民族风俗习惯，讲得生动真切，很快打消了战士的种种顾虑。部队允许部分营以上的老同志在酒泉、玉门、安西等地解决婚姻问题。各部队精神振奋、军容整洁，团、营、连、排、班纷纷表决心，写应战书，由原来不愿入疆，改为愉快的入疆，由组织服从逐渐做到了思想服从。从思想上和组织上做好入疆的准备工作。
10月6日，王震司令员来到酒泉，到六军驻地检查部队进疆的准备工作和商定进疆的具体事宜。
为使部队尽快进疆，中央军委指示进行空运。苏联斯大林同志给支援了40架里尔运输飞机，每架可乘30人。在酒泉、哈密两地设立了空运指挥所。为了大部队进疆后能及时得到补给和中转，军部决定：让十六师政委关盛志同志乘飞机先期赶到哈密；军副参谋长谢正浩同志率领四十九团随后跟进；让十七师师长程悦长同志乘第一架飞机进驻北疆地区作好准备。
在组织工作和物资准备完成以后，为了行军安全，部队进行了紧张的演练。用战士们的话说，这是由“土八路”转到“洋八路”。特别对飞机大家有一种神秘感，很多人只见过天上飞的飞机，没有见过地下停的飞机，更没有坐过飞机，这一次可要开洋荤了。所以，在开始进行演练前，有的同志闹出了一些笑话，说什么“坐飞机千万不能吃饭，天上可不能拉屎尿尿”“坐飞机和坐汽车不同，不能从窗口往外伸头，更不能伸腿，万一飞机贴着山梁飞，腿就折断了。”后来，战士们上了飞机不禁大笑，到处都是关得严严实实的。经过紧张地演练，部队对进疆更加信心百倍了。
大军西进，气贯长虹。从空中到陆地，马达轰鸣，车辆滚滚，战马萧萧、战旗飘飘。我数万大军，如钢铁洪流，向新疆展开了气势磅礴的大进军。
当指战员乘坐的战鹰穿云破雾，在迪化附近的小地窝堡机场降落时，各族人民冒着寒风大雪，穿着节目的盛装，吹着唢呐，弹奏着冬不拉敲打着欢乐的达甫鼓，载歌载舞，喜气洋洋地迎候在那里。有的维吾尔、哈萨克、回、汉同胞，从百里以外骑着马，带着粮来迎接毛主席、朱总司令派来的人民解放军。
10月13日下午，我一兵团二军四师十二团与兵团战车团在团长胡鉴带领下抵达哈密。随后在二军副军长顿星云的率领下，乘坐二百多辆汽车，满载着解放军开进哈密。14日下午，二军军长郭鹏、政委王恩茂率军部及某师主力抵达哈密，均受到哈密各族各界人民群众的热烈欢迎。
部队到哈密后，立即组织指战员扑灭“9·28”黄金案的余火。动员所属部队每人每天节省麦子二两，捐赠衣物银钱，救助受抢烧的灾民。仅据五师统计共捐款887300元（旧币），衣服2600件，面粉2105斤，小麦707斤，鞋359双，袜子300双，毛巾142条，手套10双，由哈密灾民救济会转发给灾民。
在哈密中山堂举行了联欢大会，应邀参加的有驻哈密起义部队官兵代表，各机关代表，各族各界人民代表，连同解放军代表800余人。还在中山堂召开了知识分子座谈会，哈密学校教师，机关职员及各界群众400多人参加。二军领导均在这些会上发表了讲话。
19日，在哈密北郊小营房前的沙滩上隆重举行了军民联欢大会，庆祝哈密解放。参加大会的有各族群众，起义驻军官兵及人民解放军二军九师的指战员约两万人，大会由二军副军长顿星云主持，军长郭鹏、政委王恩茂先后在大会上讲话。对新疆部队在陶峙岳将军率领下光荣起义表示热烈欢迎，希望起义部队坚决站到人民的立场上来，彻底改造原来部队的本质，使之成为人民的军队。他们指出少数国民党特务和反动分子妄图破坏新疆的和平解放，没有人民解放军进疆，新疆的和平解放会不能实现的。解放军的任务就是要和各族人民及起义部队团结起来保障新疆和平解放的胜利果实，共同建设新疆。起义部队七十八师师长莫我若、哈密专员尧乐博斯及各族各界代表先后发言热烈欢迎解放军进疆，热烈庆祝哈密解放。
26日，二军军长郭鹏、政委王恩茂、副军长顿星云、政治部主任左齐等一行二百余人，随军指挥部离开哈密，向目的地南疆进发。二军在哈密共停留13天，作了许多工作，救助灾民，稳定社会秩序，宣传党的民族政策和宣传对起义部队的政策，宣传“团结建设新新疆”的思想。同时接受城防、飞机场、公路分局，并在哈密保留一定数量的解放军，从而打通和稳定了解放军进疆的第一道关口，为部队胜利进军迪化和南北疆创造了有利条件。
在未进疆前，王震司令员对部队的大批骡马非常关心，他指示：“部队的骡马是我军屯垦和保卫国家的本钱；一定要派得力干部和有经验的饲养员护送；绝不能让牲口受到任何损失。”因此军司令部决定：由军教导团团长杜一波、政委马洪山、副团长张子厚统一指挥。该队除司、政、后、卫和家属之外，将辖两个骡马大队。各师对骡马大队的人选几经挑选，最后确定，十六师的骡马大队由许会增同志任队长兼政治委员，刘先洲任副大队长。十七师的骡马大队由张文治和贺清德同志负责。他们不但革命事业心强，而且都有饲养和管理的经验。经过一番准备，我军两个骡马大队及500多名战士，2000多匹骡马，于11月7日，浩浩荡荡出了酒泉城。十七师大队在前开路，十六师大队后面压阵。顶风冒雪，戈壁滩上宿营，十六师的大队行程1000多里，于12月初到达哈密。十七师的大队行程2000多公里，两个多月达到古牧地。
从1949年11月6日开始至1950年元月15日止，六军从酒泉空运哈密的人员有2908名，由哈密空运迪化的有9538名，共空运12446名。从11月4日开始车运，至1950年元月13日，从酒泉运到哈密12982名，从哈密运达迪化的有6550名。从安西车运哈密的有2540名，从迪化运伊宁的有2492名（十七师五十团），从迪化运绥来的有2112名（五十一团）。除十六师一部分3月底抵达哈密外，其余均于1950年元月全部达到指定位置。
进疆的各部队到达驻地后，都紧紧依靠新疆各族人民群众，充分发挥人民军队的大智大勇，严密的守卫着各军的要塞，警惕的注视着国民党特务，叛军残敌的阴谋破坏，并着手在天山南北开展轰轰烈烈的建党、建政和生产准备工作。
六军十六师从1949年12月——1950年3月底，分批进驻哈密专区各县。1949年12月24日，由四十六团团长任书田率先遣部队进驻镇西县（现巴里坤县），各族人民欢庆解放。1950年2月14日，进驻伊吾县。十六师师长吴宗先、政委关盛志率部进驻哈密后，将师部设在大营务。积极改编国民党一七八旅，辎重兵汽车二十团，东疆边卡大队等起义部队。从十六师抽调了244名政治干部，给新疆二十二兵团九军二十六师配备了全套政治干部。还派四十六团参谋张廷贤，带领十几个政工干部到吐鲁番、鄯善、托克逊改编国民党六十五旅部和一九四团起义的部队。
十六师进驻哈密后，成立哈密城防司令部，由师参谋长谢正浩兼任城防司令部司令，维护社会治安。
1950年2月8日，中共中央新疆分局决定，成立中共哈密地方委员会，由中国人民解放军十六师党委兼哈密地委，师政治委员关盛志兼任地委书记，师长吴宗先兼任副书记，常委连承先、王涅、张家树，委员任书田、齐廷章、章零、罗文先、秦耀中、梁剑秋、张升科、姜玉昆。
十六师选派146名指战员（其中团级1名，营级10名、连级55名、排级67名、战士13名、），其中分配哈密专区114名（党员80名），分别组建了地委工作机构和哈密、镇西、伊吾县三个县的工作委员会。另外32名指战员分别组建了吐鲁番、鄯善、托克逊三个县的工作委员会。还抽派大批指战员，积极协助地方开展建政。镇反和减租反霸，土地改革等项工作。1955年，又从部队抽调80多名连排干部到地方各部门工作。
然而，新疆和平解放后，正当各族人民载歌载舞欢庆新生的时候，一小撮坚持与人民为敌的民族败类，反动头人按照国外间谍——美国前驻迪化 领事马克南的旨意，加紧策划着一场罪恶阴谋。匪首乌斯满窜到奇台西南切别湖河上游的渠根达夏牧场上，召集九名亲信开会，决定趁解放军立足未稳，伙同贾尼木汗，联合尧乐博斯和骑七师中的少数反动军官，欺骗煽动哈族牧民发动暴乱。他们妄图以巴里坤为基地，东向哈密切断我军与内地联系，西向迪化，夺取新疆省会。2月5日，骑兵二十团1000余人在昌吉叛变。3月24日阜康骑七师特务营叛变。叛军们杀害我政工人员，抢劫人民财物，逃入偏僻山区，待机颠覆人民政权。从3月底开始，乌斯满、尧乐博斯匪徒向我驻守哈密东北的泌城、小堡、口门子、伊吾等地部队进行了袭击。我十六师副师长罗少伟同志在亲临前线侦察时，于七角井中伏击牺牲。罗少伟同志是个作战勇敢的指挥员，早年参加红军，身经百战，多次立功，他的牺牲是我军一大损失。
为了稳定新疆的社会秩序，保卫边疆各族人民生命财产的安全。根据人民解放军总部的指示，新疆军区迅速组建了剿匪指挥部。王震同志担任总指挥，张希钦同志任参谋长，罗元发同志担任北疆剿匪前线指挥，根据匪情，我军的部署，十六师在哈密，十七师及民族军四十团、军骑兵团在迪化至奇台一线。王震司令员还将胡鉴同志指挥的战车团调归六军指挥。十六师师长吴宗先、政委关盛志奉命率领本师主力和民族军骑兵四十团三营负责巴里坤、伊吾等地方的清剿任务。我军采取了军事打击与政治瓦解相结合的方针，在哈密取得了尖山子、红柳峡、白杨沟等战斗和伊吾四十天保卫战的胜利，活捉匪首贾尼木汗和吐尔贡江。乌斯满在甘肃被三军活捉，押解送到乌鲁木齐，各族人民感谢解放军为新疆除了一大害，彻底平息了匪患，安定了社会秩序。战斗中毙伤匪徒448名，俘虏1502名（内有匪参谋、连长等若干份子228名），向部队和政府投降2万名左右（有十余部落），缴获机枪12挺，步枪199支，各种手枪24支，缴获羊46400多只，牛1500多头，骆驼2700多峰，这些牛羊骆驼均归还给牧民群众。
伊吾四十天保卫战，在四十六团一营副营长胡青山带领下，伊吾县城被土匪包围的40个日日夜夜中，二连的英雄们，冒着风沙，露宿在雪窝里，经常一天只能吃一顿饭的极端困难的情况下，英勇顽强。不怕流血牺牲，先后打退了敌人七次大规模的进攻和无数次袭击骚扰，给予匪徒以极大的杀伤，完成了保卫伊吾的光荣任务，钳制和挫败了敌人，有力配合了东、西两线兄弟部队剿匪的行动。受到彭总的通令嘉奖，二连被命名“钢铁二连”，胡青山同志被授予“战斗英雄”的光荣称号。
1950年野司指示，从十六师抽调康荫吾、马萍、高文普等150多名干部，组成一支高炮部队，经过短期训练，很快就参加了抗美援朝的战斗和国内防空的任务。配合作战部队击落过数架敌机。
1952年1月，党中央和毛主席决定加强空军建设，六军奉命从所属部队抽调大批干部到西安组建西北空军和航空兵二十五师。罗元发任西北空军司令员，航空兵二十五师师长吴宗先、政委魏志明，参谋长姜玉昆。
1950年元旦前夕，毛主席要求部队到新疆后，主要的任务是要为各族人民办好事，要屯垦戌 边，一手拿枪，一手拿镐，开展生产运动，减轻人民负担，肩负起人民解放军既是战斗队、工作队，又是生产队的光荣任务。一兵团进疆后，按照毛主席的指示，依靠“自力更生，艰苦奋斗”的南泥湾精神，在王震司令员的亲自领导和参加下，二军在南疆，六军在北疆，都将主要力量投入到大规模的生产建设中，1952年2月，奉党中央和毛主席的命令，驻疆人民解放军集体转业，改编为新疆生产建设兵团。兴修水利，开荒造田，办工厂，发展农牧业和工业生产，六军军直和十七师的指战员，在乌鲁木齐、昌吉等地修建了红雁池水库，和平渠和安宁渠等水利工程，十六师在哈密修建了红星一渠、红星二渠，开垦荒地十几万亩，引雪水下山，将千百年来干旱荒野、渺无人烟的戈壁滩，盐碱滩，改造成林木茂盛、渠道纵横，条田整齐，机车轰鸣的绿洲，牛羊成群，粮棉油满仓的好江南。同时，积极从技术，物资、人力等方面帮助各族农牧民，共同发展经济，做出了巨大的贡