商请求协助调查，但被组织抢先一步，杀人灭口。她还算是幸运的，那个当事人在车祸的第二天就被发现死在了家中。
验尸结果显示，那个人死于突发心脏病。至于为什么如此巧合，事件真相究竟怎样，就只有新一和志保少数几个人才知道这一定又是黑衣组织干的好事。
这一天晚上，新一和志保乘飞机直飞伦敦。在与皇家特工成员彻夜详谈商议之后，第二天一早，他们与几名顶级特工人员一道坐最早一次航班飞回久违的东京。
服部和快斗都等在这里，经过妃律师和水无怜奈一内一外的双方面证实，FBI、皇家特工顺利与日本警方联袂合作行动，另外就是服部平次牵线搭桥的大阪警方。
组织在一连串的持续恐怖活动失败之后，已隐隐有成为惊弓之鸟的趋势，他们急需彻底干一大票，做一番能够翻身并弥补前几次损失的大买卖，这也说明，激战迫在眉睫。
展开行动前的一天，新一回侦探事务所去看小兰。
到了这种时候，妃英理把所掌握的组织内幕告诉了最亲近的家人，而国际刑警和多国警方已在精密筹划联合出击，博士感觉到没有再隐瞒的必要，专程从美国打电话来，告诉小兰柯南就是新一的真相。
忆起往事的一幕幕，无意间的表白也好，一起洗澡也好，真情吐露也好，乍然相见，两个人都不免感觉到尴尬。
倒是毛利小五郎一直在惦记着找“射我数不清麻醉针的侦探小子”算帐，一见面不容分说，当即火冒三丈地出拳——所以，虽然已经不再是柯南了，可怜的新一头上依然多出了一个“柯南风格”的大包。毛利小五郎还要不依不饶，直到小兰发脾气了，因为担心“晚饭没有着落”，才不情愿地怏怏回到自己房间。
“兰……”新一不知道该说些什么，日思夜想着变回本来的身份，美梦终于成真了，却发现自己早已习惯了柯南的角色，不知该怎样面对已然陌生的工藤新一的世界。
小兰瞪着他，似乎又要摆出空手道的架势，眼眸中却噙着点点晶莹的泪花。突然，压抑了许久的感情如洪水般一径发泄出来，呼唤着：“新一！”再也无所顾忌地一头扎进他的怀里，放声大哭。
“喂，兰……”新一有点手忙脚乱，他本来就不会哄女孩子，这一来更是倍感慌张狼狈，笨拙地为小兰擦去脸颊上的泪珠，然而一句话也说不出来。
紧张、慌乱之中，脑海里蓦然浮现出一双冰蓝色的清澈眼眸，目光敏锐、犀利，眼底深蕴着无法形容的淡淡忧伤，就这样望着他，无言地审视着他……她什么也没有说，冷峻的眼神却仿佛一直逼视进他的内心，让他无所遁逃。
为什么会在这个时候想起哀？等一下，他叫她小哀？他什么时候开始在心中对她改了称呼？为什么，为什么他会突然好想她，想念他和她共同出生入死的一幕幕，想念在爱尔兰度过的那一段弥足珍贵的温馨时光……
突如其来的捶打终于把恍神的新一拉了回来，痛得他“哇哇”大叫，却只能忍受着。小兰不依不饶地继续捶着他的胸口，哭着说：“新一，你这个混蛋，你这个混蛋……你丢下我一个人，还瞒我这么久，你可知道，你可知道……我有多么担心你吗？”
是的，她的隐忍和痛苦，作为柯南的新一全都看在眼里，所以他曾发誓再不会离开，青梅竹马十余年，他却只在变小的一年多时间里才见到了最真实的她，他欠她太多了啊……
小兰忽然闭上了眼睛，粉脸微微抬起，新一不禁一怔。但他很快就明白过来，按照小兰最喜欢的浪漫爱情电影的模式，历尽劫难后重逢的公主和王子应该以拥吻见证经得起考验的爱情。
新一的手抚上她的脸，却迟疑了。不是不想，他也很想以实际行动让小兰安心，可是……一年多来时时幻想着劫后相聚的激动，日日盼望着青梅竹马神话的完满，等到这一天真的到来，他却发现自己做不到。他的脑海中，时时刻刻闪动着一个茶色卷发和冰蓝眼眸的影子，还有，若有若无、仿佛来自古时候战场的喊杀声……
停顿片刻，新一犹豫地说道：“兰，和组织的终极对决还没有开始，这场战争很残酷，每一个人都有可能……”他的声音低得不能再低，小兰听明白了他的意思——战争死伤不可避免，在活着回来以前，他没有能力再对她承诺什么，更不想拖累她。
真的是这样吗？小兰蓦然想起了博士常常挂在嘴边的“小哀”，她清楚地记得那个表情总是淡淡的小女孩，那时候就觉得她遇到事件时实在太冷静了，完全不像一个只有七岁的孩子，她聪慧敏感的眼波中总有一种让人无法形容的哀恸。也许是女人的直觉，她立刻想到了那个小女孩曾经与柯南一起在意大利失踪，小哀应该也是服下那种毒药后身体变小的吧？新一是的确不想拖累她还是有其他顾虑？危机意识于顷刻间涌上心头。
小兰的内心陡然间有了警觉，苦苦等待了那么久，她一定要捍卫自己的幸福，决不轻易拱手让人。
她立即承诺：“好，我等你大获全胜的那一天。”
虽然知道这样想对不起小兰，但能拖得一时算一时，新一仍不禁长长舒了一口气。为什么，昔日果敢决断的平成福尔摩斯竟然也有逃避的时候？
他的思绪一片空白，脑海中乱哄哄的，无数既熟悉又陌生的画面像电影一样匆匆上映又退场，让人眼花缭乱，耳畔似乎再度响起曾在梦中多次出现的泫然欲泣声音“一定要来找我！”“一定要来找我！”“一定要来找我……”
新一的心情乱糟糟的，迟迟不能平复，等到他终于清醒过来的时候，发现自己不知什么时候已离开了侦探事务所，正漫无目的地在街头游逛着。至于后来又发生了什么事，小兰还说了些什么，他又是怎样离开的，头脑中简直一点印象也没有。
怎么回事，为什么小兰对他承诺的时候，他满脑子里只想着另外一句诺言，一句想不起来是什么的诺言，仿佛已经遗忘了很久，足有几千年那么漫长的诺言？
心，还是飘飘忽忽的，新一的身体却不知不觉踏上了回家的路。人，都是有这种本能的吧。
他在走到家门口的时候，心思不自觉地飘到了隔壁——自从博士去美国后，这里的房子就一直空着，现在是志保一个人在住。
已经是临近晚饭时分了，一阵阵诱人的香味从隔壁传来。
肚子不听话地在“咕咕”作响，新一想起来志保的好手艺，半天都没能掏出钥匙。也许，应该像博士在的时候一样，先去蹭一顿饭再说？
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* 2007…2…28 18：17
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然而，已经抬起来的脚步却不由自主迟疑了。
理智的那根弦在不断提醒他，他和她现在已经不再是江户川柯南和灰原哀了，更不是在爱尔兰的那个时候，他已经和小兰订下承诺了，任何看上去的无心之举都可能造成对志保和小兰两个人的伤害……
更何况……更何况他无颜见志保啊……即使在不断地告诉自己小兰从小就一起长大，不断告诉自己熟谙的第一个必定也是最适合的，告诉自己男子汉必须遵守信诺，一千一万句自我开脱的借口都抵不住心底那股浓浓的爱恋和愧疚，他，愧对志保……心中每一分每一秒无时不刻都在思念她，恨不能与她日夜相随永不分离，他却无颜再见她……
“喵——”猫咪的叫声打断了新一的暇思。
他慌忙抬起头，志保正到花园中叫被她命名为“阿加莎”的猫咪回家吃晚饭，乍然抬头，四目恰好相对。
瞬间已永恒。
阿加莎？克里斯汀与亚瑟？柯南道尔号称推理小说界的国王与王后，在“消失的证据”那一次最终没有成为犯罪的探案过程中，曾经好心招待博士和五个孩子到家里去选择礼物的年轻人家里饲养的宠物狗被分别取名为“亚瑟”和“道尔”，而他女朋友的心爱宠物则叫作“克里斯汀”。没有原因，或许是因为那一次缺失了“阿加莎”的名字，所以志保用它来给故乡在遥远的爱尔兰的猫咪命名。
志保就那样站在冬季的晚风中，长长的白色大衣也不能掩饰她的单薄，她美丽的茶色卷发被风吹起，发丝略微有些凌乱，散落在她的面颊上，好像刚刚从古典画卷中走出来的人儿。
新一不觉痴痴怔住，心跳骤然间加快。如果不是志保打开尴尬的局面，他毫无疑问会就这样站整整一个晚上。
“大侦探，好像非常幸运地躲过了空手道的修理啊。”她仿佛漫不经心地调侃着，声音听起来与往常没有什么不同，可是新一，就是莫名感觉到心痛。
真没想到日本警察的救世主也有这种时候，新一简直不敢正视志保宛如清泉的眼眸，多少次，灾难中，绝境里，她充满智慧的双眸给了他无穷的勇气和坚强的信念，她美丽的眸子是他顽强奋斗下去的力量与智慧源泉，可是，此情此景，他愧对那双纯净眼眸的主人啊……
不知用了多大力气才将目光移开，新一觉得自己好像是在发烧，脸颊火烫火烫的，慌乱地说：“啊，志、志保是你啊，我要赶快回家了~~~你吃晚饭没有？对了，晚安，早点休息~~~”语无伦次，手忙脚乱掏出钥匙，匆匆逃回家中，忙乱中简直一头撞上铁门。
他没有听见，在他匆忙逃跑的身后一声极轻极轻的叹息，没有看到，逐渐黯淡下来的夜色黄昏里，悄然飘落在博士家草坪上的一滴水珠，晶莹剔透，折射出淡淡的迷人星光，好似，好似精灵的眼泪……
相见恨晚，牺牲自己而成全他所想要的，志保久久站在风中，紧紧抱着怀里的“阿加莎”，茫茫寰宇，似乎只有它小小的身躯才能带给她一丝丝真实的温暖。
新一匆匆忙忙逃进家里，一头扎到书房，心里还乱得很。然而，福尔摩斯毕竟是社会公众利益和治安的捍卫者，他睿智的头脑中同时还想着另外一件事，一件只有模糊的感觉，侦探本能却告诉他十分重要的事情。或者，就是刚刚“阿加莎”一声叫唤，唤醒了他一直深埋在内心中的担忧，说不清起因怎样，就连他自己都无法形容的隐忧，但是，那种不甚分明的感觉，其中的重要性早已不必言说。
两天后，正义与邪恶的终极对决正式拉开帷幕。
皇家特工、FBI、目暮警官率领的东京警视厅搜查一课、大阪府警本部长服部平藏带队的大阪警务人员，国际刑警，再加上智慧和力量不让前辈的少年侦探工藤新一、服部平次与号称“平成的亚森？罗宾”的KID阁下，联袂组成正义的阵线，与势力跨越几大洲数个国家的庞大黑暗组织展开一系列激战。
期间，还有工藤优作与宫野志保的倾尽全力智慧相助，和阿笠博士一连串古怪但有用的“迷糊”发明成果不断供应。如果参战的不是这些精英中的精英人物，那么他们与黑衣组织的战斗，势必以失败告终无疑。
这场血战一直持续了三个月，掀起的血雨腥风令蓝天惨淡，全世界为之黯然失色。战争导致的人力物力伤亡损耗堪比两次世界大战。
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新一和志保携手并肩，彼此支撑扶持，相互信任依靠，心灵默契使每一个人都不得不佩服，共同闯过了一道道生死难关，他们终于迎来了和平到来的那一天。战斗时，严峻的形势不容人有多余的时间和精力顾及儿女情长，他和她与众多朋友们日夜在一起为了决战而劳心劳神，两个人都隐忍而克制，像普通朋友一样在一起，情埋心底，谁都没有再情不自禁的真心流露。只是，克制得越久，感情埋藏得越深，心痛也就越让人好像被撕裂成千百片般的难过。
战争胜利时，即是分别日。
光明与黑暗的决战进行得十分顺利，不仅彻底灭绝了黑暗组织，而且光明一方的人员伤亡降到了最低。只要是心怀公理与正义的人，无论哪一方，都清楚这是最好的结局。
然而，虽然摧毁了黑衣人的基地巢穴，将所有帮凶一网打尽，并收缴了一切记载着组织欠下的累累血债的铁证，将数十年来积欠下的迷案解开，还有充足证据把黑暗人士送上法庭，但是不知为什么本应该严密的围剿计划却提前泄露了，纳粹战犯的主凶逃出了恢恢法网。
组织幕后Boss、GIN、维诺、贝尔摩德，还有伏特加和黑麦酒，这些组织的中枢人物和骨干力量全部在围剿战开始的前一刻脱身逃之夭夭。
这一缺憾无疑在大家的心中留下了阴影。
不过，乐观如目暮警官和朱蒂老师等人看来，Boss与GIN他们所有的资金都被冻结，分散在各地的基地势力已经土崩瓦解，何况在全球范围内贴出了通缉令，他们再不能任意�