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苏东坡的一个好友王诜，是他印了苏东坡的诗集，听到这个消息，赶紧派人去给南部的苏子由送信，子由立刻派人去告诉苏东坡。这可以说是使者之间的大竞赛。朝廷使者偕同他的儿子和两个御史台的兵丁火速出发。但是他儿子在靖江忽然生病，于是耽误半天的行程，结果苏子由派的使者先到。
这个消息到达时，苏东坡是何等心情，我们必须要知道。他到达湖州不久，也很喜欢这个新职位。他常和长子去山林间漫游，同游的还有子由的女婿、女婿的弟弟。在苏东坡记游飞英寺的诗里，他说自己“莫作使君看，外似中已非”。他最好的朋友画竹名家文与可已在二月去世，他一直哭了三天。在朝廷的差官正越程前去逮捕他时，他正再度创览他搜集的名画，那是七月七日，正拿出来到院子去晾。他的眼光正好看到文与可送给他的一幅绝妙的竹子，不觉流下泪来。那天他写的那一条笔记特别表现他的奇思幻想，记述他与文与可的友情。
〖与可画竹，初不自贵重，四方之人，持缣素而请者，足相蹑于其门。与可厌之，投诸地而骂曰：“吾将以为袜。”……及与可自洋州（今陕西洋县）还，而余为徐州，与可以书遗余曰：“近语士大夫，吾墨竹一派近在彭城，可往求之。袜材当萃于子矣。”书尾复写一诗，其略曰：“拟将一段鹅溪绢，扫取寒梢万尺长。”予谓与可：“竹长万尺，当用绢二百五十匹，知公倦与笔砚，愿得此绢而已。”与可无以答，则曰：“吾言妄矣，世岂有万尺竹哉。”余……答其诗曰：“世间亦有千寻月，竹落庭空影许长。”与可笑曰：“苏子辩则辩矣，然二百五十匹绢，吾将买田而归老焉。”因以所画筼筜谷偃竹遗予曰：“此竹数尺耳，而有万尺之势……”〗
根据孔平仲的记载——孔平仲是苏东坡的朋友，他是听湖州祖通判卿说，苏东坡遭逮捕时，那位通判正好在场——苏东坡已经先得到子由给他的消息。他可不知道控告的罪名之轻重。使臣一到，苏东坡就正式请假，由祖通判代行太守职务。官差到时，正式身穿官袍，足登高靴，站在庭院中，手执箱板，御史台的两个士兵分立两旁，身穿白衣，头缠黑巾，眼睛里凶光闪动。太守官街的人慌做一团，不知会有何事发生。苏东坡不敢出来，与通判商量，通判说躲避朝廷使者也无济于事，最好还是依法接他。东坡与通判商量应当怎样出来，因为苏东坡心想自己既然被控，就不应当穿着官衣出来。祖通判认为他还没正式被控，他应当以正式官阶出现。于是东坡穿上官衣官靴，手执红板，立于庭中，面向官差而立，祖通判与官衙人员则头戴小帽，排立于苏东坡身后。两个士兵手执御史台的公文，紧握一个包裹，似乎其中藏有刀剑。官差面目狰狞，默不作声，气氛紧张万分。苏东坡首先说话。
“臣知多方开罪朝廷，必属死罪无疑。死不足惜，但请容臣归与家人一别。”
皇差皇甫遵淡然道：“并不如此严重。”
这时通判迈一步向前道：“相信必有公文。”
皇甫遵问：“他是何人？”通判回禀自己的身份。士兵乃正式递交公文予通判。打开一看，原来只是一份普通公文，免去苏东坡的太守官位传唤进京而已。皇差要苏东坡立即启程。
官差允许苏东坡出发前，归看家人。根据苏东坡在笔记上记载，他到家时，全家正在大哭。苏东坡向他们笑着说出下面一个故事，安慰他们：
在宋真宗时代，皇帝要在林泉之间访求真正大儒。有人推荐杨朴出来。杨朴实在不愿意，但是仍然在护卫之下启程前往京师，晋见皇帝。
皇帝问道：“我听说你会作诗？”
杨朴回答道：“臣不会。”他想掩饰自己的才学，他是抵死不愿做官的。
皇帝又说：“朋友们送你时，赠给你几首诗没有？”
杨朴回答道：“没有。只有拙荆作了一首。”
皇帝又问：“是什么诗，可以告诉我吗？”
于是杨朴把临行时太大作的诗念出来：
〖更休落魄贪酒杯，且莫猖狂爱咏诗。
今日捉将官里去，这回断送老头皮。〗
苏夫人听见这首诗，不由得破涕为笑。这故事曾记在苏东坡的笔记里，但不知是不是他当时现编的。
家中决定由长子迈陪同前往。王适，他一向充任苏家的塾师，现在同他弟弟留在家中，后来才偕同苏东坡全家入京。太守官邸的人全吓得不知如何是好，个个躲躲藏藏。但是老百姓都出来看太守启程。根据县志记载，老百姓都泪下如雨。官差与士兵的态度与办事的要求，都蛮横无礼，后来苏东坡在上哲宗皇帝书中，说他们逮捕太守犹如捕盗。官衙中只有王氏兄弟和陈师锡设酒筵钱别。
有人说途中苏东坡曾想自杀。根据他自己给皇帝上的奏章上说，在扬州渡江时，他想跳入江中。但按孔平仲的记载，开船之后不久，船停在太湖上修理船桨时，他想跳水自杀。那天夜里，月色皎洁，湖上风高浪大。苏东坡不知道他要判什么罪，并且怕他的案子会牵连好多朋友。他想把眼一闭跳入水中，反倒省事。等再一想，倘若如此，必给弟弟招致麻烦。在给文彦博的信里，叙述家里烧了他大部分与友人的通信和手稿。家里人到了安徽宿县，御史台又派人搜查他们的行李，找他的诗，书信和别的文件。有些兵把船包围起来时，女人和孩子们怕得很，那些兵把他们的东西胡乱扔，就如一般兵士执行勤务时一样。兵丁走后，女人们气冲冲的说：“这都是写书招惹的。他乱写东西有什么好处？把人都吓死了。”然后焚烧他的手稿，后来东坡发现残存者不过三分之一而已。
苏东坡是七月二十八日由官家逮捕，八月十八日送进御史台的皇家监狱。审问期间很长，前后四十几天。在监里，那个狱卒心肠非常好，大概知道他是谁，对他十分恭敬，每天晚上给他热水洗澡，直到现在每晚上洗热水澡，还是四川人的习惯。
苏东坡在监狱中，发生了一件有趣的事，结果审问时反倒对他大有益处。他儿子每天到监狱去看他，为父亲送饭当然是儿子分内的事。苏东坡和儿子暗中约好，就是儿子只许送蔬菜和肉食，倘若听到坏消息，他才送鱼去。有几天，苏迈要离开京城到别处去借钱，他把送饭这件事交给朋友办，但是忘了告诉朋友那件暗号。那朋友送去熏鱼，苏东坡大惊。他心想事情已然恶化，大概凶多吉少了。他和狱卒商量，给弟弟写了两首诀别诗，措词极为悲惨，说他一家十口全赖弟弟照顾，自己的孤魂野鬼独卧荒山听雨泣风号。他表示愿世世为手足。在诗里他又细心表示以前皇恩浩荡，蒙受已多，无法感激图报，实在惭愧。又说这次别无可怨，只是自己之过。子由接到，感动万分，竟伏案而泣，狱卒随后把此诗携走。到后来苏东坡开释时，狱卒才将此诗退回，说他弟弟不肯收。我相信子由根本知道这条计，故意把诗交还狱卒。因为有这两首诗在狱卒手中，会有很大用处。因为狱卒按规矩必须把犯人写的片纸只字呈交监狱最高当局查阅。这个故事里说，苏东坡坚信这些诗会传到皇帝手中。结果正如他所预料，皇帝看了，十分感动。这就是何以苏东坡的案子虽有御史强大的压力，最后却判得很轻的缘故。
幸亏诗人陆游曾编有一本历史，其中包括所有审问苏东坡的亲笔文件。现在我们还有一本书叫“乌台诗案”，“乌台”是御史台监狱的名称。此书包括四件弹劾本章、审问记录全部，苏东坡的口供、证物，和最后的判词。陆游勤于写日记，对苏东坡留在身后的手稿和拓片特别爱好，这些遗物是苏东坡死后六七十年他才见到的。他曾说出这本书的经过。北宋在靖康元年（一一二六）灭亡时，朝廷官员都向杭州逃难，尽量携带珍贵的文件。在扬州，一个名叫张全真的政府官员看到这一份手稿，从朝廷档案里抽出来。后来，张全真死后，一位姓张的宰相，受张全真的后人请求为先人作一篇墓志铭。这位宰相要以那份手稿为代价。那家后人只答应交出一半，另一半作为传家之宝。陆游记载说，他看见全部手稿都是苏东坡手写的，还有改正之处，都由苏东坡签名，再盖上御史台的官印。我们不敢确言今日流传下来的这本书是完全根据陆游所见的那本手稿，不过内容却记载了朝廷公报的细节，包括苏东坡对自己那些诗句的解释。
我认为对此案件的判断，完全要看我们对苏东坡的批评朝政如何解释。张方平和范镇正设法营救苏东坡，总括起来，他认为坦诚的批评与恶意的中伤显然有别。我们今天不能不认为那些诗是坦诚的批评，而御史们则认为是对朝廷和皇帝恶意的中伤。张方平指出，诗经是由孔子删订的，但是其中有很多对当时当政者的讽刺，而且邦有道，则坦诚的批评完全合法。在另一方面，倘若我们能以君子之心度小人之腹，相信那些御史是由义愤而发，是深恨亲爱的君王受辱而弹劾，这也是一种看法。
舒亶在表章中说：“臣伏见知湖州苏轼近谢上表，有讥切时事之言。流俗龛然，争相传诵，忠义之士无不愤惋。陛下自新美法度以来，异论之人固不为少……然包藏祸心，怨望其上，讪凌谩骂而无人臣之节者，未有如轼也。应口所言，无一不以讥诗为主。……陛下躬履道德，立政造士，以幸天下后世，可谓尧舜之用心矣。轼在此时以苟得之虚名、无用之曲学，官为省郎，职在文馆。臣独不知陛下何负于天下与轼辈，而轼敢为悻慢无所畏忌以至如是。且人道所立者、以有义而无逃于天地之间者，莫如君臣。轼之所为忍出于此，其能知有君臣之义乎？为人臣者苟能充无义之心往之以为利，则其恶无所不至矣……轼万死不足以谢圣时，岂特在不赧不有而已。伏望陛下付拭有司论如大不恭，以戒天下之为人臣子者。不胜忠愤恳切之至。”
另一御史的弹劾表里，完全是强词夺理的指责。在苏东坡到湖州上任途中，曾为张氏园写了一篇记。在此一篇文章里，苏东坡说：“古之君子不必仕，不必不仕。必仕则忘其身，必不仕则忘其君。”这是孟子对孔夫子参政态度的概要结语。那位御史在他忠君报国的热情之下，极力想劝服皇帝相信苏轼正倡邪说异端，实在大逆不道，他说：“天下之人，仕与不仕，不敢忘其君。而独苏轼有不仕则忘其君之意，是废为臣之道尔。”
李定举了四项理由说明为什么应当处苏东坡死刑。在奏章前面序言中，他说：“苏轼初无学术，滥得时名，偶中异科，途叨儒馆。”他又接着说苏东坡急于获得高位，在心中不满之下，乃讥讪权要。其当杀理由之一是，皇帝对他宽容已久，冀其改过自新，但是苏东坡拒不从命。另一个当杀的理由是，虽然苏东坡所写诗之荒谬浅薄，但对全国影响甚大。“臣叨预执法，职在纠奸，罪有不容，岂敢苟止？伏望陛下断自天衷，特行典宪，非特沮乖后之气，抑亦奋忠良之心，好恶既明，风俗自革。”
审问在八月二十日开始，被告自称年四十四岁（按西方计算法为四十二岁），然后叙述世系、籍贯、科举考中的年月，再叙历任的官职。又把由他推荐为官的列出姓名，因为大臣为国家举荐人才充任公职之贤与不贤，与其本人之贤德大有关系，自然甚属重要。据说，他自为官始，曾有两次记过记录。一次是他任职凤翔为通判时，因与上官不和而未出席秋季官方仪典，被罚红钢八斤。另一次是在杭州任内，因小吏挪用公款，他未报呈，也被罚红铜八斤。“此外，别无不良记录。”
最初，苏东坡承认他游杭州附近村庄时所作的那首诗，对农民食无盐、青苗贷款之弊端，曾出怨言，以及弹劾表章中之其它若干情节。他想不起曾写过其它与时政有关的诗文。有好几天内，他否认给朋友写过讽刺诗，一直声称无罪。至于何者应视为毁谤朝廷，何者不应�