听耶稣如此说，有几个门徒就彼此说：“他对我们说'等不多时，你们就不得见我，再等不多时，你们还要见我'，又说：'因我往父那里去'，这是什么意思呢？我们怎么就听不明白他所说的话呢？”
耶稣看出来门徒们要问他这些问题，不等他们开口，便对他们说：“我说，'等不多时，你们就不得见我；再等不多时，你们还会见我'，你们是在为这话彼此相问吗？那我就实实在在地告诉你们，你们将要痛哭，哀号，世人倒要喜乐；你们将要忧愁，然而你们的忧愁要变为喜乐。比方说妇人生产的时候就忧愁，因为她的时候到了；既生了孩子，就不再记念那苦楚，因为她欢喜世上又生了一个人。你们现在也是忧愁，但我要再见你们，你们的心就会变得喜乐，这喜乐没有人能够夺去。
“到那日，你们就什么都不用问我了。我实实在在地告诉你们，你们如果向我的父亲求什么，他如今因我的名赐给你们。向来你们没有奉我的名求过什么，如今你们如果求就会得到，叫你们的喜乐可以满足。
“这些事，我是用比喻对你们说的；时候将到，我不再用比喻对你们说了，我要将父亲的意思明明白白地告诉你们。到那时，你们要奉我的名祈求；我并不对你们说，我要为你们求父。我父亲自己就是爱你们的，因为你们已经爱了我，又相信我是从天父那里派出来的，我从我父亲那里出来，到了这个世界，我又要离开这个世界，往父亲那里去。”
门徒们说：“如今你是明说，并不用比喻。现在我们晓得你凡事都知道，也不用人间你，因此我们信你是从上帝那里派出来的。”
耶稣说：“现在你们相信了吗？看那！时候将到，且是已经到了，你们要分散，各归自己的地方去，留下我独自一人，其实我不是独自一人，因为有父亲与我同在，我将这些事告诉你们，是要叫你们在我里面有平安。在世上你们有苦难，但你们可以放心，我已经胜了世界。”（约15，16）
最后分离的祷告
耶稣对门徒们说了那许多的话后，便举目望天说：“父啊。时候到了，愿你荣耀你的儿子，使儿子也荣耀你；正如你曾赐给他权柄管理凡是有血气的人，叫他将永生赐给你所赐给他的人。认识你是独一无二的真神，并且认识你所差来的耶稣基督，这就是永生，我在地上已经荣耀了你，你所托付我办的事，我已经成全了。
“父啊，现在求你使我同你共享荣耀，就是在没有世界之前我同你所共同拥有的荣耀。你从世界上赐给我的人，我已经将你的名显明给他们。他们本来是属于你的，你将他们赐给我，他们也遵守了你的道，如今他们已经知道，凡是你所赐给我的，都是从你那里来的；因为你所赐给我的真道，我已赐给了他们。他们也领受了，又确实知道了，就是从你那里派出来的，并且相信是你差遣我来的，我为他们祈求，不为世人祈求，却为你所赐给我的人祈求，因为他们本来就是属于你的，凡是我的都是你的，你的也是我的，并且我因他们而得着荣耀。
“从今以后，我不在世上，他们却要留在世上，我往你那里去，圣父啊，求你因你所赐给我的名保守他们，叫他们合而为一，象我们一样。我与他们同在的时候，因你所赐给我的名保守了他们，我也护卫了他们；其中除了那灭亡之子，没有一个死亡的，好叫经上的话得应验；现在我往你那里去，我还在世上说这话，是叫他们心里充满我的喜乐。
“我已将你的道赐给他们，世界又恨他们；因为他们不属于世界，正如我不属于世界一样，我不求你叫他们离开世界，只求你保护他们脱离罪恶，他们不属于世界，正如我不属于世界一样，求你用真理使他们成圣，你的道就是真理。你怎样差我到世上来，我也照样差他们在世上行事。我为他们的缘故，自己分别为圣。叫他们也要因真理成圣。”
为门徒们祈祷之后，耶稣继续为信主的人祷告说：“我不但为这些人祈求，也为那些因他们的话信我的人祈求，使他们都合而为一。
“正如你亲爱的父亲在我里面，我在你里面一样，我要使他们也在我里面，叫世人可以相信你差遣了我来，你所赐给我的荣耀，我已经赐给了他们，使他们合而为一，象我们合而为一那样。
“我在他们里面，你在我里面，使他们完完全全地合而为一，叫世人知道你差了我来，也知道你爱他们如同爱我一样。
“父啊，我在那里，愿你所赐给我的人也同我在那里，叫他们看见你所赐给我的荣耀，因为创立世界以前，你已爱我了，公义的父啊，世人未曾认识你，我却认识你，这些人也知道你差了我来。我已将你的名指示他们，还要指示他们，使你所爱我的爱在他们里面，我也在他们里面。”（约17）耶稣为门徒们的祷告结束了，后来他的这次祷告被称为“大祭司的祷告”。
客西马尼园的叛卖
耶稣为门徒们祷告完毕，便同众人一起过了汲沦溪，在那里有一个园子，叫客西马尼园。
进入园中，耶稣对门徒们说：“你们坐在这里，等我到那边去祷告。”于是只带着彼得和西庇大的两个儿子约翰和雅各去祷告。
这时，道成肉身的耶稣极为忧伤，极为难过。他对他们说：“我心里甚是忧伤，几乎要死，你们在这里等候，和我一同警醒。”
耶稣稍微走开，约摸一掷石的距离，便俯伏在地上祷告说：“我父啊，倘若可行，求你叫这杯离开我，然而，不要照我的意思，只要照你的意思。”
耶稣第一次祷告完毕，回到门徒那里，见他们睡着了，就对彼得说：“怎么啦？你们不能同我警醒片刻吗？总要警醒祷告，免得受了迷惑，你们心灵固然愿意，肉体却软弱了。”
第二次耶稣又去祷告说：“我父啊，这杯若不离开我，必要我喝，就愿你的意旨成全。”然后又回到三个门徒的身边，见他们仍然睡着，因为他们的眼睛困倦得睁不开了。
第三次耶稣再离开门徒们去祷告，说的话和第二次一样，终于，耶稣镇定下来，便回到门徒们身边，叫醒他们说：“你们仍然睡得这样安稳吗？快起来吧！时候到了，人子被卖在罪人手里了。
起来，我们走吧！看啊，卖我的人近了。“
耶稣正说这话的时间，那十二个门徒里的犹大来了，并有许多人带着灯笼、火把、刀棒，从祭司长和民间的长老那里与他同来原来卖耶稣的犹大是知道客西马尼园这个地方的，因为耶稣和门徒屡次上那里去聚集，犹大知道耶稣在筵席之后必定会到这里来，便带着那伙罪人闯到这里来了。
路途上，犹大怕那些罪人们认不出耶稣来，便与他们约定以亲嘴为号，说：“我与谁亲嘴，谁就是他，你们可以上前拿住他，”卖主的犹大佯装无事地走到耶稣跟前说：“请先生安。”说完便与他亲嘴。耶稣对他说：“朋友，你来要作的事，就作吧！”于是那些人扑上前去围住耶稣，要下手捉拿他。
十一个门徒见一大帮人呼拉一下围住耶稣，并且要带他走，立时都醒了瞌睡。他们中的西门彼得正好带着一把刀，就拔出来，将大祭司的仆人砍了一刀，削掉他的右耳，那名叫马勒古的仆人立即用手捂住伤处惨叫起来。
耶稣喝住彼得说：“收刀人鞘吧！凡动刀的，必死在刀下。”按照耶稣的福音，一切暴力都是遭受谴责的。即使面对死亡，耶稣也要实践这一原则。
耶稣说完这活，就伸手摸马勒古的耳朵，他的耳朵就又完好无损了。
耶稣又继续对彼得说道：“你认为我不能求我的父亲为我差遣十二营那么多的天使来吗？如果是这样，经上所说的事情必须如此的话又怎么能得到应验呢？我父亲所赐给我的那个苦杯，我又怎么能够不喝呢？”
说完，耶稣转向那些罪人怒斥道：“你们带着刀棒来捉拿我，就如同捉拿强盗一样吗？我天天坐在殿里教训人，你们并没有捉拿我。但你们现在来捉拿我了，是为了要应验先知书上的话，现在是你们的时候了，黑暗掌权了。”
耶稣挺身对那些罪人说：“我已经告诉你们我就是耶稣，你们如果找我，就让这些人去吧！”在他的掩护下，门徒们纷纷逃走了。
见门徒们都已完全离去，耶稣便昂着头同抓捕他的人一道走出了客西马尼园（太26）
初次受审
祭司长和千夫长派来的兵及犹大人的差役拿住耶稣，将他捆绑了，就先带到亚那面前，因为亚那是本年作大祭司该亚法的岳父，这该亚法就是从前向犹太人发议论说“一个人替百姓死是有益的”那位。
西门彼得远远地跟着耶稣，另外还有一个门徒也跟着耶稣来到大祭司的院子外，因那门徒认识大祭司，便先跟着耶稣进了大祭司的院子，他回头看见彼得站在院外，便又和那个看门的使女说了一声，就领彼得进去。那看门的使女指耶稣对彼得说：“你不也是这个人的门徒吗？”彼得惊慌地摇头说：“我不是。”仆人和差役因为天冷，就生了炭火，站在那里烤火，彼得也同他们站着烤火，他想看看事情究竟怎样解决。
彼得正站着烤火，有一个差役便问他说：“你不也是他的门徒吗？”彼得使劲瞪了他一眼说：“我不是。”又有大祭司的一个仆人，就是被彼得削掉耳朵的那个马勒的亲属，盯着彼得看了又看，轻声对他说：“我不是看见你和他同在客西马尼园子里吗？”彼得恼怒地吼道：“我不知道你究竟说的是什么。”
正说话问，鸡就叫了，耶稣转过身来看彼得，那眼神中包含，着体谅与期待的深情。彼得想起耶稣曾对他说过的话：“今日鸡叫之前，你要三次不认我。”便再也控制不住自己的情感，冲出院门走在黑暗里失声痛哭。
在大祭司的院里，亚那就以耶稣的门徒和他的教训盘问他。耶稣回答说：“我从来是明明白白地对世人说话，我常在会堂和殿里，就是犹太人聚集的地方教训人；我在暗地里并没有说过什么。你为什么问我呢；可以问那些听见的人，我对他们说的是什么，我所说的，他们都知道。”
耶稣说了这话，旁边站着的一个差役用手掌打他，说：“你这样回答大祭司吗？”耶稣说：“我如果说得不是，你可以指正那不是；我如果说得是，你又为什么打我呢？”
亚那拿耶稣无法，便又把他解到该亚法那里，仍是捆着去的。
在该亚法那里，文士和长者们已经等得不耐烦了。耶稣一到，他们便开始了对他的审判。他们想要寻找见证控告耶稣，以治死他，但却怎么也找不到像样的证据。因为有好些人作的是假见证，各不相合，反而弄巧成拙。又有几个人站起来，作假见证告他：“我们听见他说：'我要拆毁这人手所造的殿，三日内就造一座不经人手所造的。'”大祭司起来站在中间，问耶稣说：“你什么都不回答吗？这些人作见证告你的是什么呢，”耶稣却不言语，一句也不回答。
大祭司又问他说：“我指着永生的上帝叫你起誓，告诉我们，你是那上帝的儿子基督不是？”
耶稣说：“你说的是。然后我若告诉你们，你们也不信；我若问你们，你们也不回答。从今以后，人子要坐在上帝权能者的右边，驾着天上的云降临。”
大祭司就撕开衣服说，“他说了潜妄的话，我们何必再用见证人呢？这僭妄的话，现在你们都听见了。你们的意见如何呢？”
在场的众人听见大祭司问话，便一齐喊道：“他是该死的。”并一拥而上，吐唾沫在耶稣脸上，用拳头打他，也有用手掌打他的，说：“基督啊，你是先知，告诉我们打你的是谁？”
到了早晨，众祭司长和民间的长老，大家商议要治死耶稣，就把他捆绑了，解去交给巡抚彼拉多。
这时候，卖耶稣的犹大看见耶稣已经被定了死罪，忽然良心发现，内心十分懊悔，就把那三十块钱拿回来给祭司长和长老，说：“我卖了无辜之人的血是有罪的了。”他们说：“那与我们有什么相干？你自己承当吧！”犹大就把那银钱丢在殿里，跑出去吊死了。
祭司长拾起银钱来说：“这是血价，不可放在库里。”他们商议，就用那银钱买了窑户的一块田，为要埋葬外乡人。阮以那块田直到今日还叫作“血田”。这就应了先知那利米的话，说：“他们用那三十块钱，就是被估定之人的价钱，是以色列人中所估定的，买了窑户的一块田，这是照着主所吩咐我的。”（太27）
被判死刑
众人将耶稣从该亚法那里往衙门解去，那时天还早，他们自己却不进衙门，恐怕染了