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熊廷弼决定这一次出兵，一定要把朝廷失去的面子重新争回来，让天朝的威风再次得到展现。熊廷弼连夜写了一本奏章，呈给万历皇上，心才安下来。
刚睡下不久，天已五更时候，遂穿衣起床，带了十八万人马，匆匆向山海关进发。
这位有胆有识的熊廷弼，在他这套以防御为主体的作战计划里，说得言辞恳切，情感真挚，既有聪睿，又有忠心。
可是，这份奏章却落在了太监手里，不送给万历皇上看，被作为垃圾处理了。
熊廷弼领着兵马，一路上辛辛苦苦，风餐露宿，由于他对待士兵温厚和气，常常嘘寒问暖，丝毫没有做官当老爷的架子，以致赢得士兵们的信赖，即使辛苦，也无怨言，都说熊经略“爱兵如子”。
队伍刚出山海关，探马又送来努尔哈赤占领铁岭的消息。
熊廷弼忧心如焚，立即催马疾进，日夜兼程，眼看沿途逃难的百姓，扶老携幼，哭爹喊娘，凄凄惨惨，十分可怜。那些逃难的百姓，一听说皇上派天兵来了，都虔诚地跪在路旁，请求救助。此情此景，熊廷弼见了，在马上再也坐不住了，急忙跳下马来，用好话去抚慰他们，劝他们重新回到沈阳去。
难民们见到这位巡抚能体恤民情，十分高兴，便随军前行，各自返回家园，甚至开小差的逃兵，也折回头重新返回营地。
七月二十九日，熊廷弼的兵马到达明朝在辽东的治所——辽阳，展现在他面前的，是一幅残破凋敝的画面。
他先到驻军处一看，其零落不整，腐败不堪的情景，犹如一群讨饭花子，哪像是军队？
次日，熊廷弼委任李怀信为辽东总兵官，命令他抓紧整治军队，不得有半点拖延，如有违命者，立刻斩首。
为了整肃军纪军风，将那些故意怠慢不进、临阵脱逃的将领、逃兵带来。这些人跪在熊廷弼面前，张口结舌，无话可说。熊廷弼一见，火冒三丈，那些人吓得一个个两腿乱颤，有的哀求饶命，有的推委责任，熊廷弼一听，怒上加怒，请出尚方宝剑，一声断喝：“拉出去，砍了！”
接着，熊廷弼又以辽东经略的名义颁发了几张布告，晓谕百姓们安心生产，照常经营，不必惊慌。若有私造谣言，扰乱人心的，一经查到，立刻严惩不贷！
经过这次整治，满城军民，人人慑服，个个感恩，人心大快，混乱局面大有改观。
但军需将官陈伦贪污军饷，致使军库房无兵器、粮库无粮，马房无草料，严重影响了军队作战。
这陈伦原是总兵府里一个下级军官，只是因为他有一个长得俏丽的妹妹，被杨镐相中了，娶作他的第七房姨太太，杨镐提升他为军需官。陈伦依仗杨镐权势，贪污军饷，克扣钱粮，连马料也送到街上出售，弄得议论纷纷。如今杨镐出事了，他还恶习不改，大家实在气愤不过，才到熊廷弼处告发他。
陈伦抵赖不掉，只得如实招供。熊廷弼将其拉去砍头示众了。
熊廷弼来到辽东，通过一系列措施尤其是整顿了军纪，抓住了根本，得了民心，更得了军心，赢得了一片叫好声。
为了防备努尔哈赤对辽沈用兵，熊廷弼亲自到校场训练兵马，日日操练；制造战车火炮，修理火器；对沈阳、辽阳的城墙加固，并在城外挖掘深沟壕堑，放入河水，使后金骑兵无法靠近城墙。
时间不长，熊廷弼打造宗边大炮数百尊，百事炮数千尊，三眼枪七千条杆，盔甲四万五千余副，枪刀、锐叉二万四千余件，火箭四十二万余支，双轮战车五千余辆等。
为了慰问守城将士，熊廷弼派佥事韩原善前往沈阳，他却多方借口，不愿去，主要原因是害怕后金兵来袭。又改派佥事阎鸣太前去，此人到了虎皮驿，听说八旗兵来了，吓得恸哭而回。
于是，熊廷弼不再派人，亲自躬行，去巡视各地。他先到了虎皮驿，又去了沈阳，然后趁着一个风高之夜，只带将士数百人，大模大样地进了抚顺城。
这里原是辽东的一块繁华之地，经过这场战争的浩劫，在努尔哈赤的焦土政策之下，被毁成一片废墟，周围数百里内杳无人迹，令人不胜感叹！
离开抚顺后，熊廷弼带着随行人员，又到奉节巡示。他每到一地，立即召集流散的百姓难民，劝告他们安居乐业。
自努尔哈赤袭破抚顺城，至夺占铁岭城，只有一年零三个月的时间，辽东形势急转直下，在熊廷弼短时间治理后，守备周密，功绩卓著。
努尔哈赤在攻占开原、铁岭之后，想把兵力由辽南转向辽沈腹地。接着，努尔哈赤为部队的行动定下了基调：
“鉴于熊廷弼的防御为主策略，改变全力进攻辽东的兵力部署与计划，短期内以小股兵力，进行袭扰性的试探。”
这一年的八月，努尔哈赤带领诸贝勒、大臣，带兵卒万余人，围击懿路、蒲河，兵临沈阳城下。
熊廷弼得到消息之后，从辽阳领兵来救，与城内明军内外夹攻，八旗兵马损失惨重，退回灰山，不久，撤回界凡城。
这次出师不利，努尔哈赤十分恼火，将十几名将领捆绑起来处罚，连大臣额亦都也自缚请求处分。
九月份，努尔哈赤又派莽古尔泰领兵进入懿路、蒲河两地掠抢粮食，被贺世贤领兵追杀数十里，斩杀旗兵三十九人。
虽然努尔哈赤频繁地派兵袭扰辽沈地区，但多是小股，往往是小败，或是小胜，一直没有大的军事行动，这是努尔哈赤采取的试探性进攻。
于是，他明显感觉到熊廷弼的整顿军队与防备，卓有成效，不得不改变原来的进军计划，决定等待时机，来达到自己的战略目标。
正当熊廷弼整顿辽东，收效明显的时候，皇帝的圣旨便已经送来了，把他革职还乡，说他胆小怕死，按兵不动。
熊廷弼听了圣旨上宣喻他的过错，只是一笑置之，急忙卸了兵权，匆匆回京覆命，明知是那位九千岁所为，也只好叹口气走了。
新任辽东经略袁应泰，本是进士出身，虽然“历官精敏强毅，用兵非所长，规勇颇疏。”因他是一个文官出身，不懂兵法武备，怎能与那文韬武略的熊廷弼相比哩！到任以后，袁应泰一改熊廷弼的部署，撤换将领，安置亲信，引起军心混乱。
熊廷弼在辽时，部武整肃，法令严，守御为主。袁应泰正与之相反，他宽纵将士，无法令约束，军纪很快松驰下来。
袁应泰不顾明军的实际情况，制定谋取抚顺的计划，时间不长，熊廷弼好不容易稳定下来的辽东局势，一乱而不可收。
但是，朝廷里的那一群大臣，他们不明辽东的真相，反说袁应泰有进取之心，不像熊廷弼那般保守，在任一年多没有收复辽东一城一地，赞颂袁应泰颇有壮志。
这时候，恰逢蒙古闹饥荒，那些饥民成群结队入塞乞食。
袁应泰见了，动起恻隐之心，命令士兵准许灾民前来乞食，并大量收降蒙古人为兵卒。
袁应泰的这一作法，又为努尔哈赤派遣“奸细”提供了机会，于是后金的间谍大量地混入明军之中，袁应泰还在鼓里被蒙着，全然没有一点察觉。
努尔哈赤经过一年多的耐心等待，向明朝进军的机会，随着熊廷弼的离职，袁应泰的到任，终于到来了。
努尔哈赤紧紧抓住明朝皇帝交替，辽东经略易人，军心涣散，边防紊乱的有利时机，向辽沈大举进兵。明兵去支援。“
会后，努尔哈赤又作充分准备，命令抓紧修造攻城用的爬山虎、云梯、战车等。
又把行宫从界凡城迁到萨尔浒，并在那里大兴土木，建城池，营建军民房舍。
天启元年（1621年，天命六年）三月初十日，努尔哈赤率领雄师猛将，倾后金国之师十万余人，带着大量的木板、云梯、战车等，顺浑河而下，水陆并进，向沈阳进发。
为了扫除攻占沈阳城的障碍，努尔哈赤派遣四贝勒皇太极领兵马五千人，去攻打虎皮驿。同时，他又派三贝勒莽古尔泰带兵马五千人，去攻打奉节堡。
三月十二日，努尔哈赤带领大队人马，兵抵沈阳城下，只是派出小股兵力，沿城进行突袭性的侦探，等待前锋军攻打虎皮驿和奉节堡的消息。
虎皮驿守将梁仲善，见努尔哈赤派兵来攻打，又听探马来报，奉节堡也同时被围，沈阳城已被围得水泄不通了，心中想道：“这小小的虎皮驿怎能阻挡得住后金的铁骑，不如先用大炮猛轰，到了夜里，悄悄出城，往辽阳撤兵，也许还能保住性命。”
想到这里，便吩咐城头大炮猛烈轰击后金兵营，四贝勒皇太极急忙命令大将嘎盖领一千骑兵到南门外扎营，伺机围歼。
等嘎盖走后，皇太极严密监视城里动向，认为明军也可能从西门逃出，往辽阳方向跑。眼看天色已晚，皇太极忙令八旗士兵早吃晚饭，准备夜里厮杀。
梁仲善亲自登上城楼观看，见南门、西门外均有后金兵马，北门与东门空着，若从东门逃出，路途较远，还是从西门合适。
想定之后，约在二更多天，他让副将徐世行领五百士兵守城，自己领着一千多骑兵从西门悄悄出城，来到后金营前，大喊一声，一齐杀将进去。
不料营内空无一人，梁仲善心知中计，慌忙命令撤出，忽听四周呐喊声暴起，随着喊声过后，四面乱箭齐发，人马纷纷倒下。 他急忙领着骑兵向外冲去，迎头一员将领挡着去路，梁仲善不敢恋战，只斗了两三回合，拍马便逃，幸亏夜色漆黑，他仗着路径熟悉，终于冲出八旗兵的包围。
天亮之后，梁仲善已跑出数十里程，见身后只有骑兵三百余人，这时候，奉节堡方向喊杀声依然很大，知道那里还在打着，不知守将李秉成能不能突围出来，一路想着，往辽阳驰马奔去。
四贝勒皇太极见明将逃跑，只领兵追杀一阵，便重又回到城下，佯骗徐世行登上西门城楼，并趁机杀了徐世行。然后，收编了城上的守军，出城往东北方向的奉节堡驰去。
三贝勒莽古尔泰领着人马来到奉节堡城下，便从北门攻打。
前些日子在攻城战斗中，这位三贝勒也积累了一些经验教训了，这次攻城前，只派了五百旗兵，用云梯攻城。
莽古尔泰自己则领着一支弓弩队伍在后面为其掩护，于是城上的守军在抛打滚木、礌石时，被后金的弓箭射死不少。
经过半天的厮杀，城上的守军已很疲劳，守将李秉成便命令炮手发炮，想在突围前多杀伤旗兵，夜间逃跑时遇到的阻力会小些。
当夜三更以后，李秉成领着一千多人马，悄悄出了南门，往辽阳方向逃跑。
三贝勒莽古尔泰正睡着，探马忽然来向他报告李秉成弃城逃跑的消息。
莽古尔泰急忙领着兵马，尾随着李秉成逃跑的方向，追杀而去。由于八旗的铁骑跑得快，大约追到二十里路远时候赶上了明军，李秉成不敢恋战，只得拼命往前跑。
正在这时，前面又来了一支后金兵马拦住去路，原来是四贝勒皇太极的旗兵赶到了。李秉成一见，吓得不知怎么办了，后有追兵，前有拦截，若想逃出去，只有拼杀出一条血路了。
于是，他手举大刀，迎着八旗兵的拦截，冲击过去，顿时把毫无防备的旗兵冲得七零八落。
两个贝勒兄弟会师之后，便合兵一处，向他们的父王努尔哈赤报功去了。
明朝的哨兵于三月初十日的晚上，发现后金的大队兵马向沈阳开来，便将建在山顶上的烽火台点燃了，顿时浓烟滚滚而上。
烽火台上的烟一出现，不仅沈阳城里的守将贺世贤、尤世功两个总兵官知道了，连辽阳的袁应泰经略也得到了消息。
这沈阳城，对明朝来说，虽不如辽阳重要，也是辽东重镇之一，一直被作为辽阳的“藩蔽”而受到重视。沈阳城高池深，明朝把它誉为一座“坚城”。
为了保住这座城，使它发挥对辽阳的护卫作用，几年前曾经过一番加固。在城外挖深壕，用大木头立为栅栏。在靠近城墙的地方，挖壕两道，各宽五丈，深二丈，壕底埋下光木桩。在壕的内侧，即接近城墙的一则，再构筑马墙一道，间留炮眼，排列战车、枪炮。在大壕外边，挖了一道道沟堑，设下陷阱，井底插上光木桩，上面铺上秫秸，掩上土。城外这套复杂的工事，专是用来对付后金骑兵的，并能阻止步兵及其攻城器械接近城下，若是不了解情况，准会吃亏的。
努尔哈赤得到虎皮驿、奉节堡已被拿下的战报之下，于三月十二日早晨，指挥八旗兵马进抵沈阳城郊。
从侦探那里，努尔哈赤得知沈阳防守甚严的消息，便没有轻举妄动，吩咐军队驻守在城东七里的王家湾，用大量的木板搭成栅营。
沈阳城守将尤世功，