继张居正而任首辅大学士的张四维、申时行，目睹张居正生前的宠荣和死后的受辱，自然再不敢以张居正为榜样。因此，曾经以才干受张居正赏识的申时行，深知伴君如伴虎的道理，吸取张居正的教训，一方面顺从皇帝，一方面用诚意打动整个文官政府。一句话，申时行是一个典型的和事佬。这位来自富饶的苏州府长洲县的嘉靖四十一年（1562）状元，正如他的字“汝默”一样，力求清静，但也被人视为“首鼠两端”。他在任上，开创了两项很恶劣的先例——章奏留中和经筵讲义的进呈，他也因此被人批评为要为神宗的“荒怠”负责。章奏留中，就是皇帝对于大臣们送上来的奏疏不予理睬，放在宫中，既不批示，也不发还。经筵讲义的进呈，就是皇帝不需要参加经筵，经筵讲官们只需要把他们的讲义送到宫中就可以了。这两件惯例的养成，就彻底地切断了皇帝与大臣们交流的渠道。其实，要让申时行为神宗的荒怠负责，无疑是不公平的。皇帝既要亲政，大臣们就应当无为；皇帝既要无为，大臣们就更应当谦逊地表示顺服。这才是神宗的心态。从某种意义上来说，神宗从他的祖父那里隔代遗传下来的，除了自大心理之外，还有乾纲独断的心态。神宗是一个权力欲极重的人，而且，与他的父亲不同，他不是一个平庸的君主。实际上，万历一朝的大事，如万历三大征，还都是在神宗的布置下进行的。所谓万历三大征，是指在东北、西北、西南边疆几乎同时开展的三次军事行动：平定啺菖崖遥辉秸黄蕉ㄑ钣α驯洹�
啺菔敲晒坯谗安咳耍尉改昙渫督得鞒呓Ｓ。罄垂僦聊母弊鼙Ｍ蚶吣辏�1589），啺菀愿弊鼙率恕６訂承恩袭为指挥使，充巡抚门下旗牌官。啺菟较吕镄钛艘慌停槌梢恢Р酝肪骶聿徽陀蟹磁阎摹Ｍ蚶辏�1592）二月，啺萦虢嵋逍值芰醵狈⒛眩蹦难哺У耻埃扇プ鼙盼业挠⌒拧Ａ醵匀巫鼙瑔承恩为副总兵，啺菸敝鳎镀旆磁眩笸颊季菽模晕桓龈罹菡ā５笔保⒍杂诿晒诺念棵艺咭虬炒鸷怪溃ソナЭ亍拜勾结河套的蒙古骑兵，企图联成一气。明朝总督魏学曾一方面切断河套的蒙古骑兵与啺葜涞耐ǖ溃环矫嫖ё∧摹Ｔ诔⒗畛闪赫蚴亓啥募凸κ唬褡诿蟪几飨灼脚阎摺５笔钡谋可惺槭翘岢龅姆桨甘蔷蚩坪又蹋曰坪又嘌湍某牵颉耙怀侵司∥惚睢保挥访饭逋萍鲈巫鼙畛闪呵巴脚眩桓仕嘌哺б睹涡芮朊衷簟Ｉ褡诤罄炊杂谌址桨妇谷欢寄芙邮埽环矫婷睹涡芨细澳模灰环矫婷畛闪撼稣髂摹＠畛闪旱笔痹诹啥忝渥永钊缢汕巴Ｉ褡诨瓜旅图┠脝拜等人。到了六月，宁夏城外已经有魏学曾、梅国桢、叶梦熊、李如松等数支大军，由魏学曾统一调度。但是，魏学曾束手无策，力主招安。这让神宗大怒，以为堂堂天朝竟然奈何不了些么小丑，成何体统？七月，神宗在接到监军御史梅国桢的军情报告后，果断地以叶梦熊取代了魏学曾，并将魏学曾逮回京城，并直接部署：“决（黄河）水灌城之谋，毋得异同误事。”既然最高当局已经下令灌城，前方的将领自然再无异议。于是，当初在反对俺答封贡中似乎没有多少远见的叶梦熊，这时显得非常有胆略。他在七月十七日之前，围着宁夏城筑了一道长约1700丈的长堤，将宁夏城围成一个水泄不通的池塘，然后掘开黄河大堤，向宁夏万历十八年绘《河防一览图》城灌水。八月，城中粮食短缺。同时，李如松击败了从河套来援的蒙古骑兵。九月，明军攻破宁夏城南城。但是，叛军退据的大城依然易守难攻，明军的攻势受挫。这时，一个名叫李登的卖油郎，挑着担子在街上边走边唱：“痈之不决，而狃于痏（wěi）；危巢不覆，而令枭止。”监军梅国桢将他请入营中，让他带着三封书信去见喅卸鳌＠畹酋艘蛔悖挂谎郏诼飞细揪筒槐蝗俗⒁狻Ｋ环庑沤桓鴨承恩，劝喅卸魉担骸鍪嫌泄τ诔ⅲ嗑钗上В缮绷醵宰孕В唤幼牛畹怯秩ゼ肆醵⑿沓八撬担菏茁沂恰鍪希喝耍慰啻耸芄空飧隼爰浼乒怀晒Α＞旁率眨醵蓖廖男悖幼牛瑔承恩杀刘东、许朝，投降明军。九月十八日，明军进城，剿灭了啺莸牟酝肪瑔拜自杀。喅卸鞯热吮谎航饩┏恰Ｖ链耍钠蕉ā�
援朝之战，也是始于万历二十年（1592）。这一年，日本关白丰臣秀吉派小西行长等人领兵20万从釜山登陆。沉湎享乐的朝鲜国王根本就无法抵御，只会频频遣使向明朝求救。消息传来，神宗立即做了三项准备：一，令兵部向朝鲜派遣援兵；二，命辽东、山东沿海整顿军备，小心戒备；三，如果朝鲜国王进入明朝境内，择地居之。但是，当时的兵部尚书石星，确是无能之辈，只派一个游击史儒率少量兵马入援朝鲜。对于20万日军来说，这无异于羊入虎口，史儒战死；随后赶到的副总兵祖承训也只有3000兵马，结果也是仅仅只身逃脱。这两仗的大败，激怒了神宗。于是，神宗命宋应星为经略，从西北前线调回李如松，一齐东征。宋应星贪生怕死，说自己带兵要讲究什么“一字兵法”：用兵一万，要造车360辆，火炮72000门，弓弩27000副，毡牌2000面，弩箭数百万枝，以及火药、火枪之类，要兵部先给他准备齐全，方肯出征。御史郭实于是弹劾宋应星担任经略一职不恰当。宋应星碧蹄馆遗址便干脆顺水推舟，要求辞职。神宗申斥了宋应星一番，宋应星才不得不出征。幸好，担任前线指挥的有名将李成梁之子李如松，能征善战。明军前几仗打得都很成功，但在万历二十一年（1593）正月在碧蹄馆附近遭日军伏击，损失惨重。双方最后决定议和。日本方面撤兵南下，朝鲜汉城以南的大片国土恢复。日本方面，以与明朝通贡为和谈的条件。神宗一面敦促朝鲜国王练兵自守，一面与群臣商量是否与日本通贡。万历二十二年（1594）十二月，明朝和日本方面互遣使节。明朝册封丰臣秀吉为日本国王。丰臣秀吉身着明朝的冠服，迎接明朝的使臣。事情似乎得到了解决。然而，两年之后即万历二十四年（1596）十二月，丰臣秀吉不遵守当初议和的条款，发动第二次朝鲜战争。明朝遂于次年正月以邢玠为总督，杨镐为经李如松手迹略，再次出援朝鲜。但是，明军这一次在岛山附近再遭惨败。万历二十六年（1598）正月，明军退守到平壤南部的王京，与日军进入相持阶段。但是，七月九日丰臣秀吉死去的消息，让日军士气低落，阵脚大乱。明军遂发动攻击，日军无心恋战，纷纷登船渡海东归。中朝联军与撤退日军在东南露梁海面发生激战，明将邓子龙，朝鲜将领李舜臣指挥军队奋勇杀敌、将日军杀得大败。邓、李二将亦战死海上。这一次援朝之战，虽然耗损巨大，但对于确保明代的海防与东北边疆，意义非常之大。
万历二十七年（1599）二月，神宗命令还在朝鲜战场的几支部队迅速移往西南，其中包括最万历《平番得胜图》能征战的总兵刘（tínɡ）的部队。此行的目的地是四川的播州。明代在播州设立播州宣慰使司，其驻地约相当于今遵义市。播州宣慰使姓杨，世代为当地的土司。隆庆五年（1571），生性雄猜、阴狠嗜杀的杨应龙世袭了父亲杨烈的宣慰司一职。万历十四年（1586），神宗又赐杨应龙都指挥使衔。但是，杨应龙对于四川的官军弱不经战的士气看在眼里，早就想占据整个四川，独霸一方。他的居所都是雕龙饰凤，又擅用阉宦，俨然是一个土皇帝。从万历二十年（1592）起，杨应龙就时叛时降，反复不定。万历二十七年（1599）二月，贵州巡抚江东之派都指挥使杨国柱讨伐杨应龙，结果三千军队全军覆没，杨国柱战死。当时，朝鲜战争已经结束。因此，神宗决定一劳永逸地解决杨应龙问题。他任命李化龙为湖广、川贵总督，兼四川巡抚，郭子章为贵州巡抚，讨伐播州叛军。万历二十八年（1600）初，各路兵马陆续汇集播州附近。李化龙持尚方宝剑，主持讨伐全局，坐镇重庆；郭子章以贵州巡抚坐镇贵阳；湖广巡抚支大可移驻沅江。明军分兵八路进剿：总兵刘出綦（qí）江；总兵马礼英出南川；总兵吴广出合江；副总兵曹希彬出永宁；总兵童无镇出乌江；参将朱鹤龄出沙溪；总兵李应祥出兴隆卫；总兵陈璘出白泥。每路兵马3万，共计20余万人。这种安排，足以说明神宗对于剿灭杨应龙的决心。八路大军中，以刘所部最为骁勇善战。綦江在播州的北面，杨应龙也重点屯兵于此，以他的儿子杨朝栋亲自领苗兵数万进行防守。然而，苗兵每遇上身先士卒的刘，只会大叫：“刘大刀至矣。”往往不战而溃。罗古池一战，杨朝栋差点被俘。刘率军一直攻到了娄山关下。娄山关是杨应龙老巢海龙囤的门户，与海龙囤并称天险，易守难攻，但是，却被刘在四月至六月两个月内连续攻破。六月初六日，杨应龙与爱妾周氏、何氏关门自缢，儿子杨朝栋、弟杨兆龙被俘。战役前后历时114天，斩杀杨应龙的部队2万人。万历二十八年（1600）十二月，李化龙班师回朝，并将杨朝栋等69人押解到京师，磔于市。至此，平播一战以完胜结束。这一战，虽然耗费了湖广、四川、贵州三省财力，但是，正如当时的官员朱国桢所说，如果不平定播州，四川周边的少数民族就要纷纷效仿杨应龙，非但四川不保，云南、贵州也可能不保。后来，瞿九思编《万历武功录》，称平定杨应龙是“唐宋以来一大伟绩”，大概也是从确保西南版图的效果来说的吧。
在明代历史中，神宗经常被过度地描写成一个荒唐、好色、懒散的皇帝。从万历三大征看来，神宗绝不是一个平庸的皇帝。虽然，我们可以说他是好大喜功，但是不要忘了，他在给朝鲜国王的信中始终强调朝鲜要力求自保的事实。实际上，神宗对于每一次军事行动，似乎都充分认识到其重要性。而且，在战争过程中对于前线将领的充分信任、对于指挥失误的将领的坚决撤换，都显示了神宗的胆略。当然，神宗的荒怠、好色，也是不容否认的。晚年的神宗，对于朝政的兴趣，显然没有对敛财的兴趣浓厚。在他亲政的后20年，他基本上是一个不理朝政的皇帝。因此，万历后期朝政的混乱，直接导致了万历四十七年（1619）明朝军队在与努尔哈赤军队的萨尔浒一战中丧师10万，从而丧失了明军对后金军队的优势，间接导致了明代最终被清朝取代的结局。
醉梦之期
孟森在他的《明清史讲义》内称神宗晚期为“醉梦之期”，并说此期神宗的特点是“怠于临朝，勇于敛财，不郊不庙不朝者三十年，与外廷隔绝”。那么，神宗是什么时候从一个立志有为的皇帝变成一个荒怠的皇帝呢？又是什么东西让皇帝堕落得如此厉害呢？虽然，按照晚明的一位名士夏允彝的说法，神宗怠于临朝的原因，先是因为宠幸郑贵妃，后是因为厌定陵出土的金冠恶大臣之间的朋党斗争。但是，学者们也以为，神宗之怠于临朝，还因为他的身体虚弱的原因。当然，身体虚弱的背后，是酒色财气的过度。
万历十七年（1589）十二月，大理寺左评事雒于仁上了一疏，疏中批评神宗纵情于酒、色、财、气，并献“四箴”。对皇帝私生活这样干涉，使神宗非常恼怒。幸好首辅大学士申时行婉转开导，说皇帝如果要处置雒于仁，无疑是承认雒于仁的批评是确有其事，外面的臣民会信以为真的。最后，雒于仁被革职为民。在处理这件事的过程中，神宗曾召见申时行等人于毓德宫中，“自辨甚悉”。神宗对内阁大学士们说：“他说朕好酒，谁人不饮酒？……又说朕好色，偏宠贵妃郑氏。朕只因郑氏勤劳，朕每至一宫，她必相随。朝夕间她独小心侍奉，委的勤劳。……朕为天子，富有四海之内，普天之下，莫非王土，天下之财皆朕之财。……人孰无气，且如先生每也有僮仆家人，难道更不责治？”看来，神宗根本不承认雒于仁的批评。的确，明末社会好酒成风。清初的学者张履祥记载了明代晚期朝廷上下好酒之习：“朝廷不榷酒酤，民得自造。又无群饮之禁，至于今日，流滥已极。……饮者率数升，定陵出土的皇后凤冠能者无量。……饮酒或终日夜。朝野上下，恒舞酣歌。”意思是说，明代后期对于酒不实行专卖制度，所以民间可以自己制造酒，又不禁止群饮�