翟风翀对守将邹储贤说道：“这清河城地势险要，易守难攻，它四面高山，左近沈阳、右邻云爱阳，南面是辽阳，北迎是宽甸。一旦有战事发生，明军从四面都可来救。清河城只有一条路通向鸦骨关（在今辽宁省新宾县西南三道关）。因此，鸦骨关是清河城的屏障。”
守将邹诸贤说道：“鸦骨关在清河与赫图阿拉之间，并且距离赫图阿拉较近，此关易攻难守。”
翟风翀一听，立刻说道：“能派一员上将守住鸦骨关，清河城就安然无恙；一旦这鸦骨关失守，清河城将变为海中孤岛，飘飘摇摇的孤岛能守得住么？”
但是，邹储贤有自己的看法：“当前，清河城守兵不足一万人马，再分兵到鸦骨关去，势必会分散兵力。”
未等他说完，翟风翀有些不耐烦地说道：“鸦骨关守住，清河城才有易守难攻的地利；鸦骨关失守，清河城就变为易攻难守了——地利的优势，将转变为劣势了。”
但是，邹储贤却固执己见，没把翟风翀的话放在心上。御史翟风翀临离开清河前，再三向邹储贤叮咛道：
“一旦有战事，你若孤守清河城，准会面临绝境；要是在鸦骨关以重兵防守，与敌作战，清河城将万无一失！”
可是邹储贤不以为然，他用四个月时间，对清河城进行加固工程，并在城上布列火炮、火枪、铅子、铁弹子等武器。
翟风翀临走前还嘱咐他说：“建酋若来侵犯，还要设伏于城外的山间小路，或是在山间驻扎一军，以牵制敌兵，万万不可拥兵于城内，束手待毙。”
邹储贤将翟风翀的良言置于脑后，为努尔哈赤攻打清河城造成有利的形势。
在同年七月二十日，努尔哈赤率领众贝勒、大臣，统领二万多兵马向清河城进发，当天就把鸦骨关包围起来，兵马直抵清河城下。
努尔哈赤兴奋地对部下说道：“明代皇帝派这样的人来守城，焉能不败？”
范文程听后，笑着说道：“都说邹储贤是一员猛将，现在看来，他徒有虚名。若是他在鸦骨关有重兵把守，咱的军队插翅也难飞过！或是在清河城外设兵埋伏于山间小径，对咱们也极为不利。”
努尔哈赤听后，心中有些不悦，但是他马上转脸看着范文程，哈哈大笑不止，然后说道：“在明朝将领中间，像范先生这样的人才，能有几人？”
范文程顿时闹个大红脸，立即低下头去，有些难为情似地，不再说什么了。
清河城守将邹储贤，见到努尔哈赤的兵马很快包围了鸦骨关，大军直抵清河城下，立即命令关闭城门，准备死守。
他的副将张旆与守堡官张云程私下里说：“鸦骨关且不说了，若在城外的山间小路上，埋伏两支队伍，拦腰打击后金兵马，使其首尾不能相顾，准能使其损失不小，如此好的地利却置而不用，令人不解！”
努尔哈赤的兵马刚抵城下时，张旆向邹储贤请求领兵出城，说：“在鞑子兵马立脚未稳之时，突然打击他们一下，准会收到良好的战果！”
邹储贤拒不听从，坚持不准出战。张云程也竭力劝道：“兵法上说：”敌驻，扰之也。‘张副将的意见请将军考虑。该让他带兵出城……“
邹储贤不予理睬，反而不耐烦地说道：“不要再说了，咱们齐心合力，守城吧！”
这位邹储贤将军真是铁了心，什么意见也听不进去，决心死守清河城，与城共存亡！
那天，出城刈草的的军卒，听说后金的兵马来了，急忙奔回城下。但是邹储贤不予开城门，不让他们进城，结果数百名士兵无路可走，只得四散奔逃。大部分被后金兵捉住杀了，这事在明军中影响极坏。
邹储贤率领守军七千余人，利用城上设置的众多大炮以及大量的滚木、礌石、弓箭等据城设防，决心死守清河城。
万历四十六年（天命三年）七月二十一日清晨，努尔哈赤立即传令各旗兵马，将清河城包围起来，刹那时间，一座偌大的清河城被围得水泄不通。
努尔哈赤命令士兵喊话，让邹储贤出城说话，喊了好长时间，邹储贤不予理睬。最后，他立于城头，对努尔哈赤说道：“有什么好谈的！无非你要俺投降，绝对办不到！”
努尔哈赤仍不死心，又劝说道：“俗话说：”识时务者为俊杰‘。明王朝气数已尽，你还保它干啥？你归顺了后金，前程似锦，有何不好？何必自寻死路？“
邹储贤听了，义正辞严地说道：“你算什么东西？俺是泱泱天朝的大将，能向你这个野人鞑子投降？俺誓与清河城共存亡，你别痴心妄想了！”
努尔哈赤气得满脸胀红，说道：“这人不识时务，只有以武力相拼了！”
说罢，立刻下令攻城，眨眼之间，角螺齐鸣，八旗将士争先恐后，有的冲到城下登云梯，有的向城上放箭，喊杀声如雷霆万钧，在山间谷地回荡着。
邹储贤亲临城头，指挥守城将士，据险防守，对准后金的攻城旗兵连续开炮，与此同时，用滚木、礌石一齐打下。那些如雨点一样的石块、木头，自城头打下来，与飞鸣着的炮弹，一齐打在八旗兵中，使后金兵马死伤惨重。
但是，努尔哈赤亲自在后面督战，后金兵将只得冒死进攻；八旗兵们一向是有进无退的，结果死伤更多，尸首遍地狼藉。
努尔哈赤看得清楚，只得退兵回营。这是第一次猛攻的惨败。
回到营里，努尔哈赤耐心听取各方面意见，便决定改变策略，由近攻改远围。
努尔哈赤善于利用将士的激烈情绪，向大家鼓动道：“朕是奉着上天的旨意，来讨伐有罪之人，八旗兵是不可战胜的，清河城必破，邹储贤必将死于八旗的铁蹄之下！”
在努尔哈赤的鼓动下，八旗将士奋不顾身地冲去，他们冒着隆隆的炮火，顶着飞迸的弹片，继续搬云梯攻城，勇猛地前进。可是，后金的士卒死伤太多，从努尔哈赤的兵营到清河城下，在这段不足半里的战场上，尸积遍地，血流成河。
努尔哈赤见此情景，只得命令暂停攻城，让八旗将士回营休息，自己也觉得有些疲累，也就与范文程回到帐里去了。
再说清河城里，由于后金兵马攻势凌厉，从清晨连续强攻，在邹储贤等将领指挥下，全体守兵顽强反击，已经八进八退，此时已是满天星斗，打了满满一整天了！
邹储贤见后金兵马又被打退了，在这难得喘息时间里，他及时召开头目会议，说道：“从清晨打到天黑，咱们已八次打退努尔哈赤的进攻了！八旗的士兵，至少也被咱消灭了好几千人，这是一个不小的胜利！俺知道，大家都很累，但是在这生死存亡关头，不能有丝毫麻痹大意啊！努尔哈赤怎肯干休？这个鞑酋一向好偷袭，若是借着夜色来攻城，怎么办？咱们可不能学李永芳，咱们活着是大明的臣民，死了也要当大明的鬼！除此之外，再无他路了！”
邹储贤的字字句句如重锤，敲击着每个将士的心，大家都不说话，但是都在想着守好城，都不愿做大明朝的叛臣贼子！
之后，邹储贤又派专人到城里居民中宣传，要求每个有战斗能力的人，都来积极参加守城，支持守城的将士，决不做汉奸！
经过这一番激励，城里的抗敌情绪又高涨起来了，城里百姓中来了很多青壮年男子，邹储贤把他们分别各个接领管辖之下，充实了守兵的队伍。
且说努尔哈赤与范文程在帐里休息，怎么也睡不着，努尔哈赤有些沮丧地说道：“如此强敌，八旗士兵伤亡太重，这样的攻城方法，必须改变才行。”
范文程听后，立即提出自己独道的见解：“请陛下考虑一个问题：邹储贤所以能阻止咱勇猛的八旗兵的进攻，靠的是什么？”
努尔哈赤立即说道：“邹储贤依仗他的大炮，还有滚木、礌石呀！”
“不对！陛下没有说对！”范文程见努尔哈赤一愣，接着朗声说道：
“邹储贤靠的是那一圈坚固的城墙！”
努尔哈赤听了，又是一愣，立即问道：“那么，依先生的意见，攻城应如何进行？”
“依臣之见，咱趁着这夜色的掩护，把那城墙掏开一个缺口……”
未等范文程说完，努尔哈赤连拍脑门子说：“朕这头脑就是没有范先生的好使，看来还是读书人脑子灵活呀！”
他一边说，一边坐起来把众贝勒、大臣们喊来，商议扒开城墙缺口的办法……
讨论来，商议去，最后还是皇太极的办法可行，他向大家说道：“让士兵头顶木板，冲到城下掏洞，另派一队强弓硬弩在离城不远处掩护他们。”
努尔哈赤又补充道：“也可用咱们传统的手推板车，推着前去，士兵们躲在木板下面的车厢里，安全又便当，不是更好么？”
大家都赞成这方法，于是都忙着去准备木板、板车和铁锹等工具去了。
且说清河城里守城将士们，眼看着后金兵马不来攻城，便渐渐松懈下来，加上一天的拼杀疲劳，再也忍受不住瞌睡的袭击，一个个终于沉沉地睡去了。这就给八旗兵造就了一个良好的机会。
他们发现东北角城墙下面的土潮湿，便于挖掘，于是便集中人力去挖东北角的城墙。
约在四更多天，东北角的城墙下面居然被掏通了，又把掏通部分向两边延伸，总有两丈有余，皇太极伸手推了一下，那城墙便晃了一下，他心中大喜。
此时，努尔哈赤已吩咐八旗兵马，作好从缺口冲进去的准备，只待一声号令了。
努尔哈赤向皇太极猛一挥手，只见这位皇八子领着数十名八旗兵，用力猛推那一截城墙。
忽听“轰隆！”一声，那一截墙根被掏完了的城墙，全倒了！城上的守将与士兵们，吓得连声喊叫：“城墙倒了！后金兵马杀进城了！”
他们这一声喊叫，更给八旗兵帮了大忙，城上的守兵在睡梦中被惊醒，来不及站起来，就被冲上城去的后金将士砍死了！
面对那么大的缺口，努尔哈赤指挥八旗将士，闪电一样冲杀进去，谁又能阻止得住？
他们手执大刀，风驰电掣似的，一阵砍杀，城里的守军被杀得晕头转向，溃败不堪，只得四下逃窜，死伤无数。
邹储贤一见，心知城已守不住了，便飞跑回府，把一家老小全关在一间屋里，点上火，都烧死了。
此时，后金兵马已满城里追杀守城将士，邹储贤上马提刀，杀入八旗军中，连续杀死多人，忽见李永芳也在挥刀砍杀，当即骂道：“你这汉奸卖国贼，必将不得好死！”
刚骂完，大贝勒代善赶来，立即向弓箭手命令道：“把那个死硬家伙邹储贤立即射死！”只听弓弦连响，“叭！叭！叭！”
在乱箭之下，邹储贤的身子晃了几晃，两眼还瞪了李永芳一会儿，才倒了下去。守城的副将张旆，也与八旗兵马混战之中，死于乱刀之下。
守堡官张云程，领着残余士卒在城里坚持巷战，直到士兵全部战死，他才与皇太极又拼杀了好几十回合，终因疲劳过度，被砍下马来。
直至二十二日清晨，城内尚有明朝官兵四千多人，居民五百多家，与冲进城里的八旗兵展开巷战。
因为八旗兵不识路径，被杀伤众多，残余的明兵与百姓们合在一起共同对抗旗兵，直杀得尸塞街道，血流满地。
清河城终被攻破了，被杀军民近万人，而八旗士兵也伤亡了八千多人。
为了防止明朝军队再来占领清河城，努尔哈赤发布命令，将清河城全部拆毁。又把三岔堡到孤山堡一带所有的房屋，尽行焚毁。经过努尔哈赤这种拆毁、焚烧之后，从清河城到抚顺关一带，明朝军队再无立身之地。
之后，努尔哈赤又下令，收取各地窖中的谷物，全部运回都城赫图阿拉。对田中的青苗，都纵马牧放，造成了五、六十里之内不见人烟。
清河城一战，是后金与明朝两军攻守战中，表现最为剧烈的一次廛战！
虽然努尔哈赤出动了八旗劲旅，仍然损失惨重；明朝军队所表现出来的战斗力，使努尔哈赤及其众贝勒、大臣们极为震惊，尤其在八旗军中产生了重大影响。
清河守城有法，官兵抗战志坚，居然没有一兵一卒投降，连后金的士卒也由衷赞叹。
明朝的抚顺等三城被努尔哈赤攻陷之后，又失去了清河城，引起了整个辽东震动，对京城的影响更大，朝野上下，一片惊慌。这时候，明廷的征兵虽然缓慢，但也初具规模了。
为了鼓舞士气，动员一切力量征伐后金，万历皇帝不惜以二十万金，犒赏官兵。为了进一步配合出师，皇上又提高赏价，明廷大行悬赏捉拿活动，诏告天下说：
若能有生擒努尔哈赤或是斩其头来献的，赏给白银万两，晋升为都指挥。