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此后，南非参加奥运会问题成为一个十分敏感的问题，一经提出，便遭到非洲国家的激烈反对。一直发展到1976年第二十一届奥运会时，终于爆发了非洲国家集体抵制的严重事件。
这次事件的起因是新西兰与南非间进行的体育互访。
新西兰政府代表曾在联合国特别委员会上表示，新西兰不允许任何来自南非的体育代表队参加在新西兰举行的体育比赛，除非南非队员的选拔不是在种族歧视的条件下确定，而是以其真正的运动专长为唯一标准。但是1975年，新西兰宣布了一条与此规定相矛盾的消息：新西兰将派出一支橄榄球队赴南非与该国运动员进行“友谊”比赛。年底，新西兰总统大选开始。参加竞选的马尔登为争取更多的选民，四处游说并向选民保证：着自己获胜，将重开与南非的体育交往。而且，他还会与新西兰橄榄球队一起去南非。于是一些橄榄球明星走上街头，努力为他拉取选票。
1976年初，获胜当选的马尔登的新政府批准了新西兰运动员与南非运动员的体育比赛，同时还向南非国家垒球队发出了邀请，希望他们参加该年年初在新西兰举行的国际垒球锦标赛。南非方面置联合国和几乎世界所有国家的抗议于不顾，接受了邀请。非洲体育理事会立即在内罗毕开会并决定，如果新西兰橄榄球队坚持去南非进行访问比赛，他们将抵制所有新西兰参加的奥运会项目。非洲体育理事会主席火速飞赴新西兰，敦促马尔登政府取消橄榄球队的南非之行。结果他吃了个“闭门羹”。在他到达的当天，新西兰“黑衫橄榄球队”即启程飞往开普敦参加“友谊”赛。
7月7日，蒙特利尔奥运会开幕前10天，非洲统一组织国家首脑集会毛里求斯，会议通过的决议要求非洲国家在新西兰参加奥运会的情况下，重新考虑他们是否参加本届奥运会的问题。离开幕还剩两天，非洲体育最高理事会主席和秘书长在蒙特利尔奥运村召开非洲国家代表团团长会议，通报非统组织的决议内容。随后，代表团团长会议也作出决议，非洲各国代表团团长联名致函国际奥委会，希望国际奥委会取消新西兰参加本届奥运会的资格。开幕前一天，国际奥委会作出答复：驳回非洲国家的请求。
7月17日，奥运会如期举行，与此同时，一些非洲国家的运动员则登上从蒙特利尔飞往内罗毕和其他非洲城市的飞机。
面对非洲国家的抵制和来自其他各界的压力，国际奥委会一方面向南非政府施加压力，另一方面，又积极努力，争取南非早日回到国际奥林匹克的大家庭里。
真正雷厉风行开展这项艰苦工作是在萨马兰奇就任国际奥委会主席之后。
1981年，萨马兰奇在东京开始了解决南非问题的长途跋涉。当时在萨马兰奇的帮助下，非洲各国的奥委会代表们聚集一堂，建立起与其它各大洲一样的非洲国家奥委会委员会。
1980年莫斯科奥运会和1984年洛杉矶奥运会，美苏集团的互相抵制成为国际奥委会面临的头等大事，即便这样，萨马兰奇也没有忘记南非问题，他认为，随着国际政治形式的缓和，说服非洲各国放弃前嫌，接纳南非回到奥林匹克大家庭的时机正逐步成熟。
1985年10月24日至11月4日，萨马兰奇对非洲12国进行了一次“旋风式的访问”。每到一国，他都要宣传奥林匹克精神的宗旨，呼吁非洲国家汇集到奥林匹克这面和平的旗帜下。通过这次访问，萨马兰奇对非洲国家参加汉城奥运会充满了信心。虽然抵制奥运会的可能并非绝对消失，可他对避免这一局面的出现已胸有成竹。
1988年4月，国际奥委会在洛桑请来了非洲体育官员，召开一次讨论取消体育上种族歧视问题的会议。其目的在于使国际体育界建立起共同的原则和对策。会后，萨马兰奇在国际奥委会中设立了“种族隔离委员会”，这是他开始着手解决南非问题的又一措施。
这些工作很快收到了成效，非洲国家没有对汉城奥运会进行抵制，更重要的是，这些工作为以后南非问题的解决奠定了基础。
经过萨马兰奇不断地做工作，非洲体育界一些领导人开始接受他的思想。即在一个真正平等的体育比赛中，承认南非，可能会对南非社会逐步转变和开放产生强有力的影响。
1988年，解决南非问题的具体安排被提上议事日程。当南非国家奥委会的代表提出要见萨马兰奇时，萨马兰奇的回答非常简单，他们必须首先与隔离委员会的负责人、国际奥委会委员姆拜厄会谈。这一年年底，在维也纳召开了隔离委员会的第一次会议。
萨马兰奇在1989年9月在洛桑会见了来访的南非国家奥委会代表。通过与他们的交谈，他更加认识到，选择一个合适的人选，就等于问题解决了一半。按照他的一贯作风，对任何复杂问题，即使他已有深思熟虑的看法，也不第一个表示出来。因为萨马兰奇清楚，来自第一线的人最有发言权，他们的意见更加符合实际。于是，他总是在下面与最广解实际情况的人交流，将自己的想法传达给他们，然后从他们的角度将此看法提出来。萨马兰奇经过长时间的物色，最终任命来自塞内加尔的姆拜厄为隔离委员会主席，由他负责解决南非问题。
10月，在姆拜厄的安排下，南非国家奥委会主席和总秘书第一次与非洲黑人体育组织进行了正式接触、双方在洛桑的会面，标志着非洲体育中长期对立的两方开始了有积极意义的接触。11月，哈拉雷，种族融合南非体育团体与国际体育反种族隔离运动的领导人萨姆拉姆萨米及费克着基丹恩会面。非洲其他国家与南非体育官员的交往日益频繁，双方在很多问题上开始听取对方的意见一出现了良好的气氛，为进一步打破几十年的坚冰奠定了基础。
1990年9月，第四次国际体育反种族隔离会议在挪威首都斯德哥尔摩举行。会议要求或说希望有一种力量，能够强迫南非在政治上取消种族隔离政策。南非体育界也在寻求一种暂时的解决方法，即建立一人一票的投票制度。南非国家奥委会也派出了代表参加这次会议，并在会议上表达了非洲人对在体育大家庭中解决南非问题的良好愿望。
这一年，萨马兰奇使国际奥委会与南非体育界的接触多起来，取得的成果日益明显，令非洲各界人士的心里升起新的希望之帆。
1991年1月，萨马兰奇和拉姆萨米在巴黎会见了南非国家奥委会的代表。此后，拉姆萨米又单独与南非国家奥委会官员进行了会谈。2月，南非的代表们又与姆拜厄举行了会谈，所有这些会议，国际奥委会从组织到财政都予以大力支持。11月，5个非洲体育组织在哈拉雷组成了一个非洲体育协商委员会。同月，萨马兰奇在国际奥委会执行委员会会议上提出了一个大胆的建议：国际奥委会将止武派出代表访问南非。12月，国际奥委会先行人员非正式地访问了南非首都约翰内斯堡。
1991年2月，应非洲国家奥委会委员会的要求，在博茨瓦纳成立了由5个南非体育团体组成的南非临时国家奥委会。3月，国际奥委会派出的特别代表团来到南非，先后会见了南非总统德克拉克、南非黑人运动领袖曼德拉、因卡塔自由党领导人布特莱齐。在此期间，代表团还与南非的5个体育团体进行了富有成果的讨论。
约翰内斯堡，国际奥委会特别代表团离开前的新闻发布会上，团长姆拜厄宣布了这次访问的实质性结果。基于下述6项条件，他代表国际奥委会和非洲国家奥委会委员会通告，暂时承认南非国家奥委会为国际奥委会成员。
这6项条件为：
一、按照南非总统德克拉克的允诺，在南非废除种族隔离法；
二、南非临时国家奥林匹克委员会在组织上和行动上遵守奥林匹克宪章；
三、南非临时国家奥委会制定相应的章程，鼓励南非体育运动委员会与国际单项体育联合会关系的正常化；
四、在不分种族的基础上寻求体育界的统一；
五、使南非临时国家奥委会与非洲国家奥委会委员会的关系正常化；
六、直至暂停参加国际比赛的执行时间生效。
姆拜厄语惊四座，醒悟过来的记者们纷纷抢发新闻。6月，南非国内废除种族隔离法。时隔不久，在伯明翰举行的国际奥委会全体委员会议上原则通过了这一临时承认。7月，国际奥委会洛桑特别会议上，由萨马兰奇和最高执委会签署一项决议：永久性地接纳南非国家奥委会为国际奥委会成员。
经过萨马兰奇和国际奥委会11年的努力，南非终于回到了奥林匹克的大家庭里。多少南非运动员在得知这一消息时不禁流下了激动的热泪。1992年7月25日，当南非体育代表团进入巴塞罗那蒙锥克山体育场时，全体观众都报以热烈的掌声。他们知道，南非重返奥林匹克大家庭，不仅是奥林匹克运动的胜利，也是人类战胜种族歧视和种族隔离的巨大胜利。
8月9日，巴塞罗那奥运会在一片辉煌中降下了帷幕。萨马兰奇在把五环旗交给亚特兰大市长时，心中百感交集，巴塞罗那奥运会可以说是他担任国际奥委会主席以来最成功的一部杰作，他为之倾注了无数的心血；他的改革理想经过实践的检验最终被证明光大了顾拜旦首创的奥林匹克主义，推动了现代奥林匹克运动的发展；现在他已届高年，在到达了一生辉煌的顶点后，是不是应该考虑激流勇退，将身上的重任移交给后来者。……
事实上，在巴塞罗那奥运会举办期间，萨马兰奇就意识到自己似乎已完成了历史所付与的使命，该告老还乡了。但是这副担子交给谁，他一直在找，但一直没有找到一个理想的人选。况且，奥林匹克运动要发展，就得不断地进行改革，而这个改革的总体设计仿佛非他莫属。
萨马兰奇也知道，有好几个人正在觊觎他的位子。对于这个位子所带来的荣誉，萨马兰奇从来没有放在心上，该得到的东西都已经得到了；继续在这个位置上干下去，恐怕也不会再得到什么新的东西。
然而，他就像一位艺术家对待自己一件极其优秀的作品，就像一位年轻的母亲对待自己的婴儿一样，对国际奥委会产生了一种难舍难分、欲罢不能的感情。他总觉得他离不开国际奥委会，而且国际奥委会也离不开他。为奥林匹克运动工作已经成为他生命的一部分，也是他生活中不可缺少的内容。
当他为奥林匹克运动而奔波劳累，常常感到心力交瘁的时候，他多想休息休息，哪怕是一个小憩。可是当他面临退休年龄的时候，又不可避免地感到了一种隐隐的失落。
的确，他已经做了退休的打算，并且已经开始了回忆录的写作。但是同前6任主席相比，他的年龄尚属中等，仍有余力继续工作。
萨马兰奇又仔细地算了一下前6任主席的退休年龄。
第1任主席维凯拉斯退休时61岁；
第2任主席顾拜旦退休时62岁；
第3任主席巴耶·拉图尔在65岁高龄时长眠于他的工作岗位上；
第4任主席埃德斯特隆退休时已81岁；
第5任主席布伦戴奇在84岁的高龄退休；
第6任主席基拉宁1980年退休时，年龄已达66岁。
萨马兰奇任国际奥委会主席至今才12年，他仍然有充沛的精力在这个位置上工作下去。作为国际体育界的领袖，他深深懂得激流勇退的含义。回想起自己过去的工作，他不能不感到欣喜。在他担任主席期间，奥运会一届比一届办得好，这是有目共睹、有口皆碑的。
欣喜之余，他又不能不有所担忧。国际奥委会同其它国际体育组织之间的微妙关系究竟能够维持多久？如果有一天电视媒介拒绝转播奥运会，那奥运会以及奥运会的经费不足的问题如何解决呢？假如有人组织一场国际性友谊赛，把国际奥委会完全排斥在外，那国际奥委会又应当怎么办呢？
他也知道，他的成绩已经引起了某些嫉恨，而这些嫉恨又转成了某种恶意的攻击。也许他做得越多，在成功的道路上走得越远，受到的攻击也就越多。
1992年4月，两个英国记者出版了一本名为《五环的老爷们》的书。这本书把国际奥委会描绘为贪婪受贿的俱乐部。书中攻击萨马兰奇主席独裁专横，攻击国际足联主席阿维兰热、国际田联主席内比奥罗、国家奥委会联合会主席巴斯克斯·拉尼亚耍弄权术，说是有个拉丁帮“黑手党”控制了国际体坛。此书出版的同时，�