总统助理谢尔曼·亚当斯式的职务、白宫班子秘书、内阁秘书处、国家安全委员会的计划委员会和行动协调委员会等。所有这些，在肯尼迪看来都不过是在总统和负责官员之间没有必要地强加上的一些文牍工作和机构。他废除了几十个部际委员会，那些机构的专职是就一些过时的问题提出成批的建议。他对那些冲淡和分散了他的权力的组织体系图和指挥系统是不大重视的。他对委员会一致通过的建议并不感觉兴趣，因为这些建议把达成最低限度妥协的选择方案都窒息了。
相反地，他依靠非正式的会议和直接的联系——依靠总统个人的白宫工作班子、预算局和特别工作小组来为他的决策进行调查和说明问题——依靠总统的特使和总统经常的电话联系和备忘录——依靠把自己人安排在各个战略据点上。特别是在1961年，特别是在一些国家安全事务上，他把直接负责的或者具有第一手材料的低级官员或专家召到白宫去商谈或打电话给他们。当有人对这种做法提出问题时，肯尼迪说，“总统不能管理一个部门”，但是他至少可以起到促进的作用。……政府中有一种普遍的倾向，就是让公文在办公桌上搁的时间太长了。……总统的作用之一就是设法使公文运转得快一点。否则天塌下来的时候，你也只好等着。
有个记者把艾森豪威尔和肯尼迪在取得协调动作方面的方法比作橄榄球和篮球之间的差异。艾森豪威尔的做法是靠定期的战术磋商和严格的分工，而在肯尼迪的政府中，则所有的成员都在不断地行动。
肯尼迪也召开战术磋商会议，但是仅仅在必要时才召开，而且也只请必要的人参加会，即那些他需要听取其正式观点的人，或那些他希望听取其非正式意见的人。对此，他根本不拘礼节，也不问是否有此先例。虽然与会者由于议题不同而经常更动，但并不是随便凑合的。在召开讨论对外政策的会议上，麦乔治·邦迪负责确保不漏掉一个有关的负责官员，不漏掉一个有关的观点。而在召开讨论内政事务的会议上，我则力图做到这一点。例如，如果沃尔特·赫勒和乔治·鲍尔希望就国际收支问题与总统会晤，我就设法保证狄龙接到参加会议的邀请。总统本人平易近人的作风，以及他坚持非但和各部首脑接触也和他们的下属接触一事，使他决不至于得不到中肯的意见或批评，而在关键性的最初几个月中，他和他的内阁成员都改进了使用各种渠道和使各种决定密切配合的能力。但是肯尼迪始终没有改变他的看法；即任何规模大于其必要性的会议，其灵活性和机密程度都比较小，而且也不那么易于解决问题。
因此，除了少数例外，他召集内阁会议仅仅是因为“我想我们应该开一次会了——自从上次会议以后，已经过了几星期了”。并且，除了难得的几次以外，这种会议总使他感到厌烦。在这种会议上，他不象过去罗斯福总统那样，去同内阁成员们谈笑，征求他们在政治上的意见，建议他们自动提出各种问题来，或者在讨论时请他们一个个发表意见。肯尼迪在这种场合是难得想这样做的。
在肯尼迪的内阁会议上，没有作出过任何重要的决定，也没有认真讨论过几项重要的议题，特别是在外交事务方面。内阁作为一个整体召开会议，大半是作为一种象征，它仅仅是提供情况，而不是讨论磋商，是帮助促进各种联络渠道的畅通，是帮助保持内阁成员的团结精神并避免使肯尼迪受到废除内阁的指责。在会上，没有高级辩论，没有经过精心推敲的说明，也没有预先分发的文件。
肯尼迪主要依靠他的内阁成员，而并不依靠作为一个组织的内阁。与此相反，他认为……内阁全体会议……是没有必要的，难免浪费时间。……内阁官员处理的所有这些问题全是非常专门的。我每星期都会见全体内阁官员，但是我们不召开全体会议。花一个上午讨论邮政局的预算，却缠住了农业部长弗里曼，这实在是没有多大益处的，农业部长有他自己的职责。……如果问题牵涉到劳工管理，那末对我来说，与商业部长霍奇斯和劳工部长戈德堡会商会更好些。我认为我们将会发现我们的内阁比过去任何内阁都重要，可是内阁会议却并不重要。
国家安全委员会的大型的正式会议也和这种情况差不太多，它们专门处理外交事务。麦乔治·邦迪总准备一份比较有意义的议事日程，事先还分发文件，总统对这样的会议总比较感兴趣点。他主持这种会议是十分道地的，他首先要求中央情报局局长就正在探讨的形势提供情报摘要，然后请国务卿提出他的建议，最后把问题向国防部和其他一些部摊开。
有时，肯尼迪在国家安全委员会全体会议上作出一些次要的决定，或者“装做”作出实际上早就决定了的比较重要的决定。出席会议的人数一般总保持在大大低于前几届政府的水准上，但仍然大大超出法定的要求。他强烈地主张所有重要的决定应在只有少数人参加的会议上作出，往往他只同他打算向其传达决定的那个官员一起讨论决定。“我们每周平均同国务卿、国防部长、麦乔治·邦迪、中央情报局局长和副总统等开三四次会议，”肯尼迪在1961年说，“而人数大得多的国家安全委员会的正式会议，却不那么有成效。如果有较多的一伙人在场，要决定涉及高度机密的国家安全的问题是比较困难的。”
在出现一次危机的期间或者在危机以后，总统在一段短暂的时间内总比较定期地召开国家安全委员会会议，部分原因是把它作为记录下所有负责官员的意见的一种手段，但是主要是为了制止外界的批评，因为这些批评往往把政府的机构和效率等同起来。在古巴导弹危机期间，当有人问及外间传说的关于国家安全委员会成员所采取的各种不同的立场时，他说，“国家安全委员会是总统的一个咨询机构。归根到底，美国总统必须作出决定。这是总统的决定，不是国家安全委员会的决定，也不是任何集体的决定。”他这番话一点也没有夸张，因为他常常否决国家安全委员会主要成员的决定，而且至少有一次还否决了他们全体的决定。
有些人对于肯尼迪对待组织机构的态度啧有烦言。霍奇斯部长就公开发牢骚说，应该更多地召开内阁会议。国务院的助手们私下抱怨说，如果在作出关键性的决策时他们不在场，那末他们的威望将蒙受损失。腊斯克国务卿则不满地说，他不喜欢在“不负任何责任的索伦森和凯森那样的人作出学究气的评论的会议上”提出他的意见。他宁愿把自己的论点只说给总统听。不过总的说来，各部的首长都同意威拉德·沃茨的结论，即虽然没有召开大量的正式会议，“总统和内阁之间……内阁官员之间”两方面的联络通气全达到了异常密切的地步。
演说和声明的审批
总统规定，所有重要的演说和国会证词须由白宫审批，但除了在危急时期，这个规定是难得执行的。塞林格和他的班子以及特德·里尔登审查日常的演说稿。邦迪和我的班子分别审查关于国内和对外政策方面的主要声明。总统审查他自己的一些演说稿。有时遇到某个敏感的问题正在举行听证会时，他便要求我们事先对那些持有不同观点的行政部门证人的所有国会证词加以协调，并在听证会进行过程中加以检查，例如在古巴导弹危机或是1962年的经济与税收前景等问题上就是如此做的。
这种做法取得了一些重要的成果。国防部发表的有几篇演说就变得不十分“炫耀武力”。一个国务院的助手获得通知，他不得坚持自己在民权方面的不切实际的建议。不过这还不是一种完善的制度。有几篇有争议的高级声明未经审批就发表了，而且没有什么方法去审批对新闻界或国会质询所作的答复。
最难审查的演说稿——而且如果不加审查，听其发表又最为危险的——就是高级军官发表的那些演说，他们的意见往往并不反映总统对于和平的看法。在肯尼迪就职的第一个星期，海军作战部部长阿莱·伯克的一篇强烈的反苏演说被白宫把调子改得缓和了些，以免不利于RB－4侦察轰炸机飞行员的获释。当这件事为外界知道以后，兴起了一大阵关于“封住了军界嘴”的喧嚷。实际上，海军上将伯克是自动把演说稿提出来的，而且这种程序也没有什么反常。但是有一点变得比以往任何时候更为明确，即现役军官不应在他们的演说或国会证词中破坏最高统帅的最后决定；不应在有关美国对外政策的性质上混淆世界视听；不应把对部队或舆论进行政治思想的灌输作为他们公务上的一项职责。
上述最后一项的最糟糕的例子就是：埃德温·沃克少将对驻在德国的他的部队使用了右翼极端分子的材料。总统在报纸上看到了沃克的狂热的指责，于是请麦克纳马拉进行调查。1961年11月，沃克少将受到告诫并被调往太平洋后，他即辞去了军职。
肯尼迪说，保护军方，使他们不直接卷入政治，规定他们的训话要准确而无党派性，并且要求他们的正式发言反映官方的政策，这并不是什么过激的，甚至新奇的做法。也没有对军方的言论自由或是他们坦率回答国会的质询加上任何新的限制。但是如果一个著名的高级军界人物发表了一篇影响到对外政策或者可能影响到军事政策的演说，我认为人民——以及国外——有权指望这篇演说是代表本国政府的意见的。……审查的目的……在于保证……政府是以一个调子发言的。
同时，肯尼迪指出，为了这一目的，他自己的演说也交给国务院和国防部去审查。
然而，斯特罗姆·瑟蒙德却乘机发动一次参议院的调查，企图把这种“审查制度”与对共产主义的“示弱”联系起来。前总统艾森豪威尔发表一项声明说，经过“再三考虑以后”，他自己政府规定的审批演说的政策应予取消，这使局势更形复杂化了。但是几位高级军官全证实这种做法是明智的，同时沃克少将的大肆咆哮的证词也证实了这一点。总统相当欣慰地说，军界支持他的审批政策的最著名的人物，都是些显要的军官。
他们懂得军方和文官之间要保持正当关系的重要性……这种关系已经存在了那么多年，它规定由文官负责控制和承担责任……事实上，军方对这个问题似乎比有些文官更为理解。
然而军方并不是所有的人都理解，并不是所有的人都同意用一个调子发言，即同他们的文官总司令同一个调子的。有些人仍然向国会和新闻界抱怨，因为他们认为有些决定没有同他们作充分的磋商，或者被不明智地否定了。但是，总的看来，华盛顿官方比以往任何时候都更为清楚地用同一个强有力的语调在公开场合讲话。
人事更动
在肯尼迪留用或任命的重要官员中，没有几个是被公开免去联邦政府职务的。有一个身居要职的留用人员，肯尼迪的批评者，本是免职的对象，但是当肯尼迪看到邦迪的备忘录，说明按照法令只能以“行为不检”的名义才有希望把这位先生免职时，总统便在文件下面潦草地写下了这样的批示：“不要这么做——他会用同样的方法对待我们的。肯尼迪。”
尽管如此，对于那些不能继续胜任，那些徒有虚名和那些不具备肯尼迪同样的精力和理想的人，不是要求他们退休，就是另行安排职务。最为突出的一次改组——被某些方面的人士称之为“1961年感恩节大屠杀”——发生在国务院里。
总统几乎刚一就职，就对国务院失去了信心。他感到国务院似乎一直存在着一种内在的扼杀独创精神的惯性，而且那里的过分疲沓的倾向也使国务院显得优柔寡断。那里意见纷纭而缺乏活力。总统始终弄不清楚（甚至在人事变动以后，情况也仍然如此）谁是主管人员，谁明确奉派去做什么职务，以及为什么他自己的政策方针似乎一贯地遭到修改或拒不执行。国务院的领导——包括国务卿腊斯克，副国务卿鲍尔斯和鲍尔，驻联合国大使史蒂文森，巡回大使哈里曼，助理国务卿威廉斯，拉美事务协调官伯利，所有内阁官员级的人，以及其他许多人——显得人材济济，但其成绩却显得与此很不相称，这是颇具讽刺意味的。肯尼迪感到鲍尔斯推荐的人干得比腊斯克推荐的人出色；腊斯克感到被肯尼迪亲自指派的下属约束住了，其中有些人甚至在腊斯克就职以前就委派来了——他还受到白宫的所有助手以及为研究对外政策而调来的一些局外人的约束；鲍尔斯则认为在国务卿本人无暇顾及的行政改组工�