春天，北伐军进驻上海；3月，进军徐州，冯玉祥兵出潼关；5月中旬，河南山东告急，北京大恐，谣言四起，说北伐军，共产党来了难逃一死，连学者叶德辉在长沙不是也被杀掉了吗？
王国维忧愤异常。5月30日，溥仪的侍臣金梁从天津跑来北京看望王国维，就是这种感觉。
王国维痛感时局急变，事情无法做下去了；又担心天津的溥仪小朝廷，他曾极力劝说左右侍从恳请皇上快快搬迁，以防不测，但那些人居然不代为转告，王国维激愤得几乎要哭出来。
金梁说了些安慰的话，说着说着忽然说到颐和园，王国维喟然长叹：“今日干净土，只有这一泓弯水了！”金梁回忆说，王国维这时已决心投湖自尽了。这离自杀仅三天。
其实更早一点可能已下了决心。死前十天，王国维拿出去年秋天定稿的《观堂集林》补编目录，对门人赵万里说：“这是我近年来精心写出来的，幸好现在定稿了。日后刊印补编的时候，都可以依次编入。你有空的时候，要为我次第作副录。”赵万里后来才想到，这也是打定了死的主意。
也就在6月1日这一天，清华研究院放暑假，师生们在工字厅开惜别会。姚名达记得当时情景，如在目前，心痛欲裂，不知此一惜别，竟成永诀也。姚名达说，餐前聚坐，众人谈笑不拘形迹。有向大家谈蒙古史料的，那就是王国维。共有四桌宴席，欢声沸腾。只是王先生那一桌，寂然无声，不知先生是有所感而不快乐吗？或者是这一席的同学们都不善辞令呢？但大家正畅谈别情，没顾得上这边冷清一角。宴席将尽时，梁任公先生忽然起立致辞，历称同学们成绩优秀，说是我院如果继续努力，则办成国学重镇是没有问题的。大家都恭敬地听着，静安先生也点头，但不说话。
散席了，王国维像平时那样，跟大家告别，并没有特别之处。竟没想到他此时是死别诸生，而这个宴会竟好像是促先生之死的。姚名达念师心切，不知该怎么怪罪自己才好。别后不久，他和同学朱广福、冯国瑞同游朗润园，往回走时经过两院，朱君忽然问：“王老师家在哪里？我竟没看过一眼！”名达说：“何不去拜方一下？”到了王国维书房，空无一人，仆人打电话去南院陈先生家，原来正在陈家，于是等了一会儿，王国维就回来了。几个学生提了好多问题，非常虚心，先生是言简意赅，回答精辟。这样谈了一个小时，晚饭都摆上桌了，才起身告辞，王国维把学生们一直送到庭中，这是他一向的惯例。
到了晚上，又有谢国桢等人造访，问起阴阳五行说的起源，又论及某位日本人研究干支的得失。谈到时局的时候，王国维神色黯然，好像有避乱移居的想法。
其实在白天开宴会时，学生卫聚贤曾劝王国维到山西去避难，王国维说：“没有书，怎么办？”可见移居避难的想法一直有，但死志基本抱定了。
送走了谢国桢等人，王国维又回到书房批阅试卷。批完后，写好《遗书》，放在怀中，像平常一样安睡了。
这不是好兆头。这种安睡是大事将出的信号，但一般人怎么能有此预感？
有人就是这样：自杀多次未于是，都是因为亲友拦救；后来悄然自尽，谁都不知道。此前多次未成，易使人产生侥幸心理。
1927年6月2日，这是清华学校放完暑假后的第二天，王国维八点钟去公事室，九点钟向湖南籍助教侯厚培商借二元银洋，对方无零钱，借给他五元纸币。十点钟左右，他雇用校中一洋车，前往颐和园，购一张六角门票，于是走进园子。6月初的颐和园，正是一片生机，万绿丛中，湖波荡漾，垂柳飘拂，山花照影。湖边乔木挺秀，灌木丛生。又有小桥流水，蜿蜒于山峦之间，柔情可人。在东堤和南湖岛之间，十七孔桥尽情舒展，静静地躺在湖面上休息。万寿山上，亭廊楼阁依山而立，错落有致，而智慧海雄踞万寿山顶，似有醍醐倒灌之势。颐和园与清华园同在西郊，王国维常到这座前清帝后的花园里舒舒眼，散散心，看看风景，想想事情，他以颐和园为题材为背景写过多首诗词，可以说，他对颐和园有很深的依恋。只是今天很奇怪，他并不留意景物，而是径直前往佛香阁排云殿附近的鱼藻轩，兀坐在石舫前，点燃纸烟，于烟雾袅袅腾腾间，陷入沉思。
他在石船上坐了很久。
他吸烟，不停地吸。他大概想起：这船造建已125年了，乾隆建造此船，取的是唐代魏征“水能载舟、亦能覆舟”的典故，乾隆偏要造一条大石船，稳如磐石，让“水不能覆”，然而大清还是灭了。其实这船在1860年第二次鸦片战争中便毁于战火了，现在这艘是1893年重建的。乾隆大概没想到，水不能覆，火能烧之，就是石头也能烧成粉末。而且从根本上说，怎么知道火不是水？石不是木？
王国维在大石船上吸烟，吸了很久。
王国维来到湖边长廊迈步，抬头便见冠山杰阁，层层而上，但是这种感受，就未必有了。现在是“年年柳色，昆明诀别”了。
排云殿下，紧临湖畔，有一鱼藻轩。
王国维来到这里。轩顶这四个字可能正中他此时的心意，天下只剩下这一弯湖水还算干净，恰如一面“盘镜”，可以证得我心之净。
十年前，张勋复辟，王国维说：“今日情势大变……结果恐不可言，北行诸公只有一死谢国，曲江之哀，猿鹤虫沙之痛，伤哉！”“末日必在今明，乘舆尚可无事，此次负责及受职诸公，如再印漳瞎椋嫠讲恢狄晃那樱 闭叛幢偈О芎螅蛲饨缧啤爸驹诒厮馈保豕尢镜溃骸叭倌昀矗说么巳耍闶未死罚嗳艘辔薮拥孟ⅲ说热司胛碚茫裨蛱炖砣说谰憔印！�1924年，冯玉祥逼宫，溥仪危在旦夕，南书房行走王国维与罗振玉、柯劭忞即有同沉神武门御河的打算，后因形势缓和，逊帝溥仪脱险出走天津，他们才放弃自杀计划，留下性命，以图日后报效。王国维心想，当时死了，倒是好了。眼下，冯玉祥成为国民革命军第二集团军司令，他又将挥师出潼关，直取京城，一旦与南方的北伐军会合，必定危及流寓天津张园的逊帝。覆巢之下，岂有完卵？“君辱则臣死”，乃是古之遗训，今日惟有一死，别无选择。王国维早年精研德国哲学，当然还记得叔本华关于自杀的那段话：一般都会发现，只要生存的恐惧达到了一个地步，以致超过了死亡的恐惧，一个人就会结束他的生命。王国维忠于清室，忠于逊帝，自知复辟难成，大势已去，逊帝行将受辱，他的感情承受不住残酷现实的掊击，已经濒于绝望。他还有学问要研究，还有著作要撰写，还有弟子要栽培，还有妻儿要照顾，俗世的一切计虑，只能悉数抛开。他选择颐和园，不为别的，三天前他曾对好友金梁透过口风：“今日干净土，惟此一湾水耳！”
以前发生的所有的事情都历历在目，于是王国维扔下快要燃尽的烟蒂，踱到昆明湖边，他不再迟疑，纵身跃入水中。一位园工正在距离他十余步远的地方打扫路面，看见有人投湖，立刻奔过去施救，前后不到两分钟，由于王国维头部插入淤泥，口鼻堵塞，遭到窒息，仓促间于是气绝。再说同来的车夫，他一直在园外静等，迟至午后三点多，仍不见王国维出园，他前去门房打听，才知一位拖辫子的老先生投湖自尽了，这一惊非同小可，他赶紧跑回清华学校报告噩耗。这时候天气闷热得很，阴云密布，雷声四起，像要下雨的样子。天公有忧，忧“人间”不幸。
消息传了清华园。国学院人心浮动，尤为凄惶。看看时间已是晚间九点，大家忙乱已毕，收拾停当，曹云祥校长、梅贻琦教务长、国学院的教授学生及吴宓等三十余人，共乘了两辆汽车，往颐和园开去。路上经过朗润园，看见花木森森，各人心中抑郁难言。平日与王国维关系好的人，此时不免脑中泛起王国维的音容笑貌。天气闷热得很，大家都透不过气来。
可悲的是，尽管清华校长曹云祥亲自出面交涉，但由于警局尚未验尸，不得移动。王国维湿漉漉的尸身上覆盖着一床芦席，芦席的四角镇以青砖，就这样，死者面目紫胀，四肢拳曲，仰卧在鱼藻轩中，足足横陈了二十多个小时，令人惨不忍睹。当时警方办事效率之低，由此可见一斑。法警验尸时，从衣袋中找到银洋四元四角，还有一份死者于自杀前一天草拟的遗嘱，遗书背面写明“送西院十八号王贞明先生收”。王贞明是王国维的第三个儿子。纸面虽已湿透，字迹完好无损。全文如下：“五十之年，只欠一死。经此世变，义无再辱。我死后，当草草棺敛，即行蒿葬于清华茔地。汝等不能南归，亦可暂于城内居住。汝兄亦不必奔丧，因道路不通，渠又不曾出门故也。书籍可托陈、吴二先生处理。家人自有人料理，必不至不能南归。我虽无财产分文遗汝等，然苟谨慎勤俭，亦必不至饿死也。”
丧事全由清华校方担负，而治丧委员会则由研究院同学成立。梁任公去外交部力争恤金，罗振玉则在天津代王国维拟写《遗折》递呈溥仪，以求加谥及赏赐。后人称此为“伪折”。
溥仪读了此折，大为感动，便下了一道伪诏，谥王国维为“忠悫（音确，诚实也）”公，并赏赐银物若干。
丧事颇为隆重，于6月16日在北京市下斜街全浙会馆举办了悼祭，共收得哀挽诗联几百幅。
许多诗联中，都把王国维比为屈原。
日本友人狩野直喜、内藤虎次郎等在日本京都袋中庵诵经追悼，神田喜一郎致悼词，并出刊《纪念册》，题名者60余人，几乎囊括了当时日本汉学家中全部名流。日本《艺文杂志》则推出特别追悼号。
家属遵死者遗命，将他安葬于清华园东二里西柳村七间房之原。校长曹云祥为首数十人相送。
之后，清华研究院开学，梁启超手持鲜花，率领研究院老学生，到王氏墓前拜奠，并发表著名的《墓前演说》，声泪俱下。
梁任公盛赞王国维的气节和学术，认为他有伯夷叔齐的志气，代表了中国学者“不降其志，不辱其身”的精神，不可以用欧洲人反对自杀的眼光去苛评乱解。学术上，王国维以“通方知类为宗”，不贪多，不昧全，看全部很清楚，做一部很猛勇；《观堂集林》，几乎篇篇有新发明，方法上最科学而合理；辨证最准确，态度最温和，完全是大学者气象。
至于自杀的原因，梁任公认为，那是因为三种矛盾性格合并在一起所造成的。第一，因为王国维有冷静的头脑，所以能看得清楚；第二，有和平的脾气，所以不能取激烈的反抗；第三，有浓厚的感情，所以常常发生莫名的悲愤。
积日既久，只有自杀一途。
王国维之死，在国内外引起巨大反响。海内外学者，无论认识他或不认识他，都沉痛悼念，认为是中国学术界一大损失。许多报刊发表追悼专号或追悼诗文，有的学术团体设祭致悼，或捐赠恤金。法国巴黎大学教授伯希和走告巴黎东方学专家，发起向王氏家属捐赠薪俸的活动。德国汉堡大学中国文学教授颜复礼博士代表德国政府，聘王国维做“东方学术研究会”名誉会员，聘书还在途中，忽接讣告，又改拍唁电。
两年后，国立清华大学研究院师生，于王国维逝世二周年忌日，在清华园内树了一块纪念碑，由陈寅恪撰写碑文。
关于他的死，后人已有不少评议了。生死事大，死亡问题是人人必定要关注的。殉清说，悲观厌世说，畏惧革命说，恐辱人格说，自亡其学术说，乃至罗振玉逼债说，等等，不断地在探讨，唯独逼债说最少倡和者，其主要原因，在于新材料的发现。所谓新材料，也就是王国维与罗振玉的通信。
死者已逝，生者的种种臆测无法就证，可谓瞎子摸象，各得一偏。有道是，可爱者不可信，可信者不可爱。王国维身在民国，心存清室，这是一个实际的矛盾，也是他精神痛苦的主要根源。
王国维先生是死于一种文化。他在为“文化殉节”，为一个逝去的文化时代，他悲壮一跃。事实是不是这样呢？人之求死乃内心最隐秘之事，正如王先生之女王东明所言，“这种心情只有当事人能体认出来，至于其他的猜测，我想都是多余的。”（台湾《中国时报》1987年5月9日）的确正如王女士所言，对于一个已经逝去的人来说，他的心迹只有他自己最清楚，任何外在的猜测都是多余的，但是当这个人由于历史的机缘而成为一个时代的标志时他的死因就非同小可，就不可避免的成了一个重大事件，非得要对世人做出一番交代。或许正是因为这个原因我们才造就了那么多的英雄和伟人。对于任何一个人物，我以为，都应该将他置于历史的天平上抛却由亲疏敌对形成的