国会选举揭晓后，国民党以多数党成为执政党，全国各方面一致预测宋教仁将被推为内阁总理。
1913年3月21日，宋教仁由上海启程往北京，参加国会的开幕典礼。刚上火车的时候，突然有人对准他放了一枪，击中了腰部。宋大叫一声，随即倒地。到车站送行的国民党人黄兴、陈英士、廖仲恺、于右任等急忙把宋扶上汽车，送往附近靶子路沪宁铁路医院急治。当晚动手术，在宋的右腰钳出子弹一颗，发现弹头有毒，伤势十分严重。半夜里宋从昏迷中醒转来，睁开眼睛问道：“我的朋友呢？”留在医院的黄兴抢步上前喂了他一口开水，连声问道：“怎么样，怎么样？”他一面喘着气一面断断续续地说：“现在外患日深，库伦形势险恶。我本来打算到北京和其他地方去，调和南北意见，以便一致对外。可是……”他说到这里，感到伤口剧痛难忍，他勉力支撑着喊道：“快拿笔墨来，替我写上，我要发一个电报给袁世凯！”
黄兴急忙拿过纸笔来，照他口中所念的词句写道：“望总统开诚心，布公道，竭力保障民权，俾国会确立不拔之宪法，则仁虽死犹生。”
此后宋又陷入昏迷状态，延至22日上午4时身亡，年仅32岁。他是国民党的代理理事长，所以国民党上海交通部发出紧急通告，叫全体党员“一律臂缠黑纱为宋先生服宋教仁遗影丧”。孙中山在东京接到噩耗，于25日匆匆赶回上海，参加治丧典礼，并亲笔撰写挽联如下：“作民权保障，谁非后死者！为宪法流血，公真第一人！”
这是民国成立以来第一次发生的政治大血案。过去彭家珍刺死良弼，周符麟暗杀吴禄贞，黎元洪勾结袁世凯杀害张振武，都曾震动一时，但都不及这次血案影响之大。这是因为，这次血案的被害人是国民党的领袖之一，此时国民党与北洋派明争暗斗，“武力统一”与“二次革命”之说甚嚣尘上，而这位国民党领袖又是一个主张调和南北的温和派，此番被人暗杀，可能引起又一次南北战争。因此全国人心惶惶，预感大祸将临。
此案发生后，全国各方面纷纷揣测，这件政治谋杀案究竟是谁主使的呢？袁世凯是惯于用暗杀手段对付政敌的老手，可能是他主使的。但是，国民党已经公开表示拥护他为正式总统，宋教仁又是主张与他继续合作的中坚分子，杀一宋教仁而与国民党破裂，南北统一之局也将不保，对袁有何好处？从这一点看来，此案又不像是袁所主使的。
仅仅隔了一天，这个问题的答案就非常清楚地摆出来了。
3月23日，有一个做古董生意的河南人王阿发，跑到四马路中央巡捕房自行投案。他说：“十天以前，我在文元坊应桂馨的家里兜售古董。他给我一张照片，叫我下手暗杀此人，许我事成之后酬洋一千元。我是一个安分守己的生意人，没有干过杀人勾当，所以一口拒绝了。今天看见报上登出来的宋先生的照片，正是应桂馨叫我暗杀的人，所以特来投案说明。”
宋案幕后指使国务总理赵秉钧捕房根据报告，立即派眼线去跟踪应桂馨，当天在湖北路迎春坊二十八号妓女胡翡云家找到，当场予以逮捕。第二天，捕房派人搜查文元坊应宅，又在那里捉到了一个形迹可疑的矮子，并搜出五响手枪一支，应桂馨与现任内阁总理赵秉钧、内务部秘书洪述祖二人电报往来的密电码以及其他有关证件多起。这些证件充分说明：行凶的主谋犯不是别人，正是现任大总统袁世凯、现任内阁总理赵秉钧；教唆犯是内务部秘书洪述祖，组织行凶者是上海大流氓应桂馨，直接杀人者是失业军人武士英。
证件的主要部分有下面几个文件：
（1）民国二年（1913年）1月14日赵秉钧致应桂馨密函一件，上面写着：“密电码送请检收。以后有电，直寄国务院可也。”外附密电码一本，上注“国务院应密，民国二年一月十四日”。
（2）2月2日应桂馨致赵秉钧“应密冬电”一件，内称：“民党（国民党）主宋（教仁）任总理……已由日本购孙、黄、宋劣史，印十万册，拟从横滨发行。”
（3）2月1日、2日洪述祖致应桂馨密函两件，上面写着：“大题目总以做一篇激烈文章乃有价值。”“紧要文章已略露一句，说必有激烈举动。”“弟（洪称应）应于题前径电老赵，索一数目。”
（4）2月4日洪述祖致应桂馨密函一件，上面写着：“冬电（2月2日应的电报）到赵处，即交兄（洪自称）手，面呈总统。阅后颇色喜，说弟颇有本事，既有把握，即望进行。”
（5）2月22日洪述祖致应桂馨密函一件，上面写着：“来函应的函件。已面呈总统、总理阅过。以后勿通电国务院，因智智庵，赵秉钧号。已将应密本交来，纯归兄一人经理。”
（6）3月13日洪述祖致应桂馨密电，内称：“毁宋酬勋位，相度机宜，妥筹办理。”
（7）3月14日应桂馨致洪述祖密电，内称：“梁山匪魁四出扰乱，危险实甚，已发紧急命令设法剿捕之。”
（8）3月21日应桂馨致洪述祖密电，内称：“匪魁已灭，我军无一伤亡。”
证据确凿不移地说明：袁世凯决定要暗杀他的政敌宋教仁，叫特务头子赵秉钧去执行。赵手下有个秘书叫洪述祖，跟上海流氓帮会有往来，赵叫他物色一个流氓去办这件事情。洪找到了大流氓应桂馨，许以厚利，叫他执行暗杀任务。通过洪的介绍，赵发下密电码一本，与应直接通电联系。随后赵察觉到直接通电容易暴露，便又叫洪到上海向应说明，以后由洪居间联系。洪回到北京后，一面写信催应从速动手，这就是密函中所讲的要“做一篇激烈文章”，一面向袁汇报情况，袁许以事成之后以勋位为酬。
宋教仁遇刺前，宋案幕后指使赵秉钧给刺客的手令密件 洪述祖并非无名之辈。清朝末年，他做过直隶候补道，跟唐绍仪拉上了交情。袁任内阁总理大臣时，通过唐的介绍，他上了一道秘密条陈，主张袁在清政府与革命军之间玩弄两面手法，以便从中取利。袁虽没有直接表示，可是心中暗暗赞许。后来唐组织内阁时，派他为内务部秘书，此后他便成为内务总长赵秉钧身边的一个谋士，有时也能直接跟袁交谈。
应桂馨又名夔丞，是上海流氓帮会的大头目之一。辛亥革命初期，中部同盟会联络会党军警起义，他投机混进了革命阵营，陈其美任为沪军都督府谍报处处长。沪军都督府撤销后，转入江苏都督府任江苏巡查长。他自称“中国共进会会长”，吹嘘全国共进会会员在1亿人以上，占总人口的四分之一。
武士英是山西人，年22岁，就是在应桂馨家中被捕的那个矮子。他在云南当过营长，因军队被裁流浪到上海来，加入了共进会，成了应桂馨的门下食客。
此案发生后，只有一两天工夫，就把全部内幕揭穿，人证俱获，铁案如山，全国人民无不为之骇然。原来当今大总统是这样一个货色，他手中持有两件法宝：一件是黄金，一件是白刃。他对付一切政治敌人总不离乎这两手：要么用金钱收买过来，要么用武器暗杀掉。他曾经用金钱和高官厚禄收买宋教仁而无效，就决定用另一手来对付他。
这篇文章做得如此不干不净，闹得通国皆知，袁做贼心虚，不得不假惺惺地下了一道缉凶命令，讲什么“穷究主名，务得确情，按法严办”；还装腔作势地说了些“暗杀之风，万不可长，尤乖人道”的鬼话。他知道单靠一纸命令不能杜人之口，于是又派工商总长刘揆一以吊丧为名到上海，竭力解释宋案与他无关，千万不要误会。刘与黄兴、宋教仁都是华兴会的老同志。他到上海后，黄兴和国民党人骂他做官心热，变节求荣，他只得灰溜溜地回北京去了。由于全国人民口诛笔伐，袁、赵二人心慌意乱，便又做了一篇空中楼阁的文章，企图转移视线。3月26日，国务院通电全国称：“据应夔丞23日函称，上海发现一种监督政府、政党之裁判机关，其宣告文内列有宋教仁、梁启超、袁世凯、赵秉钧、汪荣宝等罪状，于3月9日开审，先判处宋教仁以死刑，于20日执行。”这篇文章请出梁启超、汪荣宝这些不相干的人做陪客，又把杀人主谋犯混在一起，其目的是要使人们相信上海果真有这样一个杀人机关，这个机关不仅与国民党为敌，也与其他各政党为敌，不仅与政党为敌，也与政府为敌。
这篇文章也仍然无济于事，反而招来更大的反感。在这种千夫所指的情况下，即使平日杀人不眨眼的大特务赵秉钧，也不免心惊肉跳，坐立不安。他一面向新闻记者发表谈话，说他跟宋教仁如何要好，外间谣言之来，真不知从何说起；一面向袁辞职。毕竟袁比他更加狡狯，认为此时辞职反而证明心中有鬼，因此劝他说：“不妨告个假儿，我叫芝泉代替你的职务。”于是赵改辞职为请假，袁派陆军总长段祺瑞代理内阁总理。（《袁世凯演义》）
第四节以段祺瑞为总理
四月二十六日，袁又擅与英、法、德、俄、日五国银行团定善后大借款英金二千五百万镑条约，以客卿监督盐政，未经国会通过。国民益怨政府之倒行逆施，弁髦《约法》，反对之声，如潮而起。五月一日，赵秉钧辞职，袁乃以段祺瑞为国务总理。袁既专制自为，且得巨款供其设置，阴谋益得循已定之步骤而渐进。侦知南方各省将起而相抗，于是先发制人，北洋劲旅，陆续南下，先后免江西李烈钧、广东胡汉民、安徽柏文蔚三都督职。五月廿四日《时报》载北京专电“表总统令传语国民党人”云：
现在看透孙、黄，除捣乱外无本领。左又是捣乱，右又是捣乱。我受四万万人民付托之重，不能以四万万人之财产生命，听人捣乱！自信政治军事经验，外交信用，不下于人。若彼等能力能代我，我亦未尝不愿，然今日诚未敢多让。彼等若敢另行组织政府，我即敢举兵征伐之！国民党诚非尽是莠人，然其莠者，吾力未尝不能平之。语时有梁士诒、段芝贵、曾彝进三人在座，梁嘱曾以个人资格往告国民党人。袁谓：即说是袁慰亭说的，我当负责任云云。（下略）
五月二十九日，《时报》载袁与《大陆报》访员之谈论一则，颇可与袁日后行事相对照，兹录下：
日前《大陆报》访员弥勒君访袁总统于三海，问答之间，颇关紧要，而于政治一方面，尤为注意。弥君先询治国政策，袁总统谓第一步须组织正式政府，使国家日见强盛，而以和平政策对付列强。又询问主张何种政体？袁总统谓自以共和政体为主张！盖共和既已告成，而又欲适用他种政体，其愚孰甚！弥君又问，近有人评论总统并不实心赞成共和，拟复君主旧制，有是事乎？袁总统谓予知此种谣传，自不能免；然既为公仆，岂能逃诽谤乎！此种问题，当留之以待后人之解决。余既为民国办事，必当尽余之能力，以求民国之成功！倘有破坏之危险，决非自余而生，必由于一般暴徒，以破坏国家为主义者也。弥君又问，有人谓总统欲仿效拿破仑信乎？袁笑谓余欲为华盛顿，非拿破仑也！华盛顿为历史中最有名人物，建造自由国，余何故欲为拿破仑而不为华盛顿乎！弥君又询问，现在中国最要之事为何？袁谓对内对外均以和平，此为最要之事。弥君又问，第一须改革者为何事？袁总统谓改良币制，订定赋税规则，开拓国内富源，俾人民得以日见昌盛。人民昌盛是为立国之本。弥君又询问，此次反对中央，欲为第二次革命之情形。袁谓此种人已有革命习惯，无建设思想，无实地经验，不识中国大势之真象。然人民必不助其所为。大概此种人可分为两种：第一种已得政府酬报或官职而不满意者；第二种尚未得政府酬报或官职者。弥君又询问，总统对于国会之希望？袁总统谓国会议员，均由人民选举，以助正式政府成立。余甚愿国会助余早日建设政府云。
第五节起兵之讨袁
七月十二日，江西都督李烈钧起兵讨袁，军于湖口。江苏、安徽、广东、福建、湖南相继宣布独立。然袁先有准备，军事布置与其能力，非满清之窳弱可比；而讨袁军起过迟，坐失时机，揭橥所在，不及排满与推翻专制之易于鼓动；又各省各自为谋，不能统一，而民党内部黄克强氏每事与中山先生左；民众则叠遭战祸，疮痍未复，厌乱已深；袁氏心迹尚未大显，未为一般民众所窥，民党信誉，亦有使民众怀疑之处，故讨袁军以六七省之地，数十万之众，不二月而为袁氏所底定焉。
李烈钧像
袁世凯觊觎非分，总理洞烛其隐，且�