而且非说不可，正如骨梗在喉，不吐不快。他之坦白直率，是断然无疑的。那时，他只三十二岁，任职史馆，官卑职小，且只限于执笔为文，与行政毫无关系。他给皇帝上奏折两次，一次是在熙宁三年（一○七○）二月，一次是在次年二月。两次奏折都是洋洋洒洒，包罗无限，雄辩滔滔，直言无隐。犹如现代报上偶尔出现的好社论文章一样，立即唤起了全国的注意。在第一篇奏折上，一开首就向青苗法攻击。他告诉皇上全国人已在反对皇上，并说千万不可凭藉权力压制人民。文章之中他引用孔夫子的话说：
〖百姓足，君孰与不足？……臣不知陛下所谓富者富民欤？抑富国欤？
是以不论尊卑，不计强弱，理之所在则成，理所不在则不成，可必也。今陛下使农民举息而与商贾争利，岂理也哉，而怪其不成乎？……夫陛下苟诚心乎为民，则虽或谤之而人不信；苟诚心乎为利，则虽自解释而人不服。吏受贿枉法，人必谓之赃。非其有而取之，人必谓之盗。苟有其实不敢辞其名。今青苗有二分之息，而不谓之放债取利可乎？……今天下以为利，陛下以为义。天下以为贪，陛下以为廉，不胜其纷坛也。〗
他又警告皇帝说：
〖盖世有好走马者，一为坠伤则终身徒行……近者青苗之政，助役之法，均输之策，并军搜卒之令，卒然轻发；今陛下春秋鼎盛，天赐勇智，此万世一时也。而臣君不能济之以慎重，养之以敦朴。譬如乘轻车、驭骏马，贸然夜行，而仆夫又从后鞭之，岂不殆哉。臣愿陛下解辔袜马，以待东方之明，而徐行于九轨之道，其未晚也。〗
苏东坡又警告皇帝说，若以为用专断的威权必能压制百姓，则诚属大错。多少官吏已然降级或革职，甚至有恢复肉刑之说。他接着又说：
〖今朝廷可谓不和矣。其咎安在？陛下不反求其本，而欲以力胜之。力之不能胜众者久矣。古者刀锯在前，鼎镬在后，而士犹之。今陛下蹈尧舜，未尝诛一无罪。欲洱众言，不过斥逐异议之臣，而更用人尔，必未忍行亡秦偶语之禁，起东汉党锢之狱。多士何畏而不言哉？臣恐逐者不已，而争者益多……陛下将变今之刑，而用其极欤，天下几何其不叛也？
今天下有心者怒，有口者谤。古之君臣相与忧勤，以营一代之业者，似不如此。古语曰：“百人之众，未有不公而说。”况天下乎？今天下非之，而陛下不回，臣不知所税驾矣。诗曰：
譬彼舟流，不知所届。
心之忧矣，不遑假寐。
区区之忠，惟陛下察之，臣谨昧死。
苏轼 上对〗
使朝廷文武百官最受激动的，莫如王安石之清除御史台。最初，王安石的威吓朝廷百官，倒不是以他那极端而广泛的经济政策，而是他对胆敢批评他的御史，凭他狂妄的习惯，一律撤职。于是批评朝政之权受到了摧残，政府组织的基础受到了破坏，这样就触动了政体最敏感部分。官场全体为之大惊失色，王安石自己的朋友也开始背弃他。
单以排除御史台的异己一事，就足以削弱对他的支持力量，也引起朝廷领袖的纷萌退意。在中国，监察机构是朝廷一个历史悠久的制度，其作用就是代表舆论时时对当政的政权予以控制或批评。在一个好政府里，监察机构必须能随时对皇帝进冷言，向皇帝反映舆论，这种重要性是不可忽视的。由于其地位如此之重要，监察机构既有重大力量，亦有重大责任，御史如对当权者做强有力的攻击，可以把一个政权推翻。这种监察作用，在政府的人事和政策上可以引起变动，不过其方法并未明确予以规定，其作用与现代的新闻舆论大致相似。古代此种制度之异于今日者，就是此等监察机构及其反对权，并无明文规定受有法律保障，只是传统上认为明主贤君应当宽宏纳谏；至于皇帝重视他那明主贤君的名誉与否，那就是他自己的事了。倘若他不克己自律，他可以降旨把御史降级、惩处、折磨，甚至全家杀害。有些皇帝确是如此。身为御史者在个人毫无法律保障之下，却要尽职责向朝廷与皇帝进谏规劝，处境是既难又险。但是像现代，总有对公众抱有责任感的新闻杂志编辑，不惜冒监禁死亡之险而向极权政权挑战的，在过去也总有御史受皮肉之苦、鞭笞之痛，甚至死亡之威胁，而尽其于人民之职责。尤其在东汉与明朝两代，当时有御史，写好弹劾奸相的本章，自料必死无疑，在本章呈递与皇帝之前，先行自缢身死。这些御史正如武士之上战场，前仆后继。好皇帝自己爱惜名誉，对于这等御史的处理颇为慎重，因此甚获美誉而得人望，但是恶人当政则急于塞御史之口，正如现代之专制暴君，总以钳制报章杂志之口为急务。
王安石当政之始，元老重臣对他颇寄厚望。现在御史中丞吕晦向王安石发出了第一弹，说他：“执邪见，不通物情。置之宰辅，天下必受其祸。”连司马光都深感意外。在吕晦同司马光去给皇帝讲解经典之时，吕晦向司马光透露那天早晨他打算要做的事，从袖子里把那件弹劾表章给司马光看。
司马光说：“吾等焉能为力？他深得人望。”
吕晦大惊道：“你也这么说！”
吕晦遭受革职，于是排除异己开始了。
现在星星之火使朝廷政争变成了熊熊之势。有一妇人，企图谋杀丈夫，但仅仅使她丈夫受伤而未克致命。此一妇人曾承认有谋杀之意，当时有个高官对处治之刑罚表示异议。此一案件拖延一年有余，未能定案。司马光要以一种方式判决，王安石要另一种方式，而且坚持己见，皇帝的圣旨对此案的处刑亦有所指示。但是御史刘恕则拒不同意，要求再审，御史如此要求，亦属常事。另一御史对王安石的意见不服，王安石则令他自己的一个亲信弹劾刘恕。这样一来，一场争斗，便化暗为明。
御史台则群情激动。问题现在是仍要在不受限制之下自由尽责呢？还是等候逐一被人清除？几位御史乃联名上书弹劾王安石，请求罢除其相位。王安石大怒，欲将此数人投诸监狱而后快。司马光与范纯仁认为在基本上不可如此对待御史，最后六个御史遭贬谪至边远外县充任酒监。一见情形如此，范纯仁起而应战。他要求贬谪御史之成命必须撤回，结果他自己也遭流放。下一个要倒下去的是苏东坡的弟弟苏子由。他一直就反对青苗法和市易法。两个月之后，忠厚长者老巨富弼向朝廷辞职归隐，临去警告说，在任何政治斗争中，正人君子必败，而小人必占上风，因为正人君子为道义而争，而小人则为权力而争，结果双方必各得其所，好人去位，坏人得权。他预言国家大事著如此下去，国家行将大乱矣。
朝廷之上，现在是一片骚乱。神宗熙宁二年（一○六九）二月，制置三司条例司成立，七月实行市易法，九月实行青苗法。数月之后，众人对当权者的意见，由期待而怀疑，由怀疑而迷惑，由迷惑而愤怒恐惧。
现在情势变化甚速。熙宁三年（一○七○）三月与四月，御史台大规模遭受整肃，随即大规模布置上新人。随后倒下的两个御史，都是王安石个人的朋友，都曾助他获得政权，王安石也是倚为声援的。身材颀长，性情暴躁又富有口才的孙觉，他也是苏东坡毕生的友人，曾经向王安石发动论争，因为王安石坚称周朝的钱币机构，曾经以百分之二十五的利息把钱借给人民，他对此说表示反对。王安石仍然希望得到他的支援，派他到外地调查为什么当时盛传朝廷强迫贷款与农人，甚至在京辎一带也传闻如此。孙觉回到京师，老老实实报告确有强迫销售情事。王安石认为他这是出卖朋友——所以孙觉也被革职。更为重要的案子是“美髯公”吕公著的案子。吕公著是宰相之子，学识渊博，但是沉默寡言。在早年，王安石和吕公著在文学上同享盛名，同为儒林所敬佩。吕公著曾帮助王安石位登权要，王安石乃使他官拜御史中丞，作为回报。现在吕公著上神宗皇帝的奏议中，文字未免过于辛辣，使王安石大为不快，在文中他问：“昔日之所谓贤者，今皆以此举为非，岂昔贤而今皆不肖乎？”王安石亲拟罢斥吕公著的诏书，用字措辞正好流露他自己喜怒无常的特性。在二人交好之日，王安石曾向皇帝说：“吕公著之才将来必为宰相。”而今他把吕公著比做了尧舜时的“四凶”。
最使曾佩服他的人与之疏远的原因，就是在同一个月内，王安石派了两个劣迹昭彰的小人进入御史台，去填补他排挤出来的空缺。他之派李定为全权御史，在御史台引起了群情激奋。李定既没考中科举，也没有为官的其它必要资格。他教人知道的反倒是他隐瞒父丧不守丧礼一事。在中国人心目中，这简直是败德下流至于禽兽。王安石把他升到那么崇高的地位，只是因为自乡间来京后，他向皇帝奏明青苗贷款法极受人民欢迎，王安石把他向皇上引荐，好向皇上陈奏。这件事使御史们怒不可遏。同时，王安石又把亲戚谢景温升为御史。谢为求升发，把自己的妹妹嫁与王安石的弟弟。有三个御史反对朝廷的此一任命诏书，三个人一起丢官。其余的御史对此事还照旧坚持。张戬请求将三个御史官复原职，并罢斥王安石的心腹李定与吕惠卿。在张戬到中书省去催办此一案件时，他发现王安石心情古怪。只是听他叙述，自己则一言不发，用扇子掩着嘴，一味大笑。
张戬说：“我想你一定正笑我愚蠢。但是你要知道，全国老百姓笑你的正多着呢。”
这时另一位遭到牺牲的御史是程颢，他是宋朝理学家“二程”之中的兄长大程。在新政推行之初，他曾经与王安石合作。现在他也到中书省为那同一个案子向王安石争论。王安石刚看了他的奏折，程颢看到他正在怒气难消。这位理学大家以颇有修养的风度对他说：“老朋友，你看，我们讨论的不是个人私事或家事；我们讨论的是国事。难道不能平心静气说话吗？”从儒家的道德修养看，王安石觉得很丢脸，很难为情。
一个月的光景，御史台的清除异己便已告完成。连前年所罢黜的那六个御史在内，王安石清除的御史一共达到了十四人，十一名是御史台的人，三名是皇宫中的谏官。司马光向皇帝曾经痛陈利害。只有三个人，就是王安石、曾布、吕惠卿，赞成新政，朝廷百官无不反对他们三个人。“难道皇上就只用这三个人组织朝廷？就用这三个人治理国家吗？”韩琦和张方平已在二月告老还乡，司马光对枢密使一职拒而不受，当月也遭贬降，范镇已经大怒而去。在九月，举棋不定的赵怀，他这位内阁大臣，一度想讨好这群新贵，现在决定辞职。他也指出“青苗使者于体为小，而禁近耳目之臣用舍为大”。数月之后，年老信命毫无火气的曾公亮，把王安石之得势归之于天意，以年老多病为由，在极不愉快之下，请求去职，其实多少也是受批评不过而走的。在神宗熙宁三年（一○七○），王安石正式出任相职，在整个政府中其权位凛乎不可侵犯。次年九月，欧阳修辞去朝廷一切职位，退隐林泉。
苏东坡现在写他那上神宗皇帝万言书，准备罢官而去。他和司马光、范镇曾经并肩作战，但是司马光与范镇已经在愤怒厌恶之下辞去官职。范镇后来和苏东坡有了亲戚关系，他曾在前两朝任职于中书省。其人虽然外貌看来肥胖松软，个性之强，则不让钢铁。在去职之时，他在辞呈上说：“陛下有纳谏之资，大臣进拒谏之计；陛下有爱民之性，大臣用残民之术。”在早朝之时，皇帝将此奏折交与王安石看，王安石的脸立刻煞白。当时在附近的几个人说曾看见王安石拿着此奏折在手，手气得发抖。
在熙宁三年（一○七○）九月，司马光被派到外地陕西去做外任官。但是他留恋京都不忍去。他和王安石诚恳但有时很严肃认真的讨论新法，书信来往凡三次之后，才与他完全决裂。皇帝原先仍希望他在朝为官，皇帝数次告诉其他大臣说，只要司马光在身边，他不会犯什么大错。皇帝再三再四召他回朝，司马光都予谢绝。他的话早已说够，皇帝若不肯察纳忠言而中止骑此刚愎的蛮驴奔赴毁灭之途，则他的本分已尽。在他决定辞去一切官职退隐林下之时，他仍然怒不可遏。他写给皇上说：
〖安石以为贤则贤，以为愚则愚；以为是则是，以为非则非。谄附安石者，谓之忠良；攻难安石者，谓之谗惠。臣之才识，固安石之所愚；臣之议论，固安石之所非。今日之所言，陛下之所谓谗后也。伏望圣恩，裁处其罪。若臣罪与范镇同，则乞依范镇例致