杀伤能力，可以杀死好几倍苏联人的说法也是不恰当的。因为作为一个第二次打击的国家，我们的安全要求有足够庞大的军事力量，可以经得住第一次打击而仍然能有效地进行报复，因为我们的战略需要有足够的武器来摧毁敌人的一切重要目标，威慑力量足够与否就没有绝对的标准了。此外，威慑力量的概念不仅指的是要具有优势力量，而且要占有一定程度的优越地位。当这种优势为人们所知道——肯尼迪政府采取了史无前例的步骤来使人们知道——就可以使所有的盟国和敌人都确信这一事实。
导弹差距
同一个不开放的、侵略性的社会相比，需要多大力量才足以应付，为确定这个问题，产生了通称为“导弹差距”这一争论。在1957年苏联导弹试验成功以后，这场争论便迅速在政治舞台上出现了。现在我们可以来观察一下这场争论：
·与某些民主党人在1960年提出的指责相反，艾森豪威尔政府对苏联导弹前景所作的官方情报估计，并未因出于政治上或预算上的考虑而降低调子。
·与某些共和党人在1961年提出的指责相反，民主党人前几年就“导弹差距”即将到来发出的警告是诚恳的、很有理由的。这种预测并不是骗人的政客或是那些明知自己是杞人忧天然而却渴望获得拨款的空军官员们虚构杜撰的。这种差距预测之所以产生，大部分是由于军界和文官犯了过于老实的错误，而这种预测又被共和党官员们和民主党参议员以及不抱党派偏见的专栏作家宣扬开来了。
·艾森豪威尔在196O年贬低“导弹差距”的危险是正确的。肯尼迪在1961年加强我们的导弹计划也是正确的。事实上，两位总统在毫无根据的忧虑的促进下，着手集结起的具有高度优势的导弹力量，防止了出现任何差距。
许多争论是因为对同一个词作了各种不同的解释而引起的。对某些人来说，“导弹差距”指的是各国当前所作的导弹努力的比较，而对另一些人来说则指的是未来所作的导弹努力的比较。有些人只谈论洲际弹道导弹，而有些人则谈论所有的导弹。有人拿导弹的绝对数字作比较，有人则提出一个包括技术、易受损害的情况、发射系统和侵略者所能占有的便宜等的较为现实的等式。
如果“导弹差距”这个词指的是1957年苏联在火箭和推进器方面的领先地位，指的是把这种领先地位转变成世界上第一支具有相当规模的洲际弹道导弹力量的能力，或者指的是苏美两方任何一方所拥有的各种大小和各种射程的导弹的总数，那么“导弹差距”显然在有一时期内是存在的。但是如果这个词指的是苏联以导弹为基础的全面的军事优势——通过第一次打击就能把美国的报复能力削弱到微不足道的地步——而言，那么“导弹差距”显然始终就不存在。
然而甚至后一种差距也可能存�