登基仪式结束之后，成吉思汗便大封功臣。
他每封一人，都要充分赞扬和肯定一番受封人的功绩和贡献。各位功臣都被荣誉感激励着。
此时，小时候被从战场上捡来，后被诃额仑收为义子的失乞忽秃忽担心自己不如博尔术、木华黎那样受宠于成吉思汗，便性急地首先表白自己的忠诚之心，他向成吉思汗说道：“我的功劳难道比别人少么？为什么先赏赐他们？我出力也不少，为什么要降恩于他们？我还在摇车中时，还在尿裤子时，就在你的国中了，直至颔下生了这么多的胡须，从来没有三心二意，没有失误的地方。诃额仑母亲让我睡在脚后，当儿子般养育我，你让我睡在身旁，当弟弟般照看我。今天，我们建立大蒙古国，你打算怎么奖励我呢？”
成吉思汗听了之后，就先对失乞忽秃忽进行了封赏：“你是我的六弟啊，将与其他兄弟一样，有受封赏的权利，我们仰赖长生天的保佑，才能得到这一统的天下，统治全国的百姓，以后仍希望你能做我的耳目呀！今后，你要为朕做判事官吧。”
封了失乞忽秃忽担任大蒙古国最高判事官之后，成吉思汗一口气分封了九十五个千户，任了八十八人为千户长。
千户制是在一二○四年进攻乃蛮部之前的军制改革基础上建立的，这次重大改革是每一千户中由被打乱的，不同部落的人混合构成，这就彻底打乱了旧的氏族制度，打破了由氏族首领管理本部事务的传统，而由军事首领按作战、生产分配的需要，而直接任命官吏。
这样，就使原来的部落界限泯灭消失，大大有利于瓦解落后的、容易导致分裂的氏族部落结构，有利于加速各氏族的融合，有利于蒙古民族统一体的形成与发展，同时，也有力地防止旧贵族势力的复辟。
千户的规模大小不一，因地制宜，有的千户长管辖多至四千户，有的还不足一千户。每个千户下面，又设百户、十户，所有的蒙古百姓都被纳入其中，统统置于大汗的严密控制之下。这种十进位的组织，便是蒙古国家统治下的各级军事、行政机构，从而形成一个显著特点：军事系统和行政系统相结合、相统一，平时与战时结合，寓兵于民，全民皆兵的优越性。
平时，蒙古百姓按指定的编户，在划定的牧地上放牧、屯驻，不准擅自离开，并向长官提供各种实物贡赋。此时，所有十五岁至七十岁的成年男子必须服兵役，由十户长、百户长率领出征，还要自备马匹、武器和粮秣。这样，每个蒙古牧民都成了既是牧民，又是士兵，上马能战斗，下马能牧养，这就大大增加了国家的兵员储备，动员起来也极为迅速。
根据成吉思汗的法令，如果十户长不能统师其十人作战，将连同妻子儿女一并定罪，然后另选十户长。对百户长、千户长、万户长的态度也是如此。
战争时期，军队以千户为单位征调，每千户要提供一千名战士，千户长既是军事统帅，又是地方行政长官。成吉思汗任令的千户长，大多是在对敌战争中功勋卓著的将领，千户长是世袭的军职，他们是高踞于牧民之上的统治者，掌握着分配牧地，征收贡赋，差派徭役和统领军队的大权，拥有大量财富和奴隶。在千户上面还设有四个万户。
博尔术被封为右翼万户长，管理西方直至阿尔泰山方面的各千户，他是成吉思汗封的第二号万户。在会上，成吉思汗向众人说：“在我小时候，他就帮我追回了被盗的八匹马。当时，他是富翁的独生子，为什么要和贫穷孤苦的我交朋友？这完全是一片豪爽大侠的心胸，在答阑捏木儿格思与塔塔儿对阵时，夜里大雨滂沱，他为了让我安眠，脱下自己的衣衫给我披上，用自己的腿支起帐篷，用一条腿站了一夜。博尔术啊，你的功劳数也数不尽，你的忠诚感泣鬼神！”
成吉思汗又动情地指出：“你博尔术和木华黎敢于直面向我进谏，我做得对就尽力支持，我做得不对就直言劝阻，所以我才有今天。”
于是，成吉思汗不但任命博尔术为右翼万户，还特许他九次犯罪不罚，后又让他兼任怯薛军的队长。
成吉思汗封木华黎为第三号万户，并任令他为左翼万户，管辖东部直至大兴安岭地方的千户。木华黎自投成吉思汗，多次与他共历艰险，战功显赫，后来又被授予“国王”的称号，独挡一面地领军对敌作战。他又对大家说道：“木华黎自从做了我的安答，从未离开过我的门户。他曾以天神般的吉兆鼓励我，使我坚定了夺取天下的决心。”
对这位沉毅多智略，猿臂善射，挽弓二石强的木华黎，让他居于上位，直至子子孙孙，并享有九罪不罚的特权。
成吉思汗任命纳牙阿为中军万户。此人虽没有博尔术、木华黎那样的战历，却受到成吉思汗的特别信任，主要有两件事情：纳牙阿原属泰赤乌部，在成吉思汗打败泰赤乌人时，他与父兄一起逃跑途中，捉住了成吉思汗的仇人。泰赤乌部的首领塔儿忽台，准备送交成吉思汗。这时，纳牙阿劝父兄道：“部下擒拿了主人，这是不义行为。”
于是又放走了塔儿忽台，他们空手来见成吉思汗，如实报告了事情的经过，成吉思汗对他大加赞赏，并说道：“你不忍陷害自己的主人，懂得忠义之道，是个善良的人，可以委以重任。”
在消灭乃蛮部之后，答亦儿兀孙走投无路，准备将女儿忽兰献给成吉思汗，遇到纳牙阿之后，自愿护送，留忽兰在军中过了三天三夜，成吉思汗怀疑他与忽兰有了暧昧私情，几经盘查，忽兰甘愿以身试验，方知她仍是处女。
成吉思汗对纳牙阿更加信任，认为他忠心不二，是个顶天立地的男子汉，这次也封他为万户，统帅保卫大汗的怯薛军。
第四位被封为万户的人是豁儿赤，由于他很早以前就预示了神言，并立有战功，让他管理沿也儿的石河一带地方的林木中的百姓，另外又允诺他从投降的百姓中可以挑选三十名美女为妻。
对蒙力克老人，成吉思汗把他封为第一号万户，并且当众赞扬他道：“你自我小时就保护、帮助我，立下了许多大功，特别是王汗和桑昆以结亲为名骗我去的时候，你劝阻了我，使我免于沉入深渊，坠入烈火。”
为了表示对老人的尊重，成吉思汗特在自己座位旁边设一位子，或一年，或一月，请蒙力克坐在那里共议军国大事。
为了鼓励部下多提建议，敢于劝谏，成吉思汗还特别分封了四位直言敢谏的人——忽难、阔阔搠思、迭该、兀孙老人，并表彰道：“他们四个人，凡是看见的不曾隐瞒，听见的不曾隐讳，凡是他们想到的，从不埋藏在心里面，而是直面告诉我。”
成吉思汗分封他们专做谏官，他对忽难道：“你在黑夜里像凶狠的野狼，白天像粗暴的乌鸦，迁移时不遗一物，留守时决不移动，对于敌人冷若冰霜，在仇人面前不为私利动心。”
成吉思汗封他为管理格尼格思的千户，并且任命他为代管大汗长子术赤所属百姓的万户，实际上是辅佐皇子的“王傅”。
对于兀孙老人，成吉思汗任命他为“别乞”，这是对氏族首领的尊称，后演变成宗教领袖，允许他“穿白色的衣服，骑俊白的骟马，坐在众人的上座，评讲年月里的吉凶祸福”。
当年，札木合、王汗都知道成吉思汗身边有“四杰”、“四狗”、“二勇将”之说，成吉思汗也确曾说过这么一段话：“忽必来，你与者勒蔑、者别、速不台，有如四条猛犬，听我发令指示，无坚不摧，无险不破，深水不能阻挡，所以每次厮杀，皆教你们做先锋；而博尔术、木华黎、博尔忽、赤老温四杰在我左右；又有术赤带、畏答儿二人立我之前，我就十分放心了。”
这次分封时，畏答儿已经牺牲在前了，成吉思汗仍追封他为千户，让他儿子继位。
对术赤带，成吉思汗也封他为千户官，命令他管理兀鲁兀地方四千户。为了表彰他的功绩，成吉思汗又把自己的次妻亦巴合赐给他为妻，也能看出时对他的重视了。
当时，成吉思汗借口是在恶梦中惊醒过来，说是由于亦巴合睡在他身边的原因，上天托梦于他，令他把亦巴合让给别人为妻。
其实，这里有一段微妙的故事哩！
一天，成吉思汗的长子术赤去母亲孛儿帖帐中有事，回来路过亦巴合的帐房前，不由得便想去看看她。
亦巴合与莎儿合里塔姐妹俩，全是王汗的弟弟札木合敢不之女，攻打王汗时，她们两姐妹一起成了俘虏。成吉思汗见亦巴合姿色出众，便留作自己的次妻，妹妹莎儿合里塔面貌平平，年龄也小一些，就给幼子拖雷为妻了。当时，术赤早已看中亦巴合，只是怯于父亲的威严，未敢当面提出来。
在当时的蒙古，父亲死后，儿子妻后母是正常的习俗，父亲活着，也有儿子与后母间通奸之事，屡见不鲜的。
这工夫，术赤便一头撞了进去，只见亦巴合独自一人在床上躺着歇晌，便回身关紧帐门，向床边走去。
由于亦巴合刚来到成吉思汗大营，对术赤还不认识，一时紧张得从床上下来，问道：“你是什么人？胆敢走进大汗妻妾的营帐？”
术赤对她说道：“你别害怕，我是大汗的长子术赤。”
亦巴合听后，忙着去衣架上要取罩衣，因为她这时只穿了很短的内衣在休息。
术赤已看出她的心意，急忙走过去，拉住她的手，对她说道：“别去拿了，就这样好……”
说着，便把她拉到自己怀里，说道：“自从上次我见到你时，就喜欢上你了，因为被父汗留你在这里，我……”
一番云雨过后，聪敏的亦巴合立即提醒道：“你已达到目的，应赶快离开，若是被你父汗知道，我的性命必定难保，你……快走吧！”
术赤的头脑才冷静下来，又与她温存一会，才整好衣服，恋恋不舍地走出了大帐。
可是，术赤刚走出大帐，成吉思汗从相反方向正往亦巴合的大帐走来，他立刻看出那是自己的长子术赤。
此时，术赤已经十八岁了，并长成一条魁梧的大汉，成吉思汗心生怀疑，便走进大帐。
他见亦巴合穿着内衣短裤，心中已明白了七分，因为是自己的儿子，又不好发火，便装作无事的样子。
后来，成吉思汗认真想了几个晚上，便决定借恶梦之中，上天传话等，把亦巴合赐给了术赤带，还振振有辞地对亦巴合说道：“我不是嫌你无德行，也不是认为你容貌不美，你是曾经在我怀里，在我枕伴脚旁，被我爱过，列入妻子次序的，是住在斡儿朵里的夫人。现在，我要把你赐给术赤带，这完全是为了奖赏他的功绩。我常想，术赤带在厮杀时做我的挡箭牌，遇到敌人他成为我的屏障，他能把分散的队伍集合到一块，还能使已经溃败的军队团聚起来。因为他有些功劳，我只能把你赐给他，所以请你能体谅我的苦心。”
接着，成吉思汗开始分封他的“四狗”为千户，并赞扬速不台等四员大将说：“你们四人曾为朕压强者之颈，劲者之臀而使之不得动弹。每当争战之日，只需朕一声号令，你们便勇往直前，所向披靡，破敌有如坚铁之岩石，断敌湍急难涉之深水。”
成吉思汗说到这里，情绪激动，又提高声对众人说道：
“无论敌人如何强大，兵力如何众多，只要有他们四人立于阵前，朕即可心安神定，对敌人毫不畏惧的。”
成吉思汗就这样一一点名，表彰他的众多的有功之臣，所有被他点到的将领，他都首先赞扬一番，历数其功绩与贡献，然后再给予封赐，使会场里不时爆发出欢呼声。
分封功臣之后，成吉思汗回到母亲诃额仑的营帐里，恰好孛儿帖也在这里。
成吉思汗对母亲道安问好之后，诃额仑指着一边的座位对儿子说道：“你现在是全蒙古的大汗，治国当然很重要，治家也不可忽视啊！你那四个斡儿朵里的女人也该有个分封，让她们知道自己的贵贱、尊卑的身份。”
成吉思汗听了，立刻说道：“是呀，母亲教训得对！对斡儿朵里的这些人也要给她们定个名份。不过，没有母亲的指示，我怎敢对她们……”
这会儿，未等诃额仑答语，孛儿帖却道：“大汗这话说得也就奇了，那些女人的来历母亲根本就不知道，这工夫大汗让母亲怎么先拿出分封的旨意呢？”
孛儿帖这话里的醋意，成吉思汗怎能听不出来？他不由得瞪了一眼自己的这位原配夫人，又看着母亲的脸色，只得解释道：“那都是在紧张的战争时日里……”
诃额仑不愠不怨，不紧不慢地说道：“如今，你当了大汗，身边多要几个女人，